中国对虾选育群体“黄海1号”和野生群体不同组织基因组DNA甲基化的MSAP分析     

何玉英  杜盈  李健  刘萍  王清印  李朝霞 《海洋学报(英文版)》2015,34(12):175-180

DNA甲基化在调节动物生长发育和组织分化中发挥了重要作用。本研究主要从酶切、预扩和选扩等方面优化了中国对虾DNA甲基化分析的MSAP技术,给出了适合中国对虾MSAP分析的最近反应程序和体系,并采用该技术分别对中国对虾选育群体"黄海1号"和野生群体的肌肉、鳃和血细胞三种组织基因组DNA的CCGG甲基化水平进行分析。研究结果表明,中国对虾野生群体肌肉、鳃和血细胞的DNA甲基化比例分别为23.1%、22.3%和19.7%,选育群体"黄海1号"肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为21.4%、19.6%和18.9%。鳃组织的DNA甲基化水平在两群体中差异极显著(P <0.01),肌肉间的甲基化水平差异显著(P <0.05),而血细胞中甲基化水平差异不显著(P >0.05)。中国对虾野生群体和"黄海1号"同一组织间的甲基化水平不同(P ≤ 0.05),而不同组织间的甲基化水平也各不相同(P ≤ 0.05)。DNA甲基化多态性分析表明,野生群体和选育群体"黄海1号"的鳃和血细胞组织的甲基化多态性比例变化明显,而肌肉组织甲基化水平较稳定,这些变化趋势与CCGG位点的甲基化和去甲基化有关。  相似文献   

人工诱导栉孔扇贝雌核发育胚胎的SNP标记分析     

陈亮  赵柏淞  李玲  商文聪  胡晓丽  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(2)

利用紫外线照射灭活的同源精子,激活栉孔扇贝(Chlamys farreri)卵子分裂,获得雌核发育胚胎,流式细胞仪检测胚胎细胞平均单倍体率为82.5%。对获得的胚胎进行全基因组扩增,获得足量的基因分型模板,利用高分辨率溶解曲线(HRM)技术对其进行96个单核苷酸多态性(SNP)位点分型。结果显示,诱导雌核发育胚胎的位点检出率为96.27%,其中99.06%的位点分型结果与相应雌性亲本相符;单个胚胎中只表现一种等位形式的位点占91.67%~96.88%,平均为94.81%,较雌性亲本的纯合位点比例(64.25%)明显提高。本研究利用灭活同源精子诱导获得栉孔扇贝雌核发育胚胎,并利用单个胚胎的全基因组扩增产物进行基因位点分析,为扇贝人工诱导雌核发育个体的早期多基因位点检测和评价提供参考。  相似文献   

Identification of Phase and Sex-related ISSR Markers of Red Alga Gracilaria lemaneiformis   总被引：1，自引：0，他引：1  

SUN Xue ZHANG Xuecheng MAO Yunxiang SUI Zhenghong QIN Song 《中国海洋大学学报(英文版)》2006,5(1):82-84

Six ISSR primers are employed to display the polymorphism of different phases and sexes of red alga Gracilaria lemaneiformis, and two of them, P1 and P3, amplified distinct band patterns. The ISSR pattern amplified by primer P1 of the female gametophyte is identical to that of tetrasporophyte, but distinct from that of male gametophyte. Of the bands produced by primer P3, one is specific to female gametophyte. Three morphologically similar fronds can be easily identified using ISSR technique. Two specific markers, SM1 and SF3, related to male gametophyte and female gametophyte, are cloned and sequenced. The homologous sequences of SM1 are found to encode a hypothetical protein. There is no homologous sequence of SF3 that can be found in GenBank.  相似文献   

应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究     

刘庆明  李猛  马爱军  王新安  黄智慧  郭建丽 《海洋与湖沼》2012,43(6):1141-1148

利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。  相似文献   

翘嘴鲌(Culter alburnus)TMEM-57基因的克隆、组织表达和单核苷酸多态性分析     

祁鹏志  郭宝英  谢从新  吴常文  陆诗敏  段友健 《海洋与湖沼》2012,43(6):1196-1201

采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了翘嘴鲌TMEM-57蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为2822bp,其中5′-UTR区93bp,3′-UTR区731bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)为1998bp,编码665个氨基酸。NJ法系统进化分析将同科或属中TMEM-57基因分成一个分支,表现出种属间的高度保守性。利用荧光定量PCR(qPCR)技术检测了不同组织的表达量,发现在卵巢中表达量最高,其次为心脏和脑。用直接测序法对TMEM-57基因部分区段单核苷酸多态性(SNP)进行了检测,寻找到11个新的SNP位点。  相似文献   

我国沿海棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）群体遗传结构的AFLP分析   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

郑德锋  赵金良  周文玉  严骏骢 《海洋与湖沼》2011,42(3):443-447

利用AFLP技术分析了我国沿海棘头梅童鱼8个地理群体（山东荣成、江苏南通、启东、上海芦潮港、浙江温州、瑞安、福建福州和广州番禺）的遗传结构特征。10对引物组合在8个群体160尾个体中共扩增出272个位点,多态位点72个,多态位点比例为26．47％。8个地理群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数分别为8．82％-15．...  相似文献   

Geographic structure of European anchovy: A nuclear-DNA study     

Yanis Bouchenak-Khelladi  Jean-Dominique Durand  Antonios Magoulas  Philippe Borsa   《Journal of Sea Research》2008,59(4):269-278

Atlantic–Mediterranean anchovies were genetically characterized at two polymorphic nuclear loci (intron 6 of two creatine-kinase genes) and compared to reference Engraulis albidus and E. encrasicolus samples from the northern Western Mediterranean to provide new insights into their geographic structure. Northeastern Atlantic anchovy, represented by one sample from the Canary archipelago and one sample from the Alboran Sea, were genetically distinct from Mediterranean E. encrasicolus (Weir and Cockerham's ^θ = 0.027–0.311), indicating geographic isolation from either side of the Almería–Oran oceanographic front. Generally smaller genetic differences were evident among anchovy populations from different sub-basins in the Mediterranean (^θ = − 0.019–0.116), the genetic differences between Black Sea and Ionian Sea/Aegean Sea anchovies being the strongest (^θ = 0.002–0.116). There was no evidence of the presence of E. albidus in our samples outside Camargue (northern shore of the Western Mediterranean). However, a sample from the southern Western Mediterranean appeared to be genetically intermediate between E. albidus and Mediterranean E. encrasicolus, indicating possible hybridization. Anchovy from the Benguela current system off southern Africa possessed allele frequencies characteristic of E. albidus at one locus and Northeastern Atlantic anchovy at the other locus, suggesting past introgression.  相似文献   

Distribution,Function and Polymorphism Characteristics of Microsatellites in Pyropia yezoensis Transcriptome     

LIU Yang  PAN Xue  XU Kuipeng  MAO Yunxiang 《中国海洋大学学报(英文版)》2019,(3):693-700

  相似文献   

皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai Ino)和杂色鲍(Haliotis diversicolor Reeve)遗传多样性的RAPD研究   总被引：13，自引：0，他引：13       下载免费PDF全文

李太武  杨文新  宋林生  苏秀榕  杨志彪  郭皓 《海洋与湖沼》2003,34(4):444-449

于 2 0 0 1年 8月— 2 0 0 2年 7月 ,选用 2 0条能产生清晰可重复扩增产物的随机引物 ,对皱纹盘鲍 (HaliotisdiscushannaiIno)、杂色鲍 (HaliotisdiversicolorReeve)进行了RAPD分析 ,共检测到 2 1 3个位点 ,在群体之间和个体之间都存在差异。利用PopGen32软件计算各群体扩增位点的多态性比例、群体遗传杂和度和群体间的遗传距离 ,多态比例分别为 43.66%、5 3 0 5 % ,2个群体的平均杂合度为 0 .1 5 5 7、0 .1 686。结果表明皱纹盘鲍与杂色鲍的亲缘关系较远。  相似文献   

同型半胱氨酸水平与脑梗死患者MTHFR基因C677T多态性之间的相关性研究     

王国保  沈群弟  吕丹萍 《寒旱区科学》2017,9(5):154-158

目的 探讨研究同型半胱氨酸（homocysteine,Hcy）水平与脑梗死患者亚甲基四氢叶酸还原酶（MTHFR）基因C677T的多态性之间的相关性。方法 选择2012年2月~2015年8月期间在笔者医院住院就诊的450例脑梗死患者作为研究组,其中糖尿病患者181例,非糖尿病患者269例,另外选择285例笔者医院门诊部健康的体检人员作为对照组,分别采用焦磷酸测序的方法检测分析MTHFR基因C677T的多态性,并分析各基因型与Hcy水平之间的相关性。结果 脑梗死组与健康对照组的MTHFR基因型分布之间的差异具有统计学意义（P<0.05）,脑梗死组T基因的频率明显比对照组高,差异有统计学意义（χ²=13.67,P=0.00）。脑梗死组患者的Hcy浓度明显高于健康对照组,差异有统计学意义（t=12.71,P=0.00）。脑梗死组患者各MTHFR基因型患者的Hcy水平之间比较,差异有统计学意义（F=17.68,P=0.00）。非糖尿病脑梗死患者的Hcy水平明显高于糖尿病脑梗死患者,差异有统计学意义（t=2.97,P=0.00）,非糖尿病组TT型的Hcy浓度明显高于糖尿病组,CC型的Hcy浓度明显低于糖尿病组,差异均有统计学意义（t=5.67,2.18;P=0.00,0.03）。糖尿病性脑梗死患者和非糖尿病脑梗死患者中,MTHFR基因为TT型的Hcy水平明显高于CC型和CT型,差异均有统计学意义（P<0.05）,而CC型和CT型的Hcy水平之间比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论 脑梗死患者比健康人的MTHFR基因C677T的T等位基因频率高,且脑梗死患者的MTHFR基因C677T为TT基因型时血清中Hcy的水平更高,由此判断TT基因型可能是脑梗死发生的危险因素。  相似文献