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摘要:在对我国南部沿海闽东、闽南、粤西、海南、北部湾5个海域的条纹斑竹鲨群体线粒体控制区多态性研究中,获得长度为1 094~1 096 bp的线粒体控制区完整序列。序列比对发现了6个多态性核苷酸位点,定义了8个单倍型。5个群体的单倍型多样度(h=0.542 5~0.744 8)和核苷酸多样度(π=0.000 571~0.000 980)均处于较低水平,说明条纹斑竹鲨的线粒体DNA进化速率较低。分子方差分析(AMOVA)结果显示群体间的遗传差异较小(Fst=0.216 26,P<0.000 1),变异主要发生在群体内部。10 000步Markov链计算的群体间遗传分化概率及单倍型系统地理学分析结果将5个群体分成两个地理种群(台湾海峡种群、南海北部种群)。综合分析表明条纹斑竹鲨的基因流主要在浅海近岸水域扩散,遗传变异程度受地理结构和距离隔离影响。 相似文献
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对我国东南沿海日本囊对虾的4个养殖群体广东群体(GD)、台湾群体(TW)、福建群体(FJ)和浙江群体(ZJ)的线粒体细胞色素b基因片段进行PCR扩增,对产物进行测序后分析。经比对获得552bp的核苷酸序列,发现了52个变异位点,得到了50种单倍型。广东、台湾、福建和浙江群体的核苷酸多样性依次分别为0.0082、0.0044、0.0137、0.0045,各群体均存在较好的单倍型多态性和核苷酸多态性。群体遗传分化分析表明各群体间保持着一定的遗传差异,其中福建群体与其它群体之间存在明显的遗传分化。采用MEGA软件计算了群体间的遗传距离,福建群体与广东群体间的遗传距离最远0.012,台湾群体与浙江群体间的遗传距离最小为0.005。以其它4种对虾为外群构建了4个群体的NJ系统进化树,结果显示台湾群体与浙江群体最先聚为一组群。 相似文献
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条纹斑竹鲨线粒体控制区和细胞色素b基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对厦门和湛江海域的条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum（Bennett，1830）]的线粒体DNA控制区和细胞色素6（Cytb）基因进行PCR扩增和测序，获得线粒体DNA控制区、Cytb基因和tRNA^Pro。基因全序列（GenBank序列号：EU363740～EU363752）。结果表明，tRNA^Pro。基因长度为69bp，控制区长度为1094～1096bp，Cytb基因全序列长度为1146bp。tRNA^Pro。基因非常保守，未发现碱基变异。所测30个个体中，控制区只有4个多态位点，5种不同的单倍型；Cytb基因全序列共有10个多态性位点，7种单倍型。Cytb基因的1146个碱基编码381个氨基酸，氨基酸链共有3个变异位点，4种单倍型，厦门群体具有4种单倍型，湛江群体只有1种单倍型。综合Cytb基因和控制区序列，2个条纹斑竹鲨群体共有10种单倍型，其中厦门群体有9种单倍型，湛江群体仅4种单倍型。研究结果表明条纹斑竹鲨在控制区和Cytb基因序列上的遗传多样性均较低，厦门群体的遗传多样性水平高于湛江群体。 相似文献
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条纹斑竹鲨5个地理群体的简单重复序列中间区域分析 总被引：1，自引：0，他引：1
简单重复序列中间区域(inter-simple sequence repeat,ISSR)是一种微卫星类分子标记。为明确条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum)中国群体的遗传多样性和遗传关系,作者利用ISSR技术对福建厦门(XM)、福建平潭(PT)、广东湛江(ZJ)、海南海口(HK)和台湾(TW)5个土著地理群体的条纹斑竹鲨进行了遗传多样性和遗传关系分析。从56对ISSR引物中筛选出13对多态性引物,扩增共获得81个重复性的位点,其中多态性位点57个,多态位点百分率为70.37%。5个群体的多态位点百分率、Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为38.27%~58.02%,0.1353~0.2155和0.2032~0.3193。UPGMA聚类分析表明PT群体首先和XM群体聚类,再与TW群体聚类,最后与ZJ群体和HK群体形成的分支聚类,即形成了与地理距离远近相关的基因交流模式。 相似文献
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中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以采自海南海口、广西防城港、广西北海、广东湛江、福建漳州、山东荣成、山东威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料,获取592bp线粒体COI基因片段序列,并进行遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示:62个个体共检测出103个多态性位点,定义了26个单倍型;总群体单倍型多样性指数为0.834,核苷酸多样性指数为0.01665,平均核苷酸差异数为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性,群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势,而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COI序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示,荣成群体和威海群体亲缘关系较近,聚成一小支,而后与漳州群体相聚,然而南方类群并没有聚为独立的一支。 相似文献
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测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因. 相似文献
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采用线粒体D-loop区测序技术,对巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖和太湖5个地理群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及种群遗传结构进行了研究。结果表明,890个位点中变异位点有151个,简约信息位点24个。143个个体共检测到72个单倍型,平均单倍型多样性指数为0.951±0.011,核苷酸多样性为指数为0.00614±0.00087。鄱阳湖群体和其它4个湖泊群体的遗传距离相对比较大,滆湖和巢湖的遗传距离最小,总体遗传分化指数Fst为0.0896(P<0.01)。群体间基因流系数Nm=2.22,表明5个黄颡鱼种群间存在着一定的基因流动。 相似文献
8.
基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类紫贻贝3个养殖群体(烟台、乳山、东极)的遗传多样性和遗传结构进行了研究。由PCR扩增获得32个体的COⅢ基因750bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,32个个体共检出18个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.946,核苷酸多样性指数(Pi)为0.0207,平均核苷酸差异数(K)为15.316,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,东极群体与烟台群体及乳山群体已明显分化,而烟台群体和乳山群体间无遗传分化,并且存在着较大的基因流。 相似文献
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为了解南海北部蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)的群体遗传变异特征,本研究利用线粒体DNA Cyt b基因部分序列对9个群体共203个个体进行群体遗传多样性和遗传结构分析.结果显示:在722 bp长的Cyt b部分序列中,共检测出52个多态位点,定义25个单倍型;群体的单倍型多样性(h)为0.577±0.036,核苷酸多样性(π)为0.001 55±0.001 12,整体遗传多样性呈中等偏低水平,其中雷州半岛和海南岛以东5个群体的遗传多样性水平明显高于以西的4个北部湾群体.单倍型系统发育树和网络图均未表现出与地理位置相对应的谱系结构,单倍型网络图呈以主体单倍型为中心的星状结构.群体间的Fst值为-0.077~0.018,且统计检验均不显著(p0.05).分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部来源于群体内个体间.Tajima's D值和Fu's Fs值均为显著负值,核苷酸不配对分布呈明显的单峰分布.南海北部蓝圆鲹群体约在29 000a前可能发生过扩张事件,导致遗传多样性呈现高h、低π模式;9个群体间的遗传分化并不显著,符合是一个随机交配种群的假设,但9个群体的遗传多样性水平却表现出明显的地理趋势,提示将南海北部蓝圆鲹作为单一种群进行渔业管理需持谨慎态度. 相似文献
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基于线粒体16S rRNA 基因研究5 个栉江珧野生群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用通用引物对山东长岛、文登、日照、广东湛江和海南三亚等5个地理群体栉江珧(Atrina pectinta)16S rRNA序列进行扩增、测序分析,得到59条441bp的核苷酸序列.其中T、C、A、G和A+T的平均含量分别为29.91%、17.41%、25.74%、26.94%及55.65%, AT含量高于GC含量,共检测到了9个单倍型和26个核苷酸多态位点.群体多样性分析表明,文登群体具有较高的遗传多样性水平.AMOVA 分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst =0.5007(P<0.001),群体间遗传分化略大于群体内、群体间存在较高的遗传分化.基于群体间遗传距离构建NJ和UPGMA分子进化树,5个地理群体的栉江珧聚为两个支,长岛、文登、日照群体聚为一支,海南和湛江群体聚为另一支. 相似文献
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Scientists investigating toxicants such as endocrine disrupting chemicals (EDCs) at the cellular at the sub-cellular level are often faced with criticisms as to how these effects can be extrapolated to the level of individuals and their populations. This report aims to provide an overview of the studies undertaken on crustacean model, Echinogammarus marinus LEACH (AMPHIPODA), and intersex phenotypes, at the individual and population levels, and provide additional emergent data at the genomic level. These, normal and intersex, males and females have been investigated by cross-hybridisation microarray analysis and specific sexually dimorphic genes and corresponding properties identified between each sexual phenotype. The morphology, physiology and histology of these intersexes have been investigated in detail and a number of reproductive costs have been identified including reduced fecundity and fertility. These costs have been incorporated into a population model and simulated over a ten-year period to ascertain how different levels of intersexuality affect the stability of populations. Based on the information gained through study of intersex models (with known endocrine dysfunction) together with the substantial quantity of historical data relating to effects of chemicals on amphipod fecundity, growth and mortality, the development of appropriate biomarkers is nearer to being assessed from the level of genes to that of the population. 相似文献
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我国典型海岛地质灾害类型特征及成因分析 总被引：5，自引：3，他引：2
本文通过海岛调查及已有文献资料分析,发现我国典型海岛存在滑坡、海岸侵蚀、海水入侵、湿地退化、水土流失、地面沉降、风沙灾害、断层、港湾淤积、滩面冲蚀、沙滩泥化、浅层气、砂土液化、地震、软土地基15种地质灾害类型。滑坡灾害最多,基岩岛岛岸、岛陆和近岸海底均可发生;其次为海岸侵蚀,在基岩岛、泥沙岛均有分布,主要发生于岛岸;再次为海水入侵(含咸潮入侵),在基岩岛、泥沙岛岛岸均可发生;湿地退化也在基岩岛、泥沙岛岛岸均可发生;其他灾害类型的分布较少。通过对海岛典型地质灾害的成因机制分析,发现各地质灾害都是自然因素和人为活动共同作用的结果,并且人为活动的影响逐渐加剧,各地质灾害之间还存在着成因上的联系。 相似文献
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西沙群岛宣德环礁的精细水下地貌组合特征及其成因机制 总被引：1，自引：1，他引：0
海底地形地貌及类型分布特征对指示区域地质构造影响、海平面升降、海洋水动力等有重要意义。本文通过侧扫声呐、单波束测深、表层沉积物取样等方法,分析了西沙群岛宣德环礁精细水下地貌组合特征,并探讨了其成因机制。结果表明:（1）宣德环礁为残缺型环礁类型,中部为潟湖沉积,礁盘之间形成西沙洲口门、“红草门”、环礁西缺口和环礁南缺口等4处水深超过60 m的深水口门,并首次识别了西沙洲口门;（2）宣德环礁水下地貌类型可划分为3级11类地貌类型。研究区的沙波及槽沟等动力地貌单元显示,宣德环礁浅水区海底特征地貌由盛行季风和波浪场所控制,深水口门形成的潮汐通道水体为塑造宣德环礁潟湖区动力地貌的主要因素。研究区东南部向海坡存在6级水下阶地,通过对比南海珊瑚礁阶地特征,宣德环礁向海坡阶地成因很可能是全球海平面变化和地壳沉降的共同作用。 相似文献
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3个海域沙筛贝遗传差异的DNA分子标记研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本文运用RAPD（random amplified polymorphic DNA）技术，对3个海域的沙筛贝进行了地理遗传差异分析．结果表明福建东山湾与厦门马銮湾沙筛贝的遗传距离为0．2764，深圳湾与马銮湾沙筛贝的为0．3067，深圳湾与东山湾沙筛贝的为0．3305．这说明马銮湾与东山湾的沙筛贝种群遗传距离较近，而东山湾与深圳湾的沙筛贝种群遗传距离较大．对厦门马銮湾沙筛贝的18S rDNA进行了测序，在基因库上查得同科另外3个种的18S rDNA序列，构建了分子系统发育树，发现沙筛贝与Mytilopsis leucophaeata同源性比较高． 相似文献
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4种石斑鱼的分子遗传多样性和亲缘关系的RAPD分析 总被引：4，自引：0，他引：4
采用25个引物,对海南养殖的点带石斑鱼、广东养殖的斜带石斑鱼、南海西沙野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼的基因组DNA进行了RAPD分析,并用UPGMA法对4种石斑鱼进行聚类分析.研究结果表明:(1)野生鲑点石斑鱼和蜂巢石斑鱼群体内遗传多样性较高,多态位点比率分别为58.07%和55.65%,平均遗传杂合度分别为0.1793和0.1622,表明南海野生石斑鱼遗传变异水平较高,种质资源状况良好;而养殖的点带石斑鱼和斜带石斑鱼遗传多样性偏低,多态位点比率分别为49.70%和40.38%,平均遗传杂合度分别为0.1349和0.1135,表明石斑鱼养殖群体遗传多样性水平有所下降,应及时采取适当的保护措施.(2)4种石斑鱼种间遗传距离及聚类分析表明,点带石斑鱼与斜带石斑鱼遗传距离最近(D=0.2570);鲑点石斑鱼与蜂巢石斑鱼遗传距离次之(D=0.5146);斜带石斑鱼与蜂巢石斑鱼的亲缘关系最远(D=0.5810).(3)在8个引物中,有区分4种石斑鱼的特异性片段,可用于这些石斑鱼的鉴定. 相似文献
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南沙海区万安盆地构造演化与成因机制 总被引：2，自引：1，他引：1
本文基于地震、钻井和区域地质资料，运用回剥法和平衡剖面技术定量研究了万安盆地的构造沉降和伸展程度，重建盆地的构造演化史并探讨其成因机制。模拟结果表明，万安盆地构造沉降曲线为多段式，其南北部构造沉降差异明显，且沉降中心逐渐向南发展的趋势。晚始新世-渐新世（37.8~23.03 Ma BP）盆地中、北部快速沉降，存在两个沉降中心；早中新世（23.03~16.0 Ma BP）盆地南部也发生快速沉降，整个盆地存在3个沉降中心；中中新世（约16.0~11.63 Ma BP）沉降作用减弱，盆地进入裂后热沉降期。万安盆地的伸展和形成演化呈现北早南晚的特征，与南海海底扩张密切相关，同时受控于万安断裂带交替地右旋-左旋走滑作用，是伸展和走滑双重作用的结果。盆地的构造演化过程可细分为4个阶段:初始裂谷期、主要裂谷期、走滑改造期和裂后加速沉降期。 相似文献
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4种裸胸鳝的分子遗传多样性和亲缘
关系的RAPD 分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用29个随机引物,对海南近海及西沙的野生群体黄边裸胸鳝(Gymnothorax flavimarginatus)、云纹裸胸鳝(Gym-nothorax chilospilus)、波纹裸胸鳝(Gymnothorax undulatus)及细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)的基因组DNA进行了RAPD分析,并用UPGMA法对这4种裸胸鳝进行聚类分析。研究结果表明:(1)黄边裸胸鳝、云纹裸胸鳝、波纹裸胸鳝及细斑裸胸鳝4种裸胸鳝群体内遗传多样性都较高,其多态位点比率分别为68.65%、57.00%、50.80%、67.42%,平均杂合度分别为0.222 1%、0.207 4%、0.166 6%、0.221 2%,表明南海野生裸胸鳝遗传变异水平较高,种质资源状况良好;(2)4种裸胸鳝种间遗传距离及聚类分析表明,黄边裸胸鳝与细斑裸胸鳝遗传距离最近(0.340 6);黄边裸胸鳝与云纹裸胸鳝的次之(0.386 8);云纹裸胸鳝与波纹裸胸鳝的最远(0.531 2)。(3)在7个引物中,有区分云纹裸胸鳝、波纹裸胸鳝及细斑裸胸鳝的特异性片段,可用于这些裸胸鳝的鉴定。 相似文献
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Population genetic diversity and structure of a dominant tropical seagrass,Cymodocea rotundata,in the Western Pacific region 
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下载免费PDF全文 Dan M. Arriesgado Hiroyuki Kurokochi Yuichi Nakajima Yu Matsuki Wilfredo H. Uy Miguel D. Fortes Wilfredo L. Campos Kazuo Nadaoka Chunlan Lian 《Marine Ecology》2016,37(4):786-800
Cymodocea rotundata is an ecologically important tropical pioneer seagrass species distributed in the Indo‐Pacific region. The population genetic diversity and structure of this species were analysed at 46 sites spanning the Philippines, Ryukyu Islands (northern limit) and Hainan Island, by using microsatellite simple sequence repeat (SSR) markers. Analyses revealed the persistence of C. rotundata likely relies on local population dynamics and fitness influenced by environmental gradients, with sexual reproduction prevalent in the Philippines while the Ryukyu and Hainan populations were predominantly established by clonal spread. Analysis of molecular variance showed significant genetic differentiation (P < 0.001) among three geographic regions: the Philippines, Ryukyu and Hainan. Furthermore, the mean fixation index value was very high (FST = 0.36), indicating poor dispersal potential or limited gene flow. Allelic richness and heterozygosity of C. rotundata was comparable in the Philippines and Ryukyu Islands populations. More private alleles were found in the Philippines and excess heterozygotes in the Ryukyu Islands. STRUCTURE analysis revealed that the Ryukyu and Hainan populations were mosaics of admixed alleles of individuals from the Philippines. An assignment test suggested that recruitment occurs from the Northeast Philippines to Ryukyu Islands. These results suggest that the Philippine populations are tropical seagrass hotspots and perhaps the origin of the populations in the Ryukyu and Hainan Islands. This scenario is most likely driven by the Kuroshio Current and island integration events during plate tectonic activities. The Philippine Archipelago is considered of high importance for conservation objectives and management plan of seagrasses. Likewise, the Ryukyu Islands are also important in terms of conserving regional diversity because locally adapted genotypes have important evolutionary potential in the face of environmental change. 相似文献
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The genetic structure of the exotic ascidian Styela plicata (Tunicata) from Italian ports,with a re‐appraisal of its worldwide genetic pattern 下载免费PDF全文
下载免费PDF全文 Ferruccio Maltagliati Lisa Lupi Alberto Castelli Federica G. Pannacciulli 《Marine Ecology》2016,37(3):492-502
The pleated ascidian Styela plicata (Lesueur, 1823) is a solitary species commonly found in ports and marinas around the world. It has been recorded in the Mediterranean region since the mid‐19th century. In the present work, the species’ genetic diversity was analysed, employing a 613‐bp portion of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene from 149 individuals collected in 14 ports along Italian coasts at spatial scales ranging from 1 to approximately 2200 km. Haplotype and nucleotide diversity values were h = 0–0.933 (total h = 0.789) and π = 0–0.145 (total π = 0.0094), respectively. A general southward trend of increasing within‐population genetic diversity was observed. Analysis of molecular variance revealed significant genetic structuring but no significant differences were detected among basins, and no isolation by distance was found. Our data were integrated with the COI sequences available from previous studies and re‐analysed in order to investigate the possible routes of introduction of this ascidian into the Mediterranean Sea. The presence of the two COI haplogroups detected in previous molecular investigations on S. plicata at intercontinental spatial scale was confirmed in the Mediterranean Sea. The results revealed multiple introductions of S. plicata, although some locations appear to have experienced rapid expansion from few founding individuals with reduced genetic diversity. However, continuous introductions would confound the pattern deriving from single founder events and make it difficult to estimate the time needed for gene diffusion into established populations. This mixing of effects creates difficulties in understanding the past and current dynamics of this introduction, and managing this alien invasive ascidian whose genetic structure is continuously shuffled by vessel‐mediated transport. 相似文献