柄海鞘共附生细菌的分离培养与系统发育多样性研究     

苗婷婷  邢翔  杜宗军  陈冠军 《海洋科学进展》2012,30(1):111-118

通过纯培养和16SrRNA基因序列的相似性比对,并构建系统发育树对威海海域柄海鞘共附生细菌的多样性进行了研究。用2216E培养基从柄海鞘样品中分离到78株细菌,通过形态学特征和TCBS培养基选择性筛选后,选取30株具有代表性的菌株进行了16SrRNA基因测序和基于16SrRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,30株菌株分别属于细菌域的4个系统发育类群(Actinobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Gro-teobacteria)的11个科,11个属。根据16SrRNA基因序列,大多数菌株与其系统发育关系最密切的模式菌株之间存在一定的遗传差异(16SrRNA基因序列相似性为91.82%～98.93%)。其中菌株HQW7,HQYD1,HQWD4,HQE1和HQE2与相关模式菌株的16SrRNA基因最高相似度仅分别为91.82%,92.51%,92.99%,93.52%,93.87%,这5株菌可能代表新的分类单元。威海海域柄海鞘共附生细菌存在着较为丰富的物种多样性和系统发育多样性,并可能存在新的物种。  相似文献   

海洋琼胶降解细菌的筛选及HQM9琼胶酶研究     

吕国强  苗婷婷  邢翔  杜宗军  陈冠军 《海洋湖沼通报》2011,(4):32-39

对红藻门江蓠和石花菜的共附生的琼胶降解细菌进行了系统的分离,共筛选得到琼肢降解细菌25株,选择其中有代表性的15株进行了分子鉴定,鉴定结果表明这些细菌主要分布在Agarivorans,Cellulophaga,Alteromonas,Saccharophagus,Glaciecola,Vibrio六个属中,另外初步判定...  相似文献   

白色噬琼胶菌QM38β-琼胶酶基因agaD02 的克隆与表达     

王静  马吉飞  苗婷婷  李兆杰  杜宗军 《海洋科学》2010,34(8):6-10

从白色噬琼胶菌(Agarivorans albus)QM38基因组中扩增到一段编码β-琼胶酶的DNA序列,命名为agaD02。序列相似性分析的结果表明,基因agaD02和弧菌Vibrio sp.JT0107及Vibrio sp.PO-303的琼胶酶基因具有同源性,其相似性程度分别为98.7%和97.4%,而同GenBank中的其他序列同源性很低。对此基因的序列进行了分析,结果表明,其开放阅读框长度为2 868 bp,编码的蛋白质包含955个氨基酸,在蛋白数据库中的编号为ABM90422,推测其分子质量为106 ku,等电点为4.87。利用网上数据库资源和生物学软件对预测的琼胶酶蛋白序列进行了同源性分析和结构分析。设计两端含酶切位点的特定引物,克隆agaD02基因,构建入表达载体pET24a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3),转化后提取质粒进行酶切和电泳验证,转化后的大肠杆菌经诱导可产生胞外琼胶酶。  相似文献