6个虾种基因组DNA多态性分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

许玉德  孙晟 《海洋科学》2001,25(1):9-11

采用RAPD方法检测了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii)、绿须虾（Aristeus virilis)、长毛对虾（Penaeus penicillatus)、日本对虾（P.japonicus)、斑节对虾（P.monodon)和周氏新对虾（Metapenaeus joyneri)等6个虾种的基因组DNA的多态性。用20个随机引物扩增得到492个DNA片段，根据这些片段的共享度计算出遗传距离并构建系统树。所得结果从DNA水平上反映出虾类在科属种不同分类阶元亲缘关系的远近，并为虾类现行的分类系统提供了分子生物学依据。  相似文献   

聚合酶链式反应在对虾病毒研究中的应用     

丁燏  郑莲 《海洋通报》2001,20(3):77-81

聚合酶链式反应是现代生物学领域一种非常重要的技术，本文介绍了这种技术在对虾病毒研究中的具体应用，包括病原检测、流行病学调查、寄生部位确定、同源性分析、DNA多态性分析、基因克隆与探针制备等。  相似文献   

应用ISSR标记分析三江平原狭叶甜茅不同种群的遗传多样性     

沈光  倪红伟  徐香玲 《湿地科学》2006,4(4):286-291

以三江平原狭叶甜茅(Glyceriaspiculosa)为研究对象,选取3个不同群落类型:狭叶甜茅优势种群落、狭叶甜茅和毛苔草(Carexlasiocarpa)为共建种的群落以及狭叶甜茅为主要伴生种的群落,共45个材料进行了ISSR分子标记分析。结果从41个引物中筛选出7个有效引物,扩增出80条清晰条带,平均每个引物扩增了11.4条带,其中70个位点是多态的,总的多态位点比率为87.5%,表明被测材料间ISSR标记多态性较高。利用Popgen(version1.32)软件分析了扩增结果,并得到了狭叶甜茅不同群落类型的遗传距离、遗传一致度、Nei和Shannon信息指数等遗传特征。结果表明,对于一个物种来说,当地理距离太近不能成为影响其遗传多样性水平的因素时,其构成的种群在群落中的地位将是影响遗传多样性水平的主要因素之一。  相似文献   

马氏珠母贝SNP标记开发及家系遗传多态性分析     

李耀国  刘文广  林坚士  何毛贤 《海洋通报》2016,35(1):96-102

利用13个源自转录组序列的SNP标记对3个马氏珠母贝(Pinctada fucata)家系进行遗传多态性分析及聚类分析。结果显示,家系1#、3#、6#的平均期望杂合度(He)分别为0.307 8、0.318 9和0.382 7;平均观测杂合度(Ho)分别为0.342 2、0.341 0和0.394 2;平均多态信息含量(PIC)分别为0.243 5、0.247 9和0.297 7。结果表明,3个马氏珠母贝家系具低度或中度遗传多态性,为马氏珠母贝内SNP应用于遗传多态性分析等提供了基础。利用SNP标记对3个家系进行聚类分析,发现半同胞家系1#和3#在家系及个体聚类中均先聚在一起,然后再与亲缘关系较远的家系6#聚在一起。新开发的SNP标记能较准确地对家系及个体进行聚类,为SNP标记应用于马氏珠母贝遗传关系分析提供了研究基础。  相似文献   

帘蛤科4种养殖蛤群体遗传多样性和种间关系的fAFLP分析     

彭永兴  程汉良  夏德全  吴婷婷  孟学平  吉红九  董志国 《海洋科学》2008,32(1):45-51

利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。  相似文献   

海南近海野生鞍带石斑鱼群体遗传多样性的RAPD分析     

符书源  尹绍武  陈国华  乔淑军  许丽丽 《海洋通报》2008,27(3):25-31

用RAPD技术分析海南近海野生鞍带石斑鱼群体的遗传多样性,从48个随机引物中筛选出20个引物对鞍带石斑鱼的DNA进行扩增,结果共检测出131个位点,其多态位点比例(P)为48.09%;利用RAPDdistance1.04软件获得海南野生鞍带石斑鱼群体21个个体间的遗传距离矩阵,依此计算出个体间平均遗传距离(D)为0.2650,个体间平均遗传相似系数(S)为0.7350;利用POPGENE1.3软件计算出Shannon遗传多样性指数(H0)为0.2266;与其他种类的石斑鱼群体的RAPD分析结果比较可知,海南近海野生鞍带石斑鱼群体仍保持着较丰富的遗传多样性.因此在海南发展鞍带石斑鱼的养殖业,可以选择海南近海的野生鞍带石斑鱼作为亲本进行人工繁殖,但应采取一些有效的保护措施,以避免遗传多样性的丧失.  相似文献   

Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA（RAPD）     

GAO Shan  HU Xiaozhong  CHEN Zigui  XU Henglong  YI Zhenzhen  LIN Xiaofeng  LIJiqiu 《海洋学报(英文版)》2009,28(1)

Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPD-primers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similari-ties were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0. 504 2-0. 763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5-0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, cor-responding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morpho-logical data did not correspond with each other well.  相似文献   

九孔鲍MSTN基因cSNP多态性及与生长性状关联分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

艾加林  栗志民  刘建勇  申玉春 《热带海洋学报》2019,38(2):78-85

九孔鲍(Haliotis diversicolor supertexta)是中国南方具有较高经济价值的养殖贝类。肌肉生长抑制素(Myostatin, MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子, 因此MSTN基因是动物遗传改良的重要候选基因。为探究九孔鲍MSTN基因的多态性及其生长相关性, 实验采用PCR产物直接测序方法对九孔鲍MSTN基因进行单核苷酸多态性(SNP)筛选, 对MSTN基因SNP与体质量、壳长、壳宽进行关联性分析, 运用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术检测九孔鲍MSTN基因不同基因型的表达水平。结果显示: 在九孔鲍MSTN基因中共筛选出9个SNP位点。SNP位点与生长性状关联分析发现, 九孔鲍MSTN基因编码区SNP位点g909C>T发生C/T同义突变与九孔鲍体质量、壳长、壳宽显著相关。TT基因型九孔鲍的体质量显著高于CC基因型和TC基因型个体; TT基因型的壳长、壳宽显著高于CC基因型(p<0.05)。通过qRT-PCR检测显示, 在九孔鲍MSTN基因SNP位点g909C>T的3种基因型中, TC和CC基因型的基因表达量显著高于TT基因型(p<0.05)。研究结果表明MSTN基因SNP位点g909C>T可作为九孔鲍标记辅助选择育种重要候选标记。  相似文献   

人工育珠对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)遗传基因影响的初步研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨品红  王志陶 《海洋与湖沼》2009,40(5):633-639

采用酚-氯仿和试剂盒两种提取法对三角帆蚌怀珠群与非怀珠群各6个个体进行基因组DNA的提取,然后在优化RAPD(随机扩增多态性DNA)检测条件基础上,从80个随机引物中筛选出12个扩增较好且多态性强的引物进行RAPD扩增,产物通过水平板琼脂糖凝胶电泳和垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳两种方法进行检验并对DNA的多态性进行分析。结果显示在怀珠群和非怀珠群检测到的位点数、多态位点比例、平均Shannon多态性信息指数、平均Nei's基因多样性指数、群体内个体间平均遗传相似率和平均遗传距离分别为100、33%、0.1927、0.1324、0.904、0.096,95、47.37%、0.2711、0.1879、0.861、0.139,群体间的平均遗传距离为0.821,非怀珠群的变异性大于怀珠群;本研究还获得了两群体各自的特异扩增谱带及两群体间表达差异较大谱带,这些位点很可能是由人工育珠所引起。根据MEGA4.0软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树可直观地将两群体分开。  相似文献   

ISSR标记在牙鲆(♀)×圆斑星鲽(♂)杂交子代中的分离方式     

张正睿  王兴莲  张全启 《海洋湖沼通报》2014,(2)

以牙鲆(Paralichthys olivaceus)为母本,圆斑星鲽(Verasper variegatus)为父本进行科间远缘杂交,利用ISSR标记对2个家系杂交子代进行扩增,分析了双亲位点在杂交子代中的传递分离方式以及双亲与杂交子代的遗传距离。结果表明:6个引物在0401~#和0402~#2个家系中扩增的位点数为136和144个,其中多态性住点数量为90和91个,分别占66.18%和63.19%,2个家系间没有明显差异。2个家系中双亲与杂交子代的共有位点数量分别达34.56%和38.89%,表明遗传物质传递给了杂交子代,证明了科间远缘杂交的成功。2个家系中符合孟德尔分离规律的位点分别占32.35%和22.92%,出现分离但偏孟德尔分离位点占23.53%和27.78%,2个家系中均观察到部分非亲位点。在这2个家系中,杂交子代与母本牙鲆的遗传距离分别为0.2941、0.3182,而与父本星鲽的遗传距离分别为0.3645、0.3750,表明杂交子代在遗传上偏向母本牙鲆。该研究结果为进一步利用杂交群体同时构建牙鲆和星鲽的遗传连锁图谱提供了重要参考。  相似文献