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1.
《广东海洋大学学报》2016,(6)
采用直接测序法研究凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)过氧化氢酶(CAT)基因的单核苷酸多态性(SNP),并分析得到的基因型与凡纳滨对虾低溶氧耐受性状的关联性,寻找与凡纳滨对虾耐低溶氧性状相关的SNP标记。结果显示:在CAT基因外显子1第155碱基处发现1个SNP位点,为A→G颠换,表现为同义突变。在凡纳滨对虾群体中该位点等位基因A和G的频率分别为0.146和0.854,多态信息含量PIC值为0.218,属于低度多态性,群体在该基因座上符合哈温(Hardy-Weinberg)平衡(P0.05)。关联分析表明,CAT基因SNP位点不同基因型与低溶氧耐受性状关联性有统计学意义(χ~2=9.277,P=0.002),其中AG型在应激耐受组中占优势地位(52.17%)。CAT基因多态性与凡纳滨对虾低溶氧耐受性相关,可作为影响凡纳滨对虾耐低溶氧性状的候选基因,为凡纳滨对虾选育提供分子遗传标记。 相似文献
2.
【目的】挖掘更多中华鳖（Pelodiscus sinensis）性别分子标记,为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据,利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息,开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341 632条Unigenes,识别到14 804个SSR位点,含有SSR位点的Unigenes序列数量为13 904条,占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到6种不同核苷酸重复类型,单核苷酸串联重复基元类型的含量最多（10 981个）,占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11～15次为主（6 173个）,占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10～14 bp,占SSR总数的50.01%。搜索到32 299个SNP位点,SNP的分布密度为1/1 339 bp。SNP变异类型以转换类型为主,转换类型占70.05%,颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现,在31～100范围内,SNP数目最多,占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptp... 相似文献
3.
利用近源物种马氏珠母贝的EST-SSR引物对企鹅珍珠贝DNA进行扩增,获得7对可扩增出目标条带的近缘分子标记,分析野生群体(YS)和养殖群体(YZ)企鹅珍珠贝的遗传多样性。结果显示,7个位点共获得26个等位基因;野生和养殖群体的等位基因数分别为3~5和3~4,平均期望杂合度(He)分别为0.623 5、0.496 8;平均观测杂合度(Ho)分别为0.431 8、0.302 8;HNUPM047位点的多态信息含量较低,为0.446 7,其他位点均在0.5以上,说明该遗传标记可提供比较丰富的遗传信息。表明养殖群体遗传多样性水平低于野生群体。 相似文献
4.
【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。 相似文献
5.
为分析湛江流沙湾海域优势渔种卵鳎的遗传多样性,应用微卫星标记技术,选用15对微卫星引物,以等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、固定指数等遗传参数为指标,评估卵鳎群体内的遗传多态性。结果表明:共检测到90个等位基因,等位基因数从1~12不等,平均为6.0;有效等位基因数从1.0~8.4,平均为4.0,多态性位点比例为53%,显示其具有中等杂合子水平,其中8个多态位点的期望杂合度(He)为0.670~0.881,平均为0.800,观测杂合度(Ho)为0.353~1.000,平均为0.773,多态信息含量(PIC)值为0.616~0.870,平均为0.773,群体内固定指数F为-0.199~0.564,平均为0.046;流沙湾卵鳎群体具有高度遗传多样性。 相似文献
6.
《广东海洋大学学报》2016,(1)
获得雷州半岛红树林海区5种虾虎鱼稚幼鱼的45条线粒体COI基因序列,其T、C、A、G碱基平均含量分别为29.9%、28.4%、23.9%、17.8%。45条序列共定义23个单倍型,其中检测到变异位点184个,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)单倍型比例最高(80.0%),湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)单倍型比例最低(18.2%)。Kimura 2-parameter遗传距离显示,种间遗传距离为0.137 6~0.263 5,种内遗传距离为0.000 0~0.020 8。NJ进化树及ML进化树均表明,聚为5大支系的虾虎鱼类中,阿部氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius abei)与诸氏鲻虾虎鱼(M.chulae)亲缘关系最近,湖栖鳍虾虎鱼与其他4种虾虎鱼的亲缘关系稍远。基于群体内等位基因频率分布的中性检验结果表明,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)、小口拟虾虎鱼(Pseudogobius masago)、阿部氏鲻虾虎鱼、诸氏鲻虾虎鱼4个群体存在大量低频等位基因位点,而湖栖鳍虾虎鱼群体以中等频率等位基因为主。 相似文献
7.
《广东海洋大学学报》2020,(4)
【目的】研究金钱鱼(Scatophagus argus)全基因组微卫星分布特征,筛选高多态性微卫星(SSR)标记。【方法】利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行筛选并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点。【结果与结论】金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二碱基重复类型最多(52.64%),微卫星标记整体偏向A+T碱基组合。筛选出23对多态性标记位点,其中7对的等位基因数为4～11,期望杂合度为0.431～0.859,观测杂合度0.417～0.861,多态性含量为0.389～0.830。经Bonferroni校正后,5个位点符合哈德温伯格平衡,且位点间不存在连锁不平衡现象。 相似文献
8.
《广东海洋大学学报》2016,(4)
从大亚湾野生群体选择亲本繁育1个养殖群体,受精第6天、23天与80天分别进行优选,按50%选留比率选留快生长个体,分别在受精后第3天、30天120天取样,利用8对SSR标记分析养殖群体遗传多样性与估计有效亲本数量。结果表明,在3个生长阶段每个位点的平均等位基因数分别为3.750、3.875和3.625,平均观察杂合度分别为0.324 2、0.527 3和0.372 4,平均期望杂合度分别为0.551 1、0.561 3和0.504 8。有效亲本数量的估计分别为38、28和30,3个生长阶段估算的有效亲本数量均比实际所用到的亲本数量少。选优管养措施导致养殖群体的遗传多样性与有效亲本数量降低。 相似文献
9.
军曹鱼全人工繁殖群体遗传特征的SSR分析 总被引：2，自引：1，他引：1
利用8个微卫星DNA位点分析南海海域5个军曹鱼全人工繁育群体(HN1、HN2、ZJ、FJ和LS)子代的遗传多样性特征和群体间遗传分化。结果显示,军曹鱼养殖群体与天然群体的遗传结构特征基本一致:1)平均有效等位基因数为3.910±0.440,观测杂合度为0.595±0.049,分子方差分析(AMOVA)表明,个体内分化占主导(46%),军曹鱼养殖群体整体遗传多样性较高;2)群体间基因流明显(N_m=2.5959,F_(st)=0.0878),整体分化程度较低。各养殖群体表现出不同于天然大群体的特征:1)绝大部分位点均明显偏离哈温平衡,杂合子缺失或过剩现象普遍存在;2)聚类和群体分配分析等表明HN2与另四个养殖群体(HN1、ZJ、FJ和LS)分化明显。 相似文献
10.
采用6对微卫星分子标记,分析了马氏珠母贝(Pinctada martensii)白、黑、黄、红4种壳色家系的遗传结构。结果表明:4种壳色家系在6个位点的平均等位基因数为4.17,有效等位基因数为1.297~1.819;平均观测杂合度为0.083~0.212,平均期望杂合度为0.207~0.341;Shannon多样性指数为0.366~0.616;平均多肽信息(PIC)含量为0.257~0.442;4个壳色家系哈-温平衡指数均发生了极显著的偏离,4个家系间的群体再分效应的固定指数FST值为0.113~0.793;与马氏珠母贝普通养殖群体及壳色选育系F5相比,4种壳色家系之间遗传距离变大,遗传多样性降低。 相似文献