基于转录组测序技术对调控毕加索小丑鱼(Picasso clownfish)白化体征关键基因的研究     

何丽斌  黄镇  吴水清  郑乐云 《海洋学报》2022,44(2):67-76

毕加索小丑鱼(Picasso clownfish)因其皮肤中的白色斑块分布杂乱抽象而得名,同时也由于其白色斑块的形成无规律性和稀缺性,属于名贵的小丑鱼,因此,解析毕加索小丑鱼的皮肤白斑形成机制,可以为毕加索小丑鱼的人工育种提供理论依据.在本研究中,我们对3种体色毕加索小丑鱼的背鳍和臀鳍之间的身体相同部位3种色块(黑色、...  相似文献   

海藻中类胡萝卜素的提取及含量测定     

严小军  范晓  娄清香  刘晓妹  崔玉军  吴真真  陆茂荪 《海洋科学集刊》2001,(43):108-114

许多研究已经表明，类胡萝卜素是分布最广泛、最重要的一类光辅助合成色素。类胡萝卜素具有多种生物学功能：作为化学保护剂可抵抗由植物自身叶绿素的光敏氧化作用引起的有害作用，给人体补充β-胡萝卜素可有效降低心血管疾病和癌症的发生概率，高摄入富含类胡萝卜素的饮食和降低白内障发生的危险之间有重要联系(Bendich，1993)。海藻中含有丰富的类胡萝卜素，从结构类型说，通常可以分为三类：胡萝卜素、叶黄素和类胡萝卜素酸。海藻中还含有多种特有的类胡萝卜素，如褐藻黄素、甲藻黄素、硅藻黄素等。直到目前为止，海藻中类胡萝卜素的组成与生理学功能尚没有明确的结论，因而对我国丰富的海藻资源中的类胡萝卜素进行较为系统和全面的化学及生物活性研究已成为摆在我们面前的一个重要课题。本研究选取我国青岛海滨三类大型经济海藻——红、绿、褐藻中资源量丰富的代表性种类作为实验材料，较系统地测定了其中类胡萝卜素的含量，并运用经典的柱层析法对各类胡萝卜素组分进行了分离，通过薄层分析和可见光谱扫描对各分离组分进行了定性、定量分析。  相似文献   

Taguchi design-based seismic reliability analysis of geostructures     

M. A. Hariri-Ardebili  P. Boodagh 《Georisk: Assessment and Management of Risk for Engineered Systems and Geohazards》2019,13(1):34-52

This paper presents a methodology to evaluate the seismic reliability of geostructures in an optimal way. Taguchi design of experiments are adopted to find the most efficient and cost-effective combination of material properties in the uncertainty domain. Twelve uniform and mixed design models are tested. A polynomial-based response surface meta-model is built for each one and the accuracy of perdition is examined using 10,000 Monte Carlo simulations. A two-dimensional gravity dam is used as a vehicle for probabilistic transient analyses. The ground motion record-to-record variability is added as well using over one hundred earthquake records selected based on probabilistic seismic hazard analysis. Dynamic sensitivity of epistemic random variables are evaluated for the first time. Finally, an efficient and practical procedure is proposed in order to determine the reliability index of the geostructures. This approach, in fact, can be generalised for any type of engineering structures dealing with multi-hazard problems.  相似文献   

倒立水母Cassiopea andromeda 的POU、Hox基因家族的多样性及系统发育分析          下载免费PDF全文

陈依婧  郑森林  彭胜蓝  林茂  付腾苇 《应用海洋学学报》2021,40(4):587-596

与其他钵水母相比,倒立水母具有独特行为：在生命周期的大部分时间里,它都在海底呈倒立附着、“睡眠”的状态。为探索与这一独特行为相关的遗传信息,本研究对安朵仙水母(Cassiopea andromeda)和同属于钵水母纲的海蜇(Rhopilema esculentum)、巴布亚硝水母(Mastigias papua)进行首次全基因组测序、拼接和注释,并重点分析了这3种钵水母与感觉功能、神经系统发育相关的重要转录调节因子Hox和POU基因家族的多样性与系统发育关系。遗传分析显示,刺胞动物门中Hox和POU基因家族具有明显的物种间差异性。对Hox基因的分析首次发现钵水母及水螅(Hydra vulgaris)的“前段Hox基因”产生了部分缺失,并进一步印证了刺胞动物不存在“中段Hox基因”的假说。安朵仙水母和海蜇具有相对全面的ParaHox基因种类,即GSX和XLOX/CDX基因,而巴布亚硝水母只有GSX基因。在POU基因多样性方面,安朵仙水母、海蜇、星状海葵(Nematostella vectensis)的基因组具有全部4类POU,而巴布亚硝水母、海月水母(Aurelia aurita)、水螅只有2类POU。在本研究分析的刺胞动物中,安朵仙水母的POU-1,-6亚型的核苷酸多态性最高;安朵仙水母与指形鹿角珊瑚(Acropora digitifera)、星状海葵的POU-2/3/5亚型的序列多样性较其他钵水母更高。另外,3种钵水母与水螅粘附蛋白的比较结果表明,安朵仙水母具有巴布亚硝水母和海蜇所不具有的粘附相关鼠李糖结合凝集素和一类抗氧化活性物质铁螯合物还原酶。综上所述,安朵仙水母具有更多POU编码基因和复杂POU亚型,以及具有粘附相关凝集素和还原酶的编码基因,可能是与安朵仙水母倒立附着生活方式相关的关键遗传信息。  相似文献   

黄条(鰤)(Seriola aureovittata)MyHC基因克隆及其在早期发育阶段表达研究     

史宝  孙冉冉  柳学周  徐永江  姜燕  王滨  张正荣 《海洋与湖沼》2020,51(2):422-432

为解析肌球蛋白重链(MyHC)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制,本研究采用RACE技术,克隆了黄条鰤MyHC基因全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对MyHC在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的表达特征进行了研究。结果表明:黄条鰤MyHC基因全长为6143bp,开放阅读框为5811bp,编码了1936个氨基酸,由3个保守结构域组成即MYSc-classⅡ、Myosin taill和SH3;系统进化树分析显示黄条鰤MyHC与高体鰤进化关系最近。qRT-PCR分析发现黄条鰤MyHC在各组织中均有表达,但在肌肉中表达量最高(P0.05);随着黄条鰤胚胎发育的进行,MyHC在16细胞期之前表达量较高,在胚体下包2/3时期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P0.05:);在仔稚幼鱼发育阶段,MyHC在孵化后20d后表达量显著升高,30d表达水平达到峰值(P0.05),随后的35d到40d表达水平略有下降但仍保持较高表达趋势,黄条鰤MyHC表达具有发育阶段表达的特异性。MyHC表达特征揭示其参与了调控黄条鰤的早期生长发育。  相似文献   

利用扩增vvhA基因的环介导等温扩增技术快速，特异而敏感地检测创伤弧菌     

张丽娜  王明义  丛殿霞  丁淑研  丛日楠  岳进勇  耿建利  胡成进 《海洋学报(英文版)》2018,37(4):83-88

创伤弧菌是一种可感染人类的河口病原菌。建立快速，特异而敏感的检测方法，有助于创伤弧菌感染的早期疾病诊断和及时治疗。本研究设计了针对vvhA基因的一系列引物（包括两对外部引物和两对内部引物），采用环介导等温扩增技术（LAMP）来检测创伤弧菌。结果显示，本方法的最适扩增温度是63℃，反应仅需35分钟。扩增产物不仅可以用含有DNA ladder的琼脂糖凝胶电泳检出，也可借助钙黄绿素直接肉眼观察。采用45株菌株检测该方法的特异性，其中所有创伤弧菌均被检出而其他菌株检测结果皆为阴性。本方法的敏感性是普通PCR扩增的100倍，同时利用该方法可以准确检测出所有的模拟样品、临床标本及环境样品。与其他已知方法比较，针对vvhA基因的介导等温扩增技术可以快速、简单、敏感及特异地鉴定创伤弧菌。  相似文献   

地表组合粗糙度不确定性引起的SAR反演土壤水分的不确定性分析     

陈鲁皖  韩玲  王文娟  秦小宝 《地球信息科学学报》2018,20(1):108-118

地表粗糙度的不确定性是引起SAR土壤水分反演结果不确定性的主要因素,现有研究大多着重于研究单个粗糙度参数（主要是相关长度）的不确定性,直接研究地表组合粗糙度不确定性的较少。本文使用偏度、峰度和四分位距3个指标来量化不确定性,通过在组合粗糙度中加入不同量级高斯噪声进行随机扰动的方法,研究组合粗糙度不确定性在反演过程中的传递,并对反演土壤水分的不确定性进行定量分析。进一步研究反演土壤水分的均方根误差对组合粗糙度不同比例误差范围的响应特征,得到满足反演精度要求的组合粗糙度误差控制范围。样区的实验分析结果表明：组合粗糙度高斯噪声标准差在0-0.045之间时,峰度取值从-0.1984到1.2501,偏度取值从0.0191到0.6791,四分位距取值从0.0018到0.0167,3个量化指标都随组合粗糙度高斯噪声量级的增大而增大,土壤水分反演值有集中在众数附近的趋势,土壤水分低估倾向比高估倾向更明显;本文提出的组合粗糙度误差控制范围可满足反演精度要求,误差控制范围与入射角负相关。  相似文献   

虾夷扇贝TET基因在配子发生和早期发育中的表达模式     

李仰平  张玲玲  李若佼  刘甜  郭振义  李婉茹  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(4):54-62

DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。  相似文献   

青蛤(Cyclina sinensis)IKK基因的克隆及其在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激下的表达分析     

侯梓园  高姗  潘宝平  闫春财 《海洋与湖沼》2019,50(2):437-442

利用构建的青蛤(Cyclina sinensis)转录组文库,筛选到青蛤IKK基因的类似序列。经设计引物克隆比对后确认为CsIKK基因。利用生物信息学软件在线对该基因进行结构分析。采用PCR技术克隆基因,并使用实时荧光定量PCR技术克隆得到CsIKK基因在青蛤五个不同组织中的表达情况及在鳗弧菌(Vibrioanguillarum)的刺激下IKK基因在青蛤血淋巴中的时序性表达情况。综合结果得到, CsIKK基因序列开放阅读框长2298bp,编码765个氨基酸。IKK基因在青蛤的血淋巴、外套膜、闭壳肌、肝脏、性腺和鳃六个组织中均表达,在血淋巴中表达量最高。青蛤IKK基因在鳗弧菌胁迫下表达量在6h时达到最大值,与对照组相比差异极显著(P0.01),表明该基因所指导的蛋白是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。  相似文献   

合浦珠母贝丝氨酸蛋白酶抑制因子基因pfser1克隆与表达     

陈爽  梁健  张荣庆 《广东海洋大学学报》2020,(1):1-7

【目的】克隆合浦珠母贝(Pinctada fucata)丝氨酸蛋白酶抑制因子pfser1基因,探讨该基因的组织表达及其在天然免疫过程中的作用,以及与生物矿化过程的关系。【方法】通过RACE技术获得pfser1基因的全长,通过生物信息学分析其序列结构特征,利用实时荧光定量PCR方法检测pfser1基因在不同组织中的表达,检测健康合浦珠母贝在被大肠杆菌(Escherichia coli)MG1655刺激后和在贝壳损伤修复实验中pfser1基因表达量的变化。【结果】合浦珠母贝pfser1基因cDNA全长为1240 bp,包含1035 bp的开放阅读框(ORF),编码344个氨基酸,氨基酸序列的功能结构域含有丝氨酸蛋白酶抑制因子Serpin家族保守结构域。pfser1基因在合浦珠母贝各个组织中均有表达,在外套膜边缘膜中表达量最高;大肠杆菌MG1655刺激后,该基因表达量显著升高;在贝壳损伤修复过程中,pfser1基因表达先升高后受到抑制。【结论】pfser1基因所表达的蛋白参与了合浦珠母贝的天然免疫应答过程,并与生物矿化过程有一定关系。  相似文献