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1.
大银鱼和小齿日本银鱼线粒体细胞色素b和16S rRNA基因部分序列分析 总被引：9，自引：1，他引：9
对大银鱼和小齿日本银鱼的线粒体细胞色素b和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定，分析比较了2种间的序列差异。大银鱼2个个体间细胞色素b基因序列无差异，小齿日本银鱼3个个体的序列出现了2种单倍型；大银鱼同小齿日本银鱼细胞色素b序列(单倍型SB-1)之间存在86个碱基差异(差异率21％)，变异较大。大银鱼、小齿日本银鱼的16S rRNA基因片段种内个体间无序列差异，两种间存在21个碱基的差异(差异率5％)，有1个碱基的插入／缺失。由此可见，2种银鱼间线粒体细胞色素b基因的进化速率较快，约为16S rRNA基因片段的4倍。根据细胞色素b序列数据。推算出2种银鱼大概在中新世晚期发生分化。 相似文献
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两种新银鱼卵膜表面的亚显微结构研究 总被引：6，自引：0，他引：6
滇池的新银鱼系80年代初期由江苏太湖引入,其分类地位一直被认定为Neosalanxtangkahkeii taihuensis Chen。张玉玲在全面整理中国新银鱼属的基础上,将该亚种提升为种,名太湖新银鱼N. taihuensis Chen,同时指出新银鱼属鱼卵膜表面具卵膜丝,并图示了光镜下观察到的各种新银鱼卵的卵膜丝形态及其分布情况,表明种间存在一定差异。 相似文献
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采用线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因序列对福建、浙江沿海分布的5个小孔蛸(Cistopus sp.)群体进行了遗传多样性研究。结果表明,序列总长度分别为497-501bp(16S rRNA)和652bp(COⅠ);小孔蛸5个群体的序列碱基组成均显示出较高的A+T含量(16S rRNA基因72.1%,COⅠ基因65.9%)。16S rRNA基因片段在种内和群体间个体差异均较小,5个群体共检测到8个变异位点(其中7个插入/缺失位点);COⅠ基因序列不存在插入/缺失位点,群体内个体间变异位点数为21个。系统进化树表明,宁德群体和象山群体与其它三个群体的亲缘关系较远,但存在基因交流。线粒体16S rRNA和COⅠ基因在群体间无显著多态性分布。 相似文献
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辽宁沿海银鱼资源调查和主要银鱼群体结构的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
辽宁沿海有４属５种银鱼分布。对５种银鱼进行了描述检索,研究分析了银鱼资源变动情况及原因和安氏新银鱼、有明银鱼的群体结构。 相似文献
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对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段.2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因70.8%,COⅠ基因63%),这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似.通过对三疣梭子蟹16S rRNA和COⅠ基因片段遗传特征的研究,发现种内变异较低,在16个样本中,16S rRNA基因序列中共检测到1个变异位点,2种单倍型;COⅠ基因序列中共检测到4个变异位点,5种单倍型.另外,以中华绒螯蟹为外群探讨了梭子蟹科(Portunidea)几个属种的系统进化关系.用MEGA4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,基于16S rRNA和COⅠ2种片段的聚类结果均显示梭子蟹属(Portunus)与美青蟹属(Callinectes)亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与蟳属(Charybdis)聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,这一结果与传统分类基本一致. 相似文献
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为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,(Z1)
采集中国近海分布的多鳞鱚(Sillago sihamaForskǎl)、少鳞鱚(S.japonicaTemminck and Schlegel)、斑鱚(S.aeolusJordan and Evrmann)及澳大利亚南部海域的银鱚(S.bassensisCuvier)等4种鱚科(Sillaginidae)鱼类样品,对其线粒体COI及Cytb基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了不同鱚属鱼类种间的序列差异。研究结果表明,4种鱚属鱼类COI基因片段序列长度均为610 bp,A+T平均含量略大于G+C含量,分别为52.9%和47.1%;Cytb基因片段序列长度均为402 bp,A+T平均含量大于G+C含量,分别为53.7%和46.3%。4种鱚科鱼类种内没有序列差异或变异极小,而种间差异远远大于种内差异;Cytb基因系统树支持了形态学研究的结果;其种间遗传距离在0.225~0.286之间。根据Cytb基因每百万年2%的分歧速率计算,多鳞鱚与少鳞鱚的分歧时间约为1 140万年,少鳞鱚与斑鱚的分歧时间约在1 115万年,其分化事件均发生在中新世(Miocene)。根据遗传距离构建的系统树表明,多鳞鱚与少鳞鱚亲缘关系较近,而与银鱚较远。 相似文献
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为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNASer-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。 相似文献
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浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)CO Ⅱ和D-loop基因克隆及系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用扩增COⅡ、D-loop序列、进行序列比对和系统树分析并结合形态特征观察的方法,研究了浙江新昌光唇鱼(Acrossocheilus)的系统分类和种类鉴定。形态特征结果表明,新昌光唇鱼具有光唇鱼属鱼类的基本特征;扩增得到COⅡ序列全长691bp,D-loop序列全长931—944bp,A+T含量两基因序列都高于G+C(A+T的含量分别为57.30%—57.80%和65.30%—65.90%),G的含量在四种碱基中最低;COⅡ序列有6个碱基位点存在转换,而D-loop则存在多个碱基的转换、颠换、缺失或插入位点。浙江新昌光唇鱼群体内COⅡ、D-loop基因的平均遗传距离分别为0.003、0.005;基于COⅡ和D-loop序列构建的NJ法系统树均显示新昌光唇鱼与温州光唇鱼(A.wenchowensis)形成一个紧密的簇,序列相似性分别为99.94%和99.36%,遗传距离分别为0.000、0.011,未达到种间分化水平(遗传距离大于0.05),表明新昌光唇鱼与温州光唇鱼为同一种,且根据形态特征可以断定为二个不同的地理群体,而D-loop序列因进化速度较快更适于光唇鱼属种内及近缘物种的种间亲缘关系的研究。研究结果既有助于新昌光唇鱼资源的开发利用,又可为研究光唇鱼类的分类提供参考资料。 相似文献
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徐家河水库枝角类优势种群与近太湖新银鱼关系的初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
于 1 995年 6月— 1 997年 1 2月 ,对徐家河水库枝角类优势种群的密度和近太湖新银鱼 (Neosalanxpseudotaihuensis)的生物量 (单位努力量渔获量 )进行了初步调查 ,以期研究银鱼与浮游动物的关系。结果表明 ,在 1 995年银鱼的生物量较高时 ,透明薄皮 (Leptodorakindti)、盔形 (Daphniagaleata)和模糊秀体 (Diaphanosomadubia)等大型枝角类的密度较低 ;在 1 997年银鱼的生物量较低时 ,这三种枝角类的密度则较高。而象鼻 (Bosminaspp )这样的小型枝角类恰恰相反 ,当银鱼的生物量较高时 ,其密度较高 ;反之 ,其密度较低。表明银鱼可以对枝角类产生显著的影响 相似文献
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以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量小于GC含量;5种石珊瑚种间的三种基因平均遗传距离分别为0.043、0.134和0.763,所得遗传距离结果存在一定差异。将三种基因串联起来并利用邻位连接法(NJ)、最大似然法(ML)和最小进化法(ME)分别构建了分子系统树。在系统发育树中,科一级的系统进化关系与形态学分类一致,但蜂巢珊瑚科内的分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,说明石珊瑚传统分类可能受骨骼可塑性的影响。研究结果为外伶仃岛石珊瑚的亲缘关系研究提供相关基础数据,并为该地区石珊瑚资源保护奠定理论基础。 相似文献
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应用电感耦合等离子质谱仪分析技术分别研究了江苏太湖和洪泽湖水域大银鱼体内12种元素的生物积累特征.结果表明,两水域大银鱼体内元素含量的总体范围为:钙(Ca)9443-22150、钠(Na)1107-2418、镁(Mg)876.8-1231、钾(K)4662-9472、锌(Zn)74-135.8、锰(Mn)6.80-21.08、硒(Se)2.082-6.261、铜(Cu)0.489-2.704、铁(Fe)未检出-24.19、钻(Co)未检出-4.84、砷(As)0.123-0.587 mg,kg干重;镉(cd)未检出;必需元素丰富.太湖水域大银鱼中的Na、K、Cu、As、Se 的含量显著地高于洪泽湖水域大银鱼.而后者体内Ca、Mg、Zn的含量显著地高于前者.主成分分析显示出两水域鱼体多元素生物积累的整体"指纹"地理差异非常明显.在此基础上推导出了通过元素"指纹"来区分两地大银鱼个体的判别函数,正确率达100%.两水域大银鱼中毒性元素As和Cd的含量都远低于国家相应的限量标准. 相似文献
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利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析.以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列.序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型.日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远.除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型.MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局. 相似文献
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五种/株原甲藻核糖体小亚基(18S rRNA)基因克隆及序列分析 总被引：8，自引：0，他引：8
采用分子克隆及序列比对的方法,对五种/株赤潮原甲藻18SrRNA基因全长序列进行扩增、克隆和序列测定,并从GenBank上下载13个原甲藻18SrRNA基因接近全长的序列,用NJ法和ME法构建了原甲藻属的系统树。结果表明,五种/株原甲藻18SrRNA基因扩增序列长度为1782—1783bp,其中来自南海(中国海域)和来自美国海域的两株微小原甲藻(Prorocentrumminimum)的序列完全一致;东海的赤潮原甲藻(Prorocentrumsp·)与具齿原甲藻(P·dentatum)的序列也完全一致,与微小原甲藻只有5个碱基的差异;而海洋原甲藻(P·micans)与微小原甲藻和具齿原甲藻的序列差异较大,分别为27个和28个碱基。通过NJ法和ME法构建的系统树基本一致。由系统树可以看到:原甲藻属大致分为两支,本实验的微藻全部分布在同一支上。18SrRNA基因序列还将有助于有害赤潮藻快速鉴定的特异性分子探针的研制。 相似文献
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比较分析了石鲽和星突江鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1175 bp的核苷酸序列,探讨了石鲽与星突江鲽的亲缘关系。2种间共检测到95处核苷酸替代,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在2个蛋白质编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。线粒体COI、Cytb基因和D-loop片段序列分析显示石鲽与星突江鲽间平均遗传距离分别为0.043、0.062和0.153,属于属内种间差异水平。2种鲽鱼在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率由大到小依次为D-loopCytbCOI。贝叶斯法、邻近距离法和最大简约法构建的系统发育树一致,皆显示石鲽与星突江鲽遗传关系很近。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:石鲽与星突江鲽的分歧时间约为185万年,分化事件发生于更新世中期(Middle Pleistocene)。 相似文献
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5种石鲈科鱼类细胞色素b基因序列及分子系统分析 总被引：4，自引：0，他引：4
测定了石鲈科的花尾胡椒鲷Plectorhynchus cinctus、少棘胡椒鲷Diagramma pictum、斜带髭鲷Hapaloge-nys nitens、大斑石鲈Pomadasys maculates和点石鲈Pomadasys kaakan5种鱼类的线粒体细胞色素b基因的部分序列402bp,选用鲤Cyprinus carpio作外群,生成代表石鲈科4个属鱼类的数据集,采用邻接法和最大简约法构建了分子系统树,结果显示髭鲷属Hapalogenys和胡椒鲷属Plectorhynchus之间的亲缘关系较近,这2个属与石鲈属Pomadasys亲缘关系相近;少棘胡椒鲷属Diagramma与其它3个属的亲缘关系较远,支持把少棘胡椒鲷从胡椒鲷属归入到少棘胡椒鲷属的分类。 相似文献
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对鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定,分析比较了两种间的序列差异。斑鰶(Konosirus punctatus)16S rRNA基因片段长度为572bp,在3个个体中检测到2个单倍型,花鰶(Clupanodon thrissa)序列长度为575bp,两种间存在30个核苷酸位点(5.2%)的变异。基于木村双参数进化模型得到两种间的遗传距离为0.043。以太平洋鲱和寿南小沙丁为外群构建的NJ树表明,斑鰶和花鰶的亲缘关系较近,而与美洲真鰶(Dorosoma cepedianum)的亲缘关系较远。 相似文献