Methods Comparison for Microsatellite Marker Development： Different Isolation Methods, Different Yield Efficiency     

Aibin Zhan  Zhenmin Bao  Xiaoli Hu  Wei Lu  Jingjie Hu 《中国海洋大学学报(英文版)》2009,8(2):161-165

Microsatellite markers have become one kind of the most important molecular tools used in various researches. A large number of microsatellite markers are required for the whole genome survey in the fields of molecular ecology, quantitative genetics and genomics. Therefore, it is extremely necessary to select several versatile, low-cost, efficient and time- and labor-saving methods to develop a large panel of microsatellite markers. In this study, we used Zhikong scallop (Chlamys farreri) as the target species to compare the efficiency of the five methods derived from three strategies for microsatellite marker development. The results showed that the strategy of constructing small insert genomic DNA library resulted in poor efficiency, while the microsatellite-enriched strategy highly improved the isolation efficiency. Although the mining public database strategy is time- and cost-saving, it is difficult to obtain a large number of microsatellite markers, mainly due to the limited sequence data of non-model species deposited in public databases. Based on the results in this study, we recommend two methods, microsatellite-enriched library construction method and FIASCO-colony hybridization method, for large-scale microsatellite marker development. Both methods were derived from the mi-crosatellite-enriched strategy. The experimental results obtained from Zhikong scallop also provide the reference for microsatellite marker development in other species with large genomes.  相似文献   

养殖活动对超微型浮游生物分布影响的研究   总被引：2，自引：1，他引：1  

孙辉  汪岷  汪俭  宋雪  邵红兵  甄毓 《海洋与湖沼》2014,45(6):1272-1279

利用流式细胞仪对河北省扇贝养殖区微微型浮游植物、异养细菌、浮游病毒4季的丰度分布特征进行了研究,分析了三者与环境因子的相关性,并与渤海、北黄海非养殖区的超微型浮游生物丰度的分布特征进行对比。结果显示:在养殖区海域,聚球藻丰度在9.00×102—7.07×105cell/m L之间,峰值出现在秋季,且与其他季节差异显著(P0.01)。微微型真核藻类丰度在5.80×102—3.23×105cell/m L之间,夏季赤潮暴发期间,丰度达到3.23×105cell/m L,显著高于其他季节(P0.01)。异养细菌丰度在3.10×105—3.79×106cell/m L之间,峰值出现在秋季,夏、秋季丰度显著高于春、冬季(P0.01)。浮游病毒丰度在2.50×105—2.17×106cell/m L之间,峰值出现在秋季,但无显著性季节差异(P0.05)。通过主成分分析发现,聚球藻、微微型真核藻类、异养细菌和浮游病毒的丰度在不同季节受到不同环境因子的影响。在春、冬季,温度是主要影响因素;而在夏、秋季,主要受到营养盐的影响。养殖区与非养殖区超微型浮游生物主成分4季均有显著差异,养殖区异养细菌4季均是超微型浮游生物的主成分,而非养殖区超微型浮游生物的主成分4季均是微微型浮游植物,结果表明养殖活动显著影响了养殖区超微型浮游生物的群落结构和功能。  相似文献   

Molecular identification of scallop planktonic larvae using species-specific microsatellites   总被引：3，自引：0，他引：3  

ZHAN Aibin  HU Xiaoli  BAO Lisui  LU Wei  PENG Wei  WANG Mingling  HU Jingjie 《海洋学报(英文版)》2008,27(5):134-146

The identification of scallop larvae is essential to understand the population structure and community dynamics and to assess the potential environmental impacts caused by scallop larvae released or escaped. However, the larvae identification by morphological characteristics is notoriously difficult, mainly due to the small size （usually being less than 150 μm） and vague morphological characteristics among different scallop species. A simple and accurate molecular method was developed to identify four economically farmed scallop species, the Zhikong scallop Chlamys farreri, the noble scallop C. nobilis, the bay scallop Argopecten irradians and the Yesso scallop Mizuhopecten yessoensis. The tests used the high degree of species-specific microsatellite markers, which was specified by transferability analyses, assessed by reference individuals and evaluated by BLAST searches. The sensitivity test indicated that the species-specific microsatellites were sensitive enough for the detection of 1% -2% larvae in mixed plankton samples. Larvae collected from scallop hatcheries and their effluents and from the artificially controlled crosses were well identified to the species/hybrid level. The results demonstrated that the one-step PCR-based assay was technically simple, inexpensive and robust in identification analyses, and also less sensitive to initial quality of template DNA extracted from the ethanol-preserved samples for several years.  相似文献   

Construction of bacterial artificial chromosome libraries for Zhikong Scallop Chlamys farreri     

张洋  张晓军  张洪斌  李富花  相建海 《中国海洋湖沼学报》2008,26(2):215-218

Two Large-insert genomic bacterial artificial chromosome （BAC） libraries of Zhikong scallop Chlamys farreri were constructed to promote our genetic and genomic research. High-quality megabase-sized DNA was isolated from the adductor muscle of the scallop and partially digested by BamH I and Mbo I, respectively. The BamH I library consisted of 53 760 clones while the Mbo I library consisted of 7 680clones. Approximately 96 % of the clones in BamH I library contained nuclear DNA inserts in average size of 100 kb, providing a coverage of 5.3 haploid genome equivalents. Similarly, the Mbo I library with an average insert of 145 kb and no insert-empty clones, thus providing a genome coverage of 1.1 haploid genome equivalents.  相似文献   

2005/2006年度莱州湾东部的海冰灾害及其影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

张绪良  谷东起  陈东景 《海洋湖沼通报》2009,(2)

莱州湾是水深较浅的半封闭海湾,与外海海水的交换缓慢,受黄河等十几条入海河流汇入的淡水影响使海水的盐度较低.受寒潮影响莱州湾内海冰灾害发生频繁.莱州湾的海冰灾害分5个冰情等级.在冬季气温偏高的年份,莱州湾内形成Ⅰ、Ⅱ级海冰,沿岸一般没有固定冰形成;一般年份形成Ⅲ级海冰,西岸和南岸冰情较严重,有固定冰形成;在冬季气温偏低的年份,形成Ⅳ级或Ⅴ级海冰,南岸、西岸的固定冰宽度较大,有时整个莱州湾海面都分布流冰.2005年末～2006年初在莱州湾东岸形成了一次较严重的海冰灾害,莱州市近海海湾扇贝养殖的经济损失达400万元以上.为减轻未来海冰灾害带来的损失提出了加强海冰灾害的监测和预报技术研究,严格管理近海养殖生产作业,莱州湾沿岸地方政府应制定<海冰灾害应急预案>,建设和完善海冰灾害应急防御体系等防御海冰灾害的对策.  相似文献   

高效非损伤性扇贝DNA提取方法的建立及效果评价     

张天琦  刘平平  吕佳  马岑  黄晓文  张嘉俊  王师 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2021,(5)

本研究建立了一种高效、经济的非损伤性扇贝DNA提取方法,在不影响扇贝个体生存状态的前提下,采用擦拭法和室温裂解相结合的方式在20 min内即可获得个体基因组DNA。以虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)为实验对象,研究了不同擦拭材料(棉签、滤纸)和不同擦拭部位(外套膜、鳃丝、内脏团)的核酸提取效果,评估了本方法在贝类基因分型领域应用的可行性。研究表明,用棉签、滤纸2种材料擦拭扇贝的鳃丝、内脏团或外套膜组织均能获得主带清晰完整的基因组DNA,且不影响扇贝的存活状态。在3种扇贝中采用棉签擦拭法的DNA得率均高于滤纸法,以这2种方式获得的DNA为模板进行SSR和SNP标记分析,能获得均一稳定的扩增条带,SSR标记分型结果准确可靠。本研究建立了简便、快速进行扇贝基因型分析的非损伤性DNA提取方法,为贝类全基因组选育和珍稀贝类资源的种质保护开发提供了新的技术手段。  相似文献   

虾夷扇贝TET基因在配子发生和早期发育中的表达模式     

李仰平  张玲玲  李若佼  刘甜  郭振义  李婉茹  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(4):54-62

DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。  相似文献   

底栖硅藻生物膜附着基对扇贝幼虫附着和变态的影响     

杜美荣  方建光  毛玉泽  李锋  高亚平  房景辉  王同勇  蒋增杰 《海洋与湖沼》2020,51(1):125-131

为了建立生态、高效的扇贝幼虫附着和变态诱导技术,采用底栖硅藻生物膜附着基对栉孔扇贝和海湾扇贝开展了附着和变态诱导的现场实验。实验围绕底栖硅藻在扇贝幼虫培育池内的数量变动、存活状态、在栉孔扇贝食谱组成中的贡献以及其对两种扇贝附着和变态的诱导效果开展。结果表明,底栖硅藻附着基能极显著提高海湾扇贝和栉孔扇贝幼虫的附苗量和变态率(P<0.01)。在海湾扇贝实验中,底栖硅藻处理组比对照组附苗量提高220.19%(P<0.01),变态率和壳长两组差异不显著(P>0.05)。在栉孔扇贝实验中,底栖硅藻处理组比对照组附苗量提高43.02%(P<0.01),变态率提高87.31%(P<0.01),底栖硅藻处理组壳长和对照组差异不显著(P>0.05)。对照组附着基比对照组早3d检查到变态的稚贝。底栖硅藻附着基在进入幼虫培育池的黑暗环境后光合作用受限,对于扇贝幼虫的日常管理导致底栖硅藻脱落,数量有一定的下降,但丰度最终能保持为56.0-183.9个/mm2。使用基于混合模型对栉孔扇贝稚贝食物来源进行分析结果显示金藻Isochrysis galbana对稚贝的食物贡献较高,底栖硅藻的贡献较低,其0.95水平的置信区间的贡献率为0%-44%,表明底栖硅藻也是扇贝物来源之一。本研究为底栖硅藻生物膜在贝类幼虫附着变态过程中作用的研究奠定了良好的基础,并为生态、高效的商业化苗种培育提供理论和技术支撑。  相似文献   

温度对墨西哥湾扇贝耗氧率及排泄率的影响   总被引：63，自引：2，他引：61  

杨红生  张涛  王萍  何义朝  张福绥 《海洋学报》1998,20(4):91-96

于1996年12月至1997年1月在实验室内研究了温度对墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)的耗氧率和排泄(NH₄-N)率的影响,实验在投饵后6h,静水(盐度32)条件下进行,溶氧量和氨氮量分别采用Winkler滴定法和次溴酸盐氧化法测定.实验结果表明,在实验温度(10～31℃)条件下,不同规格(壳高1.6～4.8cm,软体部干重0.0342～0.6908g)的墨西哥湾扇贝耗氧率的总平均值为2.35mg/(g·h).排泄率总平均值为350.89μg/(g·h).墨西哥湾扇见的耗氧量和排氧量都与扇贝体重呈明显的幂函数关系.在10～28℃范围内,不同规格的扇贝耗氧率都随温度的升高而增加;当水温继续升高到31℃时,耗氧率反而下降.在实验温度(10～31℃)条件下,扇贝的排泄率随着温度的升高而增加,温度对墨西哥湾扇贝的耗氧率和排泄率的影响都可用指数方程表示.本实验证实,高温(31℃)将进一步提高墨西哥湾扇贝蛋白质的代谢水平.耗氧量(O)和排氨量(N)与温度(t)、扇贝软体部干重(W)二元线性回归方程分别为:O=-587.804+36.787t+1697.864W;N=-92.344 9+4.534 1t+276.781 8W.复相关系数r分别为0.880 6和0.8035 ; F检验表明,两个回归方程均极显著(F>F_0.01).  相似文献   

海湾扇贝对海水池塘浮游生物和水质的影响   总被引：15，自引：1，他引：14  

董双林  王芳  王俊  齐振雄  卢静 《海洋学报》1999,21(6):138-144

滤食性贝类可从天然水体和养殖水体中滤取大量的浮游物,并将滤食的物质以组织生长、粪便、排泄物等形式重新分配,进而对水质状况产生直接或间接的影响。已有的报道表明,滤食性贝类较多的湖区、海区浮游植物的数量、叶绿素a含量明显减少[1,2],浮游物颗粒规格的结构也会发生变化[3],水柱中小型浮游动物、细菌及水体的水流速度等也会受到一定的影响[4,5]。  相似文献