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1.
用8个微卫星标记组合建立了2个微卫星多重PCR体系,对大菱鲆7个人工选育家系进行了系谱认证、亲子鉴定和遗传多样性研究.2个多重PCR体系中8个微卫星位点共检测到等位基因49个,每个位点等佗基因数为3～8个.根据已知亲本及子代基因型,成功推断出了3个缺失亲本的基因型.在双亲未知的情况下2个多重PCR的8个微卫星位点累积排除概率是96.58%,已知1个亲本时累积排除率为99.71%,亲子鉴定准确率为96.42%.采用70个个体进行双盲验证,利用UPGMA法对7个家系的70个体进行了聚类分析,同一家系95.71%的个体聚类分析结果与系谱来源一致.Cervus 2.0软件亲子鉴定结果表明亲子鉴定准确率为92.86%.2个多重PCR体系的建立为大菱鲆不同家系混养后的亲子鉴定、系谱分析和分子辅助家系管理提供了技术手段. 相似文献
2.
微卫星标记在大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)家系系谱印证中的应用研究 总被引：6，自引：0，他引：6
用8个微卫星标记对大菱鲆7个人工选育家系进行了系谱鉴别和遗传多样性研究。8个微卫星位点的平均多态信息含量为0.6721,平均杂合度为0.7206。8个微卫星位点在7个家系分析中,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数在38个之间,每个位点平均有5个等位基因。根据已知亲本及子代基因型,成功的推断出了7个家系中缺失亲本的基因型。在双亲未知的情况下8个微卫星位点累积排除概率是97.07%,已知单亲时累积排除概率达99.63%。用UPG-MA法对7个家系的137个子代个体进行了聚类分析,90.5%同一家系的子代个体能完全聚类到一起,分类结果与系谱来源基本一致。微卫星标记可以为大菱鲆混养家系进行亲权鉴定和系谱构建提供技术支持。 相似文献
3.
选取8个高多态性的微卫星位点, 对240只刺参(Apostichopus japonicus)幼体和14只疑似亲本进行了亲缘关系的鉴定。通过检测, 8个微卫星位点共得到53个等位基因, 平均等位基因数为6.63; 观察杂合度在0.730—0.902; 各位点的多态信息含量为0.696—0.836。通过亲缘关系分析软件CERVUS 3.0分析, 微卫星位点累积排除概率分别为0.9934、0.9997、0.99999。基于排除法个体基因型判定, 有37个子代有1个候选亲本, 194个子代有2个及以上候选亲本; 基于似然法判定, 置信度为80%时, 有198个子代个体找到最似亲本。综合排除法和似然法的亲权鉴定, 成功为229个子代个体找到它们的亲本, 鉴定成功率达95%以上。本研究结果可为刺参育种工作中亲本识别及家系分析提供技术支持和理论依据。 相似文献
4.
大菱鲆与耐高温性状相关的微卫星标记筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
采用微卫星分子标记(SSR)技术分析大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)耐高温相关特性,为耐高温大菱鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记.将大菱鲆经过高温实验处理,区分为耐高温组与高温敏感组,用于实验分析.采用Salah.M法抽提大菱鲆肌肉组织的DNA,根据已知的30个大菱鲆微卫星位点的侧翼保守序列设计引物,进行微卫星引物PCR(SSR-PCR)扩增.对PCR扩增出的差异条带进行个体统计,最后进行微卫星位点与耐高温性状的相关性分析.结果表明,有1个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在一定的负相关性;有3个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在正相关性,其中位点Sma-USC27 286 bp的等位基因片段与耐高温性状的正相关性极显著,相关系数达到0.383(P＜0.01),其余2个位点为一般显著性相关.微卫星位点Sma-USC27所扩增出的差异等位基因片段可作为分子标记指导耐高温大菱鲆的辅助育种. 相似文献
5.
基于微卫星标记的三疣梭子蟹家系系谱认证 总被引：1，自引：0，他引：1
用6个微卫星标记对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的6个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星标记在6个家系中显示了高度的遗传差异,6个位点的多态信息含量(PIC)分别为Pot09位点0.6045,Pot14位点0.6072,Pot17位点0.8130,Pot18位点0.6870,Pot25位点0.7839,Pot42位点0.6330。6个多态性位点共发现了32个等位基因,每个位点的等位基因数在4～8个之间。不同位点共发现7个家系特异性等位基因,2#和3#家系中各发现2个,1#、5#、6#家系中各发现1个,4#家系未发现特异性等位基因。根据已知亲本及子代基因型,可推断出6个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在Pot18位点可将1#家系和6#家系与其他家系相区别;Pot14位点和Pot17位点可将3#家系与其他家系相区别;Pot42位点可将5#与其他家系相区别;Pot17位点和Pot25可将2#家系与其他家系相区别。因此,Pot18位点、Pot14位点和Pot17位点、Pot42位点、Pot17位点和Pot25位点可分别用于鉴别1#和6#家系、3#、5#、2#家系的特异性标记。研究表明,在选用的6个微卫星标记中,最少选用3个标记可鉴别6个三疣梭子蟹家系。 相似文献
6.
红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)是我国北方地区的一种经济型海水鱼类,但目前对其群体遗传多样性和系谱信息研究成果较少。本文研究了目前红鳍东方鲀养殖群体的遗传多样性情况和系谱信息,为其提供遗传改良的理论基础。从2015年所建的12个红鳍东方鲀家系中随机选取5个家系,采用8个微卫星标记对其遗传多样性进行分析和系谱认证。8个位点共检测得到32个等位基因,每个位点等位基因数为36个,平均值为4个。平均观测杂合度(A)范围为0.453 30.953 3,平均期望杂合度(He)范围为0.490 80.790 1,平均多态信息含量(PIC)范围为0.455 50.754 6。不同位点共发现8个特异性等位基因,7#家系发现3个,3#和11#家系各发现2个,12#家系发现1个,10#家系未发现特异性等位基因。根据子代基因型成功推断出5个家系的亲本基因型,据此鉴别各个家系。在fms15位点,可将3#和11#家系与其他家系相区别;TOG01位点可将7#家系与其他家系相区别;f1497位点可将12#家系相区别。因此,fms15,TOG01,f1497这3个标记可以作为鉴别5个家系的特异性标记。结果说明,所选的8个微卫星标记在这5个家系中多态信息含量较高,且在已选用的8个微卫星标记中,最少用3个标记可鉴别5个红鳍东方鲀家系。综合分析表明微卫星标记能有效地为红鳍东方鲀群体的系谱分析提供技术支持,为今后红鳍东方鲀开展分子标记辅助育种提供了可靠的理论依据。 相似文献
7.
筛选多态性高、特异性好、片段大小适中的10 个长牡蛎微卫星位点进行优化组合, 根据扩 增片段大小及同一荧光不重叠原则构建了两组五重PCR 体系。运用CERVUS 3.0 软件对0527 组27 个长牡蛎全同胞家系的643 个子代和0612 组27 个全同胞家系382 个子代分别进行亲权鉴定。结果 发现, 用两组微卫星五重PCR 鉴别时, 在0527 组和0612 组的鉴定成功率均为100%; 只用第一组微 卫星五重PCR, 可以将0527 组96%的子代和0612 组96%的子代鉴定到亲本; 只用第二组微卫星五 重PCR, 可以将0527 组97%的子代和0612 组95%的子代鉴定到亲本。本研究中筛选出的两组微卫 星五重PCR 体系在两组家系中的鉴定效率均较高, 可以快速有效地将子代个体鉴定至所属父母本, 在长牡蛎家系鉴定中具有很好的应用价值。 相似文献
8.
为对大菱鲆(Scophthalmus maximus)的养殖群体进行微卫星分析研究,作者用70个微卫星位点在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式(♀×♂)。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律(P≥0.05),有25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P0.05)。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信息含量为0.182~0.699,平均值为0.361。研究证明这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种研究。同时对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体遗传多样性水平较高,可用于进一步的良种繁育。 相似文献
9.
大菱鲆(Scophthalmus maximus)生长性状相关的微卫星标记筛选 总被引：4，自引：2，他引：2
采用分群分离分析法,以同一批受精卵孵化的同池养殖大菱鲆生长性状发生分离的群体为材料,进行微卫星DNA遗传分析,以揭示影响大菱鲆生长发育速度方面的遗传信息。30个多态性微卫星位点对生长高值组(F组)和生长低值组(S组)各10个样本建立的DNA混合池进行扩增时,在两池间出现了7个差异片段。通过对两组大菱鲆个体PCR扩增出的差异条带进行统计,分析微卫星位点与大菱鲆生长性状的相关性。结果表明,有1个微卫星位点(SmaC10)在355bp的等位基因片段与大菱鲆生长性状存在一定的负相关性;有4个微卫星位点(SmaC02、SmaC06、SmaC09、B11-I12/6/3)分别在258bp、182bp、226bp、175bp的等位基因片段与大菱鲆生长性状存在正相关性,其中位点Smac09在226bp的等位基因片段与生长性状的正相关性极显著,相关系数达到0.354。位点SmaC09所扩增出的等位基因片段可作为具有良好生长特性人工选育群体的分子标记,指导大菱鲆的辅助育种。 相似文献
10.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(9)
为促进毛蚶(Scapharca kagoshimensis)的遗传育种研究及开展其资源的保护工作。本研究用4组微卫星多元PCR体系对5个毛蚶全同胞家系进行了家系鉴定分析。研究表明:4组多元PCR体系中的10个微卫星位点均为高多态性位点,使用1组多元PCR体系的子代模拟鉴定成功率和实际鉴定成功率分别为78%和72%,3组以上多元PCR体系子代的鉴定成功率为100%。研究结果表明,微卫星多元PCR技术能快速、准确地将任意子代鉴定至其所属家系,该技术可用于大批量家系材料分析,具有较好的应用价值。 相似文献
11.
《African Journal of Marine Science》2013,35(2):259-264
A method for ploidy verification of triploid and diploid Haliotis midae was developed using molecular microsatellite markers. In all, 30 microsatellite loci were tested in control populations. A final micro satellite multiplex consisting of seven markers were optimised and a complete protocol is reported. This protocol was successfully applied in identifying the ploidy levels of 42 ploidy-unknown abalone, showing the utility of microsatellite markers as tools for verifying the ploidy of individual abalone. The protocol can be applied in larger animals for which the isolation of nuclei and metaphase chromosomes from tissues is difficult. 相似文献
12.
为选育高成活率的大菱鲆(Scophthalmus maximus)抗鳗弧菌(Vibrio anguillarum)群体,对30个大菱鲆选育二代家系(F2)和1个普通养殖群体进行鳗弧菌攻毒实验(周期为14 d),统计分析死亡率。选取死亡率不同的6个选育家系和普通养殖群体构成7个实验组,采用半定量-聚合酶链反应(semi-quantitative polymerase Chain reaction,RT-PCR)技术对它们肝脏、脾脏、头肾的相关免疫因子——溶菌酶(Lysozyme)、抗菌肽(Hepcidin)、热激蛋白70(HSP70)、热激蛋白90(HSP90)、免疫球蛋白(Ig M)、C-型凝集素(C-type lectin)、Lily-型凝集素(Lily-type lectin)的表达量开展研究,并应用SPSS 16.0软件对攻毒前后各免疫因子的表达量与攻毒后存活率之间的相关性进行分析。研究结果表明:攻毒前后选育家系幼鱼肝脏、脾脏、头肾中7个免疫因子的表达量普遍高于普通养殖幼鱼,且在7个实验组中,攻毒后的表达量相较攻毒前均呈现下降趋势;攻毒前,肝脏中lysozyme、Ig M的表达量与存活率为极显著性正相关(P0.01),HSP70、HSP90、C-type lectin、Lily-type lectin的表达量与存活率为显著性正相关(P0.05);脾脏中,Hepcidin、HSP70和HSP90的表达量与存活率为极显著性正相关(P0.01);头肾中,HSP70的表达量与存活率为显著正相关(P0.05)。综上,可以推断选育家系相对于普通养殖群体大菱鲆抗鳗弧菌性能更强,且7种免疫因子在鳗弧菌感染鱼体的过程中发挥重要的抗感染作用;从F2中获得一个抗鳗弧菌性能较强的家系(23号),可用于今后大菱鲆抗鳗弧菌品系的选育指导工作,为大菱鲆高成活率群体的选育提供参考资料和理论依据。 相似文献
13.
1 IntroductionThe microsatellite DNA markers, which werealso called simple sequence repeats (SSR), are oneof the DNA markers developed in the late 1980s.The microsatellite DNA markers have several advan-tages over other molecular markers. For example,(1) … 相似文献
14.
嵊泗列岛海域三种贻贝贝体框架性状对壳重的影响效应 总被引：1，自引：0，他引：1
以嵊泗列岛海域2+龄厚壳贻贝同生群养殖个体、同域生长的1+龄紫贻贝同生群养殖个体以及混于厚壳贻贝和紫贻贝养殖筏架中的"杂交贻贝"为实验对象,以壳宽SW、壳长SL、壳高SH(BD)、OA(壳顶至韧带末端的直线距离)、OB(壳顶至壳背面最高点的直线距离)、OC(壳顶至壳后端最远点的直线距离)、OD(壳顶至壳高性状在腹缘的落点的直线距离)、AB(韧带末端至壳背缘最高点的直线距离)、BC(壳背缘最高点至壳后端最远点的直线距离)、CD(壳后端最远点至壳高性状在腹缘的落点的直线距离)为贝体框架变量,采用多元分析方法系统比较了三者贝体框架性状对壳重的影响效应。结果表明:(1)3种实验贝壳重的变异系数均大于各贝体框架性状,"杂交贻贝"各测定性状的变异系数均为最大,而厚壳贻贝和紫贻贝间则均接近;(2)3种实验贝各贝体框架性状与壳重的相关系数均达到极显著水平(P0.01),三者中仅"杂交贻贝"各贝体框架性状间的相关系数也均达到极显著水平(P0.01);(3)经通径分析,厚壳贻贝被保留的3个贝体框架性状与壳重的复相关指数为0.868,它们对壳重的直接作用呈OCSHSW,紫贻贝被保留的2个贝体框架性状与壳重的复相关指数为0.700,它们对壳重的直接作用呈OCSW,"杂交贻贝"被保留的3个贝体框架性状与壳重的复相关指数为0.931,它们对壳重的直接作用呈SLSHOA;(4)经多元回归分析,得到了用于估算厚壳贻贝、紫贻贝和"杂交贻贝"壳重的回归方程。 相似文献
15.
转“全鱼”溶菌酶基因大菱鲆的研究 总被引：7，自引：0，他引：7
用大西洋条鳕(Macrozoarces americanus)抗冻蛋白启动子opAFP promoter和牙鲆(Paralichthys olivaceus)c型溶菌酶基因构建“全鱼”溶菌酶基因元件opAFP—ly，首次应用电脉冲精子介导法将该基因片段导入到大菱鲆(Scophthalmus maximus)受精卵内，获得原代转基因大菱鲆。先后采用单因子方法和正交实验方法，重复实验确定了最适导入条件：脉冲电压为400V／cm，脉冲次数为5，脉冲宽度为25ms，外源DNA浓度为50mg/L。利用最适导入条件，实现基因元件大规模转移。采用PCR技术对1月龄的原代转基因大菱鲆仔鱼的染色体DNA进行分析，结果表明外源基因的整合率可达28％。 相似文献
16.
采用微卫星分子标记技术分析验证了133对微卫星分子标记,以期为大菱鲆(Scophthalmus maximus)育种提供合适的抗鳗弧菌分子标记。实验鱼经鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染,分为非抗病组与抗病组。对两组鱼PCR扩增出的差异条带进行个体统计,再进行微卫星位点与抗鳗弧菌的相关性分析,并分析对比了两组鱼的遗传多样性。结果表明,微卫星位点Sma-USC108、Sma-USC141的等位基因片段分别在215bp和200bp与抗鳗弧菌性状的正相关性极显著,相关系数分别达到0.363和0.407(P0.01);微卫星位点FF0911、Sma-USC62、Sma-USC279的等位基因片段分别在189bp、163bp和236bp与抗鳗弧菌性状的负相关性极显著,相关系数分别达到–0.377、–0.364和–0.363(P0.01)。经过二次验证,最终确定Sma-USC141和FF0911两个微卫星位点可指导大菱鲆抗鳗弧菌的辅助育种。两组大菱鲆的群体遗传多样性分析对比表明:抗病群体与非抗病群体的遗传变异水平较低,两个群体的遗传多样性水平相当。 相似文献
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萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)与其他5种罗非鱼遗传多样性比较研究 总被引：2，自引：0，他引：2
根据已知罗非鱼相关基因序列设计了5对微卫星引物,对萨罗罗非鱼、尼罗罗非鱼、以色列红罗非鱼、台湾红罗非鱼、奥利亚罗非鱼和齐氏罗非鱼6种罗非鱼进行遗传多样性分析,结果表明:(1)6种罗非鱼在5个微卫星座位上共发现22个等位基因和49种基因型,萨罗罗非鱼、台湾红罗非鱼及齐氏罗非鱼的等位基因数和基因型数较少,萨罗罗非鱼特有的等位基因是190和204,特有的基因型为190/190、204/204、270/223和270/243;(2)与另外5种罗非鱼相比,萨罗罗非鱼的有效等位基因数(Ne)、平均杂合度期望值(He)和多态信息含量值(PIC)都较低,分别为1.812、0.331和0.326;(3)6种罗非鱼明显分为2支,萨罗罗非鱼单独为一支,另外5种罗非鱼聚为一支;(4)萨罗罗非鱼保种的主要问题是要特别防止近亲繁殖。 相似文献
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To identify the pathogen that causes scuticociliatosis in farmed-raised turbot Scophthalmus maximus , we isolated a ciliate from the brain tissue of an infected turbot and identifi ed it as Uronema marinum based on morphological and molecular evidence. We then infected the turbots in artifi cial laboratory settings with pure cultured U . marinum . The infected turbots showed syndromes similar to those observed in naturally infected ones. Furthermore, microscopic examination and PCR detection confi rmed the presence of the ciliate in the tissues of those laboratory-infected turbots. To our best knowledge, this is the fi rst report of scuticociliatosis caused by U . marinum in farm-raised turbot S . maximus in China. 相似文献
19.
为了开展大菱鲆耐高温选育工作,对其进行耐高温性状及其相关生长性状的遗传评估是非常必要的。以来源于英国、法国、丹麦和挪威4个国家的不同群体构建大菱鲆选育家系,利用F1的20个和F2的22个耐高温选育家系进行耐高温实验,统计耐高温评估指标（UTT）和相应的实验鱼体重（每个家系选取40-50尾实验鱼）。基于Gibbs抽样的贝叶斯方法,采用包含母性效应和不包含母性效应的两种动物模型,对大菱鲆耐高温（UTT）和生长性状的遗传力以及这两个性状间的遗传相关和表型相关进行分析。结果表明,基于不包含母性效应的动物模型估计的体重和耐高温性状的遗传力以及这两个性状之间的表型相关和遗传相关分别为0.239±0.141,0.111±0.080,0.075±0.026和-0.019±0.011。基于包含母性效应的动物模型估计的这4个值分别为0.203±0.115,0.055±0.026,0.047±0.034和-0.024±0.028,体重和耐高温性状的母性效应分别为0.050±0.017和0.013±0.004。母性效应对这两个性状的遗传评估有一定的影响。本文的研究结论为制订合理的大菱鲆耐高温育种规划提供了理论依据。 相似文献