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环境样品的低生物量是微生物宏基因组学研究面临的首要挑战,通过基因组扩增技术来满足高通量测序对DNA样品量的需求是最常用的解决策略。MALBAC(Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles)基因组扩增试剂盒最初为扩增和研究哺乳动物的单细胞基因组而研发。本文中,我们通过人工构建的微生物群落来检测该试剂盒在微生物宏基因组扩增方面的效率和应用可行性。结果表明,每个标准反应中,10 pg的DNA模板量足以满足MALBAC试剂盒对样品扩增的需要。每个标准反应DNA模板用量为10和100 pg时,所扩增DNA样品的基因组覆盖度与原始未扩增样品表现出高度的一致性,证明MALBAC试剂盒扩增效果的高度稳定性和一致性。常用的GenomePlex全基因组扩增试剂盒使我们可以在每个标准反应DNA模板量为100 pg的条件下扩增获得足够的DNA样品,但是结果表明该参照试剂盒无法有效的实现对群落中低丰度细菌菌株基因组的线性扩增。对于MALBAC试剂盒和参照试剂盒而言,在扩增高GC含量的微生物物种基因组DNA方面效率低下。我们的实验结果表明MALBAC试剂盒在高效扩增环境样品宏基因组DNA方面的可行性,但对该试剂盒在扩增环境样品中高GC含量微生物物种方面的适用性存在疑虑。 相似文献
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中国大陆科学钻探（CCSD）深部地层微生物研究——两株未培养地下微生物菌株原位含量的分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从地下1033．77米深处岩芯中提取微生物DNA,经PCR扩增,获得16S rDNA序列。选取其中两个序列(CCSD1305与CCSD1307),根据其16S rDNA可变区设计PCR引物,通过实时定量PCR分析,确定这两株未培养微生物在岩芯中的生物量。结果表明,CCSD1305与CCSD1307在该岩芯中的数量分别约为6．6×104和2．18×106个／克岩石。 相似文献
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本文介绍了中国大陆科学钻探（CCSD）微生物学研究中所建立起来的分子生物学技术，即环境基因组DNA提取、16SrDNA分析、Real-timePCR技术和磷脂酸分析技术。另外探索了防污染的手段以及监测方法，并介绍了我们以这种方法对CCSD的微生物学研究所得到的一些初步结果。 相似文献
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通过建立高效率的微生物未培养DNA提取技术和16SrDNA分析技术,在中国大陆钻探深层岩芯中发现微生物存在的证据。从地下430.00米(S1)与1033.77米(S13)深度岩芯中分别提取到微生物DNA,进行16SrDNAPCR扩增,通过对S13样品DNA中克隆得到的54个16SrDNA的序列测定,初步构建了该深度地下微生物群落的系统进化树,发现了23种不同的微生物序列存在。通过DAPI染色证明在地下1033.77米的微生物数量约为1×104个/克岩石,采用实时定量PCR分析分析,发现了其中两种微生物(CCSD1305与CCSD1307)的数量为6.6×104 /g岩石与2.18×106个/g岩石。 相似文献
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中国大陆科学钻探（CCSD）微生物研究——地下3900米一株细菌的分离与鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
在中国大陆科学钻探科钻一井的3911.28米处利用厌氧培养基分离到一株细菌CCSDFL3900,该菌的最适生长温度为65℃,兼性厌氧,革兰氏染色为阴性,端生芽孢,不运动,电镜观察无鞭毛。利用细菌16SrDNA通用引物对其16SrRNA进行PCR扩增,16SrRNA序列及其进化树分析结果显示,该菌为芽孢杆菌或地杆菌。生化试验检测显示,该菌株能够利用多种糖类发酵产酸,最终鉴定为热坚芽孢杆菌。 相似文献
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本文利用常规观测资料,对2019年第10号（简称1910号）台风“罗莎”在黑龙江省东部引发的暴雨过程进行分析。结果表明：此次暴雨过程,副热带高压稳定维持,“罗莎”沿副高边缘北上,受台风登陆后减弱的热带风暴影响,黑龙江省东部出现暴雨天气。台风携带大量水汽,同时副高西侧的偏南低空急流持续向暴雨区输送水汽,为暴雨提供了充分水汽条件。地面的辐合抬升作用及低层辐合、高层辐散的配置为暴雨提供了较好的动力条件。水汽通量散度及中低层垂直速度等物理量对暴雨落区和发生时间的预报有较好的指示意义。 相似文献
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