大口黑鲈抗菌肽hepcidin cDNA序列和结构分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

白俊杰  刘碧莲  劳海华  叶星  简清 《广东海洋大学学报》2008,28(1):1-5

以大口黑鲈为材料,提取肝脏总RNA,经RT-PCR扩增出hepcidin cDNA的开放阅读框(ORF)及3′端非编码区序列,应用5′RACE方法得到大口黑鲈hepcidin cDNA5′末端。将所获得的两个片段分别克隆到T载体后进行测序,并拼接成大口黑鲈hepcidin全长cDNA。序列分析表明:大口黑鲈hepcidin全长cDNA为564bp,含有一个258bp的ORF,编码86个氨基酸残基,由信号肽(24个残基)、前肽(42个残基)和成熟肽(20个残基)3部分组成hepcidin前体。在前肽部分具有前肽转化酶典型的RX(K/R)R基元,成熟肽部分含有8个保守的半胱氨酸残基,可形成四个链内二硫桥,使β-折叠结构保持稳定。大口黑鲈Hepcidin与其他鱼类的同源性在29.7%~90.5%间,尤其是信号肽区域,与鳜、尼罗罗非鱼、真鲷、花鲈、黑鯛、金眼狼鲈仅有2~3个氨基酸的差别。  相似文献   

基于iBeacon的精细室内定位方法研究     

张倬胜  马方方  薛静远  艾浩军 《地理信息世界》2015,(2):26-30

苹果公司发布的i Beacon作为一种粗精度位置感知服务体系,得到了广泛关注。针对更精细的广域位置服务,提出了基于i Beacon的无线指纹定位方法,并给出了图书馆的位置服务示例。  相似文献   

青蛤(Cyclina sinensis)cDNA文库构建及免疫相关因子基因的筛选     

高玮玮  潘宝平 《海洋与湖沼》2013,44(1):90-94

在鳗弧菌侵染下,利用SMART方法构建了青蛤的cDNA文库,并采用高通量测序方法和BLASTX比对筛选出ESTs及免疫相关因子的基因.结果表明,所构建的cDNA文库的库容量为1.12×106,插入片段均在500bp以上;大于100bp的有效ESTs序列1113条,平均长度725bp,拼接后获得一致性序列420条,其中包括126个叠联群和294个单拷贝EST,BLASTX比对后获得注释序列271条,进一步筛选获得青蛤免疫相关因子基因序列45条,为克隆其免疫防御相关因子的基因提供了重要的基础.  相似文献   

马氏珠母贝(Pinctada fucata)组织蛋白酶L基因的克隆与表达分析     

王忠良  简纪常  鲁义善  丁燏  王蓓  陈刚  吴灶和 《海洋与湖沼》2013,44(6):1604-1611

根据已构建的溶藻弧菌(Vibro alginolyticus)诱导的马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴cDNA差减文库得到的ESTs序列, 应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了其组织蛋白酶L基因(PFCatL), 并对其进行了生物信息学分析; 应用实时荧光定量PCR (Real-time PCR)技术, 研究了PFCatL基因在溶藻弧菌刺激前后马氏珠母贝足、外套膜、鳃、闭壳肌等8个组织中的表达变化。结果表明, PFCatL基因cDNA全长2004bp, 其中5′非编码区(5′-UTR)50bp, 3′非编码区(3′-UTR)865bp, 开放阅读框(ORF)1089bp, 编码362个氨基酸, 其分子量计算值(MW)为40.52kDa, 理论等电点(IP)为5.20; 生物信息学分析表明, PFCatL含有16个氨基酸残基组成的信号肽序列以及组织蛋白酶前体抑制功能域I29; Clustalw2多重比对发现PFCatL氨基酸序列在催化三联体Cys-His-Asn、底物结合位点以及二硫键形成相关的半胱氨酸残基位点高度保守; Real-time PCR研究发现, PFCatL在马氏珠母贝各组织中均有表达, 但各组织间的表达量存在差异, 其中以肾和闭壳肌中的表达量最高; 溶藻弧菌感染4h后, 外套膜、鳃以及血淋巴中PFCatL基因的表达较感染前显著上调。  相似文献   

青蛤(Cyclina sinensis)TLR2基因的克隆与表达分析   总被引：2，自引：2，他引：0  

任毅鹏  高晶  潘宝平  高虹  闫春财 《海洋与湖沼》2014,45(5):1037-1043

利用转录组文库分析得到青蛤(Cyclina sinensis)的Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)基因序列,采用荧光定量PCR法分析该基因的表达过程。结果显示,青蛤TLR2基因的cDNA开放阅读框为2082bp,编码693个氨基酸,具典型的LRRs、单次跨膜区和TIR结构域。该基因在血淋巴中的表达量最高,与肝脏、鳃、外套膜、闭壳肌和性腺有显著性差异(P0.05)。在鳗弧菌和Poly I:C刺激下,青蛤血淋巴中TLR2基因3h开始升高,48h达到最大值,与对照组和空白组有极显著性差异(P0.01);藤黄微球菌刺激下,血淋巴中CsTLR2基因3h开始升高,48h亦达到最大值,实验组与对照组有显著性差异(P0.05)。  相似文献   

基于SLD的IHO S‐52开源解决方案     

亢孟军  吴雨锟  张开硕  苏世亮  翁敏 《测绘地理信息》2022,47(1):120-123

  相似文献   

地名识别与匹配的概率统计方法     

肖计划 《测绘科学技术学报》2014,(4)

建立了一个试验用地名库和地理语料库,在此基础上构建对地名用字可信度的统计分析模型。通过分析地名在中文文档中的使用习惯和规律,总结出经常与地名一起使用的且具有地名指示含义的辅助字或词,以此为基础建立地名识别辅助词词库和地名识别的规则库。对地名库和地理语料库的用字进行统计分析,通过设定地名用字可信度概率阈值和辅助词指示作用对文本中潜在地名进行初步的筛选形成候选地名;在粗筛选产生的候选地名基础上结合地名识别规则进一步确认,以提高地名识别的准确率。  相似文献   

Intel MKL在Bernese GNSS数据处理中的应用     

孔垚  孙保琪  张小贞  王源昕 《大地测量与地球动力学》2020,40(7):736-740

为提高Bernese GNSS software数据处理效率，将英特尔数学核心函数库(math kernel library，MKL)应用于Bernese 精密定轨数据处理，对比分析多个MKL矩阵求逆函数与Bernese 原有程序的计算效率。使用2019-03全球200个测站北斗/GNSS数据进行实验分析，结果表明，采用参数预消除策略时，参数预消除步骤消耗时间明显大于矩阵求逆，使用MKL处理数据效率提升不明显；而未采用参数预消除策略时，使用MKL矩阵求逆函数可显著提高矩阵求逆效率，其中dpotri函数矩阵求逆计算效率最高，消耗时间平均值为133 s，相比Bernese 原有程序计算速度可提高13倍。  相似文献   

Cloning and Characterization of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase Encoding Gene in Gracilaria/Gracilariopsis lemaneiformis     

REN Xueying SUI Zhenghong ZHANG Xuecheng 《中国海洋大学学报(英文版)》2006,5(2):146-150

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase （GAPDH） plays important roles in various cellular processes. A cytosolic GAPDH encoding gene （gpd） of Gracilaria/Gracilariopsis lemaneiformis was cloned and characterized. Deduced amino acid sequence of the enzyme of G. lemaneiformis had high homology with those of seven red algae. The 5＇-untranslated regions of the GAPDHs encoding genes of these red algae varied greatly. GAPDHs of these red algae shared the highly conserved glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site ASCTTNCL. However, such active site of Cyanidium caldarium was different from those of the other six algae at the last two residues （CL to LF）, thus the spatial structure of its GAPDH active center may be different from those of the other six. Phylogenetic analysis indicated that GAPDH of G. lemaneiformis might have undergone an evolution similar to those of Porphyra yezoensis, Chondrus crispus, and Gracilaria verrucosa. C. caldarium had a closer evolutionary relationship with Cyanidioschyzon merolae than with Cyanidium sp. Virtual Northern blot analysis revealed that gpd of G. lemaneiformis expressed constitutively, which suggested that it might be house-keeping and could be adapted as an inner control in gene expression analysis of G. lemaneiformis.  相似文献   

知识经济时代图书馆人力资源的开发与管理     

李春芳 《成都信息工程学院学报》2005,20(3):354-357

在知识经济条件下，如何提高图书馆人力资源开发与管理的质量，调动广大图书工作者的积极性发挥他们的创造力，将直接影响到图书馆的发展和服务能力。  相似文献