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青岛潮间带沉积物可培养厌氧细菌多样性的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
为了验证设计的简易厌氧培养方法,作者以青岛潮间带沉积物为研究对象,采用5种培养基,从青岛潮间带沉积物共分离获得138株厌氧细菌。16S r DNA序列分析表明,这些细菌分属3个门15个属32个种,其中γ-变形菌纲64株18个种,在种类上处于优势地位;此外还包括δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)16株2个种,ε-变形菌纲4株1个种,拟杆菌门(Bacteroidetes)29株8个种,梭杆菌门(Fusobacteria)25株3个种。在属水平上,弧菌属(Vibrio)、Marinifilum属、泥杆菌属(Ilyobacter)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、希瓦氏菌属(Shewanella)在数量上占优势。此外,有26株8种细菌(占总菌株数的18.84%)与已知菌的同源性介于89.38%~94.22%,为潜在的海洋细菌新科或新属,表明此简易厌氧菌培养方法在获得新菌方面具有较大优势。另外,研究结果还表明,不同培养基对特定的类群具有选择性:2216E培养基对γ-变形菌纲分离培养效率较高;SPG培养基在获得新菌方面具有优势(占新菌数62.5%),且这些新菌大多属于拟杆菌门和梭杆菌门,其中SPG-1培养基对于分离硫酸盐还原菌和难培养的ε-变形菌纲细菌具有优势,SPG-4培养基对分离硝酸盐还原菌具有优势。 相似文献
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本文研究了2008年7月黄海冷水团海域可培养细菌的多样性。AODC和DVC计数总菌数和活菌数分别为(1.3~4.8)×105/mL和(0.6~1.6)×105/mL;2216E平板以菌落计数法可培养细菌浓度为(0.56~2.2)×103cfu/mL。从分离到的475株中选取163株进行16S rDNA扩增,并用HhaⅠ酶进行ARDRA(扩增性rDNA限制酶切片段分析)多态性分析,取114株不同带型测序。结果显示,冷水团细菌归为4个细菌类群:变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Acti-nobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),共24个属,其中包括α-,β-,γ-变形菌纲;非冷水团细菌也归为这4个门类,共15个属,但未分离到β-变形菌纲。γ-变形菌纲在冷水团和非冷水团区域的不同深度都是优势菌群,不同的是冷水团区域α-变形菌纲比例较高(26.8%),而非冷水团区域α-变形菌纲比例相对较低(15.6%)。这表明黄海冷水团和非冷水团区域细菌多样性都很丰富,但其群落组成和优势菌群有所不同。此外,16S rDNA测序结果表明,6株细菌可能为海洋细菌新种。 相似文献
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为研究海洋附着细菌的群落结构及动态变化,在厦门近岸海区进行挂板实验.将无菌玻璃板浸没于海水中,连续放置14 d.分别于放置1 h和7、14 d后取玻璃板上附着生物样品.用细菌通用引物构建16S rRNA基因克隆文库,每个克隆文库随机挑选约40个克隆子测序,序列同源性分析和系统进化分析结果表明,所有的克隆子可分为六大类群:γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、α-变形菌纲(α-Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和真核硅藻类叶绿体,各类群分别占42.0%、4.5%、2.2%、2.2%、1.1%和45.0%.γ-变形菌纲变形斑沙雷氏菌(Serratia proteamaculans)为优势附着细菌,占测序克隆子的31.5%.这类细菌在1 h样品中的比例超过一半,说明变形斑沙雷氏菌在生物膜形成初期发挥着重要作用.随着挂板时间延长,检测到的细菌类群有所增加:附着7 d后检测到拟杆菌门细菌,附着14 d后检测到厚壁菌门细菌.γ-变形菌纲细菌所占比例随挂板时间的延长而逐渐降低,从挂板1 h的81%降至7 d的21%,14 d的18%.另外,在各阶段的附着样品中,都检测到较多的真核克隆子序列,约占16%～64%.本研究为进一步阐明海洋附着细菌的附着动态及其在生物膜形成过程中的作用奠定了基础. 相似文献
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酰化高丝氨酸内酯化合物(acyl-homoserine lactone,AHL)是革兰氏阴性细菌(G-)群体感应的信号分子。本文建立1种从环境微生物中高效地筛选AHL降解菌株的方法。首先利用AHL作为唯一能源对环境微生物进行初筛,再利用顶层琼脂法和报告菌株Chromobacterium violaceumATCC 12472、Agrobacterium tumefaciensA136等进行复筛,共筛选得到21株具有AHL降解活性的菌株。对其中活性最高的菌株A11进行初步的菌种鉴定,通过形态观察、16S ribosomal RNA(16S rDNA)基因分析最终确定为假单胞菌属细菌Pseudomonassp.A11。 相似文献
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群体感应抑制剂(Quorum Sensing Inhibitors, QSIs)可以通过干扰群体感应(Quorum Sensing, QS)而有效降低病菌的感染性和毒力, 并且不会胁迫致病菌使其产生耐药性, 是具有前景的抗生素替代品。海洋微生物是新型QSIs的潜在来源。本研究利用紫色杆菌(Chromobacterium violaceum 026, CV026)模型评价QS抑制活性, 在来源于南海中西部和印度洋深海沉积物样品的放线菌中筛选QS抑制活性菌株, 并且根据形态学特征和16S rRNA基因序列鉴定活性菌株。通过筛选获得了菌株SCSIO 53717, 其提取物在CV026模型中能够显著降低指示菌株的紫色菌素产量, 并且在0~1000mg·mL-1的有效浓度范围内不影响紫色杆菌的生长。菌株SCSIO 53717被鉴定为Kocuria属, 是首次报道的具有QS抑制活性的Kocuria属菌株, 因而具有进一步深入研究的价值。 相似文献
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黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)肠道细菌群落对饲料中添加不同羽毛粉的响应 总被引：2，自引：0，他引：2
羽毛粉是一种潜在的饲料蛋白源。在水产动物饲料中添加适量的羽毛粉,不仅可以降低饲料成本,而且有助于禽类废弃物的再利用。在动物消化、降解、吸收羽毛粉过程中,动物肠道中的微生物可能发挥着重要作用;添加羽毛粉的饲料对鱼类肠道微生物多样性与群落结构的影响目前还不清楚。基于细菌16SrRNA基因高通量测序,作者对比研究了以添加羽毛粉(包括水解、酸解、膨化处理或生羽毛粉实验组,添加量为5%)和不添加羽毛粉的饲料(即对照组,包括鱼粉和商业饲料两组)喂养黑鲷12周后,黑鲷肠道细菌多样性与群落结构的变化情况。统计分析结果表明:添加羽毛粉的实验组中肠道细菌的丰富度、辛普森指数和香农指数显著低于对照组(P0.05);不含酸解羽毛粉组的实验组,其细菌群落结构与对照组差异显著(P0.05)。总体来看,黑鲷肠道细菌主要由厚壁菌门(57.3%)和变形菌门(36.3%)组成;实验组细菌群落中拟杆菌纲、梭菌纲、δ-变形菌纲、草酸杆菌科和青枯菌属的相对丰度显著低于对照组。不同的羽毛粉处理组之间也呈现出群落结构上的差异:与水解羽毛粉组相比,生羽毛粉组的变形菌门、γ-变形菌门、海洋螺菌目、盐单胞菌科和盐单胞菌属的相对丰度显著下降;与鱼粉组相比,生羽毛粉组中芽孢杆菌目在群落中的占比显著上升,而拟杆菌门、草酸杆菌科和青枯菌属的占比则显著下降,而且生羽毛粉组中厚壁菌门与变形菌门相对丰度的比值(7.42)明显高于鱼粉组(0.97)和水解羽毛粉组(0.74)且均接近显著(P=0.057)。与鱼粉组相比,水解羽毛粉组中紫单胞菌科和回线属的相对丰度显著下降,而盐单胞菌属的相对丰度显著上升。 相似文献
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长江口及邻近海域表层海水细菌多样性及群落结构 总被引：4，自引：0，他引：4
从长江口及邻近海域10 个站点采集表层海水, 通过DAPI 染色计数和克隆文库构建的方法, 对细菌的多样性及群落结构进行初步研究。DAPI 染色计数结果显示长江口及邻近海域表层海水中 细菌丰度总体较高, 生物量变化较大, 从1.16×105(A04 站点)到 1.48×106 cells/mL (B03 站点); 总体 趋势从长江口向外海增加。细菌克隆文库的系统发育分析表明: 细菌序列以变形菌门为主(占总文库 的60.61%), 其中α-变形菌纲是绝对优势类群(50.62%); 其次是拟杆菌门(15.18%)、放线菌门(14.79%) 和蓝细菌门(4.61%), 还有少量厚壁菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、浮霉菌门、纤维杆菌门、疣微菌门 等; 另外柔膜菌门和SAR 类群也有发现。文库多样性分析结果显示长江口及邻近海域部分站点表层 海水中细菌多样性显著, 与研究区海域水产养殖活动有关, 并受到区域洋流和海洋化学环境(如低氧 带)的影响。 相似文献
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采用16S rDNA文库结合PCR-RFLP分析的手段,对莱州湾水样及沉积物中的细菌多样性和群落特征进行研究。结果表明,莱州湾沉积物细菌类群主要包括变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)两大类群。其中,变形菌门包括α、β、γ3个变形菌纲,所占比例分别为38.7%、3.2%、41.9%。水样中细菌类群主要包括变形菌门(Proteobacteria),酸杆菌门(Acidobacteria),疣微菌门(Verrucomicrobial),浮霉菌门(Plancomycene),拟杆菌门(Bacteroidetes),壁厚菌门(Firmicutes),黏胶球形菌门(Lentisphaeria),绿菌门(Chlorobi)和硝化螺旋菌门(Nitrospira)九大类群。其中,变形菌门包括α、β、δ3个变形菌纲,所占比例高迭60.3%,占有绝对优势。 相似文献
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海南红树林根系土壤中可培养细菌的多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为研究海南红树林根系土壤细菌多样性,充分发掘中国红树林特有微生物资源,作者于2012年12月份从10份采集于海南北港岛红树林根系淤泥样品中分离可培养海洋细菌,并基于16S rRNA基因序列分析的方法对样品中的细菌多样性进行研究。共分离得到122株海洋细菌,经并菌后选取其中的70株代表性菌株测序,结果发现它们分为4个类群:变形菌门(主要为γ-变形菌纲)(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),分别占66%,19%,11%和4%。共代表30个属47个种,其中有9个潜在新种和2个潜在新属。本研究结果表明,北港岛红树林中存在着丰富的细菌多样性,很多类群可能是红树林特有细菌物种。 相似文献
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通过荧光染色、稀释培养、生理生化和16SrRNA基因鉴定等方法,研究了北极黄河站附近海域海水中浮游细菌的丰度、可培养浮游细菌形态学特征及多样性;采用高通量测序技术研究了黄河站附近采样站点(BJ2)的不可培养浮游细菌群落结构。可培养研究结果表明:(1)9个站点(BJ1-BJ9)水样平均含菌数为2.88×108个/L;(2)21株可培养浮游细菌中,仅AB08、AB09和AB17三株细菌为革兰氏阳性菌;(3)细菌主要包括放线菌纲(Actinobacteria),黄杆菌纲(Flavobacteriia)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),其中假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌(占71%)。高通量测序结果显示:在得到的1 467个不可培养浮游细菌OTU中,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为49.71%和41.61%,还有少量的浮霉菌门(Planctomycetes)和疣微菌门(Verrucomicrobia);其中变形菌门中以α-变形菌纲(α-Proteobacteria)为主要类群。 相似文献
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椒江口沉积物中细菌多样性初步研究 总被引：2，自引：1，他引：1
通过常规分离纯化、鉴定和构建细菌克隆文库的方法,研究椒江口三个站点沉积物中细菌的多样性,并对其进行系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示杀鲑气单胞菌是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明γ-变形菌纲和厚壁菌门为主要类群。未培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门等8个类群;其中C0站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及绿弯菌门;C1站点克隆子以α-变形菌纲及γ-变形菌纲为主;C2站点克隆子主要属于放线菌门及α-变形菌纲。综合可培养及未培养结果,可发现椒江口沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,且相当数量的克隆子其且相当数量克隆子的相似序列来自重金属或石油烃污染的沉积环境。 相似文献
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象山港位于浙江省宁波市东南部沿海,属于半封闭式海湾,是以海水养殖区和海洋牧场示范区为主的重要多功能水域,近年来生态环境问题日益突出。为研究象山港海域在早春低水温环境中细菌的多样性,通过高通量测序方法对3月份的象山港水域进行检测。沿象山港南部海湾随机选取6个取样点(G04,G06,G08,G09,G011,G012),共检出836属和2 166种细菌,隶属33个门、91纲、186目和352科。其中优势细菌类群主要包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和蓝细菌门(Cyanobacteria)。变形菌门在G04中占比最高(91.45%),拟杆菌门在G09中占比最高(18.05%);而放线菌门在G12中占比最高(7.95%)。在经度较高且离海岸较远的水域,细菌丰富度也越高;同时随着取样位点纬度的增加,γ-变形菌丰度逐步增高,其中在G04中最高(72.76%),在G12中最低(29.11%)。各取样点的细菌分离培养结果也表明弧菌属丰度较高,且主要集中在G04中。利用高通量测序方法揭示了象山港早春全水域的细菌结构组成框架图,可为象山港的水产养殖和可持续发展提供参考依据。 相似文献
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为研究椒江化工园区邻近海域沉积物中细菌结构, 选取四个典型站点, 通过分离纯化、鉴 定和建立克隆文库的方法, 对其进行多样性及系统发育分析。可培养细菌的形态学及API 鉴定结果 显示洋葱假单胞菌及杀鲑气单胞菌杀鲑亚种是优势种, 典型细菌16S rDNA 分子鉴定结果表明厚壁 菌门及γ-变形菌纲为主要类群。非培养细菌克隆文库的序列分析结果表明: 细菌主要包括变形菌门、 酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB 群、放线菌门、厚壁菌门、浮霉菌门等9 个类群; 其中C3 站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及δ-变形菌纲; C4 站点克隆子以γ-变形菌纲及酸杆 菌门为主; C5 站点克隆子主要属于δ-变形菌纲及γ-变形菌纲; C6 站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及 放线菌门。综合可培养及非培养结果, 可发现椒江口化工园区邻近海域沉积物中γ-变形菌纲为典型 优势类群, 除相当数量的克隆子相似序列来自石油烃污染的沉积环境外, 还有大量克隆子相似序列 来自养殖污染环境。 相似文献
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宁波沿海陆源排污口拟杆菌(Bacteroidetes)分布的特点 总被引：4，自引：3，他引：1
采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口总体微生物以及拟杆菌纲的分布情况。通过对454测序结果分析,共成功鉴定24个门,主要包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和后壁菌门(Firmicutes)等。其中拟杆菌门的变化趋势与梭杆菌门(Fusobacteria)相似,均为随月份的增加而递增的趋势。在拟杆菌门下,共鉴定出3个纲3个目9个科27个属,4个采样月份大部分站点的优势属为黄杆菌纲(Flavobacteria),其次为拟杆菌纲(Bacteroidetes)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria),通过聚类分析发现,拟杆菌门分布规律主要与排污口类型和季节有一定的关系。通过454测序检测到了极难培养的寡营养细菌鞘脂杆菌,也说明了454测序较传统微生物生态学研究方法的优势,同时针对普雷沃菌属(Prevotella sp.)及黄杆菌属(Flavobacterium sp.)两种具有代表性的属的分布情况进行了分析。 相似文献
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胶州湾海域表层沉积物细菌多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
采用16S rDNA文库结合PCR-RFLP分析的手段,对胶州湾4个站位沉积物中的细菌多样性和群落特征研究分析。结果表明,沉积物中细菌种类丰富,最多包含分布于14个已知门类的细菌,和一些未被认知的序列;各站位沉积物中优势菌群均为变形菌门和酸杆菌门,其中γ-和δ-变形菌纲为变形菌门中的绝对优势类群,在4个文库序列中平均占42%和16.75%;此外,拟杆菌门、浮霉菌门和放线菌门的种类也较为大量存在。各细菌种群有较明显空间分布差异,可能与不同区域胶州湾环境条件相关。 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2021,(10)
本文以PP为唯一碳源对青岛近海海水和沉积物样品中的微生物进行实验室富集培养,对不同富集时间的富集水样及微塑料附着细菌的群落结构进行分析并对富集40 d的PP附着细菌进行分离、鉴定及PP降解活性检测。通过16S rRNA基因高通量测序及分析,发现PP附着细菌出现明显的群落演替,群落多样性随富集时间的延长而增大。PP附着细菌在富集过程中,γ-变形菌纲假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter)细菌占绝对优势,其次为α-变形菌纲扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia)及拟杆菌纲(Bacteroidia)细菌。富集培养获得的铜绿假单胞菌LXI681(Pseudomonas aeruginosa)和反硝化无色杆菌LXI668(Achromobacter denitrificans)对PP具有降解活性。本研究为缓解PP微塑料污染提供了潜在的微生物菌种资源。 相似文献
17.
本研究通过构建16S r DNA克隆文库,对东海陆架五个站点的沉积物样品进行群落结构及地理分布研究。结果表明:东海陆架沉积物细菌分属于13个类群,包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、硝化螺旋菌门(Nitrospira)、WS3、拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、OP8、浮霉菌门(Planctomycetacia)、疣微菌门(Verrucomicrobiae)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),其中变形菌门(γ-变形菌纲、δ-变形菌纲)和绿弯菌门为优势菌群,Latescibacteria(WS3)、疣微菌门和芽单胞菌门分别是站点DH6、DH21和DH9的特有类群。五个站点细菌多样性从高到低排序依次为DH9DH21DH17DH6DH16,其群落结构和丰度与各站点不同沉积环境类型有关。 相似文献
18.
《海洋湖沼通报》2016,(2)
研究了泼洒蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)BC-01对刺参(Apostichopus japonicus)生长的影响,并应用PCR-DGGE技术分析了养殖水体和肠道细菌群落结构的变化。芽孢杆菌的泼洒浓度分别为106、108和1010cfu/m3(分别命名为BC6、BC8和BC10),每7d全量换水1次,以未泼洒芽孢杆菌处理为对照组2(CT2)。另外设置每隔3d全量换水1次的未泼洒芽孢杆菌处理作为对照组1(CT1)。8周的养殖实验表明,BC6处理组刺参的末体重显著高于2个对照组(P0.05),BC8和BC10处理组刺参的末体重显著高于对照组CT1(P0.05)。而BC6和BC8处理组的刺参特定生长率均显著高于CT1和CT2处理组(P0.05)。研究发现,刺参养殖水体中的优势菌群归属于α-变形菌纲(α-Proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)、δ-变形菌纲(δ-Proteobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和疣微菌纲(Verrucomicrobiae),各处理水体中细菌群落结构明显不同,蜡样芽孢杆菌未能在养殖水体中形成优势菌群。刺参肠道内含物中优势菌群归属于α-变形菌纲、γ-变形菌纲、ε-变形菌纲、黄杆菌纲、拟杆菌纲和芽孢杆菌纲,以BC8和BC10处理组之间的相似度最高。芽孢杆菌纲(Bacilli)细菌在3个处理组刺参肠道内含物中成为优势菌群,并在BC6处理组成为第一优势菌群,而相对于CT2对照组,拟杆菌纲细菌相对丰度在3个处理组中显著下降。刺参肠道固定菌群的优势菌群归属于α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和芽孢杆菌纲,相对于对照组CT1和CT2,3个处理组刺参肠道γ-变形菌纲的相对含量明显下降。相对于对照CT2,BC6和BC8处理组中芽孢杆菌成为第一优势菌群。黄杆菌纲细菌比例随芽孢杆菌添加量的增加而升高。本研究表明,水体中泼洒该芽孢杆菌制剂对水体和刺参肠道菌群结构均具有显著影响,在适宜的泼洒浓度下可以有效提高刺参的生长速度。 相似文献
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研究海水环境中Q235碳钢锈层中微生物群落的多样性。应用16SrDNA基因文库技术,分别对实海全浸一年的Q235碳钢内外锈层中的微生物进行基因文库的构建和分析。通过克隆测序构建了含有64个OTUs的细菌16SrRNA基因文库,结果表明锈层中微生物种类丰富,主要分布于13个已知的菌门,包括变形菌门;拟杆菌门;硅藻门;酸杆菌门;浮霉菌门;硝化螺旋菌门;厚壁菌门;绿弯菌门;疣微菌门;绿菌门;放线菌门;红藻门以及螺旋体门。内外锈层的优势菌均为变形细菌门,分别占文库序列的46%和53%,其中α-变形菌纲又为门中优势类群,但在内外锈层中还存在明显的系统发育学分歧。 相似文献
20.
为了解九孔鲍鲍鱼脱板期养殖环境中细菌的多样性,分离培养了脱板病发生期养殖环境(包括附着基上和养殖池水中)细菌32株,并用限制性片段长度多态性分析和16S rDNA序列分析法对其进行了分子鉴定,构建了系统进化树.结果表明,所分离的细菌分为3大类群9个属,分别是:γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria)的交替假单胞菌属(Pseudoalteromonas)、Cobetia属、盐单胞菌属(Hlomonas)、弧菌属(Vibrio)和海单胞菌属(Marinomonas);厚壁菌门(Firmicutes)的盐水球菌属(Salinicoccus)、动球菌属(Planococcus)和芽孢杆菌属(Bacillus);还有拟杆菌门(Bacteroidetes)的Tenacibaculum属.这些细菌大多与GenBank库中分离自发病的水产养殖生物的细菌最相似.这说明从该养殖环境中分离培养出的细菌和水产养殖病害间存在着一定的关系. 相似文献