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1.
对采自莱州湾和胶州湾的日本蟳野生群体的线粒体16S rRNA和COI基因片段进行了PCR扩增和测序,分别得到长度为519和658 bp的碱基序列.研究结果显示这2个基因片段在种内的变异都较低,对2个基因同源序列分析表明,在线粒体16SrRNA基因片段中共检测到7个变异位点(包括6个单一变异位点,1个简约信息位点)和7种单倍型;在COI基因中共检测到8个变异位点(包括6个单一变异位点,2个简约信息位点)和7种单倍型.通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了两群体间的序列差异和遗传多样性水平.结果显示2个日本蟳野生群体的遗传多样性比较丰富.用MEGA4.0软件构建了NJ和UPMGA系统树,基于16SrRNA基因片段的系统树显示梭子蟹科的4个属聚为两大支:日本蝇不同的单倍型先聚在一起,然后与青蟹属的3种蟹聚为一支;梭子蟹属的三疣梭子蟹、远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚在一起;再与美青蟹属的美洲蓝蟹、巴西蓝蟹等聚为一支.基于COI基因显示日本蟳不同的单倍型先聚在一起,再与其他3种蟳聚为一支;梭子蟹属的远海梭子蟹和三疣梭子蟹相聚,然后与美青蟹属的2种蟹相聚为一支.该结果与传统分类一致.这些数据为我国日本蟳的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据. 相似文献
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对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段.2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因70.8%,COⅠ基因63%),这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似.通过对三疣梭子蟹16S rRNA和COⅠ基因片段遗传特征的研究,发现种内变异较低,在16个样本中,16S rRNA基因序列中共检测到1个变异位点,2种单倍型;COⅠ基因序列中共检测到4个变异位点,5种单倍型.另外,以中华绒螯蟹为外群探讨了梭子蟹科(Portunidea)几个属种的系统进化关系.用MEGA4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,基于16S rRNA和COⅠ2种片段的聚类结果均显示梭子蟹属(Portunus)与美青蟹属(Callinectes)亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与蟳属(Charybdis)聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,这一结果与传统分类基本一致. 相似文献
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基于线粒体12S rRNA序列探讨4种青蟹系统发育关系及中国沿海青蟹的分类地位 总被引：10，自引：0，他引：10
研究青蟹属4种青蟹的系统发育关系,阐明分布于中国沿海青蟹的分类地位,本研究采集了青蟹属4种青蟹以及中国沿海的青蟹样品,测定分析了其线粒体12S rRNA部分片段序列。结果表明4种青蟹的12S rRNA基因片段长度存在差异,每一种的个体都单独聚为1支,中国沿海的青蟹样品全部与Scylla paramamosain聚为1支,结果提示分布于中国沿海的青蟹主要是S.paramamosain。S.serrata,S.paramamosain和S.tranquebarica3个种间的亲缘关系较近,这3个种形成1个单系群并且具有很高的自展置信值。S.olivacea与其他3个种互为单系,与以上3种青蟹的亲缘关系较远。 相似文献
5.
应用分子系统发育学的方法,以蟹类18S rDNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)基因序列片段为分子标记,结合形态学特征对10种蟹类的分类地位进行探讨.实验共获得10条18S rDNA序列,长度为1 780～1 787 bp,其中A、T、G、C平均含量分别为23.72％,24.58％,24.52％和27.17％;通过序列对比,发现18S rDNA序列相对保守,只含有1个从88 bp到130 bp约50 bp的高可变区;物种间碱基距离比较小,从0.001到0.017.18S rDNA系统发育树为方蟹总科、沙蟹总科和梭子蟹总科起源于同一海洋蟹类祖先提供了分子生物学证据,并且支持将厚蟹属从相手蟹科移至弓蟹科.获得的5条CO Ⅰ基因序列,长度均为709 bp,A、T、G、C平均含量分别为26.88％,37.62％,17.50％和18.00％;COⅠ基因片段变异性高,物种间碱基距离从0.016到0.138.CO Ⅰ基因系统发育树真实地反映了归蟳属各物种之间的进化关系,和传统分类非常吻合,为形态特征相似的蟳类鉴定提供了一种快速准确的方法. 相似文献
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青蟹属(Seylla)分为4个种的观点得到了大多数学者的支持,但由于分析方法和采用序列的差异,种间系统发育关系仍然没有解决.本文对青蟹属4种24个体的线粒体12S rRNA、16S rRNA和COI基因部分序列进行了测定.对3种序列拼接后,根据不同进化速率采用分组策略,分别以贝叶氏法和最大似然法构建青蟹属的系统进化树并与Neighbor Joining(NJ)树进行比较.结果显示,3种进化树都获得完全一致的拓扑结构,其中贝叶氏法和最大似然法都强烈支持拟穴青蟹S.paramamosain与紫螯青蟹S.tranquebarica是姐妹种(自举值为95%,贝叶氏法后验概率为1.0).锯缘青蟹S.serrata分化早于拟穴青蟹和紫螫青蟹,为它们的姐妹种(自举值等于60%,贝叶氏法后验概率等于0.95);榄绿青蟹S.olivacea是4种青蟹中最早分化出来的种类.本文明确了青蟹属物种间系统发育关系,为澄清我国青蟹的分类地位进一步提供了分子依据. 相似文献
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三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)作为重要的海洋经济动物,其常见体色(头胸甲)为茶绿色。近年来在我国沿海海域海捕三疣梭子蟹中开始出现体色为紫色的一类梭子蟹,除体色不同外,二者表型特征并无显著差异。对两种体色三疣梭子蟹不同个体的线粒体COI和16S rRNA基因进行了序列比对分析以判定二者之间的亲缘关系。结果发现COI和16S rRNA基因在两种体色三疣梭子蟹群体中的核苷酸序列一致性分别为99.87%和99.88%,表明紫色三疣梭子蟹并未发生亚种的分化,即紫色和茶绿色群体属于同一个种。并利用GenBank数据库检索了梭子蟹科其他15种海产蟹的16S rRNA序列,进行了序列同源性比对分析和分子系统学方面的探讨,为梭子蟹种属分类学研究提供分子依据。 相似文献
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日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA 总被引：2，自引：2，他引：0
参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。 相似文献
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三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究 总被引：19，自引：2，他引：19
本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。 相似文献
10.
测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹线粒体16S rRNA基因部分片段的序列,其长度分别为529bp和525bp。二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为36.3%、37.2%、15.9%、10.6%,35.2%、37.5%、17.1%、10.2%;不包括4处插入/缺失位点,两序列间有31个变异位点,核苷酸差异率为5.91%,其中转换18个、颠换13个,转换与颠换比约为1.4。对国外3种近方蟹的16S rRNA基因序列与本文的2种近方蟹序列一起比对获得512bp的同源序列(含插入/缺失位点)进行分析,A+T的平均含量为73.5%,明显高于G+C的平均含量,共检测到变异位点67个,简约信息位点19个。基于已知的弓蟹科43种蟹类的16S rRNA基因502bp同源序列获得的系统发生树的拓扑结构表明,Helicana、Eriocheir、Helice、Cyrtograpsus、Metaplax、Brachynotus属的蟹类各自聚为一支,且与形态学分类结果一致,表明其分别为一单系;但Hemigrapsus、Gaetice、Cyclograpsus属的蟹类却没有各自聚为一支,分子数据不支持它们分别为一单系。 相似文献
11.
采用通用引物-PCR扩增法,测定了辽宁营口海蜇成体的部分16S基因序列578bp、部分COI基因序列633bp,以及黄海海域沙海蜇成体部分COI基因序列645bp、部分16S基因序列479bp.结果表明,海蜇个体间的16S序列只有一个变异位点,其余序列完全一致;COI序列共有4个变异位点,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点.沙海蜇个体间的COI序列碱基组成完全一致,16S序列碱基组成也完全一致.从辽宁盘锦和山东胶州所取的水母碟状体和稚水母的测序结果显示,COI序列与海蜇成体的差异为0.5%-0.6%,与沙海蜇成体的差异为18.9%-19.4%;16S序列与海蜇成体的差异为0.0%-0.2%,与沙海蜇成体的差异为13.1%-13.3%.以上结果表明,水母碟状体和稚水母都为海蜇而非沙海蜇.结合GenBank中已有的其它水母类COI基因同源序列信息,构建分子系统发育树.结果显示:轮环水母亚目(Kolpophorae)和指环水母亚目(Daktyliophorae)以及有肩板族(Scapulatae)和无肩板族(Inscapulatae)的分类划分,与传统分类一致.从分子水平上证明,在黄海海域采集的沙海蜇和在日本采集的越前水母的差异只处于种内水平,两者应为同物异名. 相似文献
12.
本研究采集了分布在西太平洋的石斑鱼亚科10属共40种鱼类，采用PCR扩增及测序技术获得所有样品16S rRNA、COI基因部分序列，利用最大似然法构建系统进化树并分析。结果表明:40种鱼类COI基因为651 bp，编码227个氨基酸，16S rRNA基因同源序列566 bp，序列存在一定的碱基插入与缺失，各物种16S rRNA基因序列变异比COI要少，序列较为保守。构建的系统进化树上，在本研究的石斑鱼亚科10个属中，鳃棘鲈属分类地位最原始，位于进化树基部，6种鳃棘鲈能聚成一个单系；烟鲈属与九棘鲈属关系较近，两者聚为一支，侧牙鲈属的进化地位介于鳃棘鲈属与九棘鲈属之间；石斑鱼属的进化地位最高，位于进化树顶部，形成两个平行分支，但是石斑鱼属种类未能聚成一个单系；驼背鲈属、鸢鮨属、下美鮨属、光腭鲈属及宽额鲈属均未能形成独立分支，而是与石斑鱼属种类聚在一起，显示其与石斑鱼属有很近的亲缘关系，部分可能是石斑鱼属的特化类群。 相似文献
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舟山渔场及邻近海域蟹类种类组成和时空分布 总被引：4，自引：0，他引：4
根据2006年8月、2007年1月、5月和11月4个季节在舟山渔场及邻近海域(29°30′N—32°00′N,127°E以西)开展海洋生态系统综合调查时所获得的蟹类调查资料,以渔获率作为蟹类数量指标分析该海域蟹类资源状况,包括种类组成、数量分布和时空变化。结果表明,本次舟山渔场及邻近海域调查共得蟹类种类43种,隶属于10科、21属。优势种类为细点圆趾蟹、双斑蟳、三疣梭子蟹、日本蟳、红星梭子蟹、红线黎明蟹,以上6种蟹类占蟹类总渔获量的94.58%。本次调查与20世纪90年代末在东海大陆架海域的蟹类资源调查结果相比,蟹类种类组成和优势种变化不大。从蟹类渔获率来看,秋季以舟山渔场最高,夏季以江外渔场最高,蟹类资源密集区主要位于长江口渔场和舟山渔场北部。 相似文献
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福建海区拥剑梭子蟹、红星梭子蟹和锈斑
的食性与营养级研究 总被引：3，自引：0，他引：3
的食性与营养级研究 总被引：3，自引：0，他引：3 本文主要研究福建海区拥剑梭子蟹、红星梭子蟹和锈斑(虫寻)3种经济蟹类的食性与营养级.结果表明,3种蟹类胃饱满系数呈现明显的季节变化,拥剑梭子蟹、红星梭子蟹和锈斑(虫寻)胃饱满系数高峰分别出现在秋季、春季和冬季;3种蟹类皆为摄食混合饵料的动物,甲壳类和鱼类是它们的主要食物,其食性的生态类型较为接近,拥剑梭子蟹、红星梭子蟹属较典型的底栖生物食性类型,而锈斑(虫寻)的食性相对较杂.其混合饵料的营养级分别为2.38、2.59和2.60,均处于第三营养层次(低级肉食性动物).3种蟹类之间的食物的重叠指数均超过0.7,它们的食物重叠显著,对该海域的甲壳动物(主要是长尾类和短尾类)、鱼类、珊瑚虫、腹足类、底栖藻类等饵料资源存在激烈的竞争. 相似文献
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三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)幼体不同干露温度下死亡率的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
通过设置15℃、20℃、25℃、30℃4个干露温度梯度,检测不同发育阶段三疣梭子蟹幼体的露空时间、死亡率、含水量、失水率及体重消耗率等指标,分析干露温度、发育阶段与幼体死亡率的关系。结果表明,各发育阶段的幼体死亡率均随干露时间的增加而升高(P<0.05);不同温度条件下,Ⅰ期幼蟹(CⅠ)的含水量、失水率和体重消耗率均高于Ⅱ期幼蟹(CⅡ)(P<0.05);CⅡ20℃时的露空时间最长,为11h,半致死时间为7—8h;30℃时最短,为2h;CⅠ15℃时的露空时间最短,为0.5h;20℃时最长,为4h。相同温度下,幼体各发育阶段的耐干露能力为CⅡ>CⅠ>ZⅣ>ZⅢ=M。结果说明,温度≤15℃不利于幼体的存活,温度≥25℃干露耐受性降低。因此,20℃更有利于幼体获得长存活时间。 相似文献
16.
中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
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盐度是影响三疣梭子蟹人工繁育非常重要的一个环境因素，抗低盐品系的三疣梭子蟹受到水产养殖界的广泛喜爱。分子标记辅助育种可以大大加快良种选育和性状改良的的过程，目前作为第三代的分子标记技术的SNP，广泛应用到三疣梭子蟹耐低盐品系选育过程中。本实验室已有的研究中，通过不同群体分别在盐度11和33下的基因表达差异，构建的比较转录组学数据中总共包含了615条与低渗调节相关的基因片段。为了发掘三疣梭子蟹与低盐适应相关SNP，本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据研究结果，筛选出低盐调节相关候选基因片段50条，设计引物进行PCR扩增，共得到总长为18511 bp的DNA片段。通过直接测序法在低盐相关片段上发现了85个SNP位点，分布频率为0.46/100 bp，其中转换突变的比例为81%，颠换突变的比例为19%，转换的比例远远大于颠换，符合“transition bias”原理。C/T或G/A突变所占比例为55%；G/T或C/A比例为26%，A/T突变所占比例为12%，G/C突变比例为7%。通过飞行质谱法，在三疣梭子蟹低盐适应性状分离群体中各成功分型了23个SNP位点。通过卡方检验分析发现，8个SNPs与低盐适应显著相关（P<0.05）。其中有三个关联性SNP位点位于表皮蛋白基因上，有三个SNP位点位于三个新基因上，其他两个SNP位点分别位于水通道蛋白和氯离子通道蛋白基因上。这些标记的开发为三疣梭子蟹耐低盐新品种选育方法的建立奠定了良好的基础。 相似文献