马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析     

王忠良  丁燏  许尤厚  王蓓  张健东 《海洋与湖沼》2018,49(2):403-412

本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平均发生频率约为1个SNP/100bp;转换SNP数目与颠换SNP数目比值约为0.5,与理论比率相符;而6种单核苷酸变异类型中,以A/T颠换SNP最多。SNP-unigene功能注释分析表明,30376条unigenes(44.91%)匹配到GO分类条目;18150条unigenes(26.84%)获得COG注释信息,并以"一般功能预测"类最多;10981条unigenes(16.24%)富集到32条KEGG子集,其中以"信号转导"子集中富集的SNP-unigene最多。进一步富集分析显示629个SNP-unigenes注释到"Platelet activation"等多条免疫防御相关信号通路中;同时,根据SNP位点分布情况筛选到123个溶藻弧菌感染前、后转录组中特异分布的免疫防御相关候选SNP位点。基于标准化的基因表达水平分析,在17个差异表达免疫防御相关基因中共检测到1594个SNP位点。  相似文献   

大刺鳅(Mastacembelus armatus)二、三、四碱基重复微卫星标记的筛选和特征分析     

房祖业  陈晓东  吴咏诗  谭洁瑢  张玮恩  王正宇  林婷婷  查广才  舒琥 《海洋与湖沼》2018,49(1):174-182

对大刺鳅(Mastacembelus armatus)进行简化基因组测序,开发二、三、四碱基重复类型的微卫星引物共105对(重复次数≥6),其中可稳定扩增的引物有50对(47.6%),通过多态性分析,发现有38个微卫星位点表现出多态性,从中随机选取三种重复类型微卫星各10对对北江群体进行遗传多样性分析,及各6对对澜沧江大刺鳅群体进行遗传多样性分析。结果显示,(1)在大刺鳅中二碱基重复微卫星位点筛选效率为50%,而三、四碱基重复的筛选效率分别为31.1%、35%。(2)北江群体的平均多态信息含量为0.649,比澜沧江群体(0.572)高,30个微卫星位点在北江群体中共检到235个等位基因,且93.3%的引物表现为高度多态水平,18个微卫星位点在澜沧江群体中共检到120个等位基因,66.7%的引物表现为高度多态水平。(3)二碱基重复的微卫星标记在两个野生群体检出的五项多态性指标高于三、四碱基重复。结果表明,二碱基重复的微卫星比三四碱基重复的微卫星具有更高的筛选效率和多态性,北江群体的遗传多样性比澜沧江群体高,本研究所筛选的引物可以应用于群体间遗传多样性分析和遗传图谱的构建,以及亲缘关系的鉴定等方面,为大刺鳅种质资源保护研究奠定分子基础。  相似文献   

长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发     

王绍宗  李莉  亓海刚  张国范 《海洋与湖沼》2010,41(2):274-281

利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。  相似文献   

雌性虾夷扇贝与雄性栉孔扇贝杂交子代及其亲本的核型研究   总被引：5，自引：0，他引：5  

赵洋  包振民  毕克  黄晓婷  王珏  胡景杰  杨爱国 《海洋学报》2006,28(1):100-105

采用滴片法制片-吉姆萨染色对雌性虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)与雄性栉孔扇贝(Chla-mysfarreri)杂交子代及其双亲的核型进行了研究,报道了在扇贝杂交过程中产生的特殊的细胞遗传学现象,结果表明,栉孔扇贝染色体核型2n=38=6m+10sm+22st;虾夷扇贝染色体核型2n=38=6m+10sm+16st+6t;两者杂交子代染色体数目2n=38,但其染色体组型不符合预期型,不是简单地由两个亲本各自一套染色体组型组合而成,呈现出复杂的形态多态性,端部着丝点染色体明显增多.  相似文献   

漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)养殖群体微卫星座位遗传多态性的分析   总被引：5，自引：0，他引：5  

尤锋  王伟  吴志昊  徐冬冬  许建和  倪静  孙威  张培军  徐永立  杨学宋  孙寿科 《海洋科学进展》2006,24(2):195-202

为了解漠斑牙鲆群体的遗传背景,并为漠斑牙鲆人工养殖业健康和可持续发展提供理论依据,利用筛选获得的10对微卫星引物对漠斑牙鲆(Paralichthys lethostigma)养殖群体进行了群体遗传学分析。该群体等位基因平均数为4.0,平均杂合度为0.597 7。各多态座位的有效等位基因数则为1.7~4.1,多态座位杂合度的观察值为0.291 7~0.958 3,无偏倚期望值范围为0.405 3~0.755 3,Hardy-Weinberg遗传偏离指数为-0.451 7~0.346 6。每个座位上的多态信息含量为0.353~0.746,个体识别率为0.176~0.559,非父排除率为0.405~0.755,其累积个体识别率和非父排除率均达到0.999 9和0.993 7,这些座位均属中识别力以上的遗传标记,可以应用于今后的漠斑牙鲆的遗传育种(如雌核发育等)研究。  相似文献   

海产经济贝类壳色多态性的研究进展   总被引：5，自引：0，他引：5  

管云雁  何毛贤 《海洋通报》2009,28(1)

海产贝类的贝壳颜色是一个对生产、育种有重要意义的可遗传性状.滨螺、海湾扇贝、皱纹盘鲍、牡蛎、蛤类及珍珠贝等贝类的壳色多态性的遗传研究及壳色选择育种的角度综述了目前海产贝类壳色性状遗传机制的研究进展及壳色多态性在育种中的应用,为进一步开展壳色遗传机制和选择育种研究提供理论基础.  相似文献   

AFLP analysis of genetic variation among three natural populations of horseshoe crab Tachypleus tridentatus along Chinese coast     

����  �·�  ������  ���ؼ�  ����  �²Ż� 《中国海洋湖沼学报》2011,29(2):284-289

The AFLP(amplified fragment length polymorphism) technique was used to analyze and compare the genetic diversity of Tachypleus tridentatus from three south-eastern coastal sites of China(Pingtan,Hong Kong and Beihai).Eight pairs of primers generated 361 loci,including 285 polymorphic loci.The ratio of polymorphic loci was 96.97%.Nei's genetic diversity index was 0.420 8 and the Shannon information index was 0.607 5,both of which were higher than that reported for many other arthropods.These results show tha...  相似文献   

鸡EX-FABP基因遗传变异及与肌内脂肪含量的相关分析     

张丽  赵志远  杜炳旺  江新生  吴薇薇 《广东海洋大学学报》2011,31(3):75-79

利用PCR-SSCP结合DNA测序方法,对贵妃鸡、怀乡鸡及二者的杂交F1代共计360个个体EX-FABP基因遗传特征及品种差异进行研究,发现2773T>C,2867 C>T和2913 G>A三个位点在贵妃鸡中表现为单态,在怀乡鸡和杂交F1群体中表现为多态,这3个位点有望作为贵妃鸡、怀乡鸡乃致其他品种鸡种质资源鉴定的参考依据。对比分析3个群体胸肌肌内脂肪含量(IMF)表明,怀乡鸡和杂交鸡母鸡的IMF显著高于贵妃鸡;而3个群体公鸡间的IMF差异不显著;除贵妃鸡外,同一品种内公鸡的IMF均小于母鸡(P<0.05)。多态位点与鸡胸肌肌内脂肪含量的相关性分析结果表明,在2773位点,TC基因型个体的IMF值大于TT基因型;在2913位点,AA基因型个体的IMF值大于GG基因型,但没有达到显著水平(P>0.05)。  相似文献   

长江口泥螺群体遗传多样性的AFLP分析     

杨梅  徐嘉伟  王成辉  张文驹 《海洋科学》2016,40(2):20-25

本研究应用AFLP分子标记技术,对我国长江口泥螺的4个群体(江苏启东,崇明东滩,九段沙湿地国家自然保护区和上海南汇)进行了遗传多样性分析。4对AFLP引物扩增得到577个位点,启东、崇明、九段沙和南汇群体的多态率分别为78.2%、56.0%、58.4%和57.9%。群体总基因多样性为0.2218,显示出较高的遗传多样性水平,且96%以上的遗传变异存在于群体内,群体间的遗传分化极微小(0.0000~0.0404)。群体间Nei’s遗传距离为0.0000~0.0124,主要存在于江苏启东群体和其他3个群体之间。利用STRUCTURE分析群体隐性遗传结构,结果表明长江口泥螺群体有3种遗传来源,同时群体之间有强大的基因流。泥螺较强的扩散能力和海洋开放的环境可能是造成泥螺群体遗传同质性较高的主要原因。  相似文献   

24个泥蚶EST-SSR标记的开发与分析     

史松富  姚韩韩  林志华  周小龙  齐晓艳  董迎辉 《海洋科学》2013,37(8):42-46

利用3000条泥蚶(Tegillarca granosa)单拷贝序列,筛选到132条含有SSR候选位点序列,成功设计引物50条。群体多态性检测结果显示,24个SSR位点为多态性,各位点的等位基因介于2~5个,平均等位基因数3.5个;观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000~0.591、0.045~0.727、0.043~0.696;多态位点中有11个高度多态、4个中度多态、9个低度多态;进行哈迪-温伯格平衡检测后,用Bonferroni correction法进行校正,结果有17个位点显著偏离平衡。  相似文献