基于网络药理学与分子对接探讨天名精抗甲型流感病毒机制          下载免费PDF全文

沈瑶  吴智煌  冯敏 《应用海洋学学报》2023,39(12):142

目的：基于网络药理学方法对天名精（CAL）抗甲型流感病毒（IAV）潜在化学成分、靶点及作用机制进行分析研究，为后续开发CAL提供参考依据。方法：从中国知网（CNKI）等数据库收集自1988年1月1日至2023年2月25日分离鉴定的CAL化学成分，在SwissTargetPrediction平台预测成分靶点。在GeneCards和OMIM平台收集IAV靶点，导入jvenn取交集基因。利用Cytoscape 3.8.2软件构建CAL-活性成分-IAV网络，在STRING平台分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）关系。结合运用DAVIED数据库和微生信平台进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用Autodock与Pymol软件将关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果：筛选获得主要潜在活性成分27种，潜在靶点468个，CAL与IAV交集靶点175个。GO功能分析获得97个细胞组分、664个生物过程和150个分子功能；KEGG通路富集分析获得CAL抗IAV信号通路共168条，包括高糖基化终产物-高糖基化终产物受体（AGE-RAGE)、癌症和IAV等通路。分子对接结果显示在前五种核心成分里面，熊果酸与丝裂原活化蛋白激酶（MAPK1)、淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶（LCK)、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1)、磷脂酰肌醇4，5-二磷酸3-激酶催化亚基α（PIK3CA)、非受体型酪氨酸蛋白激酶2（JAK2)、丝氨酸/苏氨酸激酶1（AKT1)有更高结合亲和力。结论：CAL作用于IAV可能涉及多成分、多靶点、多通路共同参与，通过网络药理学分析为CAL抗IAV进一步研究提供思路和方法，为新型抗甲流药物研发提供依据。  相似文献   

三种蛏的遗传多样性分析   总被引：4，自引：0，他引：4       下载免费PDF全文

邵艳卿  陆荣茂  董迎辉  柴雪良  肖国强  林志华 《海洋科学》2009,33(10):26-30

应用AFLP技术对浙南地区分布的小荚蛏(Siliqua minimai)、缢蛏(Sinonovacula constricta)和大竹蛏(Solen grandis)3种蛏进行了基因组DNA多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析.利用筛选出的5对引物组合,共扩增出781个清晰的位点;小荚蛏、缢蛏和大竹蛏多态位点比例依次为79.22%、84.25%和64.82%,Nei's基因多样性指数分别为0.2971、0.3070和0.2785,Shannon's多样性指数分别为0.4402、0.4575和0.4010,种内平均遗传距离为0.2585、0.2691和0.1838.研究结果表明,这3种蛏的核DNA遗传多样性水平以缢蛏为最丰富,小荚蛏次之,大竹蛏最低;并且3种蛏的共享位点很少,遗传趋异比较明显,说明3种蛏的遗传关系比较远.  相似文献   

应用双特异分子探针技术定性定量检测圆海链藻(Thalassiosira rotula)          下载免费PDF全文

李秀芹  于志刚  甄毓  蔡青松  米铁柱  李荣秀 《海洋与湖沼》2009,40(1):12-18

设计了一套圆海链藻(Thalassiosira rotula)特异性探针,运用双特异分子探针技术,对圆海链藻(Thalassiosira rotula)进行了定性定量检测.结果表明,本实验中设计的一套探针与其它十几种藻无交叉反应,具有种特异性;细胞裂解液直接杂交检测优于提纯RNA样品检测;对自然样品做了初步检测,发现天然海水中的其它浮游生物对该检测方法影响很小.  相似文献   

海洋与湖沼第40卷2009年总目次          下载免费PDF全文

《海洋与湖沼》2009,(6)

  相似文献   

基于线粒体CO1基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用   总被引：8，自引：1，他引：7       下载免费PDF全文

柳淑芳  陈亮亮  戴芳群  庄志猛 《海洋与湖沼》2010,41(2):223-232

采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。  相似文献   

分子分型技术在弧菌研究中的应用进展   总被引：1，自引：0，他引：1  

江晓  任春华  胡超群 《海洋科学进展》2010,28(4)

弧菌(Vibrio)是各种海洋环境的正常细菌区系的重要组成成分,也是水生动物与人类的重要病原之一。近年来出现了各种灵敏、快速、自动化且易于操作的分子分型方法,它们在弧菌分型中的应用,对揭示弧菌菌株在分子水平上的变异和进化规律、寻找病原及调查传播途径、控制疾病暴发有至关重要的作用。应用于弧菌的各种分子分型方法可分为依赖于PCR分型技术和不依赖于PCR分型技术,各种分型技术具有各自的优、缺点;其中前者由于高度的特异性、敏感性、可操作性、准确性、快速和费用低廉而得到广泛的应用,但重复性较差;后者由于基于生物体全基因组的操作,所以相对于依赖于PCR技术的分型方法结果更为可信,缺点是操作繁琐,对某些特殊细菌不适用。现今的国内外弧菌分型中公认的"金标准"的PFGE方法与近年来新发展起来的IRS-PCR分型方法结合,同时利用现有的数据建立国际分型数据库,实现信息和技术标准与共享,是弧菌分型的较好方法。  相似文献