长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发          下载免费PDF全文

王绍宗  李莉  亓海刚  张国范 《海洋与湖沼》2010,41(2):274-281

利用长牡蛎已有的EST序列数据库,筛选得到候选SNP位点共计1140个。根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性。研究结果表明,通过基于EST数据库的SNP开发,可以有效弥补某些海洋生物因基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。  相似文献   

温度选择对刺参群体在不同温度下生长及热休克蛋白表达的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘广斌  杨红生  刘石林 《海洋科学》2010,34(7):49-53

高温(26℃)培育刺参(Apostichopus japonicus)幼体获得选择群体,生长至1.03 g±1.30 g,与对照组幼参在18、20、22和24℃温度下培育。二者的成活率随着温度升高而降低,而选择组幼参24℃的成活率显著高于对照群体(P0.05)。不同温度下的特定生长率之间没有差异。TRIzol法提取刺参总RNA,获得刺参HSP70片断基因序列,利用实时定量PCR方法检测,选择群体HSP70mRNA的表达量在正常温度和热激条件下都较对照组高,但表达量升高的倍数相近,选择组为1.99倍,对照组为2.07倍。  相似文献   

青岛近海球形棕囊藻的宏条形码分析          下载免费PDF全文

王一奇  丁翔翔  宋会银  陈楠生 《海洋与湖沼》2023,54(5):1351-1362

自1997年球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)赤潮首次在我国南海海域暴发以来,该赤潮在我国南海和渤海的多个海域频繁暴发,表明球形棕囊藻在我国海域的分布比较广泛。尽管如此,在此之前开展的分类和生态调查研究均未发现我国海域球形棕囊藻的存在。近年来基于分子标记扩增和高通量测序的宏条形码分析检测到了球形棕囊藻,显示出宏条形码分析对球形棕囊藻鉴定的优势。然而,由于包括球形棕囊藻在内的定鞭藻的18S rDNA序列具有较高的G(Guanine,鸟嘌呤)C(Cytosine,胞嘧啶)含量等特点,导致针对球形棕囊藻的宏条形码分析结果在很大程度上依赖分子标记的选择或PCR扩增引物的选择。以青岛栈桥海域样本为研究对象,评估了扩增通用分子标记18S rDNA V4的两套常用PCR引物(即Stoeck引物和Song引物)对球形棕囊藻的宏条形码分析结果的影响,并利用Song引物对青岛近海2021年冬季突发性球形棕囊藻赤潮样本开展了宏条形码分析。分析发现不同引物对定鞭藻门物种的分析结果具有显著影响。利用Stoeck引物的宏条形码分析没有获得任何对应的定鞭藻的ASV(ampliconsequence...  相似文献   

分子分型技术在弧菌研究中的应用进展   总被引：1，自引：0，他引：1  

江晓  任春华  胡超群 《海洋科学进展》2010,28(4)

弧菌(Vibrio)是各种海洋环境的正常细菌区系的重要组成成分,也是水生动物与人类的重要病原之一。近年来出现了各种灵敏、快速、自动化且易于操作的分子分型方法,它们在弧菌分型中的应用,对揭示弧菌菌株在分子水平上的变异和进化规律、寻找病原及调查传播途径、控制疾病暴发有至关重要的作用。应用于弧菌的各种分子分型方法可分为依赖于PCR分型技术和不依赖于PCR分型技术,各种分型技术具有各自的优、缺点;其中前者由于高度的特异性、敏感性、可操作性、准确性、快速和费用低廉而得到广泛的应用,但重复性较差;后者由于基于生物体全基因组的操作,所以相对于依赖于PCR技术的分型方法结果更为可信,缺点是操作繁琐,对某些特殊细菌不适用。现今的国内外弧菌分型中公认的"金标准"的PFGE方法与近年来新发展起来的IRS-PCR分型方法结合,同时利用现有的数据建立国际分型数据库,实现信息和技术标准与共享,是弧菌分型的较好方法。  相似文献