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EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。 相似文献
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类胡萝卜素在动物生长、繁殖、抗氧化等过程中发挥重要作用。虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)新品种"海大金贝",其闭壳肌因富集类胡萝卜素而呈橘红色,具有较高的经济价值。为研究类胡萝卜素积累与"海大金贝"生长的关系,本研究对一个"海大金贝"群体在6个养殖时间点进行生长性状(壳高、壳长、壳宽、总重、软体重、闭壳肌重)测量和闭壳肌中类胡萝卜素浓度的测定,并对生长性状与闭壳肌中类胡萝卜素浓度的相关性进行了分析。研究显示,"海大金贝"养殖群体生长性状值与闭壳肌中类胡萝卜素浓度无明显相关性,但相邻取样时间点间生长性状值的增长率与闭壳肌类胡萝卜浓度的增长率呈高度正相关。其中,壳高、壳长、体重、软体重4个性状的增长率与类胡萝卜素浓度增长率呈极显著线性正相关(P0.01),相关系数r分别为0.999 3、0.998 5、0.982 9和0.977 3;壳宽与闭壳肌重的增长率与闭壳肌中类胡萝卜素总浓度增长率呈显著正相关(P0.05),相关系数r分别为0.947 1、0.885 3。研究结果表明,闭壳肌中类胡萝卜素积累可能对"海大金贝"的生长有促进作用。 相似文献
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"李所长在不在?我们给你送礼来了!"2014年10月20日一早,曲村党支部书记老王带着两个年轻人来到了孟州市谷旦国土资源所。所长李全会听到动静,以为出了什么事儿,赶忙和所里的同志跑了出来。见是他们,李全会松了一口气,笑着说:"原来是王书记和李家两兄弟,快进屋吧!""李所长,李家两兄弟是来给你送礼的!你看看!"老王边说边打开了一面火红的锦旗,上面有五个大字:群众贴心人。"老王啊,这愧不敢当啊!"李全会笑容可掬, 相似文献
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单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism—SNP)被认为是揭示遗传变异理想的分子标记,近几年来一系列针对高通量测序平台的技术如RAD,GBS,RRLs,2b-RAD等成为非模式生物尤其是水生动物的de novo SNP标记规模开发和大样本群体遗传研究的有利途径。本文从理论上讨论了测序错误和重复序列因素对de novo SNP分型的影响,并利用模式生物拟南芥RAD模拟数据对理论分析进行了验证。通过理论推导和模拟验证发现测序数据量在15～20X左右时单拷贝区域内SNP被检测的概率大于95%,等位基因的支持度不小于2时能够有效屏蔽掉测序错误对SNP分型的影响(假阳性低于2%),这些为实际数据的de novo SNP分型提供了理论上的指导。 相似文献
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首次在栉孔扇贝(Chlamys farreri)中克隆了骨形态发生蛋白I型受体(Bone morphogenetic protein type Ⅰ receptor,cfBMPR1)基因cDNA全长序列,该基因开放阅读框长1560bp,编码为519个氨基酸。实时荧光定量反转录PCR(real-time qRT-PCR)分析结果显示,cfBMPR1基因在栉孔扇贝受精卵、4细胞期、囊胚、原肠胚、担轮幼虫期、D型幼虫期和壳顶幼虫期等发育时期均有表达,其中胚胎时期表达量高于幼虫期,提示该基因在扇贝早期发育及幼虫形态形成过程中的重要作用;在成体组织,包括外套膜、鳃、性腺、肾、横纹肌和消化腺中也均检测到了cfBMPR1的表达,其中以性腺和横纹肌中表达量最高,暗示其参与了扇贝包括繁殖和肌肉生长发育等在内的多种生物学过程。研究结果为进一步研究TGF-β信号通路在扇贝生长发育中的功能提供了基础数据。 相似文献
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缺失变异是一种重要的基因组结构变异形式,对个体的生长发育会造成一定程度的影响。以RAD-seq、2b-RAD等为代表的简化基因组测序在降低测序成本的同时又能获取大量遗传变异信息,其中包括缺失变异的信息。本文从理论上讨论了简化基因组2b-RAD数据测序深度和缺失片段大小对检测缺失变异的影响,并利用模式生物拟南芥的半模拟数据对理论分析进行了验证。结果发现,测序数据量在20×左右,当缺失区域内含有的酶切标签数目不小于3时,缺失区域检测的错误率趋近于0,且上述结果对于不同大小的缺失片段的检测均有效,这为2b-RAD数据提供了一个新的应用方向,为实际数据缺失变异研究提供了理论上的指导。 相似文献
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应用MSAP技术研究扇贝全基因组DNA甲基化水平 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA甲基化作为真核生物基因组重要的表观遗传学修饰,对生物体基因的表达有重要的调控作用。为获得扇贝基因组DNA甲基化修饰水平及模式等表观遗传学信息,以栉孔扇贝(Chlamys farreri)、海湾扇贝(Argopecten irradians)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)以及本课题组培育的"海大金贝"为材料,建立了甲基化敏感扩增多态性方法(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)的反应体系,利用该方法对其基因组DNA CCGG区域的甲基化水平进行分析。结果表明,本研究筛选得到的引物组合可用于贝类DNA甲基化的研究,在栉孔扇贝、海湾扇贝、普通虾夷扇贝和"海大金贝"的甲基化比例分别为32.08%、25.99%、32.88%和34.97%。几种扇贝基因组CCGG序列中,胞嘧啶的全甲基化率要高于半甲基化率,推测扇贝基因组中主要的甲基化模式是CpG型。通过对"海大金贝"和普通虾夷扇贝闭壳肌甲基化谱进行比较,筛查得到46个差异位点,这些位点可能参与"海大金贝"闭壳肌积累类胡萝卜素的调控。 相似文献
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基于核基因组标记的群体遗传学研究中的数学分析方法 总被引：1，自引：0，他引：1
近些年来,各种数学分析方法被广泛的应用于群体遗传学的研究中。然而,对这些数学分析方法的应用缺乏统一的认识,某些研究甚至存在着误用、乱用等现象。对近些年来基于核基因组标记的群体遗传学研究中主要采用的数学分析方法进行了系统的归纳整理,明晰了它们的适用条件和范围。同时,也综述了显性分子标记中对隐性等位基因频率估算的研究进展以及常用的群体遗传学分析软件包含的主要数学分析方法,对合理应用这些参数和软件进行群体遗传学分析具有指导意义。 相似文献
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