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1.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(5)
利用线粒体COI基因片段序列比较分析了金乌贼(Sepia esculenta)4个地理群体(乳山、青岛、日照和舟山)的遗传多样性和遗传结构。在4个群体117个样本的线粒体COI基因部分序列中,检测到27个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样度为0.478~0.956,核苷酸多样性为0.001~0.006,舟山群体的遗传多样性远高于乳山、青岛和日照群体。群体间遗传分化指数显示,舟山群体与其他3个群体之间存在较大的遗传分化(0.186~0.292),而乳山、青岛和日照群体之间遗传分化较小(-0.007~0.039)。本研究结果暗示,增殖放流活动可能对山东省近海的金乌贼群体的遗传多样性产生了一定的影响。 相似文献
2.
基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类紫贻贝3个养殖群体(烟台、乳山、东极)的遗传多样性和遗传结构进行了研究。由PCR扩增获得32个体的COⅢ基因750bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,32个个体共检出18个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.946,核苷酸多样性指数(Pi)为0.0207,平均核苷酸差异数(K)为15.316,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,东极群体与烟台群体及乳山群体已明显分化,而烟台群体和乳山群体间无遗传分化,并且存在着较大的基因流。 相似文献
3.
基于线粒体CO1基因的序列,对渔山列岛,大连獐子岛,南麂列岛,山东南隍城乡,舟山嵊泗5个野生群体的厚壳贻贝进行遗传多样性和遗传结构的分析。结果表明:在mt DNACO1基因同源片段上共检测到了39个多态位点,其中39个简约信息位点,无单突变位点,构成40个单倍型,群体遗传多样性水平为:渔山山东大连舟山南麂;然而单倍型多样性却是山东渔山南麂大连舟山。分子进化树和单倍型网络关系图构建结果显示:5个群体之间分为3个单倍型类群(A、B、C),其中A类群含15个单倍型,B类群含23个单倍型,C类群含2个单倍型(均为渔山列岛的单倍型),其中渔山列岛的单倍型在上述三个类群中都有分布。3个单倍型类群间的遗传距离为0.0099~0.0268。渔山列岛群体内遗传分化较为显著,其他4个群体间未检测到显著的遗传分化。 相似文献
4.
中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以采自海南海口、广西防城港、广西北海、广东湛江、福建漳州、山东荣成、山东威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料,获取592bp线粒体COI基因片段序列,并进行遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示:62个个体共检测出103个多态性位点,定义了26个单倍型;总群体单倍型多样性指数为0.834,核苷酸多样性指数为0.01665,平均核苷酸差异数为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性,群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势,而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COI序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示,荣成群体和威海群体亲缘关系较近,聚成一小支,而后与漳州群体相聚,然而南方类群并没有聚为独立的一支。 相似文献
5.
对我国沿海5个自然群体长蛸的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列进行了测定和分析,经比对获得658bp核苷酸片段,其中碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.02%、18.46%、30.15%和14.35%,AT的含量明显高于GC的含量。5个自然群体的长蛸中共发现18个变异位点,得到15个单倍型,包括4个共享单倍型,其中青岛群体的核苷酸差异数K以及平均核苷酸多样性指数Pi最高,烟台群体最低;群体间,青岛群体在群体间核苷酸差异数K、群体间平均每位点核苷酸替代数Dxy和群体间每位点净核苷酸替代数Da三个指标上都表现出比其它群体之间较高的水平,说明青岛群体具有最为丰富的遗传多样性。MEGA3.1软件计算5个群体间的Kimura2-paramter遗传距离,大连群体和青岛群体之间的遗传距离最远为0.0077,而大连群体与烟台群体之间的遗传距离最低,为0.0029。AMOVA分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst=0.17410(P0.05),群体间遗传分化远小于群体内。NJ法和UPGMA法构建的分子进化树,5个地理群体的长蛸聚为两个族群,大连、烟台群体聚为一族群,青岛、连云港和舟山群体聚为另一族群。 相似文献
6.
基于线粒体DNA的12S rRNA和COⅢ基因序列对我国沿海重要经济头足类长蛸不同群体(大连、烟台、青岛、连云港、舟山、温州、厦门)进行了遗传多样性和遗传结构的分析。由PCR扩增获得80个个体的12SrRNA基因416bp、COⅢ基因512bp的部分序列,两者多态性遗传参数统计显示,80个个体分别检出64(12S)和27(COⅢ)个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)分别为0.984(12S)和0.909(COⅢ),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.028(12S)和0.034(COⅢ),平均核苷酸差异数(K)分别为9.403(12S)和17.265(COⅢ),显示出较丰富的遗传多样性。两种基因遗传分析结果均显示厦门群体与其它群体的显著分化。初步分析长蛸各群体遗传分化的原因之一可能是洋流格局的形成阻隔了群体间的基因交流。 相似文献
7.
基于线粒体DNA控制区序列比较分析了细条天竺鲷乳山、胶南、上海和舟山4个群体的遗传多样性。结果显示:114个个体的线粒体DNA控制区序列定义了30个单倍型,并检测到变异位点25个。4个地理群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较低;基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树显示4个群体个体相互混杂,没有明显的分支与之对应;两两群体间的Fst值在-0.015到0.067之间,表明群体间的遗传差异不显著;确切P检验结果显示不同群体间存在随机交配现象。Tajima’s D和Fu’Fs中性检验的结果暗示细条天竺鲷经历过近期的群体扩张事件,核苷酸不配对分布结果也呈单峰型。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到细条天竺鲷发生群体扩张事件的时间在62 450～12 490a前,属于更新世晚期。乳山到舟山海域间地理障碍的缺少以及洋流的扩散作用可能是导致不同群体间无明显遗传分化的主要原因。 相似文献
8.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(9)
对中日海域5个金乌贼群体123个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因片段进行测序,并应用于群体遗传多样性分析。经比对得到454bp的核苷酸序列,并发现34个多态性位点,单突变位点15个,简约信息位点19个,38个单倍型。群体遗传多样性较高,总群体的平均单倍型多样性指数Hd为0.904,平均核苷酸多样性Pi为0.007 7,平均核苷酸差异数K为3.490。遗传分化系数(Fst)及遗传距离均显示中国日照群体与日本群体之间遗传差异远大于日本群体之间的遗传差异。日照群体与日本4个群体之间的遗传分化系数(Fst)和遗传距离分别为0.642 9~0.725 9和0.012 8~0.014 3之间;日本爱知、爱媛、长崎、福井等群体之间遗传分化较小。单倍型网络图及贝叶斯树均表明5个金乌贼群体分为2大支系,4个日本群体为一个支系,中国日照群体单独为一支系。Tajima’D检验和Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布说明,5个群体近期可能经历过种群扩张事件。 相似文献
9.
为比较分析雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传差异,以COI基因和D-loop区部分序列为分子标记,获取雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼群体COI序列44条(九龙山群体21条,高桥群体23条)、D-loop序列53条(九龙山群体25条,高桥群体28条)。基于COI基因部分序列分析结果显示:619 bp的44条序列中,统计的变异位点29个;T、C、A、G碱基组成分别为:27.8%、31.0%、23.7%、17.5%,且A+T(51.5%)高于C+G(48.5%);单倍型多样性比较,九龙山群体(0.695)高桥群体(0.324);遗传分化分析表明东、西群体分化显著(Snn=0.0.591,0.01P0.05),基因流(Nm)为5.37,遗传分化系数(Gst)为0.147,固定指数(Fst)为0.042(0.001P0.01),核苷酸差异数(Kxy)为2.547,核苷酸歧义度(Dxy)为0.004。而基于D-loop区部分序列分析结果表明:563 bp的53条序列中,变异位点133个;T、C、A、G碱基组成分别为:32.3%、14.8%、35.5%、17.4%,A+T(67.8%)明显高于C+G(32.2%);单倍型多样性与COI分析结果类似,九龙山群体(0.797)高桥群体(0.661);遗传分化分析表明东、西群体分化极显著(Snn=0.970,P0.001),Fst为0.315(P0.001),Nm值为0.55,Gst、Kxy、Dxy分别为:0.157、3.506、0.006;AMOVA分析揭示群体内变异程度高于群体间;聚类分析表明,基于COI基因与D-loop区部分序列构建的邻位链接法聚类树(NJ树)均存在按照采样点聚类的现象,但D-loop更为明显。综上,雷州半岛东、西两岸湖栖鳍虾虎鱼群体出现较为明显的分化现象。 相似文献
10.
采用通用引物对辽宁盘锦、辽宁大连、山东日照的3个地理群体黑龙江河蓝蛤(Potamocorbula amurensis)COI和16S r RNA序列进行扩增、测序分析,得到30条658bp的COI基因部分序列和27条450 bp的16S r RNA基因部分序列。其中COI和16S r RNA基因部分序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为45.4%和32.0%、13.5%和13.3%、20.7%和29.3%、20.4%和25.3%、66.1%和61.3%,AT含量高于GC含量,这与其他软体动物门动物的COI和16S r RNA的观测结果相近。COI和16S r RNA分别检测到了24个单倍型、43个核苷酸多态位点和9个单倍型、19个核苷酸多态性位点。AMOVA分析表明,3个群体间COI和16S r RNA部分基因总遗传分化系数分别为Fst=0.0090(P0.001)和Fst=0.0674(P0.001),群体内遗传分化远大于群体间、群体内存在较高的遗传分化。用NJ法构建分子进化树,3个地理群体的黑龙江河蓝蛤聚为一个族群,有少数个体和其他群体的个体聚在一起。 相似文献
11.
对我国沿海地区10个菲律宾蛤仔野生群体线粒体16S r RNA和COI基因部分序列进行测序,分别得到了长度为473bp和632bp的片段。结果表明,16S r RNA 193条序列A+T平均含量为66.6%,共检测到21个变异位点,193个个体具有22种单倍型;COI基因183条序列A+T平均含量为64.8%,共检测到126个变异位点,183个个体具有67种单倍型。基于群体间遗传距离利用Mega5.1软件构建10个群体的NJ树,聚类结果表明,大连群体和荣成群体聚为一支,其余8个群体聚为一支。AMOVA分析表明,大连群体和荣成群体间分化不显著,而荣成、大连群体与其余8个群体间的分化达到极显著水平(P0.01),说明我国沿海的菲律宾蛤仔野生群体存在一定的遗传分化。 相似文献
12.
含C1q结构域蛋白(C1qDCs)在无脊椎动物免疫应答中发挥重要作用,但目前有关毛蚶(Scapharca subcrenata)C1qDCs免疫功能的研究鲜有报道。本研究从毛蚶中鉴定出一个含有典型C1q结构域的基因(命名为SsC1qDC),并分析了其对主要病原感染的响应特征。SsC1qDC的cDNA全长序列为711bp,编码含有N端信号肽和199个氨基酸的蛋白,系统进化分析显示SsC1qDC与双壳贝类的C1qDCs聚在一起。SsC1qDC在毛蚶卵细胞到眼点幼虫时期的表达量随发育阶段显著增加,且该基因在成体毛蚶各组织中均有表达,其中在肝胰腺和闭壳肌中表达水平较高。副溶血弧菌刺激可显著诱导SsC1qDC基因高表达,敲降SsC1qDC基因表达后毛蚶死亡率和血细胞凋亡水平显著升高,且导致毛蚶血细胞总数和吞噬活力显著下降。同时,敲降SsC1qDC基因的表达可显著抑制母源免疫相关基因Vg、LSZ、Dscam、TEP和SsC1qDC-3的表达,而C3、PAF3、SsC1qDC-1和SsC1qDC-2等基因的表达显著上调。本研究结果表明, SsC1qDC在毛蚶抗弧菌响应中发挥重要作用,对贝类免疫学和抗... 相似文献
13.
以小黑山岛潮下水生层为研究区域,利用生境适宜性指数（habitat suitability index,HSI）模型,同时结合GIS空间分析,选划出适宜毛蚶的增殖修复区域。综合文献查阅和咨询专家咨询的方式,确定影响毛蚶生存的7个重要影响因子,分别为：底质类型,水温,盐度,溶解氧,水深,pH和氨氮。结合专家赋值法和层次分析法确定每个评价因子的权重,利用GIS空间分析模块将现状调查数据进行插值、重分类和栅格计算,绘制研究区域目标种群生境适宜性地图。结果表明：对于刺参和紫贻贝,研究区域均适宜其生长繁殖,同一物种,相同季节在空间上无站位差异,但各季节的生境适宜性分区变化明显;对于魁蚶来说,东北部海域较适宜增殖,其次为西部海域,四季均以较适宜生境为主,仅冬季出现基本适宜生境。水温是造成季节差异的主要因素,底质类型则是引起生境站位差异的重要原因。可为后续的生物多样性保育和生态修复提供基础资料参考。 相似文献
14.
2015年5月至2016年7月在辽宁省大连市黑石礁海域发现红皮藻科入侵种具孔斯帕林藻Sparlingia pertusa(Postels et Ruprecht)G.W.Saunders,I.M.Strachan et G.T.Kraft,对其进行了详细的形态结构观察和分子系统分析。结果表明:(1)藻体直立;成熟藻体高0.2—0.8m;呈红色或暗红褐色;藻体表面分布着密集的孔洞;皮层由2—3层圆形细胞组成;髓部由3—5层椭圆形薄壁细胞组成。(2)rbc L基因序列分析结果显示本研究的6个具孔斯帕林藻样本之间无碱基差异,与产自日本的样本无碱基差异,与美国和加拿大产的样本之间的碱基序列差异为1bp(0.98%);COI基因序列分析结果显示本研究的6个具孔斯帕林藻样本之间无碱基差异,与产自加拿大的样本之间无碱基差异。具孔斯帕林藻在我国海域首次发现为中国新纪录种,同时发现斯帕林藻属Sparlingia G.W.Saunders,I.W.Strachan et G.T.Kraft为中国新纪录属,认为海洋经济物种太平洋牡蛎和虾夷扇贝的引进、船舶压舱水以及海水的流动等是该种入侵的主要原因。 相似文献
15.
近来的研究表明，一些所谓的环球或环极地分布的广布种实际上包含着一些局限性分布的隐存种，物种多样性可能被低估。本文采用形态学和DNA条形码技术相结合的方式，对印度洋和西北太平洋海域的龟螺属(Cavolinia)和小龟螺属(Diacavolinia)的种类进行了分类学研究和物种鉴定。结果表明，线粒体16S rRNA基因数据不支持小龟螺属形态种的划分，分布于西北太平洋的D. grayi、D. vanutrechti、D. pacifica、D. elegans、D. angulosa等多个形态种可能属同一个种，即长吻小龟螺(D. longirostris)。COI基因数据也不支持钩龟螺(C. uncinata)亚种和变形的划分。许多形态特征不能作为种或种下分类单元的区分依据。钩龟螺、球龟螺(C. globulosa)和长吻小龟螺在COI系统树中均形成2个地理支系，其内部可能存在隐存种。西北太平洋海域长吻小龟螺的核基因组中存在线粒体假基因，对DNA条形码分析产生严重干扰。 相似文献
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For the population genetics analysis of the naturally grown brown seaweed Laminaria japonica (Laminariales,Phaeophyta) sampled from Dalian,Yantai,Weihai,Rongcheng and Qingdao in China,ten primers were employed to produce 88 bands as revealed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers,and all these bands were polymorphic.According to these band patterns,there were 94 distinct phenotypes occurred in 100 samples indicating the high heterozygosity of this kelp.Dalian population samples showed the highest percentage of polymorphism (71.67%),and also the higher diversity estimated on the basis of the Shannon’s index (8.498),suggesting that this population could be chosen as the best resource for genetic breeding.The highest diversity of Yantai population possibly resulted from the introduction of L.longissima used for interspecific cross breeding with L.japonica cultivated in China.From Dalian southwards to Qingdao,the genetic variation of the five populations became less with a decrease in latitude,possibly due to the natural selection especially of high temperature.The genetic distance (Φ ST values) of the five populations was a little significantly correlated with the geographical distance (r=0.496) at P =0.05 by Mantel’s test.Weihai,Rongcheng and Yantai populations were closely grouped genetically together by Neighbor-joining cluster analysis probably in that the dispersal of the kelp by propagules more easily occurring in the range of relatively short distance.The analysis of molecular variance (AMOVA) also demonstrated that the relatively higher variation occurred among populations (71.49%) at an extremely significant level (P <0.000 1).All these evidence showed that there was a relatively distinct genetic differentiation among the sampled kelp populations,and L.japonica grown in China was also rather heterozygous in heredity. 相似文献
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对分布在黄、渤海沿岸的单条胶黏藻Dumontia simplex Cotton的形态结构、生物量、成熟个体比例与成熟个体生物量/总生物量(R/T指数)的变化、温度性质以及rbcL、COI基因序列进行了详细研究。结果表明:(1)10个采集地点的单条胶黏藻藻体直立、扁平或螺旋状,质地胶质黏滑,颜色为红色或紫红色。在大连黑石礁与付家庄采集到的藻体长度和宽度明显高于其他采集地点;(2)藻体由皮层与髓部组成,皮层由4—8层细胞组成,髓部有疏松的根丝细胞。囊果散生,包埋于皮层内,刚发育的囊果较小,色淡,随着藻体生长囊果变大,颜色加深。四分孢子囊侧生在内皮层上,成熟的四分孢子囊呈十字形分裂;(3)4月生物量最大,平均生物量为4.384g/m2。12月至次年6月成熟个体比例逐渐增大,6月达到100%,且均为四分孢子体;(4)单条胶黏藻生长周期为12月至次年6月,属于一年生海藻,温度性质属于亚寒带性;(5)rbcL与COI基因序列分析表明,十个采集地点的样本间无碱基差异,与产自美国单条胶黏藻聚在一起,形成一个独立的分支,均确定为单条胶黏藻。 相似文献
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本研究采集了分布在西太平洋的石斑鱼亚科10属共40种鱼类，采用PCR扩增及测序技术获得所有样品16S rRNA、COI基因部分序列，利用最大似然法构建系统进化树并分析。结果表明:40种鱼类COI基因为651 bp，编码227个氨基酸，16S rRNA基因同源序列566 bp，序列存在一定的碱基插入与缺失，各物种16S rRNA基因序列变异比COI要少，序列较为保守。构建的系统进化树上，在本研究的石斑鱼亚科10个属中，鳃棘鲈属分类地位最原始，位于进化树基部，6种鳃棘鲈能聚成一个单系；烟鲈属与九棘鲈属关系较近，两者聚为一支，侧牙鲈属的进化地位介于鳃棘鲈属与九棘鲈属之间；石斑鱼属的进化地位最高，位于进化树顶部，形成两个平行分支，但是石斑鱼属种类未能聚成一个单系；驼背鲈属、鸢鮨属、下美鮨属、光腭鲈属及宽额鲈属均未能形成独立分支，而是与石斑鱼属种类聚在一起，显示其与石斑鱼属有很近的亲缘关系，部分可能是石斑鱼属的特化类群。 相似文献
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