广西文蛤(Meretrix)的fAFLP 及ITS 分析   总被引：5，自引：1，他引：4  

林志华  黄晓婷  董迎辉  包振民  胡景杰 《海洋与湖沼》2009,40(1):33-41

利用fAFLP标记技术和PCR-RFLP技术,对采集于广西的形态和壳色变异很大的2个文蛤群体(G、W)以及山东文蛤(S)群体进行了遗传结构和亲缘关系研究.fAFLP分析显示:在457个总扩增位点中存在53个W群体的特异性位点(其中9个为100%显性)、21个G群体的特异性位点、14个S群体的特异性位点,这些位点可作为群体鉴别的特征性标记;通过计算群体间相对遗传距离和聚类分析,发现S和G间的遗传距离最小(0.0424),在系统树上首先聚在一起,而W与S、G的相对遗传距离均很大(0.2308和0.2305),单独分出一支.对文蛤核糖体ITS的PCR-RFLP结果显示:W的三个不同壳色类群(WX、WC、WH)的酶切结果完全一致,而与G和S群体差别较大;G和S群体基本一致,但也稍有差别.进一步的ITS序列分析显示:W的ITS序列长度为1266-1269bp.而G和S分别为1614bp和1520bp;W群体内部序列比较保守,而与G和S群体之间在ITSl和ITS2开始和结尾处均存在多处插入/缺失;在依据序列构建的系统树上,WX、WC、WH三个类群聚在一起,S和G聚为另一支,两支相距甚远.本研究结果表明,fAFLP标记分析、PCR-RFLP分析和ITS序列分析结果一致,W群体和G、S群体的差异较大,已超出种内群体间的遗传变异,S和G尽管存在遗传分化,但仍应同属Meretrix meretrix-个物种.  相似文献   

Identification of five sea cucumber species through PCR-RFLP analysis     

Yingchun Lv  Rong Zheng  Tao Zuo  Yuming Wang  Zhaojie Li  Yong Xue  Changhu Xue  Qingjuan Tang 《中国海洋大学学报(英文版)》2014,13(5):825-829

Sea cucumbers are traditional marine food and Chinese medicine in Asia. The rapid expansion of sea cucumber market has resulted in various problems, such as commercial fraud and mislabeling. Conventionally, sea cucumber species could be distinguished by their morphological and anatomical characteristics; however, their identification becomes difficult when they are processed. The aim of this study was to develop a new convenient method of identifying and distinguishing sea cucumber species. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of mitochondrial cytochrome oxidase I gene (COI) was used to identifing five sea cucumber species (Apostichopus japonicus, Cucumaria frondosa, Thelenota ananas, Parastichopus californicus and Actinopyga lecanora). A 692 bp fragment of COI was searched for BamHI, KpnI, PstI, XbaI and Eco31I restriction sites with DNAMAN 6.0, which were then used to PCR-RFLP analysis. These five sea cucumber species can be discriminated from mixed sea cucumbers. The developed PCR-RFLP assay will facilitate the identification of sea cucumbers, making their source tracing and quality controlling feasible.  相似文献   

东太平洋海隆深海热液区沉积物古菌多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘青  谢运标  陈逍遥  周梅先 《台湾海峡》2014,(4):516-524

采用PCR-RFLP方法对东太平洋海隆深海热液区3个站位沉积物中的古菌多样性进行了初步研究.结果显示,从古菌16S rRNA基因文库中随机挑取的296个阳性克隆分属奇古菌门（Thaumarchaeota,47.64%）、广古菌门（Euryarchaeota,44.93%）、泉古菌门（Crenarchaeota,6.77%）和未分类古菌（0.68%）,其中优势菌群为奇古菌门的亚硝化侏儒菌属（Nitrosopumilus,35.47%）和广古菌门的热原体纲（Thermoplasmata,27.03%）,DHVE3、DHVE5、DHVE6、MBGB和MBGE类群在沉积物样品中也均有发现.另外,3个站位沉积物中古菌类群组成存在差异,S5-TVG1站位样品文库的97个古菌克隆分属奇古菌门（49.48%）、广古菌门（49.48%）和泉古菌门（1.03%）,S14-TVG10站位样品文库的103个古菌克隆由奇古菌门（84.47%）和广古菌门（15.53%）组成,S16-TVG12站位样品文库的96个古菌克隆包括广古菌门（71.88%）、泉古菌门（19.79%）、奇古菌门（6.25%）和未分类古菌（2.08%）.研究结果表明,东太平洋海隆深海热液区沉积物中古菌多样性丰富,存在着许多新的古菌菌群;不同站位古菌菌群结构以及多样性存在差异,这与其所处环境的热液活动密切相关.  相似文献   

新疆东帕米尔高原慕士塔格峰洋布拉克冰川雪冰及融水中可培养细菌多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

李明源  王继莲  古丽巴哈尔·萨吾提 《冰川冻土》2015,37(6):1634-1641

采用LB和PYGV两种培养基分离培养慕士塔格峰洋布拉克冰川雪冰及融水中可培养细菌,通过分离菌株16S rDNA的PCR-RFLP图谱和基于基因序列相似性的系统发育分析揭示细菌多样性。结果从样品中共分离到178株菌,分属于变形菌门（Proteobacteria）中的α-Proteobacteria、β-Proteobac-teria、γ-Proteobacteria纲,厚壁菌门（Firmicutes）,放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）6个类群,以假单胞菌Pseudomonas、黄杆菌Flavobacterium、紫色杆菌Janthinobacterium为优势菌群。 LB和PYGV两种培养基在分离的细菌数量及种群多样性、优势菌属、特有菌属方面呈现一定差异。结果表明,慕士塔格峰洋布拉克冰川地区可培养细菌多样性丰富,且存在一定的地方特异性菌属,寡营养培养基更利于极端微生物的恢复生长。  相似文献   

凡纳对虾引进亲本及其子代RFLP分析   总被引：8，自引：0，他引：8  

李锋  刘楚吾  黄雅丽 《海洋通报》2005,24(1):31-34

运用 PCR-RFLP 技术分析凡纳对虾两个引进亲本群体及其各自子一代的遗传变异情况。用一对引物对这四个群体进行 mt DNA-细胞色素氧化酶I部分片段的 PCR 扩增,扩增结果为一条约 1.25 kb的条带。用 19种限制性内切酶对该扩增条带进行酶切分析,其中 Hinf I, Sty I, Taq I 这 种酶有酶切位点。用这3种 3酶进行限制性片段长度多态性 ( RFLP )分析,共获得 种限制性类型 基因型 。而且内切酶 2 ( ) Sty I在两个不同的引进亲本群体及其各自的子一代的扩增产物的酶切中,表现出明显的差异。  相似文献   

凡纳滨对虾α-淀粉酶基因PCR-RFLP多态性与生长性状的相关分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

辛静静  刘小林  李喜莲  王宪宗  黄皓  相建海 《海洋学报》2011,33(3):124-130

采用PCR-RFLP法对379尾凡纳滨对虾α-淀粉酶基因(AMY)多态性进行检测,并分析AMY基因多态性与生长性状的相关性.结果表明:引物AMY-5与AMY-6扩增片段均具多态性,引物AMY-5扩增产物有CC,CT和TT 3种基因型,AMY-6扩增产物有AA,AB和BB 3种基因型.AMY基因AMY-5引物位点TT基因...  相似文献   

细胞色素B基因PCR-RFLP鉴定阿胶原料   总被引：1，自引：0，他引：1  

汪小龙  潘洁  王师  万俊芬  包振民  解锡军  尤金花  解福生  师秀梅 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2006,36(4):645-648

用细胞色素B基因PCR-RFLP方法对阿胶原料进行鉴定。提取马、牛、驴3种动物干皮DNA,PCR扩增细胞色素B基因保守区域的359 bp片段,用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切,采用琼脂糖凝胶电泳获得了DNA指纹图谱,根据获得的DNA指纹图谱判定样品所属物种。该方法不仅简便,还可以100%准确鉴定阿胶原料皮样所属物种来源,适合作为常规技术应用于阿胶原料鉴定。  相似文献   

湘江长沙段污染沉积物中微生物群落结构与污染物关联性的研究          下载免费PDF全文

高健  邓先余  许爱清  康健 《海洋与湖沼》2011,42(2):237-243

采用ICP-AES测试方法及PCA和PCR-RFLP分析技术,研究了湘江长沙段污染沉积物中微生物群落结构（主要是古细菌群落结构）与污染物的关联性。结果表明：（1）三个取样区域的不同污染物的污染程度呈现出明显的差异性;（2）所取样点的微生物群落结构主要分布在广古菌门（Euryarchaeota）和泉古菌门（Crenarc...  相似文献   

沙冬青根瘤菌结瘤基因nodA PCR-RFLP分析   总被引：2，自引：2，他引：0  

毕江涛  贺达汉  谢瑞梅  韦革宏 《中国沙漠》2009,29(4):703-710

 利用结瘤基因nodA PCR-RFLP和nodA PCR产物序列分析技术,对36株分离自沙冬青根瘤菌菌株的共同结瘤基因nodA进行了遗传类型和系统发育关系分析。试验结果表明,36株根瘤菌nodA PCR-RFLP分析显示在80%的相似水平上聚为两个类群5个亚群;选取不同基因型代表菌株的nodA进行序列测定和系统发育关系分析表明,测试菌株CCNWNX0117、CCNWNX0068、CCNWNX0083、CCNWNX0062、CCNWNX0058与中慢生根瘤菌聚在一起,系统发育地位相近;测试菌株CCNWNX0089、CCNWNX0081、CCNWNX0064与中华根瘤菌聚在一起,有较高的序列相似性。本研究中nodA基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌nodA基因遗传多样性较高,宿主结瘤范围较宽。  相似文献   

劳盆地热液喷口沉积物微生物多样性初步研究     

郭文婷  刘晓曦  王鹏 《海洋科学》2012,36(7):23-27

采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)技术对劳盆地热液区TVG9站位沉积物中细菌、古菌多样性进行了调查,并构建其细菌、古菌种群的16S rRNA基因文库.研究结果表明,该站位细菌包含变形杆菌(Proteobacteria)、硝化螺旋菌(Nitrospira),疣微菌(Verrucomicrobia)等3个类群,其中变形杆菌占据优势地位,由Alphaproteobactria,Gamaproteobactria,Deltaproteobactria等3个亚群组成.古菌包含泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中泉古菌占优势,由MG Ⅰ (Marine Group Ⅰ)和MCG(Miscellaneous Crenarchaeotal Group)两类群组成,而广古菌主要由MBGE(Marine Benthic Group E)组成.旨在揭示深海热液区的微生物多样性,为生态环境的研究提供理论支持.  相似文献