翘嘴红鲌(Erythroculter ilishaeformis Bleeker)种群遗传多样性的RAPD分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

张永正  张海琪  邵庆均  何中央 《海洋与湖沼》2007,38(6):581-584

采用RAPD技术对翘嘴红鲌养殖群体进行了DNA多态性检测.共采用40个随机引物进行扩增,其中14个引物可获得清晰且重复性好的扩增图谱,共扩增出121个RAPD位点,具有多态现象的位点为40个,多态位点比例为33.06%.翘嘴红鲌群体的遗传相似系数为 0.8878-0.9600,平均为0.9201,遗传变异度为0.0799.Shannon多样性指数为10.8824,Shannon多样性值为0.0899.研究表明,翘嘴红鲌目前的种质资源状况令人堪忧,改变目前人工繁育模式,建立原种、良种场,丰富物种遗传多样性是资源保护的基础.  相似文献   

应用最优化模型分析活断层与地震的关系   总被引：3，自引：0，他引：3       下载免费PDF全文

邵辉成  刘华峰  岳珠峰 《地震地质》2006,28(3):405-410

文中应用基于“多态”前兆模式及效能评价的最优效能单项模型参数选择方法,分析了3个地震带活断层(Qp3—Qh)与地震(M≥6)空间分布之间的关系。结果表明,河套地震带地震较集中分布在距断层20km的范围内,用其对6级以上地震进行地点预测有较高的准确性,R值达0.5,而对祁连山地震带30km范围内地震的发生地点进行预测,R值却仅为0.14  相似文献   

Inheritance Pattern of Microsatellite Loci and Their Use for Kinship Analysis in the Japanese Scallop Patinopecten yessoensis     

XU Kefeng    LI Qi College of Fisheries  Ocean University of China  Qingdao  P. R. China 《中国海洋大学学报(英文版)》2009,8(2)

The inheritance mode of seven microsatellite markers was investigated in Patinopecten yessoensis larvae from four con-trolled crosses,and the feasibility of using these markers for kinship estimation was also examined. All the seven microsatellite loci were compatible with Mendelian inheritance. Neither sex-linked barriers to transmission nor major barriers to fertilization between gametes from the parents were evident. Two of the seven loci showed the presence of null alleles in two families,suggesting the...  相似文献   

数量性状位点的相对选择效率     

王辉  陈瑶生 《广东海洋大学学报》2005,25(6):5-9

从理论上采用蒙特卡罗(Monte Carlo)模拟的方法研究了不同遗传力条件下数量性状位点的直接选择(DSQ)和以表型为基础的选择(TBS)在10个不重叠世代中的选择反应以及DSQ相对于TBS的优势。结果表明,在10个世代中DSQ的选择进展在几乎总是大于TBS的选择进展,说明DSQ较TBS具有优越性;但DSQ的相对选择效率(RSE)会随着世代数的增加而呈现较迅速下降的趋势,单个性状情况下RSE则呈直线下降的趋势。随着选择代数的增加,DSQ将失去其优越性,TBS在遗传进展上将超过DSQ。  相似文献   

基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性*     

黄景  欧泽奎  刘文广  何毛贤 《热带海洋学报》2020,39(5):1-18

塔形马蹄螺(Tectus pyramis), 海洋软体动物, 广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据, 平均测序深度为337.87倍, 测序质量值(Q₃₀)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签, 获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs), 其中有155个显著差异SNPs。3个群体的平均观察杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)值分别为0.1441~0.1611和0.2537~0.2695。平均多态性信息含量(PIC)为0.2048~0.2176。通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析, 将45个个体大致分为3个类群, 每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群。SZ和SY群体的遗传结构相似, 遗传距离最低(0.2510), 遗传分化系数F_st值最低(0.0818)。但XS与其他两个群体间的遗传分化明显, 尤其是XS和SZ群体(F_st=0.1868)。3个群体的遗传分化可能与海流和地理位置有关。  相似文献   

7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

田美  申欣  孟学平  程汉良 《台湾海峡》2012,31(2):189-194

与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料.  相似文献   

Genetic variability of half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis populations using microsatellite markers     

LIU Yunguo  GUO Yinghui  LIU Shuaishuai  LI Junfeng  YE Naihao 《海洋学报(英文版)》2011,30(3):76-83

Ten highly variable microsatellite loci were performed in order to evaluate the genetic variability of wild and hatchery samples of half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis. A group of 200 genotypes belonging to four wild samples, Laizhou (LZ), Weihai (WH), Qingdao (QD), Rizhao (RZ) and one hatchery sample, Mingbo (MB), were screened. All of the ten microsatellite loci screened in this study showed marked polymorphism. A total of 70 different alleles were observed over all loci. The number of alleles per locus ranged from 4.2 to 10.6. The average of expected and observed heterozygosity ranged from 0.67 to 0.82, and from 0.77 to 0.87, respectively. A total of 10, 16, 10, 11 and 5 unique alleles each were found in LZ, WH, QD, RZ and MB populations. The effective number of alleles varied from 2.87 for HSTS_7 to 6.83 for HSTS-h. The number of average genotypes ranged from 6.0 for HSTS_a to 15.4 for HSTS_h. As compared with the wild populations, the hatchery population, MB, showed significant genetic changes such as fewer alleles per locus (P <0.05), a smaller number of low frequency alleles (P <0.05), a small number of unique alleles and a small number of genotypes (P <0.05), all indicative of a reduction in genetic diversity.  相似文献   

文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨     

申欣  田美  孟学平  程汉良 《海洋科学》2011,35(7):7-13

线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列,全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因...  相似文献   

大弹涂鱼自然种群遗传多样性的RAPD分析   总被引：13，自引：1，他引：12  

金春华  钟爱华  黄福勇  张春丹  李明云 《海洋科学》2004,28(12):26-30

2002年9月以采自浙江宁海三门湾海区的大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris L．)为材料,对大弹涂鱼自然种群的遗传多样性进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,20个引物共扩增出100个DNA片段,多态位点比例(P)为21％,任意两个个体间遗传相似度(F)最大为0．9938,最小为0．9239,平均为0．9645。任意两个个体间的遗传距离(D)最大为0．0761,最小为0．0062,绝大多数为0．02000～0．0500;大弹涂鱼自然种群的平均杂合度(He)为0．2018,D平均值为0．0355;Shannon多样性指数(Ho)和Shannon多样性值(H)分别为5．918和0．0592。研究结果表明大弹涂鱼的遗传多样性水平比较低,应加强大弹涂鱼种质资源的保护。  相似文献   

DNA序列新特征的提取方法及其在重组位点识别中的应用     

程丽荣  赵熙强 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2023,(6):59-64

为提升重组位点识别的预测性能,本文提出了一种新的特征提取方法来识别重组位点。分别利用Word2Vec模型编码的3-gram向量和DNA特性获得两组表示DNA序列的新特征,与已有的特征(FastText模型获取)进行组合来表示DNA序列,使用支持向量机为分类算法,在基准数据集上进行5倍交叉验证。研究表明,本文提出的方法在识别重组位点方面获得了93.88%的敏感性、95.08%的特异性、94.54%的准确率和0.890 2的马修斯相关系数,以上指标均优于现有的方法,本文所提出的方法为解决生物学的序列信息提取问题提供了一种新思路。  相似文献