共查询到17条相似文献，搜索用时 397 毫秒
1.
鄱阳湖流域蚌类环境DNA宏条形码引物的筛选验证 总被引：1，自引：0，他引：1
环境DNA技术是一种非侵入、高灵敏、高效率且对环境无破坏性,对生物体无损伤的调查工具.为了筛选适合于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物,本研究通过对鄱阳湖流域24种常见蚌的基因组DNA进行普通扩增和高通量测序筛选了11对引物(设计了9对通用引物及从相关文献中引用了2对引物),结果显示引物cyt b和16S rRNA具有良好的扩增效果和高辨别度.进一步用环境样本(n=6)并结合传统采样技术对这2对引物进行验证,结果表明:使用引物16S rRNA共注释到蚌科物种6属8种,蚌科物种序列占总序列数的26.69%;而使用引物cyt b共注释到蚌科物种4属6种,蚌科物种序列占总序列数的6.60%.引物16S rRNA更适合用于蚌类环境DNA生物多样性研究的宏条形码引物.在生物多样性监测中环境DNA技术可以作为传统方法的有效补充,且同时使用多对引物,可增加可信度和检测率. 相似文献
2.
随着人类活动对自然生态系统的负面影响不断加剧,无创性生物多样性评估变得越来越重要。本研究旨在利用环境DNA宏条形码技术研究赣江下游南昌段鱼类多样性,并从不同季节（春、夏、秋、冬）、不同水层（上层、中层和下层）和不同取样位置（近岸和离岸）比较鱼类环境DNA信息的物种组成和多样性。结果表明：利用环境DNA宏条形码技术在赣江下游南昌段检测到鱼类114种,其中83种为历史记录种。不同季节的鱼类环境DNA信息的多样性和组成显示出极显著差异。上层水检测到的鱼类物种数分别显著多于中层水和下层水,且中层水和下层水检测到的鱼类在上层水中绝大多数都被检测到。上层水、中层水和下层水的鱼类环境DNA信息的多样性和组成不具有显著性差异。近岸检测到鱼类物种数多于离岸的,鱼类多样性指数无显著性差异,但群落结构具有显著性差异。RDA分析表明,赣江下游鱼类环境DNA受温度和pH的影响较大。本研究能够为基于环境DNA宏条形码的赣江鱼类资源的调查提供基线数据,并对后续赣江鱼类资源环境DNA宏条形码监测实施不同目的的采样策略提供依据;可为使用环境DNA宏条形码技术研究流水系统鱼类多样性提供技术参考,为环境DNA宏条形码技术应... 相似文献
3.
水位洪枯变化对菜子湖江湖过渡带鱼类物种和功能多样性的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
水位的洪枯变化通过江湖连通影响泛滥平原湖泊鱼类的组成和分布,因而江湖过渡带是反映泛滥平原生态系统鱼类交流和多样性变动的关键区域.尽管如此,针对江湖过渡带鱼类群落随水位洪枯变化的研究十分匮乏.本研究以菜子湖江湖过渡带为例,分别在洪水和枯水期选取包括静水和流水生境的样点对鱼类群落进行系统的调查采样,探讨水位洪枯变化对菜子湖江湖过渡带鱼类物种和功能多样性的影响.共采集到鱼类6目12科37属52种,其中,洪水期和枯水期物种数差异显著,分别采集到鱼类50和42种,而静水生境和流水生境物种数差异不明显,分别采集到鱼类47和48种.与洪水期相比,枯水期山溪河流性鱼类的物种数、重量、尾数和优势度百分比分别减少了7.3%、6.3%、14.4%和12.0%;与静水生境相比,流水生境山溪河流性鱼类的物种数、重量、尾数和优势度百分比分别增加了5.3%、14.6%、18.0%和22.3%.SIMPER分析结果显示,麦穗鱼（Pseudorasbora parva）、蛇鮈（Saurogobio dabryi）、（Hemiculter leucisculus）、鲤（Cyprinus carpio）、鲫（Carassius auratus）、短颌鲚（Coilia brachygnathus）、似鳊（Pseudobrama simoni）、翘嘴鲌（Culter ilishaeformis）、达氏鲌（Culter dabryi）、光唇蛇鮈（Saurogobio gymnocheilus）和无须鱊（Acheilognathus gracilis）是引起水位洪枯变化以及不同生境类型鱼类群落结构差异的主要物种.优势度分析结果表明枯水期和静水生境的优势种鱼类相似,重要值较高的优势种鱼类为鲤、鲫、和似鳊;而洪水期和流水生境的优势种鱼类同样相似,重要值较高的优势种鱼类为麦穗鱼、蛇鮈、光唇蛇鮈和短颌鲚.通过双因素方差分析解析了水位洪枯变化和不同生境类型对鱼类物种和功能多样性的影响.发现洪枯水位变化仅对物种多样性指数中的物种数（Richness）产生显著差异,而对功能多样性的3个指数（功能丰富度指数（FRic）、功能离散指数（FDiv）和功能分散指数（FDis））均有显著影响.洪水期鱼类的Richness、FRic、FDiv和FDis指数均显著高于枯水期.同时,静水生境条件下的FRic指数要显著高于流水生境.本研究发现,与传统的物种多样性相比,基于功能性状的功能多样性对水位的洪枯变动更为敏感,河流周期性洪泛是泛滥平原生态系统中鱼类功能补充的重要方式. 相似文献
4.
长江中下游5个湖泊黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析 总被引：2，自引：2，他引：0
对长江中下游5个湖泊的黄颡鱼种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、测序,获得了955 bp的序列.分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,共检测到54个变异位点,60个样本得到37个单倍型,平均单倍型多样性为0.945±0.018,核苷酸多样性为0.00419±0.00043,遗传多样性表现中等.太湖种群与滆湖种群间的遗传距离最远为0.00651,鄱阳湖种群和巢湖种群之间遗传距离最近为0.00375.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.0684,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.cyt b序列构建UPGMA系统进化树显示,5个种群没有分化成不同的分枝谱系,种群间存在广泛的基因交流. 相似文献
5.
黄河伊洛河中下游鱼类多样性及群落结构 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解伊洛河中下游鱼类多样性、群落结构及其与环境因子的关系,于2016年2-12月对伊洛河中下游5个河段开展鱼类多样性及环境调查.共采集鱼类12361尾,43种,隶属于4目9科37属.伊洛河中下游鱼类群落的Shannon-Wiener多样性指数、Margalef丰富度指数、Pielou均匀度指数和Simpson指数变化范围分别为1.75~2.38、2.44~3.63、0.59~0.76和0.73~0.86.各指数均以西草甸河段最高.各河段优势种以（Hemiculter leucisculus）、似鳊（Pseudobrama simoni）、鲫（Carassius auratus）、兴凯鱊（Acheilognathus chankaensis）和鳑鲏属（Rhodeus）等小型或广适性鱼类为主.丰度/生物量比较（ABC）曲线显示,除西草甸河段外,各河段优势鱼类群落均受到不同程度的干扰.其中七里铺和黑石关鱼类群落处于严重干扰状态,以小型鱼类或大型鱼类的幼鱼为主.采用冗余分析方法分析了鱼类群落结构与环境因子的关系,发现除了河床、水流、捕捞等因子以外,氨氮、总磷浓度与pH是导致伊洛河中下游鱼类群落结构差异的主要影响因子.针对伊洛河鱼类多样性现状,建议加强流域水质监管,恢复河流连通性,推进保护区全面禁渔,开展生态修复等以恢复伊洛河河流健康. 相似文献
6.
洪泽湖鱼类群落结构及其资源变化 总被引：6，自引：1，他引：5
根据2017-2018年在洪泽湖湖心、成子湖湾、保护区湖湾和淮河入湖口进行的鱼类资源调查,结合历年渔业捕捞统计数据,分析了该水域的鱼类群落结构及资源变化趋势.调查共采获鱼类51种,隶属10目16科41属,其中鲤形目种类最多,占总数的62.7%;群落优势种为鳙（Aristichthys nobilis）、（Hemiculter leucisculus）、鲫（Carassius auratus）、刀鲚（Coilia nasus）等7种,鱼类群落的丰富度指数、多样性指数和均匀度指数处于一般至较丰富水平.不同类型湖区间鱼类种类及优势种组成存在一定差异,其中湖心、淮河入湖口的生物多样性指数整体高于成子湖湾、保护区湖湾.与历史资料相比,洪泽湖鱼类的物种数量下降,鱼类资源组成结构发生较大变化,鱼类个体小型化趋势明显,捕捞强度过大、水位波动和水质污染是洪泽湖渔业资源衰退的主要因素. 相似文献
7.
eDNA (environmental DNA)是指从环境样品（水体、土壤、沉积物、空气、混合物等）中提取的DNA,是各种生物的DNA混合物,区别于传统从单物种样品中提取的DNA。eDNA监测是指从环境样品中提取DNA,用物种特异性引物或特定DNA metabarcoding引物对其进行扩增测序、分类学分析、相对丰度分析、功能预测等,以监测环境中是否存在某特定物种,或者获得环境中物种组成、群落结构、生态功能等相关信息。eDNA监测主要应用在特定物种监测检出、生物多样性调查评估、群落结构和功能分析、生态系统过程分析评估等领域。eDNA监测可以应用在陆地、水体、空气、器物表面、生物（内）表面等任何有可能存在不确定DNA的场景。因为eDNA监测的非侵入性、灵敏检出、大类群检出、易标准化方法与结果、低人力物力时间成本、结果可核查等特点,未来很有希望发展成为一种常规的物种监测、群落功能预测、生态过程分析的方法,对象可涵盖所有生境条件下的所有生物类群。但要实现这个图景,需要从普遍性和特殊性层面完成eDNA监测技术链条中10个关键环节的技术标准化：样品重复数设计、采样时间设计、采样点设计、采样方法设... 相似文献
8.
2020年5、7和10月,采用多网目复合刺网调查和水声学探测相结合的方式对镜泊湖鱼类群落时空动态和资源量进行调查.渔获物调查共采集鱼类4目6科29种,其中鲤科鱼类最多,主要经济鱼类为鲢（Hypophthalmichthys molitrix）、鳙（Aristichthys nobilis）、蒙古鲌（Chanodichthys mongolicus）、瓦氏雅罗鱼（Leuciscus waleckii）、鲤（Cyprinus carpio）、翘嘴鲌（Culter alburnus）.蒙古鲌和（Hemiculter leucisculus）为优势种.水声学探测结果表明,镜泊湖鱼类密度在春季、夏季和秋季分别为836、7216和2724 ind./hm2,其中夏季鱼类密度最高且主要集中于中部和南部区域,春季和秋季鱼类密度则呈现从南至北递减的趋势.春、夏、秋季鱼类的平均目标强度为-43.4、-50.0和-46.5 dB,估算的平均全长分别为34.0、18.0和25.2 cm,推算的平均体重分别为272.7、43.7和135.2 g.结合各季节平均密度,估算出春、夏、秋季镜泊湖鱼类资源量分别为2052、2835和3313 t.镜泊湖鱼类密度与环境因子之间的冗余分析结果表明,水体总悬浮物、叶绿素a、水温和溶解氧是影响鱼类群落结构变化的关键环境因子.从水声学探测和刺网调查的结果来看,镜泊湖渔获物小型化问题突出,鱼类资源呈现衰退趋势,渔业资源的不合理利用是造成镜泊湖鱼类资源衰退的主要因素.因此建议强化对自然捕捞的管理,严格控制捕捞数量和规格,保障鱼类资源自然增殖,结合牡丹江流域污染防治、改善鱼类栖息地环境等鱼类生境修复措施,以促进鱼类资源的恢复. 相似文献
9.
为了解向家坝水电工程对金沙江下游鱼类多样性的影响,基于2016—2018年邵女坪(库首)、绥江(库中)和桧溪(库尾)3个江段的鱼类群落调查数据,分析了向家坝库区鱼类物种、分类和功能多样性空间格局,结合蓄水前(2011年)和蓄水初期(2015年)的资料,探讨了蓄水后向家坝库区不同维度鱼类多样性的变化趋势。向家坝库区各江段以广适性的瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)和静水性的(Hemiculter leucisculus)占优势,两者的数量百分比分别为30.15%±14.82%和13.91%±11.16%。非度量多维尺度分析显示,蓄水后向家坝库区库首邵女坪和库中绥江鱼类群落差异最小,库首邵女坪和库尾桧溪鱼类群落差异最大;库中绥江在蓄水前、蓄水初期和2016—2018年3个时期的鱼类群落差异均较大,表明蓄水后绥江江段鱼类群落经历了剧烈变化。库区不同江段鱼类Margalef丰富度指数、Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数均表现为:桧溪>邵女坪>绥江,鱼类分类多样性指数和分类差异指数均表现为:桧溪>绥江>邵女坪。库区鱼类摄食、运动和繁殖等不同维度的功能多样性(功能丰富度、功能均匀度、功能离散度)空间格局不同,但总体上库中绥江鱼类功能丰富度最高,功能均匀度最低。与蓄水前相比,绥江江段鱼类物种、分类多样性呈下降趋势,鱼类功能丰富度和均匀度也有下降趋势。蓄水后绥江江段鱼类群落主要功能性状发生了明显变化,如蓄水前以下位口、纺锤形体型鱼类占优势,蓄水后以端位口、侧扁形体型鱼类占优势。不同维度多样性指数侧重于鱼类多样性的不同方面,结合多种指数分析有利于更全面地了解鱼类群落对环境变化和外界干扰的响应。研究结果有助于深入了解水电工程建设对金沙江下游鱼类多样性的影响,为鱼类多样性保护提供依据,也可为长江“十年禁渔”效果评估提供本底资料。 相似文献
10.
为了解长江十年禁渔初期鄱阳湖流域柘林水库鱼类资源时空分布格局及其影响因子,于2020年9月(秋季)、12月(冬季)和2021年4月(春季)、7月(夏季),采用渔获物抽样和水声学探测相结合的方法对柘林水库鱼类群落和资源密度的时空动态进行调查,并利用广义可加模型(generalized additive model, GAM)识别了影响鱼类资源变化的关键因子。调查期间共采集鱼类5目12科36属54种,鲤形目鱼类占比最高为70.38%,鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、(Hemiculter leucisculus)和黄尾鲴(Xenocypris davidi)为优势种。水声学探测结果表明,鱼类密度(ind./1000 m3)具有明显的时空异质性,春、夏季(10.42±17.57和16.34±11.89)显著高于秋、冬季(2.74±3.33和2.02±5.07),中游(3.18±4.76)则显著低于上、下游(11.20±15.66和5.37±9.33)。GAM模型对鱼类密度的总偏差解释率为84.6%,其中经纬度、季节、叶绿素a浓度和溶解氧对鱼类密度的影响效应显著,水深和总氮的影响不显著。鱼类主要分布在29.12°~29.30°N,115.05°~115.15°E区域,显著影响鱼类分布的溶解氧和叶绿素a浓度范围分别为9~12 mg/L和5~15 μg/L。柘林水库鱼类呈现小型化趋势,为维护生态系统稳定性和鱼类多样性,后续需加强对鱼类群落结构和时空分布格局影响的机制方面的相关研究。 相似文献
11.
于2021年1月,利用环境DNA宏条形码（eDNA）技术,对广州海珠国家湿地公园海珠湖的水体和沉积物进行无脊椎动物多样性和群落结构调查,并比较了eDNA和传统形态学鉴定对浮游动物的检出能力。结果表明：eDNA检出海珠湖无脊椎动物9门16纲34目71科93属137个可操作分类单元（OTUs）;其中,水采样品中共检出9门50属68个OTUs,网采样品中共检出6门27属35个OTUs,沉积物休眠卵样品中共检出9门70属103个OTUs。水采和网采样品中,主要的无脊椎动物均为轮虫动物门和节肢动物门;沉积物中主要的无脊椎动物为环节动物门和节肢动物门。沉积物休眠卵OTU丰富度最高,水采样品的OTU丰富度高于网采样品。比较浮游动物的形态鉴定和eDNA鉴定,发现后者在属水平上能鉴定出更多的种类;形态学鉴定的桡足类（100%）和多数轮虫（58.82%）可被eDNA注释出,而eDNA注释出的多数桡足类（71.43%）和轮虫（58.82%）在形态学鉴定中未发现;eDNA未注释出枝角类。结果表明,eDNA在无脊椎动物调查中具有较高的应用潜力,与传统形态学鉴定组合应用能更全面地了解无脊椎动物的种类和水生生物多样... 相似文献
12.
Assessing the Suitability of a Molecularbiological Method To Characterise the Microbial Populations in Groundwater A molecularbiological technique was used to characterise the bacterial community structure of groundwater habitats. This method consists of the isolation of bacterial DNA from the samples, amplification of 16S rDNA by PCR (polymerase chain reaction), and separation of the amplified DNA by DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis). By using more specific primer combinations in the PCR instead of universal eubacterial primers, also groups of microorganisms (Proteobacteria, sulfate reducer, Archaea) were determined. The resulting DGGE patterns that reflect the microbial diversity are compared and differences or similarities evaluated. In the present studies, groundwater from different sites (bank filtrate, artificially recharged groundwater, and natural groundwater) and with changing redox milieus (aerobic, anaerobic) were investigated as well as the solid aquifer material. Besides, samples were taken from the different stages of artificial groundwater recharge, i.e., from surface water to the drain tile. Samples from groundwater derived from sites with different hydrogeochemical or hydrological conditions like bank filtrate and recharged groundwater revealed great differences in DGGE patterns indicating a characteristic species composition in these habitats, while samples taken at different times from the same groundwater showed only small seasonal variations. Clearly different patterns were also found for groundwater and the adjacent solid material as well as for anaerobic and aerobic groundwaters. Looking at artificial groundwater recharge, almost identical patterns were found in raw water and samples from gravel and sand filtration. DGGE patterns from the resulting groundwater indicated a total change in community structure during underground passage. By using group specific primers, Desulfovibrionaceae, Desulfobacteriaceae, and Archaea could be detected in anaerobic groundwaters.The molecularbiological approach described here gives an increasingly comprehensive and more precise picture of the microbial population of different environments. It is especially suitable to compare the community structure from different habitats or to analyse changes for example due to environmental stress at the same site. 相似文献
13.
In this study, we investigated the occurence of Toxoplasma gondii and checked the sequencing in 56 samples collected from in the Ordu province, Middle Black Sea, Turkey. The samples were collected from drinking and river water and DNA was extracted from all samples. After DNA isolation, the 18S rRNA target gene and B1 gene of T. gondii were amplified by conventional PCR, nested PCR, and loop‐mediated isothermal amplification (LAMP) assay, respectively. Twenty out of 56 samples (35.7%) were Toxoplasma positive by LAMP. The conventional PCR and nested PCR confirmed that 12 and 16 out of 56 samples (21.42 and 28.57%) were positive for Toxoplasma, respectively. All drinking water samples were negative by all three methods. Thirteen Toxoplasma nested PCR products were successfully sequenced. This study achieved detection and sequencing of Toxoplasma from water supplies in the Middle Black sea area in Turkey. 相似文献
14.
15.
湖泊底泥中微囊藻DNA的分子检测 总被引：1，自引：0，他引：1
通过改进裂解温度和延长裂解时间并增加苯酚/氯仿洗脱次数的DNA提取方法获得南京玄武湖底泥中的DNA,通过PCR法来扩增微囊藻的16SrRNA基因.结果表明在所有采样点中均得到微囊藻基因组DNA,并且纯度较高,OD260/OD280均高于1.54,最高值达到1.89.PCR的扩增结果显示所有样点的DNA都得到212 bp大小的微囊藻16SrRNA基因片断,表明这种方法可以有效的从底泥中提取微囊藻的DNA,从而为研究底泥微囊藻生理生态及其越冬、上浮、形成水华的机理提供更有利的方法. 相似文献
16.
利用Long-PCR及普通PCR技术,结合引物步移法测序,经拼接、组装后获得中国淮河大型溞(Daphnia magna)线粒体基因组全序列,并对其基因组成、结构特点等进行初步分析.大型溞线粒体基因组全长为14948 bp,A、T、G、C各碱基含量分别为32.37%、34.73%、15.58%、17.31%,表现出明显的AT偏倚.13个蛋白质编码基因、22个t RNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区(控制区)的排列方式与典型的节肢动物线粒体基因组的排列方式略有不同.除COI基因以CTG、ATP8基因以GTG、ND3基因以ATC以及ND6基因以ATT为起始密码子以外,其余9个蛋白质编码基因均以ATG作为起始密码子;9个蛋白质编码基因具有典型的完全终止子TAG或TAA,COI、COII、ND4和ND5等基因采用不完全终止密码子T.基因组包含9个基因间隔区,共81 bp,长度1~62 bp;13个基因重叠区,共77 bp,重叠碱基数在1~27 bp之间,最大重叠在16 S rRNA和tRNA~(Val)基因之间.在预测的22个tRNA基因的二级结构中,发现只有tRNA~(Ser1)基因未能形成完整的二级结构,其他21个基因均可形成典型的三叶草结构.16 S rRNA和12 S rRNA基因长度分别为1373 bp和752 bp,D-loop区全长289 bp.本研究结果为探讨大型溞在溞属中的系统学地位及其与其他种间的系统发生关系等问题提供了数据资源. 相似文献
17.
Analysis of the 16S-23S rDNA intergenic spacers (IGSs) of marine vibrios for species-specific signature DNA sequences 总被引：7，自引：0，他引：7
Vibrios are widespread in the marine environment and a few pathogenic species are known to be commonly associated with outbreaks of diarrheal diseases in humans due to the consumption of raw or improperly cooked seafood. However, there are also many Vibrio species which are potentially pathogenic to vertebrate and invertebrate aquatic animals, and of which little is known. In an attempt to develop rapid PCR detection methods for these latter class of vibrios, we have examined the 16S-23S intergenic spacers (IGSs) of 10 lesser-known Vibrio species and successfully developed species-specific primers for eight of them--Vibrio costicola, V. diazotrophicus, V. fluvialis, V. nigripulchritudo, V. proteolyticus, V. salmonicida, V. splendidus and V. tubiashii. The IGS amplicons were amplified using primers complementary to conserved regions of the 16S and 23S rRNA genes, and cloned into plasmid vectors and sequenced. Analysis of the IGS sequences showed that 37 ribosomal RNA (rrn) operons representing seven different IGS types have been cloned from the 10 vibrios. The three IGS types--IGS(0), IGS(IA) and IGS(Glu)--were the most prevalent forms detected. Multiple alignment of representative sequences of these three IGS types from different Vibrio species revealed several domains of high sequence variability, which were used to design species-specific primers for PCR. The specificity of the primers were evaluated using total DNA prepared from different Vibrio species and bacterial genera. The results showed that the PCR method can be used to reliably detect eight of the 10 Vibrio species in marine waters in this study. 相似文献