基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测     

王忠良  丁燏  许尤厚  简纪常  鲁义善  王蓓  陈刚  吴灶和 《海洋与湖沼》2015,46(3):687-693

为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。  相似文献   

红鳍笛鲷弧菌病病原的研究   总被引：7，自引：0，他引：7  

李永芹  简纪常  吴灶和 《广东海洋大学学报》2004,24(6):1-5

从广东湛江特呈岛鱼排取患病红鳍笛鲷进行病原分离、纯化,得到一株病原菌Ls 1。该菌 为革兰阴性短杆菌,有运动性,菌落半透明,最适温度28～30℃,需盐生长,氧化酶反应阳性,发酵 葡萄糖不产气,不发酵肌醇,对弧菌抑制剂O/129敏感。经API ID32E细菌鉴定系统及弧菌科细 菌生化鉴定管鉴定,该菌为一株溶藻弧菌(Vibrioaginolyticus);其对红鳍笛鲷的半数致死量为6.32 ×105mL-1。药敏试验结果表明,该菌对阿莫西林、先锋V不敏感,对新生霉素、卡那霉素、多粘菌 素B、四环素中度敏感,而对庆大霉素、氟哌酸、氯霉素、红霉素、链霉素和复方新诺明等有较高的敏 感性。  相似文献   

草鱼呼肠孤病毒vp5基因诱饵重组载体的构建、转化与自激活作用检测     

谢吉国  闫秀英  简纪常  吴灶和 《广东海洋大学学报》2012,(3):42-48

根据草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV)的vp5基因设计特异性引物,并扩增其开放阅读框序列(open reading frame,ORF),然后连接至pGBKT7载体上构建酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-vp5,转化至酵母菌Y2HGold,并进行PCR鉴定以及自激活性和毒性检测。PCR、酶切以及测序表明,pGBKT7-vp5重组诱饵载体构建成功。自激活性和毒性检测显示,阳性重组菌株pGBKT7-vp5/Y2HGold和阴性对照菌株pGBKT7/Y2HGold在SD/-Trp平板上出现大小相一致的乳白色菌落,且在SD/-Trp/X-α-Gel、SD/-Trp/AbA+/X-α-Gel平板上生长出蓝色菌落,而在SD/-Trp/-Ade/-His无菌落出现。表明重组菌株pGBKT7-vp5/Y2HGold表达的融合蛋白激活了报告基因AUR1-C和MEL1,没有激活报告基因ADE2和HIS3并且对宿主菌无毒性。该重组诱饵载体可用于酵母双杂交系统进一步筛选cDNA文库中与其相互作用的蛋白。  相似文献   

RNA干扰对LCDV-cn在牙鲆体内复制的影响     

闫秀英  邢明清  郑风荣  孙修勤  简纪常  吴灶和 《广东海洋大学学报》2013,(1):38-43

海水养殖生物病毒病是世界性难题,淋巴囊肿病毒中国分离株(LCDV-cn)是牙鲆(Paralichthys olivaceus)淋巴囊肿病的病原。以mcp基因为靶基因,设计siRNA-mcp1、siRNA-mcp2、siRNA-mcp3等3条siRNA序列,研究RNA干扰(RNAi)对淋巴囊肿病毒在牙鲆体内复制的影响。结果表明,牙鲆体内注入siRNA-mcp1和siRNA-mcp3后,mcp基因的表达有所下调;统计分析表明,注入siRNA-mcp1后,mcp基因的表达下调明显,具有显著性差异(p<0.05),注入siRNA-mcp2、siRNA-mcp3后,mcp基因的表达下调不明显,差异不显著(p>0.05)。本实验中初步实现了RNAi对LCDV-cn复制的抑制作用。  相似文献   

融合蛋白IL6-OmpW的质粒构建及表达纯化     

黄浦江  黄郁葱  简纪常  吴灶和  鲁义善  黄瑜  樊云霞 《广东海洋大学学报》2013,(4)

以重组质粒pMD18-T/IL6和pMD18-T/OmpW为模板,分别扩增红笛鲷IL-6基因和哈维氏弧菌外膜蛋白OmpW基因,运用PCR重叠延伸剪切技术,将IL-6和OmpW基因融合,将融合基因定向克隆到原核表达载体pET-32a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态,经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导融合蛋白高效表达,融合蛋白分子质量约为66.6 ku。优化后表达条件为温度37℃,IPTG浓度0.2 mmol·L-1,诱导时间5 h。用HisTrap HP亲和柱纯化重组蛋白,最佳咪唑洗脱浓度为400 mmol·L-1,纯化蛋白的质量浓度为480μg·mL-1。Western-blot分析显示,该融合蛋白可与鼠抗His-tag单克隆抗体发生特异反应,表明目的蛋白得以正确表达。  相似文献   

湖光岩拮抗菌的研究   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

丁燏  简纪常  吴灶和  柏莉莉  刘剑峰  林丹  余军 《海洋与湖沼》2009,40(3):380-384

采用涂布法、划线分离法以及形态学和生理生化特性分析，对湛江湖光岩微生物进行了分离纯化及部分性质研究；同时用平板菌落计数法对其异养细菌、真菌和弧菌等的数量进行初步统计。采用牛津杯法，对拮抗细菌进行筛选和培养特性研究。结果表明，微生物数量与种类在水平分布上具有显著差异。底泥异养菌总量为（1．3—8．6）&#215;10^8 cfu／g，真菌总量为（0．1—5．7）&#215;10^7 cfu／g。而水体细菌总量为（0．5—6．7）&#215;10^5 cfu／ml，真菌总量为（0．4-1．1）&#215;10^3 cfu／ml。共分离纯化到148株细菌，经筛选发现16株细菌对溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）具有明显的抑制作用，占细菌总数的10．8％，其中菌株DH078和DH113对溶藻弧菌的拈抗作用最明显。结果还表明，细菌DH078在营养肉汤中培养4d抑菌活性最强，其产生抗菌活性物质的最佳条件是稀释2倍的营养肉汤、蛋白胨0．6％、牛肉膏0．6％、酵母膏0．2％、盐度0和pH7．0。可见湖光岩微生物资源较为丰富，本研究可为保护和充分开发利用湖光岩微生物提供科学依据。  相似文献