从迟缓爱德华氏菌fosmid文库克隆编码寡肽透过酶的opp基因簇   总被引：1，自引：1，他引：0  

杨佳银  莫照兰  茅云翔  李杰  叶旭红  王波 《海洋科学》2008,32(11)

从迟缓爱德华氏菌（Edwarclsiellatarda）LSE40 fosmid文库克隆到编码寡肽透过酶的opp基因簇。该基因簇全长6741bp,含有5个ORF,依次编码OppA—B-C-D-F5个蛋白;位于oppA翻译起始住点上游385bp处有一个推测的转录起始位点,在该转录起点的-35和-10区分别有TAGACA和TATATT两个特征性启动子序列;位于oppA和oppB的间隔区和oppF之后的非编码区各有一个茎环结构,推测分别为oppA和opp基因簇的转录终止子。氨基酸序列分析表明该基因簇编码的各个蛋白与同属细菌鲶鱼爱德华氏菌（E．ictaluri）对应的各个蛋白高度相似,相似性在96％～98％;与其他革兰氏阴性菌相似性在56％～89％;与革兰氏阳性菌的相似性在27％～53％。以细菌OppA的保守结构域SBP_bac_5构建系统发生树,结果显示E．tardaLSE40与同属细菌E．ictaluri的亲缘关系最近,与肠杆菌科细菌的亲缘关系较近,与革兰氏阳性细菌的亲缘关系较远,表明oppA的SBP_bac_5结构域可作为细菌分类鉴定的依据。opp基因簇的获取为深入了解E．tarda适应环境和宿主的生存机制奠定了基础。  相似文献   

三联灭活细菌疫苗诱导的大黄鱼肾组织SMART cDNA文库的构建     

刘国柱  郑文彪  陈新华 《海洋学报》2007,29(2):161-166

大黄鱼(Pseudos ciaenacrocea(Richardson))是我国特有的经济鱼种,以其味道鲜美,营养丰富和极高的药用价值而受到青睐,在大黄鱼人工育苗和网箱养殖等技术相继成熟之后,人工养殖得到迅猛发展,仅福建省2000年就有养殖网箱约30万[1].由于养殖规模的不断扩大和养殖环境日益恶化,导致大面积细菌性疾病的爆发[2~5],给大黄鱼的养殖业造成了巨大的损失.对于细菌性疾病的防治,目前主要使用抗生素.  相似文献   

海藻酸裂解酶基因在毕赤酵母中的表达及重组酶性质的初步研究     

岳明  丁宏标  乔宇 《海洋学报》2007,29(5):154-160

褐球固氮菌(Azotobacter chroococcum)是一种海藻酸降解菌.本实验采用PCR的方法,以褐球固氮菌基因组DNA为模板,克隆出约1.05 kb的海藻酸裂解酶基因algL的成熟蛋白编码序列,并将其插入巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)表达载体pPIC9K中,获得重组质粒pPIC9K-algL.重组质粒线性化后用聚乙二醇(PEG)法导入毕赤酵母菌株GS115中,获得高效分泌表达海藻酸裂解酶的毕赤酵母工程菌株.用甲醇诱导培养基进行摇瓶发酵,表达得到43 kDa的目的蛋白,酶活力可达1 400 U/cm3左右.经测定,该重组酶的最适反应pH为8.5,最适反应温度为40℃,并且在20~55℃,pH2.0~11.0具有较好的稳定性.另外,10 mmol/cm3的Cu2+,Fe2+,Co2+,Mn2+和Ca2+对酶有不同程度的抑制作用.  相似文献   

低温脂肪酶基因在巴斯德毕赤酵母中的高效表达   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

王永杰  沈继红  丛柏林  林学政  黄晓航 《极地研究》2011,23(4):283-288

通过PCR技术扩增得到南极适冷菌低温脂肪酶基因lip-948,将其与表达载体pPIC9K连接后转化巴斯德毕赤酵母GS115,通过筛选得到高效表达低温脂肪酶的酵母菌株,该菌株发酵48 h后上清液中脂肪酶活力达到27.5 U·mL-1,普遍高于其他细菌低温脂肪酶在毕赤酵母中的表达活性.  相似文献   

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA 文库构建及表达序列标签初步分析     

蔡小辉  彭银辉  赵鹏  宋忠魁  张琴  黄国强 《海洋与湖沼》2013,44(3):684-690

利用SMART技术构建副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)诱导的拟穴青蟹(Scylla paramamosain)血淋巴cDNA文库。结果表明,该文库的滴度为1.04×107CFU/mL,文库总容量达1.144×107CFU,克隆子插入片段大小为500—2000bp,重组率达98%。将随机挑选的300个阳性克隆测序,经过质量控制和拼接,共得到141个单基因组簇(UniGenes),75个UniGenes与NCBI非冗余蛋白质数据库中登录的蛋白质序列存在显著相似性,其中20个与免疫防御相关,如kazal-like丝氨酸蛋白酶抑制剂类蛋白、kazal-type蛋白酶抑制剂arasin-like蛋白、抗内毒素因子、抗微生肽、金属硫蛋白、铁蛋白、类70kD热休克蛋白等,达总测序数的6.67%。研究结果证实,构建cDNA文库是获得拟穴青蟹免疫相关基因的可靠途径。  相似文献   

可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)酵母双杂交文库和铁结合蛋白真核表达载体的构建     

张云云  周君  李晔  张春丹  蔡江佳  陈丽萍  李太武  苏秀榕 《海洋与湖沼》2013,44(6):1506-1511

构建了可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)的酵母双杂文库, 总克隆数为6.09×106CFU, 重组率100%, 平均插入片段长度>1kb。随机挑取200个克隆子测序, 结果1个空载, 67 个无法对应的基因类型, 已知的132个基因中线粒体蛋白占29.54%, 蚯蚓血红蛋白15.9%, 核糖体蛋白10.6%, 铁结合蛋白8.3%, 肌动蛋白6.1%, 其它基因29.56%。这些基因分别为: 5-氨基乙酰丙酸合成酶、类博莱霉素水解酶、纤溶蛋白、谷氨酰胺合成酶、热休克蛋白、非特性类碱性磷酸酶、脂肪酶、金属蛋白、线粒体、硫氧还蛋白、蛋白磷酸酶、肌钙蛋白C、泛素。根据已获得的可口革囊星虫铁结合蛋白基因, 以EcoRⅠ和KpnⅠ为双酶切位点设计引物, 构建了可口革囊星虫铁结合蛋白真核表达载体pPink-HC-fer, 经PCR 及测序检验, 序列完全正确, 然后电转化至酵母细胞中诱导表达, 经SDS-PAGE检验其融合蛋白分子量大小约为23kDa。  相似文献   

深海沉积物宏基因组文库构建及淀粉酶筛选     

黄雅丽  张炯  曹理想  谭红铭  陆勇军  周世宁 《海洋学报》2013,35(1):144-148

深海环境通常具有高盐,高压,高/低温,无光照等特点,使得海洋微生物存在一套独特的生理代谢机制和分子细胞结构,然而迄今绝大部分深海微生物不能在实验室条件下被分离培养,深海微生物资源开发遇到很大挑战。本研究通过不依赖培养的方法研究海洋微生物的基因资源,构建了南海深海沉积物fosmid宏基因组文库,共获得约39 600个克隆,插入片段范围在24~45 kb之间,平均插入片段大小为33 kb,克隆片段的总库容达到1 320 Mb。通过功能筛选获得3个具有淀粉酶活性的克隆子,选取其中最适温度较低的amy7作为进一步研究对象。构建amy7插入片段的重组质粒文库,获得一个同样有淀粉酶活性的克隆子amy7-6。经测序,克隆子amy7-6含有3 291 bp插入片段,序列比对分析后发现其中一个大小为1 920 bp的ORF,其编码的蛋白质序列(AmyS)与各种来源的糖苷酶有着较高的相似性。  相似文献   

重组鲑鱼降钙素结肠黏附缓释微球的制备     

宋益民  范鸣浩  杨青  张学成 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(1)

为考察重组(酵母)鲑鱼降钙素结肠黏附缓释微球的制备工艺和最优处方,并对释药特性进行探讨。以阿拉伯胶、β-环糊精、可溶性淀粉、明胶为壁材,HPMC和卡波姆为生物黏附剂,运用正交试验确定喷雾干燥法制备微球的最佳工艺条件和处方。结果表明,微球的最佳制备工艺和处方为β-环糊精与阿拉伯胶以15∶1、HPMC与CP以4∶1配比为理想壁材,喷雾干燥进风温度160℃、进料速度10mL·min-1、雾化压力0.5MPa、壁材浓度15%、芯材比1∶3为最佳组合,所得微球能达到缓释12h的试验设计要求。本法工艺稳定、可行,所得鲑鱼降钙素结肠黏附缓释微球具有良好的缓释效果。  相似文献   

污水处理系统中活性污泥细菌多样性研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

姜昕  马鸣超  李俊  鲁安怀  钟佐燊 《地学前缘》2008,15(6)

采用分子生物学手段16S rDNA克隆文库方法对北京高碑店污水处理厂回流污泥中的细菌进行了多样性研究。结果表明,活性污泥系统中细菌群落具有高度多样性,所有克隆子分属5个不同的细菌类群,优势细菌类群为变形菌(proteobacteria),占克隆文库的76.7%;细菌类群优势依次为β-变形菌类群(β-proteobac-teria,占39.8%)、不可培养菌类群(uncultured bacteria,占22.33%)、γ-变形菌类群(γ-proteobacteria,占20.15%)、α-变形菌类群(α-proteobacteria,占6.79%)和δ-变形菌类群(δ-proteobacteria,占4.85%);活性污泥中起硝化作用的主要是亚硝化单胞菌(Nitrosomonas sp.,占1.94%)和硝化螺旋菌(uncultured Nitrospirae bacterium,占11.65%),由于这2种硝化菌自身生长缓慢,难以与异养细菌竞争,以致其在文库中的比例较低;而作为反硝化细菌的陶厄氏菌属在文库中的比例却高达27.18%,可见该活性污泥具有较强的反硝化能力;克隆文库中还发现了少量的玫瑰单胞菌属(占4.85%),推测它的存在和有机磷的降解有关。  相似文献   

皱纹盘鲍(Haliotis discushannai Ino)胚胎RNA分离和cDNA文库构建   总被引：2，自引：0，他引：2  

刘晓  赵敏  高其康  张国范 《海洋与湖沼》2006,37(4):355-360

从皱纹盘鲍胚胎样本中分离RNA并构建了cDNA文库。分别收集孵化8、10和12h的皱纹盘鲍胚胎,用抽滤除菌的海水反复悬浮胚胎,将这3个发育阶段的胚胎样本等量混合后用TRIZOL试剂提取总RNA,将提取物用酚氯仿异戊醇再抽提2次,分离获得高质量的总RNA。从总RNA中分离mRNA,构建了皱纹盘鲍混合胚胎的cDNA文库,未扩增胚胎文库的滴度为5.0×106pfu/ml,重组率为94.12%,插入片段均大于400bp,70.6%克隆的插入片段分布在1000—1500bp之间,扩增后的文库滴度为3.06×109pfu/ml。  相似文献