Phylogeny of the cuttlefishes (Mollusca: Cephalopoda) based on mitochondrial COI and 16S rRNA gene sequence data   总被引：5，自引：0，他引：5  

LIN Xiangzhi  ZHENG Xiaodong  XIAO Shu  WANG Rucai 《海洋学报(英文版)》2004,23(4):699-707

To clarify cuttlefish phylogeny, mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and partial 16S rRNA gene are sequenced for 13 cephalopod species. Phylogenetic trees are constructed, with the neighbor-joining method. Coleoids are divided into two main lineages, Decabrachia and Octobrachia. The monophyly of the order Sepioidea, which includes the families Sepiidae, Sepiolidae and Idiosepiidae, is not supported. From the two families of Sepioidea examined, the Sepiolidae are polyphyletic and are excluded from the order. On the basis of 16S rRNA and amino acid of COI gene sequences data, the two genera (Sepiella and Sepia) from the Sepiidae can be distinguished, but do not have a visible boundary using COI gene sequences. The reason is explained. This suggests that the 16S rDNA of cephalopods is a precious tool to analyze taxonomic relationships at the genus level, and COI gene is fitter at a higher taxonomic level (i.e., family).  相似文献   

砾间接触氧化反应器中填料表面细菌多样性及其主要功能     

林山杉  金玉花  付丽丽  全成实 《吉林大学学报(地球科学版)》2007,37(2):361-366

采用分子生物学手段,通过构建16S rDNA基因文库,对新型剩余污泥减量化处理系统—生物砾间接触氧化反应器 (GCOR) 中载体表面附着细菌多样性进行了系统发育分析,并讨论了多种细菌共存对剩余污泥减量化的贡献。结果表明,附着细菌可分为好氧呼吸菌群、兼性厌氧菌群、厌氧水解发酵菌群和生长缓慢菌群等4大类。其中,优势菌群分别是以兼具呼吸/发酵代谢方式的β变形菌、嗜水气单胞菌及以发酵为主要代谢方式的拟杆菌属。此外,好氧菌群中还发育有假单胞菌属、硝化螺菌属细菌和黄杆菌属细菌等。慢速生长菌群包括Caldimonas taiwanensis strain On 1和Ideonella sp.。填料表面生物膜微生态环境复杂,微生物多样性较高,好氧、厌氧菌群以及慢速生长菌群等多种细菌共同作用,为在降解污水有机物的同时,达到剩余污泥减量化做出巨大贡献。结果分析表明,细菌的主要功能可归纳为：能量解偶联、共代谢作用、生物溶胞作用和慢性生长种群的影响。  相似文献   

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA   总被引：2，自引：2，他引：0  

高天翔  任一平  张秀梅  渡边精一  杨永恒 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(3):482-486

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。  相似文献   

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12S rRNA   总被引：5，自引：0，他引：5  

高天翔  张秀梅  吉崎悟朗  渡边精一 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(1):43-47

参考果蝇与蚤状  相似文献   

养殖大菱鲆烂鳍病病原菌的鉴定及系统发育学研究   总被引：9，自引：0，他引：9  

张正  王印庚  韩文君  李秋芬 《海洋科学进展》2004,22(2):193-197

从山东半岛3个养殖场各分离到一株大菱鲆烂鳍病的病原菌,均为革兰氏阴性,短杆状,极生鞭毛,有运动能力,菌落半透明。经常规生理生化特征测试和16SrRNA基因序列对比,表明它们都是同一种细菌。理化特征的结果显示这3株菌均与V．anguillarum的表性特征非常相似。对其16SrRNA基因序列进行分析,并构建了系统发育树,结果表明这些菌株与V．anguillarum亲缘关系最近。综合上述研究结果,将该菌鉴定为V．anguillarum.  相似文献   

夏季长江口海水中自由生活和颗粒附着古菌群落的组装过程研究     

时静  左亚强  曹萍麟  樊英萍  曲武  王健鑫 《海洋与湖沼》2023,3(3):773-785

长江口位于长江和东海的重要交互区域,是研究海洋微生物生态作用的典型环境,但当前对海水中不同生活方式的海洋古菌在长江口的分布和组装过程尚未见系统的研究。采集夏季长江口海水中不同生活方式的古菌样品,基于宏基因组技术分析其多样性、分布特征和环境驱动因素,利用中性模型和零模型方法对其群落组装机制进行评估。研究结果显示泉古菌门(Crenarchaeota)是长江口古菌群落中的优势菌群。在科分类水平上,不同生活方式古菌群落组成存在差异, Marine Group II在自由生活状态(FL)中更加丰富,而Bathyarchaeia在颗粒附着状态(PA)中拥有更高的相对丰度。自由生活和颗粒附着古菌之间的相似性很高,说明多数古菌具有自由生活和颗粒附着的双重生活方式。对两种生活方式下古菌群落都有显著影响的重要环境因子是温度、盐度和硅酸盐含量;亚硝酸盐显著影响自由生活的古菌群落,叶绿素a显著影响颗粒附着的古菌群落(P<0.05)。结合中性模型和零模型,发现长江口海水中古菌群落的组装由随机性过程主导,生态漂变(76%贡献度)是颗粒附着古菌群落的主要组装方式,而对自由生活的古菌群落,其组装受到扩散限制、均...  相似文献   

中国蓝藻的新记录属——双囊藻属(Geminocystis)及分类和生态学讨论     

马苏超  王一郎  敖鸿毅  虞功亮  李守淳  李仁辉 《湖泊科学》2019,31(1):236-242

现代分子生物学技术为蓝藻的生物多样性研究提供了更多信息和证据.单细胞蓝藻——双囊藻属（Geminocystis）是2009年从集胞藻（Synechocystis）分离出来的新属.2017年5月从青海湖的封闭子湖——月牙湖采集分离到一株单细胞蓝藻藻株,16S rRNA基因序列显示此藻株和双囊藻的藻种显示出最高的相似性,都在97%以上,并且在分子系统树聚为一束.此株的细胞结构以及超微结构显示,细胞纵轴具有窝式结构以及类囊体不规则的排列等双囊藻属所具有的特征.双囊藻是我国蓝藻的新报道纪录属,本研究还对双囊藻的分类和生态进行了讨论.  相似文献   

南极低温降解菌的筛选、鉴定与低温降解适应性分析     

刘芳明  缪锦来  董春霞  王以斌  臧家业 《海洋与湖沼》2010,41(5):692-697

以南极海洋细菌为研究对象,采用2216E和MMC液体培养基结合的方法,从菌种库里筛选南极低温降解菌,进行石油烃降解率测定、表型特征确定和16SrRNA分子鉴定,构建系统发育树,并对南极低温降解菌NJ49的低温降解适应性进行了初步研究。结果表明,3株南极海洋细菌NJ41、NJ49和NJ289可以在以柴油为惟一碳源和能源的培养基中生长,被视为南极低温降解菌;16SrRNA分子鉴定结果表明,南极低温降解菌NJ41、NJ49和NJ289分别属于Planococcus、Shewanella和Pseudoalteromonas属;NJ49通过改变脂肪酸组分的膜修饰方式适应低温降解。  相似文献   

泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)病原温和气单胞菌(Aeromonas sobria)分子鉴定及耐药性研究     

姚东瑞  邴旭文  朱明  毕可然  陈丽  张晓君 《海洋与湖沼》2010,41(5):756-762

采用常规生理生化特性测定及16SrRNA、gyrB及rpoD基因同源性检索与系统发育学分析等分子生物学方法,对引起养殖泥鳅大量死亡的病原细菌进行了综合鉴定。生理生化特性结果表明,分离菌株NQ090701与气单胞菌属的温和气单胞菌相近;16SrRNA、gyrB及rpoD基因Blast序列同源性检索与系统发育学分析均与温和气单胞菌相似性最高;综合形态与生理生化特征及16SrRNA、gyrB与rpoD基因的分子特征,确认分离菌株NQ090701为温和气单胞菌(Aeromonas sobria)。同时,采用试管稀释法测定了养殖生产中常用的10种抗菌药物对病原温和气单胞菌的体外最小杀菌浓度(Minimal Bactericidal Concentration,MBC),结果表明氟哌酸杀菌作用最好,其次为盐酸沙拉沙星;甲砜霉素和复方磺胺甲恶唑在所试验的药物浓度范围对温和气单胞菌无杀菌效果。  相似文献   

东南沿海小孔蛸(Cistopus sp.)线粒体序列的比较研究     

杨秋玲  林祥志  郑小东  苏永全 《海洋与湖沼》2009,40(5):640-646

采用线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因序列对福建、浙江沿海分布的5个小孔蛸(Cistopus sp.)群体进行了遗传多样性研究。结果表明,序列总长度分别为497-501bp(16S rRNA)和652bp(COⅠ);小孔蛸5个群体的序列碱基组成均显示出较高的A+T含量(16S rRNA基因72.1%,COⅠ基因65.9%)。16S rRNA基因片段在种内和群体间个体差异均较小,5个群体共检测到8个变异位点(其中7个插入/缺失位点);COⅠ基因序列不存在插入/缺失位点,群体内个体间变异位点数为21个。系统进化树表明,宁德群体和象山群体与其它三个群体的亲缘关系较远,但存在基因交流。线粒体16S rRNA和COⅠ基因在群体间无显著多态性分布。  相似文献