棘皮动物线粒体基因组的基因重排、分子标记及系统发生分析     

申欣  田美  孟学平  程汉良  阎斌伦 《海洋学报》2013,35(5):137-146

棘皮动物(echinoderms)是海洋生境中所特有的无脊椎动物重要类群,本文全面比较分析了棘皮动物29个物种的线粒体全基因组。线粒体基因组主编码基因的分析结果显示,海胆纲Echinoidea和海参纲Holothuroidea物种的基因排列完全相同;海星纲Asteroidea物种之间的基因排列也完全相同,然而与海胆纲、海参纲相比,存在一个长片段的倒位。海百合纲Crinoidea的栉羽星Phanogenia gracilis和花形羽枝Florometra serratissima主编码基因的基因排列完全相同,地中海海羊齿和海百合Neogymnocrinus richeri与此相比,均存在一个蛋白质编码基因(nad4L)的易位。蛇尾纲Ophiuroidea真蛇尾目Ophiurida的3个科(阳遂足科Amphiuridae、辐蛇尾科Ophiactidae和栉蛇尾科Ophiocomidae)主编码基因的基因排列完全相同,而同属于真蛇尾目,另外一个科(真蛇尾科Ophiuridae)的白色真蛇尾Ophiura albida和灰色真蛇尾Ophiura lutkeni,与同目的前3个科相比,存在3个蛋白质编码基因(nad1、nad2和cob)的倒位。蛇尾纲蔓蛇尾目Euryalida的海盘Astrospartus mediterraneus,与真蛇尾目5个线粒体基因组相比,存在主编码基因的重排。棘皮动物线粒体单基因的变异位点特征显示,nad5、nad4和nad2基因是理想的分子标记基因。基于29个线粒体基因组的氨基酸序列,通过两种方法(邻接法和最大似然法)所构建系统发生树的拓扑结构完全一致。支持其下分的5个纲(蛇尾纲、海参纲、海胆纲、海星纲和海百合纲)均为单系群。线粒体基因组的数据支持棘皮动物动物在纲层次的亲缘关系为:(((海胆纲+海星纲)+海参纲)+蛇尾纲)+海百合纲,海百合纲作为棘皮动物中最为古老的类群,位于系统发生树的根部。基于线粒体基因组构建的系统发生树,支持所有的科均为单系群;综合系统发生树及主编码基因的基因重排分析,均支持真蛇尾目并非单系发生,真蛇尾目的有效性还值得今后深入研究。  相似文献   

人工诱导栉孔扇贝雌核发育胚胎的SNP标记分析     

陈亮  赵柏淞  李玲  商文聪  胡晓丽  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(2)

利用紫外线照射灭活的同源精子,激活栉孔扇贝(Chlamys farreri)卵子分裂,获得雌核发育胚胎,流式细胞仪检测胚胎细胞平均单倍体率为82.5%。对获得的胚胎进行全基因组扩增,获得足量的基因分型模板,利用高分辨率溶解曲线(HRM)技术对其进行96个单核苷酸多态性(SNP)位点分型。结果显示,诱导雌核发育胚胎的位点检出率为96.27%,其中99.06%的位点分型结果与相应雌性亲本相符;单个胚胎中只表现一种等位形式的位点占91.67%~96.88%,平均为94.81%,较雌性亲本的纯合位点比例(64.25%)明显提高。本研究利用灭活同源精子诱导获得栉孔扇贝雌核发育胚胎,并利用单个胚胎的全基因组扩增产物进行基因位点分析,为扇贝人工诱导雌核发育个体的早期多基因位点检测和评价提供参考。  相似文献   

杂色龙虾线粒体基因组全序列的测定与分析     

刘皓  姚维  刘海情  刘楚吾  刘丽 《海洋科学》2014,38(11):16-23

为了解杂色龙虾(Panulirus versicolor)线粒体基因组多态位点及遗传变异,对龙虾类的分类研究奠定基础,作者通过常规PCR步移扩增法获得杂色龙虾线的线粒体基因组全序列,分析了其线粒体基因组的基本特征以及基因排列情况,并结合中国龙虾(Panulirus stimposni)、波纹龙虾(Panulirus homarus)线粒体基因组全序列,综合分析了龙虾属线粒体编码基因多态位点及基因变异状况。结果表明:杂色龙虾线粒体基因组全序列为15 700 bp,由13个蛋白质编码基因、22个t RNA基因、2个r RNA基因和D-loop区组成,保持了泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列。杂色龙虾线粒体DNA的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量为67%,4种碱基的含量分别为(A=34.6%,T=32.1%,C=20.5%,G=12.8%)。预测了杂色龙虾18个t RNA以及2个r RNA的二级结构。龙虾属线粒体基因组中的nad 2、nad 5基因以及D-loop区的多态位点比例较高,适合作为分子标记用于龙虾类系统进化关系、种内多态性以及遗传分化等方面的研究。  相似文献   

“平、剖面三维联动编辑”的实现途径     

李青元  张威  周顺  宋博辇  魏新永 《中国煤炭地质》2014,(1):67-72

基于对平、剖面三维联动编辑的概念、动因的探讨及相关研究成果的认识,提出了平、剖面三维联动编辑的几何原理与实现途径,如:地质曲面的表达、基于等高线的曲面构建、剖面图的构建、以及平面图与剖面图的联动修改方法。并对三维地质建模的需求、矿产资源勘探应提交的三维地质模型、三维地质建模的数据标准以及广义的三维联动编辑等问题进行了延伸讨论。认为平、剖面三维联动编辑可能成为三维建模软件推广应用中的"杀手级应用"。  相似文献   

基于要素服务的地图在线编辑系统设计与实现     

吕宏伟  杜清运  任福 《测绘软科学研究》2014,(4):49-53

针对空间信息平台用户对空间数据的上传、下载、发布和在线编辑的需求,设计实现了基于ArcGIS Server要素服务和Flex的具有地图数据在线编辑功能的Web GIS系统。本系统应用RIA技术,实现了空间与属性数据的在线编辑,符号在线编辑和用户数据管理等,用户体验上也得到很大提升。通过工程化的设计实现,能够满足＂平台＂跨部门多应用主体的实际需求。  相似文献   

地理国情普查要素采集要求在生产自查中的应用     

房文艳  王德义  刘红丽 《东北测绘》2014,(6):75-77

地理国情普查是一项重大的国情国力调查,应综合考虑各个行业的需求。本文结合地理国情普查内容及要求,对生产作业过程中自查内容及注意事项作出分析总结,进行指导讲解。  相似文献   

倒立水母Cassiopea andromeda 的POU、Hox基因家族的多样性及系统发育分析          下载免费PDF全文

陈依婧  郑森林  彭胜蓝  林茂  付腾苇 《应用海洋学学报》2021,40(4):587-596

与其他钵水母相比,倒立水母具有独特行为：在生命周期的大部分时间里,它都在海底呈倒立附着、“睡眠”的状态。为探索与这一独特行为相关的遗传信息,本研究对安朵仙水母(Cassiopea andromeda)和同属于钵水母纲的海蜇(Rhopilema esculentum)、巴布亚硝水母(Mastigias papua)进行首次全基因组测序、拼接和注释,并重点分析了这3种钵水母与感觉功能、神经系统发育相关的重要转录调节因子Hox和POU基因家族的多样性与系统发育关系。遗传分析显示,刺胞动物门中Hox和POU基因家族具有明显的物种间差异性。对Hox基因的分析首次发现钵水母及水螅(Hydra vulgaris)的“前段Hox基因”产生了部分缺失,并进一步印证了刺胞动物不存在“中段Hox基因”的假说。安朵仙水母和海蜇具有相对全面的ParaHox基因种类,即GSX和XLOX/CDX基因,而巴布亚硝水母只有GSX基因。在POU基因多样性方面,安朵仙水母、海蜇、星状海葵(Nematostella vectensis)的基因组具有全部4类POU,而巴布亚硝水母、海月水母(Aurelia aurita)、水螅只有2类POU。在本研究分析的刺胞动物中,安朵仙水母的POU-1,-6亚型的核苷酸多态性最高;安朵仙水母与指形鹿角珊瑚(Acropora digitifera)、星状海葵的POU-2/3/5亚型的序列多样性较其他钵水母更高。另外,3种钵水母与水螅粘附蛋白的比较结果表明,安朵仙水母具有巴布亚硝水母和海蜇所不具有的粘附相关鼠李糖结合凝集素和一类抗氧化活性物质铁螯合物还原酶。综上所述,安朵仙水母具有更多POU编码基因和复杂POU亚型,以及具有粘附相关凝集素和还原酶的编码基因,可能是与安朵仙水母倒立附着生活方式相关的关键遗传信息。  相似文献   

基于ArcGIS Runtime SDK for Android离线编辑关键技术应用研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

任思思  张禹  郑磊  周亮 《测绘与空间地理信息》2017,40(7)

近年来,传统的外业调绘模式逐渐向内外业一体化模式转变。本文以地理国情内外业一体化系统为依托,重点研究了ESRI的离线编辑关键技术,介绍了基于ArcGIS Runtime SDK for Android实现的离线编辑功能,以面修形算法为例,在细粒度的几何编辑基础上实现了常见的外业编辑业务。  相似文献   

湖南省传统聚落景观基因组图谱的空间形态与结构特征   总被引：4，自引：2，他引：2  

胡最  郑文武  刘沛林  刘晓燕 《地理学报》2018,73(2):317-332

传统聚落保有显著的价值,深入开展相关研究有利于促进经济社会的可持续发展和新型城镇化战略的实施。结合传统聚落景观基因组图谱,本文探讨了湖南省传统聚落景观的空间形态与结构特征。首先,根据传统聚落景观基因组的空间排列特征将湖南省传统聚落的空间形态归结为向心圆环式、扇形扩张式、多向扩张式、条带式、离散式和组团式等5种基本类型,并进一步归纳了各种形态类型的特征。其次,运用空间句法理论,通过构建传统聚落景观基因组的空间轴线模型,系统地剖析了湖南省传统聚落景观的空间结构特征,发现湖南省传统聚落的空间结构具有对称和平行等鲜明的几何特征,存在着“界域”和“街—巷—码头”等典型结构,还具有典型的风水意象特征。因此,结合传统聚落景观基因组图谱从地理学的视角揭示传统聚落的地学特征,有利于完善传统聚落景观基因理论,深化对传统聚落的认识,促进相关保护工作。  相似文献   

基于MICAPS4的智能网格预报平台设计与实现          下载免费PDF全文

贺雅楠  高嵩  薛峰  赵声蓉  刘铭  胡皓  魏涛 《应用气象学报》2018,29(1):13-24

随着我国智能网格预报业务的开展,海量高分辨率客观数据需要便捷的分析显示及产品制作平台高效处理。该文基于MICAPS4（Meteorological Information Comprehensive Analysis and Processing System Version 4.0,人机交互气象信息处理和天气预报制作系统）设计并实现智能网格预报平台,采用MVVM（模型-视图-视图模型,model-view-viewmodel）设计模式,实现业务逻辑与视图的分离,通过对各子功能模块的划分,降低模块之间的耦合度,具有良好的可扩展性。平台实现了高分辨率网格预报数据的显示分析和产品输出,开发了基于等值线、网格、关键点等智能化预报制作工具,集成了降水时间拆分、温度极值订正等客观预报方法,开发了降水、温度、相对湿度等要素一致性处理方法,可有效帮助预报员提高工作效率,同时能够确保产品之间的一致性。平台继承MICAPS4的微内核组件服务、高性能渲染引擎和开放式插件扩展管理等优良特性,实现面向智能网格预报的业务编排、智能编辑和算法集成。目前,该平台已经实现业务应用,为全国智能网格预报业务提供重要支撑。  相似文献