Construction of two selectable markers for integrative/conjugative plasmids in Flavobacterium columnare     

�Ž�  �޺�  ������  �Ʊ�  ���  ������  ��Ʒ 《中国海洋湖沼学报》2012,30(2):269-278

Flavobacterium columnare, the etiological agent of columnaris disease, is one of the most important and widespread bacterial pathogens of freshwater fish. In this study, we constructed two artificial selectable markers (chloramphenicol and spectinomycin resistance) for gene transfer in F. columnare. These two new artificial selectable markers, which were created by placing the chloramphenicol or spectinomycin resistance gene under the control of the native acs regulatory region of F. columnare, were functional in both F. columnare and Escherichia coli. The integrative/conjugative plasmids constructed by using these markers were introduced into F. columnare G4 via electroporation or conjugation. The integrated plasmid DNA was confirmed by Southern blotting and PCR analysis. These two markers can be employed in future investigations into gene deletion and the pathogenicity of virulence factors in F. columnare.  相似文献   

Single nucleotide polymorphisms in intron 1 and intron 2 of Larimichthys crocea growth hormone gene are correlated with growth traits   总被引：1，自引：0，他引：1  

�߾�  �ȷ�  �����  �춬��  �İ���  ��־�  ������  ����� 《中国海洋湖沼学报》2012,30(2):279-285

The growth hormone gene (GH) affects animal growth and is a potential target for genetic studies of variation related to growth traits. In this study, we analyzed single nucleotide polymorphisms (SNPs) in GH intron regions and their associations with growth traits in large yellow croaker, Larimichthys crocea, from Zhejiang and Fujian stocks. The results of PCR-single strand conformation polymorphism showed two haplotypes of intron 1, named AA and AB genotypes, in Zhejiang stock. AB exhibited an SNP at position 196 (G A) that was negatively correlated with body height and positively correlated with standard length/body height (P 0.05). Two different genotypes, CC and CD, were identified in intron 2 in Fujian stock, with CD showing an SNP at position 692 (T C). The CD genotype had a significantly positive correlation with both weight and total length (P 0.01). These basic data highlight the potential for using GH as a genetic marker of fish growth in marker assisted selection.  相似文献   

Combining echo sounding,sediment and biological data to map benthic habitats in a coastal area of the Persian Gulf     

Mahsa Haghi  Ahmad Savari  Preeta Kochanian  Mohammad Bagher Nabavi  Mohammad Hasan Nami  Mohammad Zakeri  Mohammad Bodaghi 《Marine Ecology》2012,33(4):460-469

Mapping surveys of coastal benthic habitat in Qeshm Island Geopark, Persian Gulf, were conducted using a combination of biological, sedimentological and echo‐sounding data. The survey area covered approximately 233 km² in a depth range of 5–25 m, and the data were acquired from a single beam echo sounder, grab, video and still photography. Sediment and macrofauna samples were collected by grab at 76 stations and subjected to classification and ordination analyses. Two acoustic classes were identified differentiating along the near/offshore axis. Sediment texture was dominated by fine grain sizes, with five distinct sub‐sediment types. In total, 214 macrobenthic taxa were identified, of which polychaetes accounted for 60%. Other dominant groups included young sponges, nematodes, malacostracan crustacean, bivalves, ostracods and ophiuroids. Underwater videos and still photos integrated the macrofaunal and sedimentary data and revealed a range of biogenic sedimentary features such as burrows and tubes. The biological data identified six main biological assemblages showing an inshore/offshore pattern. The macrobenthic abundance did not demonstrate a significant difference with depth, although polychaetes were positively correlated with depth. The highest abundance and species richness were observed at median depths. Species distribution and diversity did not show any correlation with sediment type. A preliminary habitat mapping of the south coast of the Qeshm Island Geopark has been carried out, integrating acoustic, sediment and biological data.  相似文献   

日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣  李晓  徐启华 《海洋学报》2012,34(5):147-153

首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487 bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700 bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。  相似文献   

雨生红球藻铁型超氧化物酶基因的克隆与序列分析     

樊寅卯  张蕾  秦松  严小军 《海洋科学》2012,36(4):79-85

利用已报道的FeSOD保守区域,设计简并引物,通过简并PCR的方法获得了雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)FeSOD(HpFeSOD)cDNA的部分序列,然后采用RACE方法分别克隆到5′端和3′端。拼接后得到HpFeSOD cDNA全长,该基因全长为1 138 bp,ORF为684 bp,编码227个氨基酸。把已经得到的HpFeSOD序列推导成氨基酸序列与一些已知物种的FeSOD氨基酸序列相比较,雨生红球藻FeSOD与杜氏藻、衣藻、团藻、石莼、颤藻的同源性为89%、83%、78%、70%和63%。分子系统学分析表明,雨生红球藻FeSOD与杜氏藻FeSOD聚在一起,介于真菌与高等植物之间并且真核微藻FeSOD与高等植物的同源性更高,推测其在进化上与高等植物的亲源关系更近。  相似文献   

对虾白斑综合症病毒vp15基因的RNA干扰研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

张衡  谷力  杨丰 《台湾海峡》2012,31(1):47-52

VP15是对虾白斑综合症病毒(WSSV)的一种核衣壳蛋白,以往的研究表明VP15属DNA结合蛋白,具有潜在的浓缩包装病毒基因组的功能.利用RNAi技术将vp15基因沉默,来研究vp15基因沉默后对WSSV增殖及结构的影响.体外合成了vp15基因的特异双链RNA(vp15-dsRNA)和非特异双链RNA(gfp-dsRNA),分别与WSSV混合共注射淡水原克氏螯虾.在感染后24、36、48 h,每个实验组分别取病虾步足肌肉,样品用Trizol试剂盒提取RNA用于RT-PCR检测、用病毒检测试剂盒提取DNA模板用于荧光定量PCR分析.另外每组随机选取1只虾,取中肠,用于树脂包埋组织超薄切片分析.逆转录PCR分析结果显示vp15-dsRNA能特异性敲除vp15基因转录表达,实时荧光定量PCR分析结果显示vp15-dsRNA干扰vp15基因的表达能有效抑制WSSV病毒粒子的增值.此外,利用树脂包埋组织超薄切片电子显微镜技术观察发现vp15基因被干扰后病毒粒子数量上明显降低并且引起病毒粒子包装异常.通过vp15基因特异dsRNA干扰,有效抑制了WSSV病毒增殖,此外进一步阐明VP15蛋白的功能及其在病毒组装方面的重要作用,对进一步了解病毒组装以及病毒防治具有重要的意义.  相似文献   

鸭绿江口浮游植物群落特征及与环境因子的关系     

张晓举  温若冰  于海洋 《海洋科学》2012,36(11):19-23

于2009年3月对鸭绿江河口进行了10个站的浮游植物生态调查,分析了该海域浮游植物的种类组成、优势种类、群落结构以及水平分布等特征参数.本次调查共鉴定浮游植物48种,其中硅藻种类最多,达41种,甲藻其次,为6种,金藻1种.浮游植物可划分为广温类群、暖水类群和暖温类群3个生态类群,以广温类群为主.浮游植物细胞数量平均4.67×108个/m3,细胞数量自河口向外海逐渐降低.其中,中肋骨条藻(Skeletonema costatum)占据绝对优势.浮游植物群落优势种单一且优势度较大,群落结构相对简单.相关性分析表明温度和盐度是浮游植物细胞数量的主要限制性因子.浮游植物数量受鸭绿江径流的影响较大.  相似文献   

荣成湾孔鳐群体线粒体DNA cytb部分序列的遗传多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘梦侠  王丽娟  孔令怡  刘洪军  吴志昊  辛梦娇  张伟  尤锋 《海洋科学》2012,36(10):85-92

对2009 年和2011 年采自荣成湾的孔鳐(Raja porosa)群体共54 尾鱼的线粒体DNA 细胞色素b基因(cytb)部分序列进行测定, 以分析其遗传多样性和群体遗传结构。结果显示, 在所获得的782 bp 序列中, 共检测到11 个单倍型、15 个多态位点, 其单倍型多样性指数(H)为0.498±0.081, 核苷酸多样性指数(π)为0.0018±0.0005, 遗传多样性水平较低。其中, 2009 年样品检测到3 种单倍型、4 个单一变异位点, 其H 和π 值分别为0.378±0.181 和0.0010±0.0006; 2011 年样品检测到9 种单倍型、6 个单一变异位点和6 个简约信息位点, 其H 和π 值分别为0.352±0.086 和0.0020±0.0006。分子方差分析(AMOVA)分析显示它们的遗传变异主要集中在同年度个体间(98.22%), 而不同年度个体间的遗传变异远远小于同年度内个体间的变异。Kimura’s 2-parameter 模型分析得到的2009, 2011 年度孔鳐间的遗传距离为0.0013, 遗传分化系数为0.01778, 也表明2009 年和2011 年孔鳐的遗传分化程度低, 没有明显的遗传变异。中性检验表明, 荣成湾孔鳐群体可能发生过种群扩张。  相似文献   

福建近海2个鮐鱼群体遗传结构与遗传多样性分析     

牛素芳  苏永全  钟声平  曾凡荣  王军 《台湾海峡》2012,31(4):509-516

测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因.  相似文献   

2009年春季诏安湾口海域游泳动物的种类组成和多样性     

刘勇  马超  张澄茂 《台湾海峡》2012,31(4):517-522

根据2009年5月单船底层拖网和定置三重刺网作业调查资料,分析研究了诏安湾口海域春季游泳动物的种类组成、生物密度指数分布及种类多样性等.结果表明：调查海域游泳动物有48种,其中鱼类为26种,占54.2%;甲壳类为16种,占33.3%;头足类为6种,占12.5%.相对重要性指数（IRI）大于500的有4种,分别为多鳞鱚（Sillago sihama）、白姑鱼（Argyrosomus argentatus）、日本蟳（Charybdis japonica）、哈氏仿对虾（Parapenaeopsis hardwickii）;种类丰富度指数范围为1.412～3.419,平均值为2.291;Shannon-wiener多样度指数范围为0.800～2.264,平均值为1.568;种类均匀度指数范围为0.411～0.836,平均值为0.659.总体来看,诏安湾口海域生物量处于较低水平,需要开展增殖放流,通过海洋牧场与人工鱼礁建设,以逐步恢复渔业资源.  相似文献