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为研究超深渊海参肠道微生物多样性,了解其所在沉积环境的物质循环特征,利用MiSeq高通量测序技术,对雅浦海沟海参肠道微生物16S rDNA的V3-V4和V4-V5可变区基因序列进行了扩增,并与近岸养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道微生物的多样性和组成进行比较。实验结果显示,与养殖刺参比雅浦海沟海参肠道细菌的多样性(辛普森指数和Chao1指数)和丰富度(ACE指数和香农指数)均较低;雅浦海沟海参肠道细菌主要包括γ-变形菌(Gammaproteobacteria,34.1%)、α-变形菌(Alphaproteobacteria,16.0%)和拟杆菌(Bacteroidetes,24.0%),古菌主要由奇古菌门(Thaumarchaeota,98.8%)组成;雅浦海沟海参肠道中,化能自养的氨氧化古菌亚硝化侏儒菌属(Nitrosopumilus)相对丰度达95.6%,甲基营养的硝酸盐还原菌(Methylotenera)相对丰度为10.6%;而养殖海参肠道中硫酸盐还原菌(28.1%)和硫氧化菌硫卵形菌属(Sulfurovum,13.7%)的相对丰度较高。16S rDNA基因序列的系统进化分析结果表明,亚硝化侏儒菌与超深渊沉积环境中奇古菌门亲缘关系最近,且遵循氨氧化古菌从陆地到深海进化的理论;雅浦海沟海参和养殖海参的肠道微生物组成差异可能反映了超深渊和近海沉积环境中氮循环、硫循环特征。本研究可以为揭示超深渊物质循环和能量流动及生命演化提供参考。 相似文献
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Two phenylquinolinones, including one new compound (1) and a previously isolated compound (2), were isolated from the ethyl acetate extracts of the fungus Aspergillus versicolor Y31-2, which was obtained from seawater samples collected from the Indian Ocean. The structures of these compounds were established by spectroscopic analyses. 4-(3-Hydroxyphenyl)-3-methoxyquinolin-2(1H)-one (1) exhibited moderate cytotoxicity against MCF-7 (human breast carcinoma cell line) and SMMC-7721 (human liver cancer cell line) cells with IC50 values of 16.6 and 18.2 μmol/L, respectively. To the best of our knowledge, this study represents the first reported account of the isolation of compounds 1 and 2 as the secondary metabolites of the seawater derived fungus Aspergillus versicolor from the Indian Ocean. 相似文献
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Seven bacterial clones with alginate-utilizing activity were isolated from rotten kelp. By activity test, the Vibrio sp.QD-5 with the potential alginate-degrading capability was chosen to carry out the draft genome sequencing, and the result showed that the Vibrio sp. QD-5 containing an alginate lyase gene cluster. One of these genes, aly-IV,was cloned and characterized for the first time. After overexpression, Aly-IV, with a molecular mass of about62 kDa and a theoretical isoelectric point(pI) of 5.12, was purified to a specific activity of 1 256.78 U/mg and showed highest activity at 35°C in the Tris-HCl buffer at pH of 8.9. Moreover, the enzyme activity was enhanced by the metal ions of Na~+, K~+ and Mg~(2+) under certain concentration. Aly-IV degraded favorably polyG blocks in an endo-type, yielding monomer and dimer as the main products. Due to its high substrate specificity, Aly-IV could be used as a potential tool for production of polyG oligosaccharides with low degree of polymerization(DP) and for determining the fine structure of alginate. 相似文献
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风成沙波纹因其规则的波浪形几何图案吸引着研究者的兴趣,但是对其发育过程的认识还比较薄弱。原因之一就是缺少高精度和高分辨率的沙波纹形态动态测量方法。传统的风成沙波纹形态动态测量方法采用的倾斜光源照射方式忽略了沙波纹脊线高度和走向的变化,会导致沙波纹高度测量错误和形态变形。本研究建立的激光片光源垂直照射沙波纹表面的方式纠正了这一问题,并分析了沙波纹形态及其参数随时间的变化规律。结果表明：（1）沙波纹发育形成过程的初始形成阶段、增长阶段和稳定阶段的时长都随风程长度的增加呈减小趋势,且风程长度越短沙波纹的发育进程越滞后,形成 “倒游现象”。（2）沙波纹的波高和波长都随时间先快速增大然后趋于稳定,而且波高增长速度随风程长度增加而增大。稳定阶段沙波纹平均高度和波长呈现随风程长度的增加而增大的趋势。（3）沙波纹指数、迎风坡指数和背风坡指数都随时间先快速减小然后基本保持不变,服从指数函数分布。稳定阶段平均沙波纹指数随风程长度增加而减小。（4）沙波纹移动速度总体上随高度增大而减小,平均移动速度随时间按幂函数减小,而且在风沙流未饱和时平均移动速度总体上呈随风程长度增加而减小的趋势。可见,风程长度是沙波纹定量中不可忽略的一个因素。 相似文献
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以海洋弧菌(Vibrio sp.QD-5)的基因组为模板,使用设计的褐藻胶裂解酶引物进行PCR扩增。将目的基因克隆至pet-22b(+)载体后进行测序。测序结果显示,基因aly-Ⅱ的大小为2 170bp,预测编码含有723个氨基酸的蛋白质。对该蛋白质进一步进行了生物信息学分析。利用ProtParam和ProtScale对蛋白质的理化性质进行分析,结果表明,蛋白质Aly-Ⅱ的理论分子质量为85.6kDa,理论等电点为5.1,并且是一种亲水性蛋白。利用软件MEG 6.0对蛋白质Aly-Ⅱ进行系统发育分析,结果显示,蛋白质Aly-Ⅱ很可能是PL-17家族的褐藻胶裂解酶。利用同源建模法构建蛋白质Aly-Ⅱ的三维结构,Aly-Ⅱ含有2个结构域,分别为(α/α)6toroid结构域和β-sheet结构域。 相似文献
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生物土壤结皮对库布齐沙漠北缘土壤粒度特征的影响 总被引：2，自引：1，他引：1
对库布齐沙漠北缘不同发育阶段的生物土壤结皮及其下层土壤粒度特征进行分析。结果表明：流动沙地和藻类结皮表层均以细砂和中砂成分为主,藓类结皮表层以细砂和极细砂为主。生物土壤结皮表层的中粉砂至黏土、粗粉砂和极细砂含量均高于其下层土壤。两种结皮样地均属于分选性较差等级,但结皮下层土壤分选性中等,3类曲线均不对称,属于正偏-极正偏等级,藓类结皮和藻类结皮表层的峰形均属于中等尖锐水平,而流动沙地的曲线尖窄。生物土壤结皮的成土作用随着结皮的发育阶段和土层深度的增加而表现出差异性和复杂性。 相似文献
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以海洋交替单胞菌(Alteromonas sp. Y-389)的基因组为模板,设计普鲁兰酶基因的引物并进行PCR扩增。将目的基因连接到载体pET-28a(+)后进行测序并进行生物信息学分析。结果显示,基因的开放阅读框全长4 347 bp,编码1 449个氨基酸的普鲁兰酶,为Ⅰ型普鲁兰酶,有4个保守的结构域,属于糖苷水解酶家族13;将重组质粒转化到大肠杆菌BL21(DE3),成功诱导出了可溶性的目标蛋白;随后对其酶学性质进行测定与分析,结果表明,该酶的比活力为54.53 U/mg,其最适的反应温度为35℃,最适pH为6.0,Na~+和Mn~(2+)对该酶的活性具有明显的促进作用,而Cu~(2+),Zn~(2+)与Fe~(2+)对其活性的抑制作用比较明显;其酶学参数K_m和V_(max)分别为3.12 mg/mL,228.8 U/mg,将为今后的规模化生产提供数据支持。 相似文献
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