应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究     

刘庆明  李猛  马爱军  王新安  黄智慧  郭建丽 《海洋与湖沼》2012,43(6):1141-1148

利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。  相似文献   

基于线粒体基因的石珊瑚分子系统学研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

刘丽  李晓娜  陈育盛  刘楚吾 《海洋与湖沼》2012,43(4):814-820

以广东徐闻地区常见的6科10属17种石珊瑚的21个样本为研究对象,对线粒体COⅠ、16SrRNA和mtSSU三基因片段数据进行了联合分析,并计算了属间和科间遗传距离;利用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建了分子系统树。序列分析结果显示,石珊瑚线粒体基因碱基构成同样具有AT偏倚特征;石珊瑚属间的遗传距离显著大于属内遗传距离,而所有石珊瑚与两个外类种群的距离均大于石珊瑚之间的遗传距离;在系统发育树中,分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,暗示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制。  相似文献   

MOLECULAR TAXONOMY OF SYMBIOTIC DINOFLAGELLATES IN SCLERACTINIAN CORALS     

《海洋与湖沼》2012,43(4)

通过nlsrDNA（nuclearlarge．subunitribosomalDNA）及nssrDNAfnuclearsmall．subunitri．bosomalDNA）的PCR—RFLP研究广东徐闻地区8科15属25种62个造礁石珊瑚样本的共生藻。结果表明,共生藻nlsrDNA的RsaI酶切基因型只存在一种,属于C系群共生藻;而nssrDNA的MobI和TaqI两种酶切都存在两种基因型。实验进一步通过PCR直接测序法得到62个造礁石珊瑚样品的共生藻ITS序列,与GenBank上的4种虫黄藻ITS序列构建Neighbor．Joining系统发育树,结果表明该区的造礁石珊瑚共生两种不同种类（亚系群）的共生藻,分别为c1亚系群与C15亚系群共生藻,两个亚系群间的遗传距离为0．019。广东徐闻地区造礁石珊瑚共生藻多样性偏低,暗示该地区珊瑚礁生态系统应对环境变化的能力可能较弱。  相似文献   

基于微卫星标记的三疣梭子蟹家系系谱认证   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘磊  李健  刘萍 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2012,(Z2):38-44

用6个微卫星标记对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的6个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星标记在6个家系中显示了高度的遗传差异,6个位点的多态信息含量(PIC)分别为Pot09位点0.6045,Pot14位点0.6072,Pot17位点0.8130,Pot18位点0.6870,Pot25位点0.7839,Pot42位点0.6330。6个多态性位点共发现了32个等位基因,每个位点的等位基因数在4～8个之间。不同位点共发现7个家系特异性等位基因,2#和3#家系中各发现2个,1#、5#、6#家系中各发现1个,4#家系未发现特异性等位基因。根据已知亲本及子代基因型,可推断出6个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在Pot18位点可将1#家系和6#家系与其他家系相区别;Pot14位点和Pot17位点可将3#家系与其他家系相区别;Pot42位点可将5#与其他家系相区别;Pot17位点和Pot25可将2#家系与其他家系相区别。因此,Pot18位点、Pot14位点和Pot17位点、Pot42位点、Pot17位点和Pot25位点可分别用于鉴别1#和6#家系、3#、5#、2#家系的特异性标记。研究表明,在选用的6个微卫星标记中,最少选用3个标记可鉴别6个三疣梭子蟹家系。  相似文献   

基于多参数指标的长江口滨岸多环芳烃来源辨析(英文)     

欧冬妮  刘敏  程书波  侯立军  许世远  王丽丽 《地理学报(英文版)》2010,20(2):283-294

Samples of suspended particulate matters(SPMs),surface sediment and road dust were collected from the Yangtze estuarine and nearby coastal areas,coastal rivers,and central Shanghai.The samples were analyzed for the presence of 16 polycyclic aromatic hydrocarbons(PAHs)in the USEPA priority-controlled list by GC-MS.The compound-specific stable carbon isotopes of the individual PAHs were also analyzed by GC-C-IRMS.The sources of PAHs in the SPMs and surface sediments in the Yangtze estuarine and nearby coastal...  相似文献   

太平洋牡蛎HSP70基因SNPs开发及其与温度相关性分析     

《广东海洋大学学报》2017,(3)

利用高通量二代测序联合先进的高分辨率熔解曲线技术,在牡蛎HSP70基因中开发并验证SNP标记,获43个能够分型的SNP标记,其中33个转换类型SNP,10个颠换类型SNP标记。随机挑选8个SNP位点在大连及厦门共计116个样本中进行分型分析,8个标记位点均符合H-W平衡,最小等位基因MAF在0.037 3~0.495 7之间。有2个标记基因型在不同地域群体间具有显著差异,O_H70-20标记的T等位基因在南方群体中的频率更高,表现出更高温度耐受性(P=0.025,OR=1.809,95%CI:1.074~3.044)。O_H70-41位点T等位基因频率在大连群体中明显高于厦门群体(P=0.003,OR=0.394,95%CI:0.210~0.733),该位点的T等位基因携带个体则表现出低温耐受性。NGS-HRM策略为牡蛎SNP标记开发提供简洁、高效的方法。  相似文献   

高山榕叶斑病菌的分离及鉴定     

《广东海洋大学学报》2017,(3)

从高山榕(Ficus altissima Bl.)叶斑病的病叶上分离到一株真菌,经接种鉴定为高山榕叶斑病的病原物。通过形态学观察,发现该病原物为链格孢属(Alternaria sp.)。利用直接菌落PCR测定了此病原物的核糖体DNA的转录间区、内聚半乳糖醛酸酶基因以及基因组中OPA1-3区域的DNA。结合序列分析和形态学观察结果,该菌鉴定为A.gaisen。  相似文献   

恒星气体云中首次发现糖分子：或暗示生命存在     

《地理教学》2012,(22):58-58

新浪环球地理讯北京时间8月31日消息,据美国国家地理网站报道,天文学家们近期取得了一项“甜蜜”的发现,他们发现在一颗距离地球约400光年远的恒星周围的气体云中存在单个的糖分子,这一发现提供了在另一颗行星上存在生命的一种可能性。  相似文献   

一种基于标记分水岭的高分辨率遥感影像分割方法   总被引：2，自引：0，他引：2  

李珀任  潘懋  杜世宏 《地理与地理信息科学》2012,28(5):10-15

为避免分水岭分割高分影像的过分割现象并充分利用高分影像的特点,该文提出一种基于标记的分水岭分割方法,即基于影像先验知识指导分割的原则,对遥感影像进行各向异性扩散平滑滤波后,计算生成融合了光谱和纹理特征的梯度图像;从梯度图像中提取标记重建对象的边缘特征,并执行基于标记的分水岭变换,得到最终的分割结果.实验表明,该方法能够充分利用高分影像的特征信息,并能有效地抑制分水岭过分割现象.  相似文献   

宇宙信息     

《天文爱好者》2008,(2):16-19

中日科学家发现新褐矮星,我国第24次南极考察全面展开,LAMOST天体测量支持系统完成测试,SETl@home期待你参与,彗星物质形成于太阳系的不同区域地外行星形成盘中发现有机分子,天文学家成功预言地外行星,  相似文献