大口鳒线粒体DNA控制区结构和鲽形目鱼类的系统进化初步研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

张艳春  孔晓瑜  王忠明 《热带海洋学报》2010,29(6)

测定大口鳒Psettodes erumei线粒体控制区全序列,并与其他7种鲽形目鱼类控制区结构进行比较分析.结果表明,大口鳒线粒体控制区全长大约1601bp,5'端和3'端分别存在56bp和8bp的串联重复序列.除此之外,其控制区结构和其他种类相似,分为终止相关序列区(TAS)、中央保守区(CSB-D、CSB-E、CSB-F)、保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),同时在CSB-D后还识别出鲽形目保守的Poly-T结构.比较了8种鲽形目鱼类控制区全序列和去除重复序列后控制区序列的碱基组成变化,结果显示前者的种间差异明显大于后者,变异系数约是后者的两倍.这种差异主要是由于重复序列的异质性如长度及其拷贝数不同、碱基组成不同所造成的.基于控制区部分序列对鲽形目12种鱼类进行系统分析,结果显示,在鲽形目内部大口鳒分类地位最原始;鲽亚目先与鳎亚目聚在一起,后与鳒亚目聚在一起,这个结果与基于形态特征的系统关系相符.  相似文献   

The genotoxic effects of benzo[a]pyrene and methamidophos on black porgy evaluated by comet assay     

刘日先洪华生  王新红王克坚 王春光 《中国海洋湖沼学报》2005,23(4):455-460

In this study, two common pollutants （benzo[a]pyrene and methamidophos） in marine environment were tested by comet assay for their inducement of in vivo genotoxic effect to the blood cells of black porgy （ Acanthopagrus schlegeli）. The fish was exposed to 2 μg/L of benzo[a]pyrene （BaP） and methamidophos, and their mixture. The assay was performed on whole blood at 2 h, 5 h, 24 h and 96 h exposure intervals. A significant increase in DNA damage was observed in each treatment with the pollutants. Additive effect of BaP and methamidophos was also found in the experiment. However, the decrease ratios of DNA damage for 5 h and 96 h exposure interals compared with 2 h and 24 h exposure ones, respectively, were noticed. This phenomenon may be explained by the function of repairing process via enzyme cytochrome P450 in the animal. Evidence of the genotoxicity of organophosphorus pesticides （OPs） and polynuclear aromatic hydrocarbons （PAHs） on marine fish are discussed in this paper.  相似文献   

Genetic study of Kelp “901” strain     

夏鹏王秀良  李晓捷赵玉山姚琳  段德麟 《中国海洋湖沼学报》2005,23(2):152-157

Based on DNA extraction and optimization of random amplified reaction (RAPD) to the gametophytes and sporophytes of Kelp “901” strain, genetic study on variation was conducted to its parents and offsprings of F6, F7,Fs, and F9 generation. RAPD results have shown that among 30 selected primers for gametophytes, 297 loci ranging from 200 to 3 000 bp were obtained in the average of 9,9 loci for each primer, This indicated a high polymorphic rate with RAPD detection. UPGMA (unweighted pair-group method arithmetic average) analysis showed that each male and female gametophyte of a generation could be clustered into one pair separately. The genetic distances of the Kelp 901 generation were 0.321 2-0.476 7, and the maximum was between F7 and Fs (0.476 7). Identity analysis showed that F6 generation was more close to the female parent (0.659 3), and F7 generation was more close to the male parent (0.5788). To the sporophytes study in 24 selected primers for RAPD amplification, 191 loci ranging from 230-2 800 bp were obtained, in the average to each primer of 8.0 loci. The heterozygosity to six populations were male parent (0.223 9),female parent (0.107 2), F6 (0.216 4), F7 (0.228 6), F8 (0.229 6) and F9 (0.317 2). The nearest genetic distance was 0.083 5 (Fs, F9). Total heterozygosity (HT) ofF6, F7, F8 and F9 generations was 0.318 6, the average heterozygosity (Hs) for F6,F7, F8 and F9 generations was 0.248 0, and deduced coefficient of population differentiation (Gst) was 22.2%. Six sequence characterized amplified regions (SCAR) were preliminary screened through RAPD analysis. It needed to be verified in detail as they are significant for molecular marker assistance in breeding and selecting Laminaria.  相似文献   

RAPD分析中最适样本量和位点数的研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

刘丽  刘楚吾  曾健民 《广东海洋大学学报》2005,25(4):1-4

用25个引物,对40个样本扩增,研究了勒氏笛鲷随机扩增多态性DNA(RAPD)分析中的最适样本量和位点数。结果显示:在样本量达到20且位点数达到70个以上时,遗传距离趋于一个稳定的数值,即在RAPD分析中,样本数应达到20且位点数应达到70才能保证结果的可靠性。  相似文献   

双链DNA片段的碱基空间模式BSP——基因组调控区的一种可能的信息编码方式     

李许卿 《天文研究与技术》2002,(1)

生物体可看作是一种特殊的信息处理系统 ,论文的第二章从这种观点出发讨论了生物细胞内最大的信息源基因组DNA序列的信息编码问题。首先探讨了基因组蛋白质编码区的信息编码问题 ;简要回顾转录水平的基因表达调控后 ,讨论了基因组基因表达调控区的信息编码问题。第三章介绍了我们利用internet上可获取的开放的生物信息学资源 ,对基因组DNA调控区的一种可能的编码方式所进行的理论研究。这种可能的编码方式我们称之为双链DNA上的碱基空间模式BSP (BaseSpatialPattern)。首先 ,我们发现了由三联体BSP介导的一种 4与 2 0的关系 ,称为 4 -BSP -2 0关系。并推测 4 -BSP -2 0关系也许是某些DNA—蛋白质相互作用中的一种识别密码 ;第二 ,研究真核细胞转录调控中的DNA—蛋白质相互作用的实验数据表明 :某些DNA结合蛋白质对双螺旋核酸的专一性识别可能与BSP有关。并找到了 7组由其他生物学家公开发表的实验数据支持这一猜测 ;第三 ,研究了BSP的形式化描述问题 ,找到了一种基于等价类的BSP描述方法 ,并开发了相应的计算机处理算法。该描述方法简明且便于用计算机进行处理 ,更重要的是它提供了一种研究途径 ,可把BSP和 4 -BSP -2 0关系推广到单链DNA (ssDNA)和ssDNA -蛋白质相互作用的研究中 ,从而可进一步推广到RN  相似文献   

基于COI序列的翡翠股贻贝Perna viridis线粒体遗传特性分析及其近缘种间的系统关系探讨   总被引：1，自引：0，他引：1  

位正鹏  孔晓瑜  吴相云  喻子牛 《热带海洋学报》2009,28(6):72-78

应用通用引物 COIL 1490和 COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增，获得661bp长度的COI基因片段，经过比对性腺与体细胞的COI片段，发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型，即体内只有一种线粒体DNA类型，没有发现双单性遗传现象，雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低（0.31%）。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树，对股贻贝属3种间的系统关系进行了分析，结果表明，翡翠股贻贝P. viridis与P. canaliculus 和 P. perna 之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。  相似文献   

鲸尸＂牧场＂     

吴溪 《海洋世界》2009,(10):43-45

多毛环节动物新物种的发现将有助于人类进一步了解生物在地球上的分布状况以及不同物种之间的差异。DNA技术表明，海洋中物种的丰富程度远超过人类的想象。  相似文献   

一种共生藻PCR模板DNA的快速制备法          下载免费PDF全文

龙寒  禤金彩 《应用海洋学学报》2019,38(4):585-591

采用Chelex-100树脂法制备了26个物种(分别属于腔肠动物门、海绵动物门和软体动物门)的共生藻以及一株纯培养共生藻的DNA样品。通过PCR扩增叶绿体23S rRNA基因片段获得了26个有效序列,测序比对结果显示获得的序列与扩增目的基因相符。该方法不仅样品消耗量小、操作时间短、设备需求低廉,而且可以避免使用有害化学试剂。这是一种高效、环保的DNA提取方法,可为共生藻分子研究提供技术参考。  相似文献   

DNA分子标记在水生动物遗传学上的研究进展   总被引：2，自引：0，他引：2  

刘云国  陈松林  李八方  汪东风 《海洋科学》2005,29(10):58-64

遗传变异是生物的重要特征之一，它决定着生物的存在和发展，因而成为人类一直极力要揭开其奥秘并进行能动性改造的方面之一。随着分子生物学理论和技术的发展，以及与水生生物遗传学的相互渗透，近十几年来，分子标记、基因克隆和基因转移技术取得了惊人的进展，一些新基因目前已稳定地转人多种水生生物中。目前分子标记辅助选择育种和基因转移已成为培育新品种的有效手段。与主要的农作物相比，水生生物大多数性状均表现为数量遗传、个体基因组高度杂合、进行传统的遗传育种非常耗资、费时和费力。分子生物学技术的介入，特别是DNA分子标记技术的发展和应用，对水生动物遗传学研究起到了巨大的推动作用。DNA分子标记大多是以DNA片段的电泳谱带形式表现的。依据其遗传特性，可分为显性和共显性标记两种。依据其在基因组中的出现频率，又可分为低拷贝序列标记和重复序列标记。依其多态性检出所用的分子生物学技术，可分为以Southern杂交技术为基础的分子标记，  相似文献   

洱海沉积物中有机质和DNA的分布特征   总被引：7，自引：0，他引：7  

魏中青  刘丛强  梁小兵  汪福顺 《沉积学报》2004,22(4):672-675

测定了洱海沉积物中有机碳、氮,提取了沉积物中的DNA。有机碳氮呈现相同的变化趋势降解主要发生在表层10cm;7cm前后氧化-还原条件变化,微生物电子受体改变,所以有机质的降解方式不同,出现不同的特征。利用分子生物学和地球化学相结合的方法,能更全面的认识和理解早期成岩过程。  相似文献