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1.
转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus) SNP标记开发及多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一, 雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据, 选择其中45个SNP位点, 设计引物63组, 其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测, 21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000, 期望杂合度He的范围为0.276—0.518, 19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区, 其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明, 高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发, 为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。 相似文献
2.
EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。 相似文献
3.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(12)
为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)生长性状相关的候选单核苷酸多态(SNP)位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析。对关联显著的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显著位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨。关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显著(P0.05)。9个位点中,4个位点与体重关联显著(P0.05),7个位点与体长关联显著(P0.05),其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显著(P0.05)。SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126~0.719之间(平均为0.387),期望杂合度在0.118~0.501之间(平均为0.338);9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡。连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显著的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8%和25.9%。根据关联显著SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因。本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础。 相似文献
4.
利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。 相似文献
5.
为对大菱鲆(Scophthalmus maximus)的养殖群体进行微卫星分析研究,作者用70个微卫星位点在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式(♀×♂)。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律(P≥0.05),有25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P0.05)。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信息含量为0.182~0.699,平均值为0.361。研究证明这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种研究。同时对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体遗传多样性水平较高,可用于进一步的良种繁育。 相似文献
6.
为充分挖掘绿鳍马面鲀(Thamnaconus modestus)基因组资源,开发可用于群体遗传学研究的分子标记,本研究利用NCBI数据库中公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛查微卫星位点并在野生群体中验证,在85个选取的位点中筛选得到30个新的多态性较高的微卫星标记。每个微卫星标记的等位基因数为4~16,平均为8.5个;观测杂合度范围为0.207~0.916,平均值为0.685;期望杂合度范围为0.315~0.971,平均值为0.756;多态信息含量范围为0.301~0.898,平均值为0.716,其中属于高度多态的位点有26个,占总位点数的86.67%;经过Bonferroni校正后,有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。将30个绿鳍马面鲀多态性微卫星标记在丝背细鳞鲀(Stephanolepis cirrhifer)中进行通用性检测,其中13个位点成功扩增,9个位点具有多态性。本研究开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀及相关物种的遗传多样性分析、QTL定位以及系统进化等研究。 相似文献
7.
《海洋湖沼通报》2016,(2)
为探究SNP标记与刺参(Apostichopus japonicus)性状之间的相关性,本研究运用高分辨率溶解曲线(HRM)分析方法,采用46个SNP标记对刺参家系的遗传多样性进行分析,运用一般线性模型对SNP标记与刺参体长、体宽、体重、体壁重和出肉率性状的关联性进行检测。结果表明,平均多态信息含量(PIC)的范围从0.0302到0.3750,观测杂合度(Ho)的范围是从0.0312到0.4688,18个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05)。相关性分析显示,46个SNP位点中有10个位点与生长性状呈显著相关(P0.05),其中位点SNP183的基因型AB与出肉率显著相关(P0.05);位点SNP189的基因型AA与体长呈显著相关(P0.05);8个SNP位点(SNP4、SNP146、SNP154、SNP163、SNP164、SNP175、SNP178和SNP216)的基因型BB与体长、体宽、体重、体壁重性状中的部分或全部呈显著相关,推断基因型BB可能是这些位点的优势基因型。 相似文献
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大菱鲆与耐高温性状相关的微卫星标记筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
采用微卫星分子标记(SSR)技术分析大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)耐高温相关特性,为耐高温大菱鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记.将大菱鲆经过高温实验处理,区分为耐高温组与高温敏感组,用于实验分析.采用Salah.M法抽提大菱鲆肌肉组织的DNA,根据已知的30个大菱鲆微卫星位点的侧翼保守序列设计引物,进行微卫星引物PCR(SSR-PCR)扩增.对PCR扩增出的差异条带进行个体统计,最后进行微卫星位点与耐高温性状的相关性分析.结果表明,有1个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在一定的负相关性;有3个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在正相关性,其中位点Sma-USC27 286 bp的等位基因片段与耐高温性状的正相关性极显著,相关系数达到0.383(P＜0.01),其余2个位点为一般显著性相关.微卫星位点Sma-USC27所扩增出的差异等位基因片段可作为分子标记指导耐高温大菱鲆的辅助育种. 相似文献
9.
单核苷酸多态性（SNPs）是继RFLP和SSR多态性标记之后的新一代遗传标记系统.本文采用EPIC的方法,分析了45个杂色鲍样品的血蓝蛋白HtH1基因第16内含子（H1 intron 16）的SNP数据.这45个个体分别来自日本、台湾和汕头3个不同海域的野生或养殖群体.日本群体的血蓝蛋白HtH1基因第16内含子呈现出长度多态性,共有3种不同长度,分别是1 900、780、440 bp,测序结果表明3个等位基因可以互相比对;而台湾和汕头杂色鲍养殖群体的均为1 900 bp.初步研究结果表明日本杂色鲍个体大约96 bp长的片段含有1个自身杂合SNP位点;台湾杂色鲍个体约133 bp含有1个自身杂合SNP位点;汕头杂色鲍个体约153 bp含有1个自身杂合SNP位点.13个台湾杂色鲍个体包含的SNP密度为约31 bp含有1个SNP;23个汕头杂色鲍个体包含的SNP密度为约21 bp含有1个SNP.这些数据表明现有的杂色鲍养殖群体包含了丰富的SNP位点,利用SNP分子标记进行高密度遗传图谱的构建是可行的. 相似文献
10.
黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)MSTN基因SNP位点与体重的相关性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究黄颡鱼MSTN基因的多态性与体重之间的相关性,对100条六月龄黄颡鱼肌肉生长抑制素基因(MSTN)的全序列进行测序,获得了8个多态性较高的SNP位点。结果显示：其中有7个位点分布于非编码区,1个位点位于编码区,但位于编码区的核苷酸突变为同一突变。在得出这8个SNP位点中有三个位点的基因型与黄颡鱼的体重有显著的相关性：IJ与体重呈正相关性,而NN和OP与黄颡鱼体重呈负相关性。在黄颡鱼育种过程中,可以尝试利用这三个位点进行分子标记辅助选育。 相似文献