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海绵标本长期、完整的保存是开展海绵分类学及分子进化研究的重要前提, 本研究以建立通用的海绵动物标本的保存方法及快速、完整的基因组DNA 提取方法为主要目的, 通过对硅质的山海绵(Mycale sp.)和钙质的白枝海绵(Leucosoleniidae sp.)为材料进行–20℃冰冻、乙醇固定、冰冻后风干和乙醇固定后风干等4 种保存方法进行研究, 同时采用酚-氯仿法、高盐法、CTAB 法等3 种基因组DNA提取方法, 测试了4 种保存方法的DNA 提取效率。实验结果显示, 海绵样品的4 种保存方法以及3 种DNA 提取方法对于硅质海绵以及钙质海绵虽然在提取的DNA 得率上有差异, 但都能获得较高纯度基因组DNA。从经济成本、方便性、潜在的污染等因素考虑, 高盐法是首选的提取海绵基因组DNA 的方法; 乙醇固定保存的海绵样品DNA 得率最高, 冰冻的海绵样品得率最低, 推荐采用乙醇固定保存海绵样品的方法。 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(6)
沉积物成分复杂,腐殖酸等物质含量较高,这些杂质在DNA提取过程中不易除去,可能会对后续的PCR扩增等产生抑制作用。因此,高质量DNA的获得是海洋微生物分子生态学研究的基础和前提。本研究采用6种不同的方法,分别提取同一来源海洋沉积物样品中的微生物基因组DNA。对DNA纯度、得率、16SrRNA基因拷贝数和微生物群落特征等多方面进行比较,结果表明:方法1(QIAamp DNA Stool Mini Kit)、方法2(PowerSoil~DNA Isolation Kit)和方法3(RNA PowerSoil~DNA Elution Accessory Kit)得到的DNA产量较低,纯度却较高,可以直接用于后续分子生物学分析;与方法2相比,方法3得到的细菌16SrRNA基因拷贝数和单位质量DNA中可扩增细菌16SrRNA基因模板量较低;方法4(SDS高盐法)得到的DNA虽然产量高,但杂质含量也高,抑制了后续PCR反应的进行;方法5(方法4得到的DNA经QIAamp DNA Stool Mini Kit纯化)和方法6(方法4得到的DNA经PowerSoil~DNA Isolation Kit纯化),虽然纯度有所提高,但DNA大量损失,且耗时长,花费高。另外,方法2在提取过程中可以最大程度裂解菌体细胞壁,能更好反映微生物群落特征。综合以上结果,方法2(PowerSoil~DNA Isolation Kit)提取海洋沉积物微生物基因组DNA效果最佳。本研究可为海洋微生物分子生态学研究提供一种有效的技术手段。 相似文献
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通过对CTAB法、SDS法和植物基因组提取试剂盒3种方法提取江蓠Gracilaria总DNA的得率比较,并将得到的总DNA用于限制性酶切和PCR扩增反应进行纯度检测,选择出适合江蓠属总DNA的提取方法,建立了江蓠RAPD、ISSR和ITS等遗传多样性和系统学研究的分子生物学方法.实验结果表明,SDS法和植物基因组提取试剂盒均适用于江蓠总DNA的提取;其中SDS法适用于新鲜和冰冻材料的总DNA提取,不仅得率和纯度高,且方法稳定性好,提取时间较短,在本实验中是江蓠总DNA提取的最佳方法.植物基因组提取试剂盒的得率低,但质量好,操作快速简便,适用于大量新鲜样本总DNA的提取.CTAB法由于相对耗时长且产物稳定性差,不推荐在江蓠中使用. 相似文献
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通过2种样品前处理方式和4种不同的DNA提取方法相结合,提取橘色刺柳珊瑚(Echinogoria aurantiaca)基因组DNA,并对其18S rRNA基因进行了克隆和测序。实验结果表明,对于2种样品前处理方式,采用纯酒精进行样品前处理比PBS(磷酸缓冲液)进行样品前处理效果要好。在4种不同的DNA提取方法中,以CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取基因组DNA效果最好,其余3种方法如PVP(聚乙烯基吡咯烷酮)法、高盐法和酚/氯仿法的提取效果较差。并且不同样品的钙质沉淀对DNA都有一定程度的吸附。最后,通过PCR扩增、克隆测序得到橘色刺柳珊瑚18S rRNA基因序列(AY962532)。BLAST软件进行序列比对表明橘色刺柳珊瑚与弱柳珊瑚(Leptogorgia chilensis)的18S rRNA基因(AF052928)同源性最高,为98.79%。 相似文献
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海湾扇贝样品不同保存条件下DNA的提取及RAPD扩增比较 总被引：17，自引：4，他引：17
以海湾扇贝为材料，研究了鲜活样品以及采用冷冻保存、70％乙醇固定和10％福尔马林固定等方法保存的闭壳肌样品用于DNA提取的不同效果，并分析了不同保存条件下所提得DNA用于RAPD扩增的结果，研究表明，鲜活样品以及采肜冷冻保存和70％乙醇固定的样品可以得到很好的DNA，其质量和得率没有显著差异，利用上述DNA模板进行RAPD分析，可以获得一致性很好的扩增结果。10％福尔马林休固定样品则没有得到可用的DNA模板。采用70％乙醇固定保存海洋生物组织，是用于DNA提取及相关的分子生物学研究的快速、简易和有效的方法。 相似文献
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海洋沉积物中的植物信息具有重要的生态学和古环境意义,但传统方法只能通过研究沉积物中的孢粉获取植物信息。随着分子生物学的进步,探索利用海洋沉积物中的植物分子多样性解释全球变化成为了一种新的尝试。文章首次尝试了对海洋沉积物中的植物DNA进行提取与PCR扩增,通过使用不同的DNA提取方法(DNA提取试剂盒)和PCR扩增条件[2倍浓缩的PCR扩增预混合溶液(Mix)退火温度、循环数、DNA模板量以及引物],探索海洋沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法,并在采自黄海潮间带以及浅海表层的沉积物中进行了检验。共尝试了32种方法,结果表明:强力土壤微生物DNA提取试剂盒(DNeasy PowerSoil)以及2×TransTaq HiFi PCR SuperMixⅠ是较好的DNA提取与扩增条件;对于潮间带表层沉积物样品,最佳退火温度为55°C,最佳循环数为55个循环;而对于浅海表层沉积物样品,最佳退火温度为59°C,最佳循环数为45个循环;此外,相对于rbcL引物, gh引物的扩增结果更好。这项研究首次成功提取并扩增了海洋沉积物中的植物DNA,以期应用于海洋沉积物中植物分子多样性的分析,为研究全球... 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,(Z1)
通过对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)、牡蛎(Crassostrea gigas)和侏儒蛤(Mulimia lateralis)4种双壳贝类进行壳DNA提取实验,本研究提出一种适用于双壳类软体动物贝壳DNA提取方法。首先用EDTA(15%)脱钙液对贝壳进行预处理去除表面的杂质,经PBS缓冲液(4×)清洗后放入37℃烘箱30 min,称取重量为1 g的壳放入液氮中冷却后使用中通量组织研磨仪研磨成粉末,分装到2 mL离心管中,加入裂解液后在56℃、200 r/min条件下裂解3 h后,常温下12 000 r/min离心10 min得到上清液,加入无水乙醇和醋酸钠沉淀DNA。经微量紫外分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳分析和全基因组重测序比对分析来评价提取到的基因组DNA质量,结果显示该方法可获得完整性好的高质量DNA。本研究提出的贝壳DNA提取方法操作简单、快速,且成本低,为双壳贝类的遗传分析提供了一种方法,本方法在贝类遗传学和分子育种研究中具有广阔的应用前景。 相似文献
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采用化学裂解和酶解相结合的方法，进行了深海沉积物中微量DNA的提取，并采用DNA吸附树脂进行纯化。结果表明，该方法能有效地去除沉积物中的腐殖酸等抑制剂，每克湿重沉积物样品可得到DNA约16μg，回收率可达95％，所得到的DNA分子片段均在23kb左右，纯化后的DNA可直接应用于各种分子生物学操作。利用细菌16SrDNA通用引物对所提取的深海沉积物DNA进行了PCR—RRJ及系统发育分析，各主要细菌类群均能检出，证实该方法可以应用于深海等极端环境中微生物的多样性调查、系统发育分析以及特殊功能基因的筛选，同时还可应用于环境样品中生物量的半定量估计。 相似文献
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比较了裂解液法和直接三氯乙酸(TCA)-丙酮沉淀法对中肋骨条藻Skeletonema costatum 蛋白双向电泳的提取效果并优化了提取条件,结果表明:裂解液-TCA-丙酮沉淀法在去除胞内干扰物质方面,较裂解液-超滤管法和裂解液-试剂盒法的效果都好。 裂解液-TCA-丙酮沉淀法和直接TCA-丙酮沉淀法都能取得背景干净、蛋白点清晰的双向电泳图谱,但后者的双向电泳图谱聚焦更完全,在进一步优化条件后(即蛋白沉淀12 h并增加超声波洗涤过程),可作为提取中肋骨条藻蛋白的最适方法。 相似文献
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微藻总脂含量测定方法概述 总被引：1，自引：0，他引：1
概述微藻总脂含量测定方法的研究现状并比较各方法的优缺点:(1)有机溶剂提取法使用较普遍、易操作、成本低,缺点是所需样品量大、所得总脂含量较低、溶剂有毒易污染环境、操作耗时费力;(2)索氏提取法测定微藻总脂含量较准确,缺点是所需试剂和样品量大,提取时间长;(3)荧光染料测定法、傅里叶变换红外光谱法、磷酸香草醛法、铜试剂法、苏丹黑染色法以及核磁共振法所需样品量少、所用时间短,但测定的总脂含量均为相对值.其中,荧光染料测定法不需要提取油脂且灵敏度高,但其易受各种因子影响;傅里叶变换红外光谱法和核磁共振法对样品无损伤,无需或仅需很少的预处理,后者重复性很好;磷酸香草醛法较稳定;铜试剂法成本低,但对其报道极少;苏丹黑染色法操作简单,不需要对藻细胞破碎及化学抽提,但不适用于不均匀样品的测定;(4)超临界CO2提取法和离子液体提取法提取效率高,所得总脂含量较高,但测定成本较高. 相似文献
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本研究建立了一种高效、经济的非损伤性扇贝DNA提取方法,在不影响扇贝个体生存状态的前提下,采用擦拭法和室温裂解相结合的方式在20 min内即可获得个体基因组DNA。以虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)为实验对象,研究了不同擦拭材料(棉签、滤纸)和不同擦拭部位(外套膜、鳃丝、内脏团)的核酸提取效果,评估了本方法在贝类基因分型领域应用的可行性。研究表明,用棉签、滤纸2种材料擦拭扇贝的鳃丝、内脏团或外套膜组织均能获得主带清晰完整的基因组DNA,且不影响扇贝的存活状态。在3种扇贝中采用棉签擦拭法的DNA得率均高于滤纸法,以这2种方式获得的DNA为模板进行SSR和SNP标记分析,能获得均一稳定的扩增条带,SSR标记分型结果准确可靠。本研究建立了简便、快速进行扇贝基因型分析的非损伤性DNA提取方法,为贝类全基因组选育和珍稀贝类资源的种质保护开发提供了新的技术手段。 相似文献
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用室内培养的塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense ATHK藻株)作为实验对象,分别选择了5%福尔马林固定后常温保存、95%乙醇固定后常温保存、-20℃冷冻保存、鲁哥氏液(Lugols solution)固定后常温保存等方法,在5,15,30,60 d后对保存的样品进行单细胞PCR反应,并与新鲜样品进行比较。实验结果表明,用95%乙醇保存、-20℃冷冻保存、鲁哥氏液保存的样品在60 d后仍可扩增出目标条带,与新鲜样品没有差别,但是样品中的藻细胞形态有一些改变;而以5%福尔马林固定保存的样品只能在5 d后扩增出目标条带,但藻细胞形态比较完好。因此,对用于单细胞PCR实验的微藻样品,短期内(不多于5 d)可以采用福尔马林保存,而需要长期保存的样品,应当采用乙醇或鲁哥氏液固定,或者采用-20℃冷冻保存的方法。 相似文献
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组织培养板在获取微藻种质中的应用 总被引：3，自引：0，他引：3
报道一种基于选择演替和及时显微跟踪的原理获取一次野外水样中多种微藻的方法。利用组织培养板方便的显微观测条件和适宜容积提供微藻存活的空间,在不同培养条件下,进行微藻群落演替、及时显微跟踪检测和优势种分离,可以使野外水样初期低生物量种类优势化,以利于纯系种质的获得。并通过不同演替条件获得其中出现的未鉴定或初期样品中未检出的种质,提供进一步研究的基础。该方法在获取微藻种质和种质库建设上不失为一可行技术手段。论文以一次野外采集海水样品在不同营养条件下的主要优势种类演替跟踪检测、低生物量种质优势化过程和纯系种质分离为例,说明该方法在获取微藻种质中的应用。 相似文献
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不同保存方法对厚壳贻贝样品蛋白提取效果的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解厚壳贻贝(Mytilus coruscus)稚贝样品在冷冻保存过程中的蛋白变化情况,作者采用直接冷冻法、添加海水冷冻法、蛋白裂解液冷冻法等分别对保存1周至6个月的厚壳贻贝样品蛋白提取的不同效果进行了比较。SDS-PAGE胶结果显示,3种冷冻保存方法均出现4个有规律条带(a、b、c、d),其相对分子量依次约为55、46、38和26kDa。SDS-PAGE蛋白条带灰度值的检测结果表明,1个月内蛋白裂解液法保存的样品最佳;直接冷冻法和添加海水冷冻法的研究发现保存过程中的蛋白均出现不同程度的降解现象,因而可能不适宜用于该种稚贝样品的保存。 相似文献
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Freezing as a method of sample preservation for the analysis of dissolved inorganic nutrients in seawater 总被引：1，自引：0，他引：1
John E. Dore Terrence Houlihan Dale V. Hebel Georgia Tien Luis Tupas David M. Karl 《Marine Chemistry》1996,53(3-4)
It is often desirable or necessary to store collected seawater samples prior to analysis for dissolved inorganic nutrients. It is therefore important to establish preservation and storage techniques that will ensure sample integrity and will not alter the precision or accuracy of analysis. We have performed a series of experiments on the storage of nutrient samples collected at the oligotrophic North Pacific benchmark Station ALOHA, using both standard autoanalyses and low-level techniques. Our results reveal that for oligotrophic oceanic waters, the immediate freezing of an unfiltered water sample in a clean polyethylene bottle is a suitable preservation method. This procedure is simple, it avoids potentially contaminating sample manipulations and chemical additions, and it adequately preserves the concentrations of nitrate + nitrite, soluble reactive phosphate, and soluble reactive silicate within a single water sample. 相似文献