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脾脏酪氨酸激酶(SYK)是一种非受体型酪氨酸激酶(non-receptor tyrosine kinase, NRTK)。在哺乳动物中,SYK是重要的细胞信号通路接头分子,其在免疫细胞活化,胞外刺激的信号转导和病原体识别等多种生命过程中扮演重要角色,然而在鱼类中却鲜有报道。本研究以香鱼(Plecoglossus altivelis)为研究对象,探讨了其SYK(PaSYK)在应对病原微生物感染及在活化免疫信号通路中的作用。我们克隆获得了香鱼SYK的cDNA序列,并利用多重序列比对、构建进化树等生物信息学方法分析PaSYK的进化地位;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法分析PaSYK在健康组织及鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染后的表达变化;亚细胞定位检测PaSYK在HEK293T细胞的分布情况;在香鱼头肾单核/巨噬细胞(Monocyte/macrophage,MO/MΦ)中过表达PaSYK,研究其对炎症细胞因子表达的调控作用并在HEK293T细胞及香鱼头肾MO/MΦ中研究PaSYK对MAPK信号通路的活化作用。多重序列比对结果显示,SYK的蛋白质序列和结构域在进化过程中是高度保守的。系统进化树结果表明, PaSYK与河鳟的亲缘关系密切。RT-qPCR结果表明, SYK基因mRNA在检测的所有组织中均有表达,鳗弧菌感染后免疫相关组织中PaSYK表达量均上调。此外,PaSYK能显著诱导香鱼头肾MO/MΦ中促炎因子TNF-α和IL-1β的表达,但对抑炎因子TGF-β和IL-10的表达起到略微的抑制作用。Western blot结果证明PaSYK可以激活MAPK信号通路。综上所述, SYK分子在进化上高度保守,香鱼SYK与其哺乳动物中的同源物具有保守的功能,均能活化MAPK信号通路并在炎症反应中发挥作用。 相似文献
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目的：运用网络药理学预测薤白治疗肺癌有效成分的作用靶点及通路。方法：通过TCMSP数据库获取薤白有效成分及作用靶点，并运用Cytoscape 3.7.1软件构建靶点间相互作用网络并进行关联分析，R×64 3.5.3软件及相应脚本筛选出薤白治疗肺癌的有效成分及作用靶点，生物信息学技术富集通路及生物过程。结果：预测得到薤白治疗肺癌有效成分11个和有效靶点30个，并推断其作用机制可能与AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关，且JUN、MAPK1、MAPK3 等靶点基因可能起着关键性的作用。结论：基于网络药理学探讨了薤白治疗肺癌多成分-多靶点-多通路的作用特点，为进一步开展薤白治疗肺癌作用机制的研究提供了新的思路和方法。 相似文献
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《广东海洋大学学报》2015,(6)
以高通量测序技术Illumina Hi SeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50 360 620条短序列(reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes),60 471条(74.58%)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs)。与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因,分为24个功能类别,其中参与一般功能预测类的Unigene数最多,有4 642条;KEGG分析比对获得16 021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多,共有2 450条(15.29%);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。 相似文献
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目的：基于网络药理学研究香附治疗女性青春期后痤疮的作用机制。方法：通过TCMSP数据库获取香附的活性成分与相应靶点,采用GeneCard数据库获得与痤疮相关的疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,应用Bioconductor数据库进行基因本体（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：香附的有效活性成分共18种,痤疮相关靶点570个,潜在靶点21个,药物-疾病靶点21个。PPI 网络显示,白细胞介素-6、血管内皮生长因子A、白三醇过氧化物酶体增殖物激活受体γ、表皮生长因子受体、白三烯醇雌激素受体的连接程度最高。GO功能富集分析结果显示,交集基因主要参与了整合素结合、核受体活性、配体激活转录因子活性、ATP酶结合等。KEGG通路主要涉及脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路等。结论：香附可通过调节多种生物学功能和各项通路治疗女性青春期后痤疮,为临床运用香附治疗女性青春期后痤疮提供了理论支持。 相似文献
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该文详细分析了新建建筑在利用自身钢筋作为防雷装置时的几点方式和方法,指出一些常见的钢筋连接施工误区,提出新建建筑钢筋连接成顺畅电流通路的重要性,在新建建筑钢筋设计、施工、检测、验收方面具有一定的指导意义。 相似文献
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目的：基于网络药理学研究附子-细辛对高血压病的作用机制。方法：运用TCMSP数据库挖掘出附子-细辛的有效成分及药物预测靶点,采用5个生物信息数据库检索出高血压病的疾病预测靶标,构建药物靶点-疾病靶标交集,使用Cytoscape生物信息分析软件绘制“成分-靶点-疾病”中药调控网络,基于STRING数据库构建“药物-疾病”相关靶点的蛋白互作网络（PPI）,并对其进行GO和KEGG的生物信息学分析。结果：通过生物利用度和类药性筛选得到附子-细辛的有效成分29个,对应药物靶点1807个,高血压病的疾病靶标8505个,构建的药物靶点-疾病靶标交集80个。与高血压病密切相关的GO富集条目91个,KEGG信号通路123条,主要涉及流体剪切应力与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、白细胞介素（IL）-17信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论：附子-细辛药对与高血压病密切相关,能够通过一条或多条通路协同发挥药效作用,考虑其可能是通过干预血液的流体剪切应力影响动脉粥样硬化与心血管重塑再生而实现的。 相似文献
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目的：通过网络药理学探讨抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用靶点及信号通路,并阐述其作用机制。方法：运用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库筛选抗病毒颗粒中中药的主要化学成分及作用靶点,通过UniProt和PubMed等数据库查询靶点对应的基因,使用DisGeNET数据库获取呼吸道感染相关靶点基因,运用Cytoscape 3.7.2软件构建药材-化合物-靶点（基因）-疾病网络,采用STRING数据库创建蛋白相互作用核心网络（PPI）,再通过DAVID数据库进行GO和KEGG分析。结果：抗病毒颗粒中有槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、山柰酚等89个活性成分,作用在PTGS2、TNF、AKT1、NOS2、IL-6等靶点蛋白上,通过肿瘤坏死因子（TNF）、核转录因子κB（NF-κB）、低氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路发挥抗病毒的治疗作用。结论：抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用机制可能与其活性化合物通过多靶点、多通路发挥抗病毒、抗炎、免疫调节等作用有关,这为进一步探讨其作用的物质基础以及作用机制提供了参考。 相似文献
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目的：利用网络药理学技术研究当归芍药散治疗复发性流产（RSA）的潜在作用机制。方法：通过TCMSP数据库寻找、筛选、预测当归芍药散中5味中药的化学活性成分和对应靶点，通过OMIM数据库、GeneCards 数据库获取与RSA相关的疾病靶点；利用Venny对当归芍药散药物靶点、RSA疾病靶点取交集、绘制韦恩图，从而预测当归芍药散-RSA潜在作用靶点；利用Cytoscape软件构建“当归芍药散—成分—RSA—靶点”网络；分别借助String平台、R软件对RSA药物-疾病潜在作用靶点构建蛋白相互作用网络、分析GO 生物过程、分析KEGG 通路。结果：当归芍药散主要通过芍药苷、芍药内酯苷、泽泻醇、儿茶素、川芎内酯A等30个活性成分作用于IL6、AKT1、JUN、TNF、PTGS2等84个与疾病相关的靶点。通过AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路（TNF）、白细胞介素（IL）-17信号通路、TOLL样受体信号通路、脂多糖反应等生物过程和代谢通路，调节MAPK信号通路和NF-κB信号通路，以达到平衡机体TNF、IL等炎性因子含量，避免了过度自身免疫的发生，从而改善妊娠结局。结论：本研究反应了当归芍药散具有多成分、多靶点、多通路的特点，为当归芍药散治疗复发性流产提供新思路和理论依据。 相似文献
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以源于东太平洋海水的4株红球菌分离菌Rhodococcussp. EPR-134、Rhodococcus sp. EPR-147、Rhodococcus sp. EPR-157和Rhodococcus sp. EPR-279为研究对象,开展了菌株的色素提取和色素全波长扫描,并基于全基因组测序分析了4株细菌类胡萝卜素代谢通路中的相关基因。色素全波长扫描结果显示,菌株EPR-134不具备类胡萝卜素产生能力,而其它3株红球菌能够产生类胡萝卜素,且所产类胡萝卜素组分不同。基因组分析表明,4个细菌基因组中存在较为完整的促使类胡萝卜素形成的基因簇。对菌株参与番茄红素形成的3个关键基因crt E、crt B和crt I的氨基酸序列同源性两两比对分析表明,菌株EPR-134 3个基因氨基酸序列与其它3个菌株相应基因氨基酸序列同源性最低,这可能是导致该菌株不产类胡萝卜素的关键原因。该研究结果为产类胡萝卜素红球菌的遗传改造,以及为产类胡萝卜素工程菌的构建奠定了前期基础。 相似文献