基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究     

吴仁协  肖瑶  牛素芳  翟云  张浩冉  陈伟勇  黎晓 《海洋与湖沼》2019,50(2):365-377

黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。  相似文献   

罗非鱼源无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)新型AI-2信号分子受体RbsB蛋白结晶生长研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

樊博琳  潘丽霞  王忠良  黎源  简纪常  王蓓 《海洋与湖沼》2020,51(1):132-140

为了开展无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)核糖结合蛋白(Ribose binding protein B,RbsB)结构功能的研究,本实验根据已知无乳链球菌ZQ0910全基因组序列设计相关引物。采用PCR方法扩增其RbsB基因,随后将该基因定向克隆到原核表达载体pGEX-6p-1中,在大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中进行IPTG诱导表达;采用HRV 3C蛋白酶切除GST标签,分子筛分离获得RbsB蛋白;运用生物信息学软件对RbsB基因序列进行分析,并对RbsB蛋白二级和三级结构进行预测;采用NeXtal Tubes JCSG Core Suite结晶试剂盒筛选蛋白结晶条件。研究结果表明,该基因全长为969碱基,编码322个氨基酸,RbsB蛋白理论分子量33.9ku,等电点为9.41,二级结构中α螺旋结构所占比重最高,建立RbsB蛋白三维结构模式图;经IPTG诱导后表达的融合蛋白分子量为59ku,筛选RbsB蛋白的初始结晶条件为(0.2mol/L di-Potassium hydrogen phosphate,20%(W/V)PEG3350;1.5mol/L ammonium sulfate,25%(V/V)Glycerol),获得RbsB蛋白结晶体。本研究结果可为无乳链球菌核糖结合蛋白(RbsB)的功能解析提供实验及理论基础。  相似文献   

基于形态学特征和DNA条形码对中国沿海银口天竺鲷属(Jaydia)分类研究     

罗植森  易木荣  刘思杓  邱康文  谷穗  颜云榕 《海洋与湖沼》2020,51(5):1246-1256

本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰，同种异名多，种类误鉴等分类问题，结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本，经形态学特征鉴定为：横带银口天竺鲷Jaydia striata（Smith&Radcliffe，1912），特征为体侧有7—11褐色宽横带，腹鳍、臀鳍浅灰色；印度洋银口天竺鲷J.striatodes（Gon，1997），特征为体侧有7—11褐色宽横带，臀鳍后缘黑色；白边银口天竺鲷J.novaeguineae（Valenciennes，1832），特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边；黑边银口天竺鲷J.truncata（Bleeker，1855）特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带，尾鳍后缘黑色带略宽；史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus，1970，特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带，尾鳍后缘黑色带略细；斑鳍银口天竺鲷J.carinatus （Cuvier，1828），特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑；黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera （Cuvier，1828），特征为臀鳍淡黄色，鳍膜间有一暗点。研究发现Apogon arafurae并不是J.truncata同种异名，学名应更正为Jaydia poeciloptera。基于线粒体COI基因K2P遗传距离显示，J.striata、J.smithi、J.truncata种内遗传距离大于2%。构建NJ系统发育树发现红海、阿拉伯海和北部湾的J.smithi分成2个单系支。结合NJ树分析发现，J.smithi和J.poeciloptera均出现错误鉴定，认为GenBank上传的序列（MH085808、JQ681491）存在误鉴，实为J.poeciloptera。  相似文献   

军曹鱼（Rachycentron canadum）幼鱼对环境低氧胁迫氧化应激与能量利用指标的响应     

李洪娟  陈刚  郭志雄  王维政  黄建盛  曾泽乾 《海洋学报》2020,42(4):12-19

本文探究环境低氧对军曹鱼(Rachycentron canadum)氧化应激和能量利用指标的影响，为军曹鱼的健康养殖提供参考依据。通过设置低氧胁迫–恢复实验，将军曹鱼幼鱼(平均体质量(220.67±20.73)g)在低氧((2.64±0.25)mg/L)胁迫3 h及复氧((6.34±0.15)mg/L)8 h、24 h和48 h后，测定其肝脏和肌肉组织的氧化应激与能量利用指标。结果显示，低氧胁迫后，肝脏中丙二醛（Malondialdehyde，MDA)、过氧化氢酶(Catalase，CAT)和谷胱甘肽还原酶(Glutathione Reductase，GR)活力均显著低于对照组(p<0.05)，乳酸脱氢酶(Lactate Dehydrogenase，LDH)活性显著高于对照组(p <0.05)；肌肉中MDA和脂质过氧化物(Lipid Peroxidase，LPO)活性均显著低于对照组(p<0.05)，超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase，SOD)和LDH活性均显著高于对照组(p<0.05)；肌糖原和肝糖原含量极显著低于对照组(p<0.01)。复氧过程中，肝脏和肌肉中MDA、LPO、SOD、CAT、谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione Peroxidase，GPx)和GR含量均出现不同程度的升高；肝糖原在复氧24 h后显著高于对照组(p<0.05)，复氧48 h后显著低于对照组(p<0.05)；肌糖原在复氧8 h、24 h和48 h后均显著低于对照组(p<0.05)。研究表明，低氧胁迫能够对军曹鱼幼鱼机体造成一定的氧化损伤，肝脏和肌肉组织的酶活力和能量供应发生变化；低氧胁迫后的再复氧环境，对机体造成更为强烈的氧化损伤，可通过自身生理调节逐渐恢复到正常水平。  相似文献   

12月龄多鳞鱚形态性状对体质量的影响     

余家旺  王耀嵘  林星桦  沈奕君  李广丽  黄洋  朱春华  田昌绪 《广东海洋大学学报》2022,(1)

【目的】研究12月龄多鳞鱚(Sillago sihama Forssk?l)形态性状与体质量之间的关系,筛选适用于选育的主要形态性状。【方法】测定12个形态性状与体质量的表型参数,通过通径分析、相关分析和多元回归分析估计主要性状对体质量的直接影响和间接影响。【结果】12月龄多鳞鱚13个性状之间的相关系数均达到极显著水平(P<0.01)。通径分析表明,体高(X1)、体厚(X2)、眼径(X7)、体长(X10)和背鳍前长(X11)对体质量(Y)有明显的直接影响;除体长外,其他生长性状对体质量的直接影响均小于它们对体质量的间接影响,同时,体长对体质量的直接影响最大。相关分析表明,上述5个主要性状是体质量变化的主要影响因素。体长对体质量的单独决定系数最大(0.331),5个主要性状对体质量的总决定系数为0.928。建立的以主要性状为自变量、体质量为因变量的回归方程为Y=-13.339+2.913X1+3.352X2-4.467X7+1.473X10+0.763X11。【结论】体长、体厚、眼径、体高和背鳍前长等5个主要性状是影响多鳞鱚体质量的核心性状,其中体长影响最大。  相似文献   

九孔鲍MSTN基因cSNP多态性及与生长性状关联分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

艾加林  栗志民  刘建勇  申玉春 《热带海洋学报》2019,38(2):78-85

九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)是中国南方具有较高经济价值的养殖贝类。肌肉生长抑制素(Myostatin, MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子, 因此MSTN基因是动物遗传改良的重要候选基因。为探究九孔鲍MSTN基因的多态性及其生长相关性, 实验采用PCR产物直接测序方法对九孔鲍MSTN基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛选, 对MSTN基因SNP与体质量、壳长、壳宽进行关联性分析, 运用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术检测九孔鲍MSTN基因不同基因型的表达水平。结果显示: 在九孔鲍MSTN基因中共筛选出9个SNP位点。SNP位点与生长性状关联分析发现, 九孔鲍MSTN基因编码区SNP位点g909C>T发生C/T同义突变与九孔鲍体质量、壳长、壳宽显著相关。TT基因型九孔鲍的体质量显著高于CC基因型和TC基因型个体; TT基因型的壳长、壳宽显著高于CC基因型(p<0.05)。通过qRT-PCR检测显示, 在九孔鲍MSTN基因SNP位点g909C>T的3种基因型中, TC和CC基因型的基因表达量显著高于TT基因型(p<0.05)。研究结果表明MSTN基因SNP位点g909C>T可作为九孔鲍标记辅助选择育种重要候选标记。  相似文献   

染色对海水珍珠结构和光泽的影响     

张艳苹  童银洪  杜晓东 《地质科学译丛》2011,(3):12-17

为了研究染色对海水珍珠结构和表面光泽的影响以及染料的主要渗透途径与结合部位,通过对比染色实验、扫描电子显微镜和宝石显微镜,对染色前、后的海水珍珠样品表面和内部特征进行了观察与分析,采用显微分光光度-偏光显微镜测量染色前、后海水珍珠样品的表面反射率变化以及运用红外光谱测定染色前、后海水珍珠样品的成分。结果表明,在染色过程中,染料是通过海水珍珠珠孔处珠核和珍珠层间的有机质空隙以及漂白造成海水珍珠表面有机质疏松结构而渗透到珍珠的内部,主要与海水珍珠内的有机成分作用而使其着色。染色后海水珍珠样品的砖墙型层状结构未改变;染料对海水珍珠表面的有机质疏松结构具有填充作用,增强了其表面的镜面效应,使光泽度增强。  相似文献   

孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析     

李培  王中铎  郭昱嵩  刘丽  刘楚吾 《台湾海峡》2011,30(4):517-521

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷（Lutjanuscampechanus）和勒氏笛鲷（L．russel—lii）的微卫星引物中筛选出适用于孟加拉笛鲷（L．bengalensis）和四带笛鲷（三．kasmira）的微卫星引物,并应用于三亚和湛江群体的遗传结构分析．结果表明：25对引物中筛选出13对可以稳定扩增出特异片段的引物,其中12对可在孟加拉笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带;10对可在四带笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态;9对为两个种通用．孟加拉笛鲷的湛江群体（zMJ）和三亚群体（SMJ）、四带笛鲷的湛江群体（ZSD）和三亚群体（SSD）的平均等位基因数分别为：3．8889、4．1111、4．3333、4．2222;平均观测杂合度分别为：0．5833、0．6389、0．5944、0．6389;平均多态信息含量分别为：0．4720、0．4692、0．5474、0．5257．将本实验所得结果与笛鲷鱼其他研究结果进行比较分析,可以看出目前湛江海域野生笛鲷的遗传多样性整体比较丰富,但部分野生笛鲷已表现出杂合子缺失的趋势,这势必会引起将来遗传多样性的降低,所以要尽旱对野生群体进行摸底调查。并找出解决养殖群体污染野生群体这一问题的方法．  相似文献   

马氏珠母贝红色闭壳肌F1代的家系选育及家系评定     

《广东海洋大学学报》2015,(4)

从马氏珠母贝F6代选育系中挑选红色闭壳肌雌雄亲本,构建了12个全同胞家系,利用Kung育种值与综合评定值Pi对家系进行了评定。结果表明,幼虫期阶段R2和R6家系的累积存活率显著高于其他家系(P0.05),R2和R6是壳长、壳高生长速率最快的两支家系。养成期阶段,各家系4个生长性状的生长速率差异显著(P0.05),R6、R2是生长性状最优的两支家系;R2、R6家系累积存活率显著大于对照组以及其余家系。红色闭壳肌F1代家系闭壳肌颜色表型率为R2、R6家系最高,分别为51%、50%。R2、R6家系的综合评定值Pi为最大,为两支性状优良家系。  相似文献   

不同条件下哈维氏弧菌(Vibrio harvey)对墨吉明对虾(Fenneropenaeus merguiensis)致病性研究     

赵吉臣  王刚  邓中宁  陈兆明  孙成波 《海洋与湖沼》2015,46(6):1413-1419

为研究墨吉明对虾弧菌病的防控方法, 本文通过人工注射感染的方式, 研究不同数量哈维 氏弧菌及在不同温度、盐度、pH、不同硝酸氮、亚硝酸氮和氨氮浓度条件下哈维氏弧菌对墨吉明对 虾的致病性的影响。结果表明: 当人工感染哈维氏弧菌数量为3.16×10⁸ CFU 时, 24 h 内对虾累计死 亡率为96.67%; 哈维氏弧菌数量为3.16×10⁶ CFU 以上, 实验结束时, 对虾累计死亡率都超过了 50.00%.在20-32℃ 范围内, 随着温度升高哈维氏弧菌致病力增强, 并且低温组(20℃ 实验组与 26℃ 实验组)对虾累计死亡率显著低于高温组(32℃ 实验组)(P<0.05).在温度为(24±1)℃ 时, 盐度为 20 时对虾累计死亡率处于较低水平; 在温度为(24±1)℃, 盐度为(22±1)时, 96 h, pH 为8.0 时对虾 累计死亡率最低, 并且与另外两个实验组差异显著(P<0.05); 温度为(24±1)℃, 盐度为(22±1), 硝 酸氮对感染哈维氏弧菌的墨吉明对虾有胁迫作用; 在亚硝酸氮浓度(1.0-10.0 mg/L)、氨氮浓度 (0.5-1.5 mg/L)范围内, 哈维氏弧菌对墨吉明对虾的致病性, 随着浓度升高而增强。本实验为墨吉明 对虾弧菌病的防控提供了理论基础。  相似文献