凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析     

孙政  柳承璋  李富花  张晓军  张俊彬  相建海 《海洋学报》2013,35(5):128-136

凡纳滨对虾是我国乃至世界最重要的对虾养殖种。EST(expressed sequence tags)测序是对没有基因组背景的生物进行功能基因分析最为有效的方法之一。为了研究凡纳滨对虾重要功能基因、以及为筛选分子标记奠定基础,本文集成了一套快速高效的EST信息深度挖掘的方法,并对公共数据库中161 241条凡纳滨对虾EST序列进行分析,获得了20 410 条unigenes,包括14 236条contigs和6 174条singlets。通过与NR数据库比对发现有注释的基因7 984条,并对其余12 426条未知基因中的4 702条进行了功能域注释。对有NR注释的基因的GO 分类分析获得其中2 715条基因的生物学过程、细胞定位和分子功能分类信息。此外,通过与模式生物通路图进行比对和定位,将3738条基因定位到270个KEGG通路图中,发现凡纳滨对虾的9条unigenes与果蝇丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路的5个关键基因对应,提示凡纳滨对虾很可能存在类似的重要信号转导通路。另外,通过对6种组织,包括肝胰腺、淋巴器官、血细胞、鳃、眼柄和神经的EST进行比较分析,筛选获得了组织特异性转录本共7 000余条,并对这些特异性转录本进行了功能分类。本研究不仅开发了公共基因资源发掘的方法,也为对虾功能基因的研究利用提供了重要参考数据。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)RXR基因克隆及其在蜕皮过程中的表达分析   总被引：3，自引：1，他引：3  

王伟  吴旭干  楼宝  徐蕾  刘智俊  成永旭 《海洋与湖沼》2014,45(5):1105-1114

本研究通过转录组测序和RACE技术克隆了三疣梭子蟹类维甲酸X受体2(PtRXR2)基因cDNA全长(登录号:KF914662),并通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究了该基因在三疣梭子蟹不同组织及不同蜕皮阶段的表达情况。结果表明,(1)PtRXR2基因cDNA全长1718bp,包括5’非编码区(5’-UTR)141bp、3’-UTR 209bp和开放阅读框1368bp,编码455个氨基酸,预测分子量和等电点为49.75kDa和6.79。(2)PtRXR2推导氨基酸序列的Blastp结果显示,PtRXR2与已知甲壳动物RXR的一致性为74%—99%,系统进化树分析表明PtRXR2与其它甲壳动物RXR聚为一支。(3)qRT-PCR结果显示PtRXR2在C期三疣梭子蟹Y器官、鳃、眼柄和大颚器中表达水平较高,肝胰腺中的表达水平最低。其它6个组织中的表达水平居中。(4)不同蜕皮阶段,PtRXR2在Y器官、眼柄和胸神经中均是AB期表达水平最高,E期最低,这可能与上述器官的细胞增殖主要发生在AB期有关;肌肉中的PtRXR2表达水平在AB和C期较高,E和D期最低,与肌肉的生长和营养物质积累主要发生在这两个阶段相对应;肝胰腺中的PtRXR2表达水平在AB期最高,C期最低,这暗示PtRXR2主要参与肝胰腺中的上皮细胞增殖和分化,对于C期的营养代谢调控可能不起关键作用。  相似文献   

流式细胞仪在水环境中的研究热点和应用——基于Cite Space知识图谱的分析     

安志强  王永刚  王旭  王琦琳  李亚翠  王恒嘉 《海洋湖沼通报》2022,(4):145-153

以2010—2020年Web of Science核心合集(WOS)和中国知网数据库(CNKI)中收录有关流式细胞仪在水环境中研究的文献,利用Cite Space软件进行可视化分析,通过对文献发表的时间分布、关键词、研究机构和代表作者等方面的分析,综述了流式细胞仪在水环境中的研究热点和发展趋势。分析结果表明：(1)流式细胞仪在水环境中主要应用于浮游微生物的计数、群落结构分析和水质安全的预警等方面;(2)从发展趋势上看,近几年,国内外学者对流式细胞仪在水质安全监测中的研究热度上升较为显著,是当前乃至今后的研究热点和方向;(3)从整体水平上看,流式细胞仪在水环境中的应用还相对较少,研究机构和代表作者也有限,仍处于发展阶段。今后应加强流式细胞仪在水环境中的应用和探索,并针对仪器本身的不足进行改良。  相似文献   

建立螺旋藻转基因体系初报   总被引：8，自引：1，他引：8  

Mao Yunxiang 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(Z1):13-18

从钝顶螺旋藻单细胞克隆的制备、重组平台的 克隆、同源重组表达质粒的构建、质粒的电激转化和报告基因的表达等方面对螺旋藻转基因 表达系统进行了研究,初步建立起螺旋藻转基因体系。用次氯酸钠溶液处理获得无菌培养系 ;用钠、钙离子混合液处理,获得了可再生的螺旋藻单细胞。用含EDTA的培养基预培养和用 培养基洗涤可分别去除胞外核酸酶活性和抑制胞内核酸酶活性。以氯霉素乙酰转移酶基因替 换大肠杆菌表达质粒pBV220的抗性选择标记,同时插入系列同源重组片段和萤火虫荧光素酶 基因,构建了同源重组表达载体pBVCS01-04L。电激转化螺旋藻S6-4品系单 细胞,获得了具有稳定氯霉素抗性的培养系,并用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳证实了报告基 因的表达。  相似文献   

发展海洋信息共享事业之我见   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈奎英 《海洋信息》2002,(2):4-5

海洋信息资源已经在海洋管理、生产、科研和国防建设等多个领域发挥了巨大作用。随着21世纪的到来,人们对高质量海洋信息共享服务的需求将变得更加广泛和迫切。  相似文献   

海洋观测航线断面数据的三维可视化实现   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘海行  于卫东  周玉斌  矫玉田 《海洋科学进展》2004,22(4):493-500

根据海洋观测航线获取的实测剖面数据,利用IDL的面向对象图形方式编程,实现了在显示海底地形的基础上按航线坐标显示的三维断面分布图,同时,实现了使用鼠标旋转三维断面分布图的功能。  相似文献   

海底三维可视化技术及应用   总被引：1，自引：1，他引：1  

李军  滕惠忠 《海洋测绘》2004,24(4):44-47

海底地形地貌能表现海洋世界重要的空间信息,也是常规光学和电磁手段难以探测的水下区域。应用侧扫声纳技术可以反演海底地貌,同时多波束测深技术得到的水深数据重建数字水深模型,二者结合创建三维海底空间景观。利用海洋探测技术和三维可视化技术进行海底地形地貌三维仿真和分析,并对其应用进行探讨。  相似文献   

二种多管水母光蛋白基因的分离、表达及生物活性初步研究     

罗文新  张军  李少伟  程通  陈敏  李少菁  夏宁邵 《海洋学报》2004,26(4):110-117

分别从厦门东海域的大型多管水母和细小多管水母中分离到了新的光蛋白基因aeqxm和aeqxxm,并在大肠杆菌中进行了表达.aeqxm和aeqxxmDNA序列的编码区总长均为585bp,无内含子序列,推导的氨基酸序列总长均为195个氨基酸.aeqxm,aeqxxmDNA和AEVAQ440XcDNA之间的核苷酸序列同源性分别为80.7%,85.1%,aeqxm和aeqxxmDNA的核苷酸序列同源性为87.2%.原光蛋白apoaeqxm,apoaeqxxm与AEVAQ440X编码的氨基酸序列之间的同源性分别为84.7%,84.2%,apoaeqxm和apoaeqxxm的氨基酸序列之间的同源性为94.4%.分别将aeqxm和aeqxxm基因克隆至pTO-T7表达载体,apoaeqxm,apoaeqxxm在大肠杆菌中的表达量都达到40%左右.取菌体超声上清与腔肠动物荧光素f、巯基乙醇混合再生后,加入CaC_l2,用荧光全谱仪检测到470nm处的瞬时发光,表明表达的apoaeqxm,apoaeqxxm具有正常的生物学功能.  相似文献   

Surfer 7.0嵌入VB 6.0编程实现水文数据快速可视化   总被引：16，自引：0，他引：16  

尼建军  张学宏 《海洋测绘》2005,25(1):64-66

探讨了如何利用Visual Basic 6，0编程语言调用Sufer7．0进行嵌入式编程的基本原理，给出了关键性技术的描述。通过海洋水文数据可视化应用的实例展现了这种编程方式的优、缺点。  相似文献   

基于Python的降雨量可视化应用     

孙小入  韩孔艳  杨明波  华培学 《地震地磁观测与研究》2022,(6):166-173

针对目前绘制降雨量分布图标准不一、操作繁琐、效率不高等问题,基于Python语言开发降雨量分布图可视化程序。该程序可自动读取降雨量数据文件,批量产出包含观测点、降雨量、区域边界、平均降雨量和最大降雨量等要素的降雨量分布图。  相似文献