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东太平洋海隆深海热液区沉积物古菌多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR-RFLP方法对东太平洋海隆深海热液区3个站位沉积物中的古菌多样性进行了初步研究.结果显示,从古菌16S rRNA基因文库中随机挑取的296个阳性克隆分属奇古菌门（Thaumarchaeota,47.64%）、广古菌门（Euryarchaeota,44.93%）、泉古菌门（Crenarchaeota,6.77%）和未分类古菌（0.68%）,其中优势菌群为奇古菌门的亚硝化侏儒菌属（Nitrosopumilus,35.47%）和广古菌门的热原体纲（Thermoplasmata,27.03%）,DHVE3、DHVE5、DHVE6、MBGB和MBGE类群在沉积物样品中也均有发现.另外,3个站位沉积物中古菌类群组成存在差异,S5-TVG1站位样品文库的97个古菌克隆分属奇古菌门（49.48%）、广古菌门（49.48%）和泉古菌门（1.03%）,S14-TVG10站位样品文库的103个古菌克隆由奇古菌门（84.47%）和广古菌门（15.53%）组成,S16-TVG12站位样品文库的96个古菌克隆包括广古菌门（71.88%）、泉古菌门（19.79%）、奇古菌门（6.25%）和未分类古菌（2.08%）.研究结果表明,东太平洋海隆深海热液区沉积物中古菌多样性丰富,存在着许多新的古菌菌群;不同站位古菌菌群结构以及多样性存在差异,这与其所处环境的热液活动密切相关. 相似文献
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东海陆架表层沉积物微生物多样性初步研究 总被引：2，自引：2，他引：0
提要从东海陆架DH-13站点的表层沉积物中提取环境基因组DNA,通过PCR和TA克隆构建了细菌和古菌的16SrDNA基因文库,并对克隆子文库进行系统发育分析。结果表明:细菌序列以变形菌门(Proteobacteria,41.5%)居多,其次是浮霉菌门(Planctomycetes,10.9%)、放线菌门(Actino-bacteria,8.9%)和CFBgroup(7.9%),另外还有少量酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verru-comicrobia)、硝化螺旋菌门(Nitrospira)和厚壁菌门(Firmicutes)等;古菌序列全部来自泉古生菌门(Crenarchaeota),其中Marine Crenarchaeotic Group Ⅰ(MGⅠ,93.6%)是绝对优势菌,还有少量序列属于Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)、Marine BenthicG roup C(MBGC)和Marine Benthic Group A(MBGA)。文库多样性分析结果显示东海陆架表层沉积物中有着丰富多样的微生物群落,细菌的多样性更为显著。 相似文献
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利用古菌16SrDNA特异引物对珠江口淇澳岛海岸带沉积物中古菌的多样性及垂直分布特征进行研究。结果表明珠江口淇澳岛海岸带沉积物中古菌多样性丰富,大部分为新的不可培养古菌;泉古菌在整个沉积物柱中是优势菌群,约占81%;古菌多样性随沉积物深度增加而增加,区系结构也随深度变化而呈现出明显的不同,在表层沉积物中,88%的序列属于Ⅰ型海洋泉古菌(MGⅠ),而在中层和底层检测到的古菌序列大部分与不可培养的富含甲烷的环境序列有最高的同源性,并且有15%的克隆子序列属于甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)和甲烷微菌目(Methanomicrobiales)。QC-PCR结果表明珠江口淇澳岛海岸带沉积物中古菌含量丰富[(1.93±0.60)×106~6.45±0.25×10716S rDNA拷贝/g],呈现随深度增加含量增加的趋势。 相似文献
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胶州湾海域表层沉积物细菌多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
采用16S rDNA文库结合PCR-RFLP分析的手段,对胶州湾4个站位沉积物中的细菌多样性和群落特征研究分析。结果表明,沉积物中细菌种类丰富,最多包含分布于14个已知门类的细菌,和一些未被认知的序列;各站位沉积物中优势菌群均为变形菌门和酸杆菌门,其中γ-和δ-变形菌纲为变形菌门中的绝对优势类群,在4个文库序列中平均占42%和16.75%;此外,拟杆菌门、浮霉菌门和放线菌门的种类也较为大量存在。各细菌种群有较明显空间分布差异,可能与不同区域胶州湾环境条件相关。 相似文献
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为研究深水网箱养殖年限对沉积物微生物群落结构的影响, 分别对大钦岛海域养殖3、8、13、18 a网箱以及非养殖区(DZ)表层沉积物(0~2 cm)进行16S rDNA高通量测序。结果显示, 长年网箱养殖(13、18 a)区域沉积物菌群的丰富度和多样性均显著高于短期网箱养殖(3、8a)区域(P < 0.05)。随着养殖年限的增加, 网箱沉积物优势菌门变化显著(P < 0.05), 短期网箱养殖(3、8 a)和非养殖区(DZ)沉积物主要优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidota), 变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes), 长年网箱养殖(13、18 a)沉积物主要优势菌门为拟杆菌门, 变形菌门、脱硫菌门(Desulfobacterota)。影响网箱养殖沉积物菌群结构的主导环境因子为Hg、Cd、有机碳以及石油类。冰鲜野杂鱼的投喂可能是大钦岛长年网箱养殖区环境恶化的重要因素之一, 应推广绿色环保型配合饲料的使用, 并采用微生物(以厌氧不产氧光合细菌为主的微生态制剂)、大型生物(刺参及大型藻类)相结合的协同治理手段进行污染沉积物修复, 推进深水网箱的健康养殖和可持续发展。 相似文献
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大连新港"7.16"输油管道爆炸溢油事故发生后,为探究石油污染与细菌群落结构变化之间的关系及在石油生物降解过程中起重要作用的细菌菌群,本研究对大连湾表层沉积物中石油烃含量和细菌宏基因组16SrDNA V3区进行分析。结果表明:溢油初期2010年8月DLW01站位表层沉积物石油烃含量高达1 492mg/kg,符合第三类沉积物质量标准,随着时间推移,2011年4月、2011年7月、2011年12月航次各站位沉积物中石油烃含量基本呈下降趋势,且均符合第一类沉积物质量标准;16S rDNA PCR-DGGE方法分析表明,石油烃含量高的区域优势细菌种类少,反之则较丰富;海洋环境中同一地点的细菌群落能保持一定稳定性;大连湾石油污染沉积物中变形菌门γ-变形菌纲和拟杆菌门一直保持较高的优势度,是在石油生物降解过程中起重要作用的细菌菌群,而厚壁菌门只在石油烃含量低的区域出现;此外,出现的对污染物敏感的嗜冷杆菌可作为石油污染指示生物进行深入研究。 相似文献
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提要 通过采集东营和蓬莱地区采用生物絮团技术的刺参(Apostichopus japonicas)苗种培育池(DYt和PLt)及其对照池(DYc和PLc)海水样品,构建细菌16S rDNA 克隆文库,对其中细菌群落的多样性和群落组成结构进行了分析。结果表明,四个文库Coverage值在34.7%～54.8%之间,文库丰富度指数(Chao)66.2～314.1,shannon多样性指数从3.01～4.07变动,Pielou均匀度指数0.68～0.85,样品的细菌群落均具有很高的多样性,蓬莱刺参苗种培育池细菌多样性均高于东营;生物絮团文库中细菌包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形细菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等八个菌门和未知类群,黄杆菌群(Flavobacteria)、α-变形菌群(Alphaproteobacteria)芽孢杆菌纲(Bacilli)为主要优势菌群;DYt和PLt处理组文库细菌多样性减少并出现特征菌群,生物絮团调控技术改变了刺参苗种培育环境的微生物群落结构。生物絮团的细菌群落结构研究,为揭示生物絮团的作用机制并进一步有效利用提供研究基础和依据。 相似文献
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中国近海区域古菌群落结构研究概述 总被引：3，自引：0，他引：3
古菌作为海洋微生物的重要组成部分,是海洋生态系统中物质与能量传递的重要贡献者,在全球生物地球化学循环中扮演着不可或缺的角色。虽然目前绝大多数的古菌尚未获得纯培养,但近年来分子生物学技术的发展使人们认识到古菌参与甚至主导了海洋生源要素循环的关键过程。本文介绍了目前研究海洋古菌多样性的主要手段,包括:荧光定量PCR、16S rRNA基因扩增子高通量测序、宏组学以及单细胞测序等技术,系统地阐述了中国近海不同区域(包括辽河口、黄河口、渤海、南北黄海、长江口、东海北部、珠江口以及南海区域)海水及沉积物中的古菌群落结构和多样性特征。研究表明我国近海地区的主要古菌类群为广古菌门(Euryarchaeota)、奇古菌门(Thaumarchaeota)、乌斯古菌门(Woesearchaeota)和深古菌门(Bathyarchaeota)等,其生物地理学分布主要受到环境因子和距离因素的影响,且在河口和近海海域呈现出完全不同的分布特点。在此基础上,对未来的研究方向进行展望,为全面深入了解我国边缘海生态系统中古菌群落及其参与的生物地球化学循环奠定了基础。 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(1)
为研究黄河口潮滩细菌群落结构特征及其影响因素,本文于2012年5月在黄河口口门的潮间带区域,以变性梯度凝胶电泳(DGGE)为主要手段,分析了沉积物的生物学信息和主要理化参数(颗粒中值粒径、总氮、总磷、有机碳和叶绿素a)。结果显示,研究区域大致呈现出低有机碳、高营养盐的环境特征;DGGE图谱分析共获得38个不同位置的条带;多样性指数在表层沉积物中变化范围为2.38~2.64,垂直方向上从表到底逐渐降低(2.45~2.78)。NMDS分析显示,环境特征相近的细菌群落,其组成相似性较高。CCA分析中总氮、总磷、有机碳和叶绿素a对细菌群落组成影响显著。测序结果表明,该区域优势菌群隶属变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria),以及一些未分类的生物类群。 相似文献
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刺参(Apostichopus japonicus)是一种经济价值很高的海珍品,具有很高的药用价值和营养价值,本文采用高通量测序技术分析了大连地区3个养殖公司刺参养殖环境中室内养殖池塘水体、室外养殖水体和沉积物中菌群结构特征,9个样品所得有效序列为26503—37825条,可归为1502—5741个分类操作单元(OTUs)。研究结果表明:(1)刺参养殖环境中具有较高的菌群多样性,其中3个公司的刺参养殖沉积物环境中菌群多样性较其相应公司刺参养殖水环境中菌群多样性高;(2)9个样品中的细菌可归为26个门类,除常见报道的变形菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、蓝细菌门、酸杆菌门、疣微菌门、厚壁菌门和放线菌门外,还有17个门类的鲜见报道的菌群被检测到;(3)各样品中菌群组成虽有差异,但变形菌门和拟杆菌门为优势菌,约占50.54%—99.91%。 相似文献
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海洋沉积物中的甲烷代谢微生物是甲烷循环的关键参与者，其代谢过程对大气甲烷浓度及全球气候变化具有显著影响，研究其在全球大洋沉积物中的组成及分布特征是探究微生物介导甲烷循环的基础。采用焦磷酸454高通量测序测定甲烷代谢保守功能基因mcrA(Methyl coenzyme–M reductase A)分析全球大洋沉积物中甲烷代谢微生物群落的组成和多样性；结合荧光实时定量PCR技术检测了古菌和甲烷代谢古菌的丰度分布特征。与其他海洋生境对比，大洋沉积物中甲烷代谢古菌群落结构单一，大西洋和印度洋的α多样性指数显著高于太平洋(p<0.05)。在大洋沉积物样品中鉴定到3个目的甲烷代谢古菌，即甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)和甲烷微菌目(Methanomicrobiales)，其中甲烷微菌目占绝对优势，并主要由一簇未知类群(暂名Oceanic Sediments Dominant group,OSD group)组成。大洋沉积物的古菌16S rRNA基因丰度(湿重，下同)平均为8.81×106 copie... 相似文献
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海洋蓝洞作为一种独特的海洋地貌单元,洞内的生物群落结构与生态系统特征一直是国内外同行学者关注的热点问题之一。南海三沙永乐龙洞是世界上最深的海洋蓝洞(300m),其独特的生态特征更为引入瞩目。本研究以古菌16S rRNA基因序列为目标,采用Illumina高通量测序技术对西沙永乐龙洞内水体与沉积物中的古菌群落结构进行了研究。结果表明,本研究所获得的古菌类群可归为4门、21纲、29目、42科、45属,广古菌和奇古菌是丰度最高的两种古菌。龙洞内表层水体中古菌群落多样性与洞外水体相差不大,但随深度增加,洞内古菌群落多样性显著降低,深水层古菌群落结构与浅水层差异显著。龙洞内沉积物中的古菌生存环境与水体差异巨大,为大量特殊物种提供了生存空间。侧壁沉积物中的古菌群落多样性随深度增加显著降低,而150m平台处古菌群落多样性则远高于侧壁沉积物。水温对龙洞内水体中的古菌群落结构具有显著影响(P0.01)。研究结果显示永乐龙洞古菌群落有很高的多样性,其垂向分布与洞内环境多要素的变化密切相关。本研究对认识三沙永乐龙洞内的生态系统特征有显著意义。 相似文献
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Despite its potential significance for industrial utilization, any activities associated with the mining of manganese (Mn) nodules might have substantial impacts on benthic ecosystems. Because microorganisms respond quickly to changing environmental conditions, a study of microbial communities provides a relevant proxy to assess possible changes in benthic ecosystems associated with mining activities. We investigated fine-scale microbial community composition and diversity inside and on the surface of Mn nodules and in nearby deep-sea sediments in the Korea Deep Ocean Study (KODOS) area located in the Clarion-Clipperton Fracture Zone (CCFZ) of the northeast equatorial Pacific. Although microbial cell density was lower within nodules (3.21 × 106 cells g-1) than in sediment (2.14 × 108 cells g-1), nodules provided a unique habitat for microorganisms. Manganese-oxidizing bacteria including Hyphomicrobium and Aurantimonas in Alphaproteobacteria and Marinobacter in Gammaproteobacteria were abundant in nodules, which implied that these bacteria play a significant role in nodule formation. In contrast, Idiomarina in Gammaproteobacteria and Erythrobacter and Sulfitobacter in Alphaproteobacteria were abundant in sediments. Meanwhile, Thaumarchaeota, a phylum that consists of ammonia-oxidizing chemolithoautotrophs, were the predominant archaeal group both in nodules and sediment. Overall, microbial communities in Mn nodules were unique compared to those observed in sediments. Furthermore, the phylogenetic composition of microorganisms in the KODOS area was distinguishable from that in the nodule provinces claimed by China and Germany in the CCFZ and nodule fields in the central South Pacific Gyre, respectively. 相似文献
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甘油二烷基甘油四醚(glycerol dialkyl glycerol tetraethers, GDGTs)作为一种重要的膜脂化合物, 广泛存在于海洋水体和沉积物中。基于GDGTs对温度的敏感性, TEX86(TetraEther indeX of tetraethers consisting of 86 carbons)指标被广泛用于海洋古温度重建。然而, 研究表明GDGTs母源生物古菌也会受到环境中溶解氧(DO)变化的影响, 进而影响其膜脂组成, 但边缘海DO对GDGTs组成的影响仍不清楚。本文研究了夏季长江口及其邻近海域颗粒物与表层沉积物中GDGTs的含量与组成, 探讨了表层沉积物中GDGTs的来源及其组成对底层DO的响应。结果表明, 长江口及其邻近海域颗粒物GDGTs的含量随水深的增加而增加, 同时表层沉积物中的GDGT-2/GDGT-3和GDGT-0/Cren比值均与底层颗粒物相近, 表明沉积物中GDGTs主要来源于底层颗粒物的沉降输入。进一步对受陆源有机质输入影响较小的站位研究发现[有机质来源BIT(Branched and Isoprenoid Tetractter)指标<0.2]研究发现, 随着底层DO的降低, 表层沉积物中GDGT-0/Cren比值与底层DO具有较好的正相关性(R2=0.57,P<0.01), 提示GDGT-0/Cren具有指示夏季长江口及邻近海域底层DO变化的潜力。未来还需结合颗粒物与表层沉积物中古菌生物群落和完整极性GDGTs的分析, 进一步阐明GDGTs指示DO的机制及适用性。 相似文献
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通过古菌16S rDNA 基因文库技术, 在黄河三角洲泥质沉积区6 个站位共获得568 个克隆, 经处理得到73 个OUTs(Operational Taxonomic Units), 在此基础上进行系统进化树以及统计学分析。结果显示, 在本次研究的6 个站位的表层沉积物中, 古菌序列均来自于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota): 其中以Marine Crenarchaeotic Group I(MGI)为主, 仅含少量的Miscellaneous Crenarchaeotic Group (MCG), Marine Benthic Group B(MBGB)等其他种属。研究结果表明, 6 个不同站位的沉积物中只有5 个古菌类群, 群落分布较为均匀, 多样性不高。研究结果揭示了黄河三角洲表层沉积物中古菌横向分布特征, 并为今后在黄海区域开展古菌生态学研究提供了数据信息, 特别是在当前古菌研究主要集中在深海区域的背景下, 对相应的近海区域古菌研究具有一定的参考意义。 相似文献
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辽河口区域丰富的生物多样性在生物地球化学循环和维持生态系统功能等方面发挥着极其重要的作用。研究辽河口表层沉积物中参与常见地球化学循环的功能基因及其关键影响因子,对揭示和预测辽河口沉积物微生物的功能代谢潜力和受环境变化的影响具有重要意义。应用功能基因芯片(GeoChip 4.0)技术开展微生物功能基因多样性研究。结果表明:在6个沉积物样品中,检测到各类型功能基因48742个,反映了9个微生物介导的关键生物过程。其中,碳循环相关功能基因最多,其次是氮循环和硫循环,而磷循环相关功能基因较少。各站位生物过程相关的功能基因数量和荧光信号值整体呈由远海到近海上升的趋势,即河相区的微生物功能基因较海相区与混合区普遍丰富。碳循环中参与碳固定的基因荧光信号值最高。氮循环中反硝化功能基因荧光信号值最高。总磷与硝酸盐是影响微生物功能基因多样性分布格局的重要因素。该研究有助于了解环境变化对辽河口沉积物生态系统结构和功能的影响,为研究辽河口表层沉积物微生物介导的生物地球化学循环提供科学依据。 相似文献