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相似文献
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1.
提取西太平洋"暖池"区深海沉积物样品总DNA,利用异化型亚硫酸盐还原酶(DSR)和甲基辅酶M还原酶(MCR)基因的特异引物,采用PCR-RFLP方法对沉积物样品中这两类功能基因多样性进行研究.该沉积物中的dsrAB基因分别来源于δ-变形菌中的6个属,其中最多的是脱硫弧菌属和脱硫杆状菌属;mcrA基因均来源于产甲烷古菌,其中主要是甲烷微菌.这些基因在系统发育树上都处于相对独立的分支.此外,还有较多的dsrAB,mcrA基因来源于未知的新属或新种.这些结果表明该海区沉积物中由微生物参与的硫和甲烷循环比较活跃,而且其中可能存在多种新的代谢途径.  相似文献   

2.
类脂物生物标志化合物(简称类脂物生标)记录了原始生物母质的分子组成信息,是研究极微生物群落、探索生命起源与演化的重要载体。综述了海底热液喷口区类脂物生标的主要研究进展,重点探讨烷烃、脂肪酸、醚类生标的应用及科学意义。类脂物生标研究表明,海底热液喷口区具有独特而又丰富的生物群落,喷口区动物群落与其他深海环境相似物种在饮食结构上有明显差别,它们主要捕食化能自养细菌或古细菌,且不同物种所捕食的微生物种类也具有选择性。为应对喷口区的极端物化环境,热液细菌和古菌形成了独特细胞分子组构。类脂物生标及单体同位素组成显示,喷口区存在嗜热型氨氧化和甲烷缺氧氧化古菌活动,在热液流体富H2的情况下硫酸盐还原菌与产甲烷古菌能够共存,碳限制条件下能产生富13 C(-11.8‰~+3.6‰PDB)的类脂物生标。类脂物生标对于揭示热液微生物种群与营养关系、指示热液环境条件、反映热液区甲烷代谢作用以及探索生命起源与进化过程具有重要的研究意义,今后还需加强其应用范围及相关指示性机理等方面的研究。  相似文献   

3.
以源于东太平洋海水的4株红球菌分离菌Rhodococcussp. EPR-134、Rhodococcus sp. EPR-147、Rhodococcus sp. EPR-157和Rhodococcus sp. EPR-279为研究对象,开展了菌株的色素提取和色素全波长扫描,并基于全基因组测序分析了4株细菌类胡萝卜素代谢通路中的相关基因。色素全波长扫描结果显示,菌株EPR-134不具备类胡萝卜素产生能力,而其它3株红球菌能够产生类胡萝卜素,且所产类胡萝卜素组分不同。基因组分析表明,4个细菌基因组中存在较为完整的促使类胡萝卜素形成的基因簇。对菌株参与番茄红素形成的3个关键基因crt E、crt B和crt I的氨基酸序列同源性两两比对分析表明,菌株EPR-134 3个基因氨基酸序列与其它3个菌株相应基因氨基酸序列同源性最低,这可能是导致该菌株不产类胡萝卜素的关键原因。该研究结果为产类胡萝卜素红球菌的遗传改造,以及为产类胡萝卜素工程菌的构建奠定了前期基础。  相似文献   

4.
海洋沉积物中的甲烷代谢微生物是甲烷循环的关键参与者,其代谢过程对大气甲烷浓度及全球气候变化具有显著影响,研究其在全球大洋沉积物中的组成及分布特征是探究微生物介导甲烷循环的基础。采用焦磷酸454高通量测序测定甲烷代谢保守功能基因mcrA(Methyl coenzyme–M reductase A)分析全球大洋沉积物中甲烷代谢微生物群落的组成和多样性;结合荧光实时定量PCR技术检测了古菌和甲烷代谢古菌的丰度分布特征。与其他海洋生境对比,大洋沉积物中甲烷代谢古菌群落结构单一,大西洋和印度洋的α多样性指数显著高于太平洋(p<0.05)。在大洋沉积物样品中鉴定到3个目的甲烷代谢古菌,即甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)和甲烷微菌目(Methanomicrobiales),其中甲烷微菌目占绝对优势,并主要由一簇未知类群(暂名Oceanic Sediments Dominant group,OSD group)组成。大洋沉积物的古菌16S rRNA基因丰度(湿重,下同)平均为8.81×106 copie...  相似文献   

5.
一株深海中等嗜热嗜酸菌的分离及鉴定   总被引：1，自引：1，他引：0       下载免费PDF全文
从太平洋热液区样品中分离纯化到一株中等嗜热嗜酸菌,命名为TPY。文中对该菌株的形态、生理生化特征1、6S rDNA序列以及亚铁和单质硫氧化活性进行了研究。TPY菌株为短杆状,革兰氏阳性菌,大小为(0.3~0.5)μm×(1~3)μm;最适生长温度为50℃,最适生长pH值为1.8;该菌既能利用亚铁盐、单质硫自养生长,也能利用酵母粉、葡萄糖、蛋白胨和甘油等有机物异养生长;TPY菌与Sulfobacillus acidophilus(AB089842)的16S rDNA序列高度相似,其同源性为99%。这些结果表明,TPY菌是一株来自深海的嗜酸硫化芽孢杆菌(Sulfobacillus acidophilus),该菌的成功分离将有助于对太平洋热液区微生物种群结构的全面了解。同时,TPY菌对亚铁和单质硫的良好氧化能力显示出其在生物浸矿中的应用潜力。  相似文献   

6.
细菌的氮代谢推动环境的氮循环,硝酸盐还原反应是氮代谢途径中重要步骤之一。本文运用酶活测定、qRTPCR和生物信息学软件分析的方法,对嗜碱盐单胞菌(Halomonas alkaliphila)X3中编码细菌异化型硝酸盐还原酶(Dissimilatory nitrate reductase,Nar)不同亚基的基因簇narGYJV进行了功能验证、蛋白结构预测和系统发育分析。研究表明,X3菌株中存在narGYJV基因簇并具有表达活性,测得Nar的酶活为每克蛋白21.415U;预测到的narGYJV编码蛋白功能区域中1～1246氨基酸属于NarG超家族,编码Nar的α亚基;1261～1752氨基酸属于DMSOR-beta-like超家族,编码Nar的β亚基;2061～2279氨基酸编码γ亚基,1802～2018氨基酸编码δ亚基;Nar的二级结构中无规卷曲占37.59%,α螺旋占34.43%,延伸链占18.33%;NarG、NarY和NarV的3D结构与PDB中大肠杆菌(Escherichia coli)的1Q16 3D结构最接近,覆盖率96%～100%。系统发育树显示,菌株X3中NarG与同属菌的遗传距离较近,在不同菌属间虽然功能相似,其同源性较低;NarY与大肠杆菌中的氨基酸序列的同源关系较近,说明异化型硝酸盐还原酶Nar中不同亚基的系统发育地位不同。研究结果表明,Halomonas alkaliphila X3菌株中存在编码Nar的基因簇narGYJV,编码蛋白具有独特的3D结构,不同亚基的系统发育地位不同。研究结果为进一步研究该菌的氮代谢通路选择和调控机制提供了依据。  相似文献   

7.
印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析   总被引：1，自引：0，他引：1  
采用MMJHS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16S rDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树.结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis).分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性.本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础.  相似文献   

8.
针对长江口10个站位样品,采用HM培养基和ZMCA培养基分离培养耐(嗜)盐菌,通过PCR方法获取156株细菌的16S rDNA序列。其中,由HM培养基分离获得136株菌株,可划分为33个分类单元(OUT),分属α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)的芽孢杆菌纲(Bacilli)3个类群,其中γ-变形菌纲为优势耐(嗜)盐细菌;靠近海岸的站点M5-1,N6-2和M4-1耐(嗜)盐细菌均属于厚壁菌门,而远离海岸的站点耐(嗜)盐细菌均属于变形菌门。以ZMCA培养基分离获得的20株菌株分属α-变形菌纲和放线菌纲(Actinobacteria),可划分为10个OTU。由HM培养基分离获得的菌株中,70.5%属于耐盐菌,29.5%属于中度嗜盐菌;由ZMCA培养基分离获得的菌株均为耐盐菌。HM培养基分离得到的136株细菌的硝酸盐和亚硝酸盐还原性分析表明,亚硝酸盐还原菌数量仅为硝酸盐还原菌的1/3左右。  相似文献   

9.
分别从厦门东海域的大型多管水母和细小多管水母中分离到了新的光蛋白基因aeqxm和aeqxxm,并在大肠杆菌中进行了表达.aeqxm和aeqxxmDNA序列的编码区总长均为585bp,无内含子序列,推导的氨基酸序列总长均为195个氨基酸.aeqxm,aeqxxmDNA和AEVAQ440XcDNA之间的核苷酸序列同源性分别为80.7%,85.1%,aeqxm和aeqxxmDNA的核苷酸序列同源性为87.2%.原光蛋白apoaeqxm,apoaeqxxm与AEVAQ440X编码的氨基酸序列之间的同源性分别为84.7%,84.2%,apoaeqxm和apoaeqxxm的氨基酸序列之间的同源性为94.4%.分别将aeqxm和aeqxxm基因克隆至pTO-T7表达载体,apoaeqxm,apoaeqxxm在大肠杆菌中的表达量都达到40%左右.取菌体超声上清与腔肠动物荧光素f、巯基乙醇混合再生后,加入CaCl2,用荧光全谱仪检测到470nm处的瞬时发光,表明表达的apoaeqxm,apoaeqxxm具有正常的生物学功能.  相似文献   

10.
从马六岬海峡的表层海水中分离到一株石油降解菌A-11-3.经16S rDNA Blast结果表明其与Alcanivorax borkumensis SK2具有最高相似性为96%,该菌可能是食烷菌属的一个新种.该菌具有很强的石油降解能力.结果表明,A-11-3对烷烃的降解范围较宽,能以C8～C36的烷烃为唯一碳源和能源生长;在7d内该菌对柴油的降解率达到49.5%.此外,还从菌株中克隆到了大小为426bp的烷烃羟化酶基因alkB片段和843bp的P450 烷烃羟化酶基因的部分序列.序列分析表明,alkB片段编码的氨基酸序列与A. borkumensis SK2T的AlkB1和AlkB2的同源性分别为57.75%和40.14%;该菌的P450与SK2菌株的P450具有最高同源性,为87%.研究结果对于海洋石油降解微生物生态研究及石油污染生物修复技术开发有参考价值.  相似文献   

11.
采用生物素标记的(AC)_(15)探针和磁珠富集法构建合浦珠母贝(Pinctada fucata)基因组DNA微卫星富集文库。随机挑选2097个克隆进行筛选,得到483个候选克隆(23.03%),对其中135个阳性克隆测序分析发现122个克隆含有微卫星重复单元(90.37%)。进一步通过序列比对,最终得到65个具有特异微卫星序列的阳性克隆(53.28%),其中包含85个微卫星DNA结构域,其中完美型(perfect)70个,占82.36%;非完美型(imperfect)7个,占8.24%;混合型(compound)8个,占9.41%,重复次数主要分布在5~20(95.74%),平均重复次数为7.83,(AC/GT)n重复所占比例最高(75.53%)。基于微卫星两端的侧翼序列,利用Primer Premier 5.0设计引物,获得11对具有多态性的微卫星引物。本研究为开展合浦珠母贝分子育种及资源评价分析提供了基础资料。  相似文献   

12.
采用抑制性消减杂交技术(SSH)研究刺参高温胁迫下差异表达的基因.分别以高温实验组为检测组(tester)、常温对照组为驱动组(driver),进行正向抑制性消减杂交;以常温组为tester、高温组为driver,进行反向消减杂交,成功构建了刺参正反双向差异消减文库.从两个文库随机挑选384个白斑克隆进行斑点杂交进一步...  相似文献   

13.
In this study we test the hypothesized negative relationship between seagrass status and porewater hydrogen sulfide (H2S) levels, through a comparative analysis within a range of seven Posidonia oceanica meadows growing over carbonate sediments in the NW Mediterranean Sea around Mallorca Island. The studied meadows range from meadows growing on sediments with very low sulfide porewater concentrations (4.6 μM) to those growing over higher sulfide conditions (33.5 μM). Organic matter content, sulfate reduction rates and sulfide porewater concentrations in the sediments were determined concurrently with the assessment of demographic plant dynamics (specific mortality and net population growth rates). Sulfide porewater concentration increased with increasing organic matter content in the sediment, while net population growth decreased significantly with low increases of sulfide concentrations. Our results confirm the previously suspected vulnerability of seagrass meadows growing on carbonate sediments to increased sulfide levels. An excess of 10 μmols H2S L−1 porewater is identified to already conduce P. oceanica meadows to decline, which this study identifies, particularly, as strongly sensitive to sulfides. The results reported here suggest that even moderate increases in organic carbon inputs may lead to enhancement of dissolved sulfides and may be an important factor for seagrass status in these iron-depleted carbonate sediments from the Mediterranean Sea.  相似文献   

14.
牛宝珍  杜民  陈松林 《海洋科学》2015,39(12):70-76
为检测10个半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)家系MHCⅡB(Cyse-DAB)基因的多态性水平、MHCⅡ类B位点数目以及平衡选择的作用,作者利用多聚酶链式反应(PCR)和直接测序的方法对10个半滑舌鳎家系MHCⅡB基因位点遗传变异和平衡选择进行了研究。用特异性引物和PCR扩增的半滑舌鳎MHCⅡB基因片段大约397 bp,包含一部分第一外显子,全部第一内含子和全部第二外显子。10个半滑舌鳎家系中,每家系选取5个体,每个体5个克隆序列分析发现60个不同序列,代表60个等位基因,其中有28个是新发现的,已提交到Gen Bank。同源分析表明60个等位基因相似性为89.36%。共50个个体中,有6个存在5个不同等位基因,表明在半滑舌鳎至少存在3个座位。有9个家系的MHCⅡB序列多肽结合区(PBR)的非同义替换(dN)显著高于同义替换(dS)。  相似文献   

15.
Atmospheric and dissolved methane (CH4) and nitrous oxide (N2O) were measured in the unique coastal ecosystem of theBoddenwaters, including the western Oder estuary, (southern Baltic Sea) during five campaigns between 1994 and 1997. The CH4saturations, ranging from 105–15 500%, showed great spatial and temporal variability with maximum values in September and minimum values in December. The N2O saturations were in the range of 91–312% with a maximum in March. Enhanced concentrations of both gases were observed only in the western Oder estuary near the mouth of the Peene River. Thus, we conclude that the distributions of CH4and N2O in the investigatedBoddenwaters are, directly or indirectly, linked to the Peene River runoff and not to the Oder River. Our estimate of the annual CH4emissions from theBoddenwaters to the atmosphere indicates a significant contribution (c. 17%) to the overall CH4emissions from the Baltic Sea. In contrast, theBoddenwaters represent only a small source for atmospheric N2O.CH4production rates estimated from sediment slurry experiments revealed a significant spatial variability and indicated that methanogenic activity was related to acetate consumption in the surface sediment layer. Sedimentary CH4production might depend on different amounts of accumulation of organic material.  相似文献   

16.
Sulfur and oxygen dynamics in the seagrasses Thalassia testudinum and Syringodium filiforme and their sediments were studied in the US Virgin Islands (USVI) in order to explore sulfide intrusion into tropical seagrasses. Four study sites were selected based on the iron concentration in sediments and on proximity to anthropogenic nutrient sources. Meadow characteristics (shoot density, above- and below-ground biomass, nutrient content) were sampled along with sediment biogeochemistry. Sulfide intrusion was high in T. testudinum, as up to 96% of total sulfur in the plant was derived from sediment-derived sulfides. The sulfide intrusion was negatively correlated to the turnover of sulfides in the sediments regulated by both plant parameters and sediment sulfur pools. Sediment iron content played an indirect role by affecting sulfide turnover rates. Leaf production was negatively correlated with sulfide intrusion suggesting that active growth reduced sulfide intrusion. Sulfide intrusion was lower in S. filiforme (up to 44%) compared to T. testudinum consistent with a higher internal nighttime oxygen concentrations found for S. filiforme. When S. filiforme can take advantage of its ability to maintain high internal oxygen concentrations, as was the case on the USVI, it could increase its success in colonizing unvegetated disturbed sediments with potentially high sulfide concentrations.  相似文献   

17.
采用生物素磁珠富集法,用生物素标记的(GT)15和(CT)15两种探针与细角螺基因组 MseI 酶切的300~1200bp 片段杂交,杂交复合物与链霉亲和素磁珠结合,捕获含有重复序列的微卫星片段。最后将磁珠捕获到的重复序列与PMD19-T载体连接后克隆到DH5α中构建微卫星基因组文库。通过PCR检测出354个阳性克隆,从中随机选取248个片段大于500bp的阳性克隆进行测序,结果显示,在220个成功测序的阳性克隆中共获得278个微卫星序列,其中完美型171个,占61.5%;非完美型81个,占29.1%;复合型26个,占9.4%。除探针使用的GT和CT的重复序列外,还筛选到三碱基GTT、TGG、GAA、CAA;四碱基TCTA、ACAG、TAGA、GTGA、GTCT、GATA及五碱基TTTTG的重复序列。在278条序列中共有82条可以设计引物。  相似文献   

18.
互花米草(Spartina alterniflora)具有较强的固碳作用,了解互花米草群落的甲烷通量可为评估互花米草的净碳汇功能提供重要参数。本文分析了我国滨海湿地互花米草群落CH4通量的总体特点和机制,结果表明：①不同地区互花米草群落CH4通量无明显规律且差异较大。不同生长环境下的环境因子对CH4排放有综合调控作用,其中很大部分是通过影响土壤中与CH4产生有关的微生物影响CH4通量。②互花米草群落CH4通量夏季最高、冬春较低;日通量则处于不规则的波动中,但总体白天通量高于夜晚。CH4通量季节差异与温度、生物量和光照呈正相关,温度影响参与CH4生成的微生物的活性,生物量为CH4产生提供有机质原料,光照则通过光合作用影响有机质的合成;日通量差异除与温度和光照有关外,最主要还受到潮汐变化的影响。③无潮水覆盖时CH4通量远大于有潮水覆盖时。有潮水覆盖时互花米草下部作为CH4排向大气的重要通道受阻,同时CH4被储存于土壤或排放到潮水中,落潮后才进入大气,因此CH4通量更低。④刈割会降低CH4通量。互花米草植株为CH4的产生提供了重要原料,同时利用通气组织将CH4排放到大气,刈割切断了CH4传输途径并减少了地上生物量,因此降低了CH4通量。  相似文献   

19.
为研究鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)在不同冻藏时期的优势微生物,并且得到一个较全面的细菌群落组成结构,采用16SrDNA基因克隆文库及克隆子分析等方法,分别对冻藏1d、8d和20d条件下鲐鱼鳃体系中的细菌种群多样性、优势微生物及其中产组胺菌的变化进行分析。结果表明,不同时期鲐鱼鳃内的细菌多样性均较强;冻藏1天的鳃体系中不动杆菌属(Acinetobacter)占优势为总数的77.5%,产组胺细菌如泛菌属(Pantoea)和肠杆菌属(Enterobacter)较少;第8天优势细菌种群是梭杆菌属(Fusobacteria bacterium)和希瓦氏菌属(Shewanella),而产组胺菌如发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)较前期数量有所增加;冻藏到第20天的优势种群为哈夫尼菌属(Hafnia)和沙雷菌属(Serratia),它们均是产组胺的菌群。鲐鱼中细菌多样性及其优势微生物的变化等全面信息可为了解鲐鱼水产品组胺发生的微生物机制及其控制方法提供重要依据。  相似文献   

20.
本研究旨在从DNA分子水平上研究中国鲎(Tachypleus tridentatus)种群遗传多样性及种群结构等相关信息,以期为保护其野生群体种质资源提供科学依据。本研究通过生物素—磁珠富集法筛选微卫星标记,构建中国鲎基因组微卫星文库。基因组DNA经Fast Digest Tru1I酶切后,选取400 bp~1000 bp片段,用生物素标记的(GT)15、(CT)15混合探针与其杂交,杂交复合物与链霉亲和素磁珠结合,捕获含有重复序列的微卫星片段,纯化后连接PMD19-T载体克隆,构建基因组微卫星文库。从334个阳性克隆中随机选取196个片段大于400 bp的阳性克隆进行测序,共获得127个微卫星序列,其中完美型占69.3%、非完美型占11.0%、复合型占19.7%。除探针使用的GT和CT的重复序列外,还筛选到多碱基GCT、TGG、AAAC、ACAA、GATTT、TTTTA的重复序列。根据微卫星序列设计选择合成40对引物,结果显示其中3对具有较高多态性,可作为进一步评价中国鲎野生种质资源等遗传信息的有效遗传标记。  相似文献   

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