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带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵DNA的提取及其18S rDNA初步分析 总被引：2，自引：0，他引：2
目前应用显微镜技术很难进行鱼卵种类的准确鉴定,本文尝试采用DNA技术开展鱼卵的鉴定工作。以带鱼(Trichiurus haumela)鱼卵为研究对象,采用苯酚-氯仿法提取了其DNA基因组,并采用PCR及克隆测序的方法,对其18S rDNA序列进行了测定与初步分析。结果表明,提取的带鱼(T.haumela)鱼卵DNA基因组片段长度约23kb,PCR扩增片段长度约1.8kb;带鱼(T.haumela)鱼卵18S rDNA与其它已知鱼类的18S rDNA序列具有一定的差异性,可以用其进行带鱼(T.haumela)鱼卵的初步鉴定。 相似文献
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采用分子生物学的方法,对南海不同海区的两个地理群体耳鲍(Haliotis asinina)18S rRNA基因全长进行了克隆和序列分析,并将耳鲍18S rRNA基因的序列与NCBI数据库中已收录鲍的18SrRNA基因进行了比较。结果发现,南海耳鲍核糖体18S rRNA基因与耳鲍H.asinina isolate H11核糖体18S rRNA基因序列的相同率高达98%;同一地理群体内耳鲍核糖体18S rRNA基因序列完全一致;不同地理群体间耳鲍核糖体18S rRNA基因在碱基组成上的相似率为99%,仅在某些位点处发生了碱基替换,即腺嘌呤(T)被鸟嘌呤(G)替换;同时,将这两个不同群体中耳鲍的18S rRNA基因与泰国耳鲍18S rRNA基因序列进行比较分析发现,它们之间也只是发生了碱基替换。 相似文献
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自台湾北部和平岛沿岸海域及淡水河出海口海域，采得软木软柳珊瑚(ubergorgia suberosa)、扁刺柳珊瑚(Echinogorgia complexa)、网刺柳珊瑚(Echinogorgia reticulata)和1未定种柳珊瑚等4种柳珊瑚目样品。检测体内18种金属含量。其中以Ca、Zn、Cu、Al、Fe及Mn含量较高．体长较长的珊瑚。体内金属累积量则相对较高，尤其以Cu及Zn的趋势最为明确。经统计分析。显示4种珊瑚体内金属含量彼此间无群组相关性存在，呈现多变、无规则性的分布。本研究与大堡礁及委内瑞拉附近海域同一目珊瑚(Gorgonacea)中相同金属分析值进行比较结果Cd、Pb及Ni含量彼此差异不大，但Cu的含量则以台湾北部珊瑚体内较高。 相似文献
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利用DNA条形码技术,基于线粒体基因细胞色素c氧化酶亚基I(Cytochrome c Oxidase Subunit I,COI)和核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)序列鉴定牡蛎种类,研究牡蛎在浙江沿海的种类多样性及其分布特征。在浙江沿海的7个采样海域共采集550个牡蛎样品,抽取其中232个牡蛎样品进行基因组DNA的提取以及COI基因和28S rRNA基因的鉴定,共检测出3属10种牡蛎。巨牡蛎属(Crassostrea) 5种分别为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea) 127个、福建牡蛎(Crassostrea angulata) 64个、日本巨牡蛎(Crassostrea nippona) 4个、近江牡蛎(Crassostrea ariakensis) 1个和长牡蛎(Crassostrea gigas) 1个;牡蛎属(Ostrea) 2种分别为疏纹牡蛎(Ostrea circumpicta) 4个和密鳞牡蛎(Ostrea denselamellosa) 2个;小蛎属(Saccostrea) 3种分别为棘刺牡蛎(Saccostrea kegaki) 20个、多刺牡蛎(Saccostrea echinata) 8个和小蛎属未定种(Saccostrea sp.) 1个。分析结果表明:浙江沿海的牡蛎种类多样性高,并且在南北纵向和离岸远近水平方向上存在较大差异,其中熊本牡蛎和福建牡蛎为浙江沿海牡蛎的优势种。 相似文献
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通过核糖体18S rDNA探讨柳珊瑚分子系统发育关系 总被引：3，自引：0，他引：3
通过对南海3种柳珊瑚的18SrDNA序列的测序,结合Genebank中搜索到的其他26种柳珊瑚的18SrDNA序列,构建了NJ和MP系统发育树,结果表明柳珊瑚可分为两个类群,系统树清楚表明了钙轴珊瑚类群的系统发育关系,但未能很好反映全轴珊瑚类群的系统发育关系。钙轴珊瑚类群的系统发育关系较为清晰,其中枝鳃珊瑚科(Dendrobrachiidae)、红珊瑚科(Coralliidae)和拟柳珊瑚科(Paragorgiidae)的遗传关系非常紧密,三爪珊瑚科(Briareidae)、鞭柳珊瑚科(Ellisellidae)和Erythropodiumcaribaeorum分类地位还待商榷,需要选取更多的样品构建系统树才能弄清楚它们准确的分类地位。全轴珊瑚类群的系统关系非常混乱,可见18SrDNA并不能提供有效的遗传信息,这就需要寻求其他遗传标记来解决全轴珊瑚类群的系统关系。 相似文献
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应用免培养方法与可培养方法相结合的方式对琼东海域6种珊瑚样品中的共附生放线菌进行研究,具体为滨珊瑚(Porite)、扁脑珊瑚(Platygyra)、角蜂巢珊瑚(Favites)、盔形珊瑚(Galaxea)和鹿角珊瑚(Acropora).免培养方法中,利用放线菌特异性引物对样品总DNA进行16S rRNA基因序列扩增,并将扩增产物进行Miseq高通量测序,测序结果分析表明,6种珊瑚样品中的放线菌序列属于37个分类单元,主要分布在酸微菌目、棒杆菌目、微球菌目、丙酸杆菌目和假诺卡式菌目,其中37.8%的分类单元与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,可能代表着放线菌新的类群.可培养方法中,通过6种培养基分得137株放线菌,分属于放线菌门放线菌纲5个目11个科下的20个属,优势类群为分枝杆菌属(Mycobacterium)、考克氏菌属(Kocuria)和微球菌属(Micrococcus),其中放线孢菌属(Actinomycetospora)、柠檬球菌属(Citricoccus)和涅斯捷连科氏菌属(Nesterenkonia)是第一次从珊瑚样品中发现;琼东海域珊瑚共附生放线菌多样性丰富,新类型的放线菌资源挖掘潜力比较大. 相似文献
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以广东省珠海市外伶仃岛地区常见的4属5种石珊瑚为研究对象,对线粒体COI、16S rRNA和ITS三种基因片段数据进行分析,并计算了种间遗传距离。序列分析结果表明5种石珊瑚的COI、16S rRNA基因片段碱基AT含量大于GC含量,而ITS序列碱基AT含量小于GC含量;5种石珊瑚种间的三种基因平均遗传距离分别为0.043、0.134和0.763,所得遗传距离结果存在一定差异。将三种基因串联起来并利用邻位连接法(NJ)、最大似然法(ML)和最小进化法(ME)分别构建了分子系统树。在系统发育树中,科一级的系统进化关系与形态学分类一致,但蜂巢珊瑚科内的分子系统分类结果与形态学分类阐述的遗传进化关系略有差别,说明石珊瑚传统分类可能受骨骼可塑性的影响。研究结果为外伶仃岛石珊瑚的亲缘关系研究提供相关基础数据,并为该地区石珊瑚资源保护奠定理论基础。 相似文献
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为了解红树林不同潮位沉积物中底栖真核生物群落分布,基于18S rRNA基因采用高通量测序方法分析了广西北仑河口陆缘、林中和海缘3个潮位红树林沉积物中底栖生物群落结构。结果表明,北仑河口潮间带红树林沉积物中底栖生物多样性丰富,Shannon-Wiener指数变化范围在6. 08～6. 73之间; PCA分析表明潮间带中底栖生物群落差异较大,陆缘红树林中扁形动物、节肢动物和软体动物相对丰度较高,林中区域中纤毛虫、环节动物和轮虫相对丰度较高,海缘红树林中硅藻相对丰度较高;红树林中主要OTUs有桡足类的太平洋纺锤水蚤(Acartia pacifica)、硅藻类的海链藻(Thalassiosira sp.)、纤毛虫类的前管虫(Prorodon teres)、多毛类的小头虫(Capitella sp.)。高通量测序方法能较全面反映红树林区微型/小型底栖生物群落,研究结果为丰富红树林底栖生物群落研究和解析底栖生物在红树林生态系统发挥的作用提供基础数据。 相似文献
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栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究 总被引：23，自引：7，他引：23
采用PCR技术扩增了栉孔扇贝（Chlamys farreri)线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经T载体连接之后进行了克隆，测序，得到634bp的核苷酸序列；分析了该片段的大连，烟台，青岛，朝鲜4个自然群体31个个体的核苷酸序列多态性，共检测到26个多态性核苷酸位点，18种单倍型，结果表明，4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高，其次为烟台，青岛群体，大连群体最低；不同自然分布区的栉孔扇贝未出现明显的遗传分化。 相似文献
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采用线粒体COⅠ和12S rRNA基因片段作为DNA条形码,分析珠江口春季鱼卵和仔稚鱼种类组成和分布特征,并探究两种条形码在鱼卵和仔稚鱼种类鉴定中的适用性。研究共扩增样本391个,成功鉴定的鱼卵和仔稚鱼共7目25科42属60种（2种未鉴定到种）。其中,以鲈形目（Perciformes）种类和数量最多,种类数占比为51.6%,数量占比为47.91%;其次为鲱形目（Clupeiformes）,种类数占比为25%,数量占比为34.56%。优势种10种,其中凤鲚（Coilia mystus）优势度最高,为0.071;棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）最低,为0.014。COⅠ和12S rRNA基因片段扩增结果显示,鱼卵和仔稚鱼12S rRNA基因片段扩增成功率（95.60%）明显高于COⅠ基因（43.22%）。遗传距离和ABGD分析显示,COⅠ基因种内遗传距离为0～0.005（平均0.003）,种间遗传距离为0.061～0.376（平均0.253）,两者间存在明显的“条形码间隙”,ABGD划分结果与数据库比对结果一致;12S r RNA基因种内遗传距离为0～0.011（平均0... 相似文献
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本文利用18S r RNA基因对4株经形态学初步鉴定的梅尼小环藻(Cyclotella meneghiniana)进行了分子鉴定。结果显示,这4株分离自淡水环境(2株)和海水环境(2株)的梅尼小环藻的18S r RNA基因序列基本一致,并与已经报道的梅尼小环藻(登录号为GQ148712和AY496212)聚为一支,不同方法所构建的系统树的支持率分别为99%(邻接法)和98%(最大似然法),表明这4株来自不同环境的藻为同一物种——梅尼小环藻。随后作者利用扫描电镜技术在亚显微水平上对这4株梅尼小环藻进行了观察,结果显示:梅尼小环藻淡水株和海水株具有相当不同的亚显微结构特征。生活在海水的梅尼小环藻藻株具有更大的细胞以及更多的中央支持突。此外,本文还对造成梅尼小环藻种内高水平形态差异的原因以及18S r RNA基因序列是否可以作为小环藻属物种鉴定的分子标记做了分析和讨论。 相似文献
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中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法，初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18S rDNA)约1．5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18S rDNA，建立桡足类18S rDNA变异类型文库，并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明，Vsp Ⅰ限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0．17、0．23和0．6的3种操作分类单元(OTUs)，遗传多样性指数达到0．95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75．4—97．8之间，而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲，其中，AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区，其GC％分别为47．37％、48．16％和48．57％。研究结果表明，混合DNA提取方法简单，设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18S rDNA，根据18S rDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18S rDNA序列奠定了基础。 相似文献
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为筛选对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)有潜在益生效果的菌株,本研究从健康虹鳟幼鱼肠道中分离到1株潜在益生菌株RT-BS07,采用形态学观察和分子特征分析对该菌株进行了鉴定,并评价了该菌株的抑菌性、耐受性、黏附性和安全性。形态学观察显示,菌株RT-BS07为革兰氏阳性杆菌,有圆形或椭圆形芽孢。16S rRNA比对结果显示,该菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)NCBI3610株的同源性为99.86%。结合16S rRNA基因序列分析和形态学观察结果,确定菌株RT-BS07为枯草芽孢杆菌。菌株RT-BS07具备产蛋白酶和纤维素酶能力,其酶活力分别为(0.039±0.002)和(0.393±0.002)U/mg;该菌株可有效抑制温和气单胞菌(Aeromonas sobria)、杀鲑气单胞菌(A.salmonicida)和鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)等致病菌。菌株RT-BS07在pH为2~10 LB液体培养基中均可存活;在盐度为2%~8%条件下存活率为5.70%~93.28%,其存活率随盐度升高而降低。体外黏附试验结果表明,菌株RT-BS07可大量黏附在虹鳟前肠黏膜,不破坏肠道组织完整性,对左氟沙星、环丙沙星、氧氟沙星和链霉素等18种抗菌药物敏感。本研究分离筛选得到的枯草芽孢杆菌RT-BS07株具有产消化酶性能,其抗逆性能强,对虹鳟无毒害作用,可作为虹鳟健康养殖及益生菌制剂研发源益生菌候选株。 相似文献
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对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。 相似文献