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1.
采用线粒体D-loop区测序技术,对巢湖、滆湖、洪泽湖、鄱阳湖和太湖5个地理群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及种群遗传结构进行了研究。结果表明,890个位点中变异位点有151个,简约信息位点24个。143个个体共检测到72个单倍型,平均单倍型多样性指数为0.951±0.011,核苷酸多样性为指数为0.00614±0.00087。鄱阳湖群体和其它4个湖泊群体的遗传距离相对比较大,滆湖和巢湖的遗传距离最小,总体遗传分化指数Fst为0.0896(P<0.01)。群体间基因流系数Nm=2.22,表明5个黄颡鱼种群间存在着一定的基因流动。 相似文献
2.
为了解长江口及其邻近海域鮸鱼(Miichthys miiuy)的群体遗传多样性,采用线粒体COⅠ基因测序,对长江口(崇明)及邻近海域(舟山)2个鮸鱼群体的遗传变异进行了分析。结果表明,599 bp的COⅠ序列中包含22个变异位点,其中简约信息位点7个。60个个体中,共定义了20个单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)为0.676 8±0.069,核苷酸多样性指数(Pi)为0.002 29±0.000 37,表现为高单倍型多样性和低核苷酸多样性。分子方差分析(AMOVA)表明99.12%的遗传变异出现在种群内,仅有0.88%出现在种群间。群体间的遗传分化系数为FST=0.008 83(P0.05),2个群体间无显著遗传分化。NJ系统树显示,2个地理来源的单倍型没有明显的地理群聚和谱系结构。中性检验和碱基岐点分布(Mismatch distribution)分析结果表明鮸鱼群体可能发生过种群扩张事件。研究结果可为鮸鱼渔业资源的合理开发和利用提供必要的参考。 相似文献
3.
测定了福建近海鮐鱼(Scomber japonicus)2个群体共62尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东、闽南群体的遗传结构和遗传多样性.获得长度为864 bp的控制区全序列,在所分析的62个样本中,共检测到35个变异位点,定义了36个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.960,核苷酸多样性(π)为0.009 85,核苷酸差异数(K)为8.508,提示鮐鱼是一个遗传多样性水平较高的稳定的大种群.构建的单倍型邻接关系树和单倍型网络图均没有表现出明显的地理分布特征.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内个体间,2个群体间具有相似的遗传结构.群体间和群体内的Kimura双参数遗传距离均为0.01.Tajima’s D中性检验及核苷酸不配对分析暗示鮐鱼是一个平衡的大种群,mtDNA控制区符合中性理论进化.结果显示,福建近海鮐鱼遗传多样性较高,闽东、闽南群体间不存在显著的遗传分化.扩散能力、种群大小、栖息地环境和台湾海峡环流促进了鮐鱼2个群体间频繁的基因交流,可能是闽东群体和闽南群体具有相似遗传结构的重要原因. 相似文献
4.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(5)
利用线粒体COI基因片段序列比较分析了金乌贼(Sepia esculenta)4个地理群体(乳山、青岛、日照和舟山)的遗传多样性和遗传结构。在4个群体117个样本的线粒体COI基因部分序列中,检测到27个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样度为0.478~0.956,核苷酸多样性为0.001~0.006,舟山群体的遗传多样性远高于乳山、青岛和日照群体。群体间遗传分化指数显示,舟山群体与其他3个群体之间存在较大的遗传分化(0.186~0.292),而乳山、青岛和日照群体之间遗传分化较小(-0.007~0.039)。本研究结果暗示,增殖放流活动可能对山东省近海的金乌贼群体的遗传多样性产生了一定的影响。 相似文献
5.
利用线粒体DNA的细胞色素b(cytb)和控制区(D-loop)的部分序列来研究大泷六线鱼4个群体(包括野生和养殖群体)的遗传多样性。PCR扩增后分别得到365bp(cytb)和387bp(D-loop)的碱基序列。Mega计算结果显示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同样高于G+C的含量(30.7%)。4个群体平均的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数,cytb基因分别为10,7.75,0.739,0.007 3和2.656;D-loop区分别为18.25,12.75,0.846,0.012 1和4.673。4个群体的遗传多样性由高到低分别为舟山、大连、琅琊台、即墨养殖群体,养殖群体的多样性低于野生群体。基于野生群体cytb和D-loop的分子变异分析(AMOVA)得出的Fst分别为0.318 6和0.271 4,显示了变异主要发生在群体内部。基于Kimura 2-parameter模型构建的NJ树结果表明3个野生群体间没有显著的分化。线粒体cytb基因和D-loop区均可作为检测大泷六线鱼遗传多样性的有效标记。 相似文献
6.
采用线粒体(mtDNA)DNACOI和Cytb基因片段序列分析方法,进行了中国近海条石鲷(Oplegnathus fasciatus)舟山和胶南群体遗传多样性及其遗传结构现状研究。结果表明,基于mtDNACOI分子标记揭示条石鲷舟山群体遗传多样性水平(h=0.814±0.060,π=0.009±0.005,k=5.653±2.789)显著高于胶南群体(h=0.742±0.116,π=0.003±0.002,k=1.970±1.196);MST分析、NJ系统分析和核苷酸不配对分布分析结果皆显示两群体内存在三个显著分化的单倍型类群,支系间的遗传距离为0.018—0.025;遗传分化指数结果(Fst=0.331,P=0.000)和确切P检验结果显示(P=0.000)两群体间存在显著遗传分化。基于mtDNACytb分子标记显示条石鲷群体遗传多样性总体上呈现较低水平(h=0.874±0.023,π=0.006±0.003,k=2.761±1.492),舟山群体核苷酸多样度水平显著高于胶南群体;NJ系统发育和群体遗传分化研究结果显示,条石鲷群体间未检测到显著的遗传分化。 相似文献
7.
《应用海洋学学报》2015,(3)
通过对印度尼西亚蓝碧海峡3个澄黄滨珊瑚(Porites lutea)地理群体(YM、YN、YS)的79个样本核糖体RNA转录单元内间隔区ITS基因(包括ITS1区和ITS2区)片段进行克隆、测序,探讨澄黄滨珊瑚的群体遗传多样性和遗传分化.结果表明:79条序列共获得63个单倍型,3个群体呈现出高的单倍型多样性(Hd=0.991 56)和高的核苷酸多样性(Pi=0.026 81).Tajima'D检验、Fu's Fs检验和岐点分布检验(mismatch analysis)推测种群经历了群体扩张事件.单倍型邻接关系树和单倍型网络图表明澄黄滨珊瑚群体没有明显的地理谱系结构.分子方差分析(AMOVA)表明群体间遗传变异占1.22%,群体内遗传变异占98.78%.群体间固定指数(Fst)的绝对值为0.012 2,表明群体间遗传分化较弱.各群体间的基因流值均大于4,说明澄黄滨珊瑚在当地群体间随机交配,基因交流十分充沛,各珊瑚群体间没有地理隔离,可以互相作为造礁珊瑚修复用的来源补充地. 相似文献
8.
基于线粒体DNA的COⅢ基因序列对我国沿海重要经济贝类厚壳贻贝3个养殖群体(温州、宁德、福州)的遗传多样性和遗传结构进行了分析。由PCR扩增获得23个体的COⅢ基因787bp的部分序列,其多态性遗传参数统计显示,23个个体共检出21个单倍型,总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.978,核苷酸多样性指数(Pi)为0.01045,平均核苷酸差异数(K)为8.534,三个群体均显示出较丰富的遗传多样性。遗传分化系数(Fst)表明,福州群体与宁德群体和温州群体间有一定程度的遗传分化,而宁德群体和温州群体间无遗传分化。 相似文献
9.
遗传多样性和群体遗传结构是研究群体动态变化的重要内容, 也是种质资源评估与保护的基础。日本鳀(Engraulis japonicus)是我国东部近海的重要鱼种, 具有重要的生态价值和经济价值。文章利用线粒体控制区全序列分析了黄海海域4个地理群体(北黄海北部、北黄海南部、南黄海北部和南黄海中部)日本鳀的遗传多样性、种群遗传结构和历史动态变化。结果显示, 131个样品检测到了126个单倍型, 且4个群体的单倍型多样性均很高, 其中北黄海南部群体的最低(0.995±0.009), 南黄海中部群体的最高(1.000±0.014)。而核苷酸多样性均较低, 为0.010±0.005 ~ 0.011±0.006。主成分判别分析(DAPC)和遗传分化系数Fst表明4个群体无明显的群体分化现象, 群体间的遗传同质性水平高, 分子方差分析(AMOVA)也显示分子变异基本来自于群体内, 并且没有明显的群体遗传结构。贝叶斯系统发育树分析发现, 黄海日本鳀有2个谱系, 谱系1和谱系2的分化时间为0.701Ma前, 可以追溯到更新世期间; 进一步中性检验和核苷酸错配分布分析表明这2个谱系可能发生过群体扩张。贝叶斯天际线图则显示黄海鳀鱼的有效群体数量在0.150Ma前发生了明显的下降。 相似文献
10.
中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以采自海南海口、广西防城港、广西北海、广东湛江、福建漳州、山东荣成、山东威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料,获取592bp线粒体COI基因片段序列,并进行遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示:62个个体共检测出103个多态性位点,定义了26个单倍型;总群体单倍型多样性指数为0.834,核苷酸多样性指数为0.01665,平均核苷酸差异数为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性,群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势,而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COI序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示,荣成群体和威海群体亲缘关系较近,聚成一小支,而后与漳州群体相聚,然而南方类群并没有聚为独立的一支。 相似文献
11.
利用线粒体COX和叶绿体rbcL基因片段对我国东南沿海坛紫菜(Pyropia haitanensis Chang et Zheng)9个野生群体和2个养殖群体(共125个个体)进行遗传多样性分析。比对分析后得到408 bp的COX基因片断和488 bp的rbcL基因片断。联合分析的基因片断长度为896 bp,其中T、C、A、G的含量分别为34.9%、14.6%、34.2%和16.3%。检测到变异位点128个,其中单碱基变异位点19个,简约信息位点109个。群体的平均核苷酸多样性为0.035 9±0.028 4,单倍型多样性为0.817 0±0.024 0。125个个体共定义了31个单倍型,其中Hap1、Hap10和Hap16是核心单倍型,分别占全部样本的32.8%、12.8%和24.8%。群体遗传距离和地理距离相关性检测显示二者呈线性相关(R2=0.002 2,p=0.735 4),即遗传距离随地理距离的增大而增大,但未形成地理隔离。根据单倍型构建的ML树显示,坛紫菜群体之间没有明显的地理谱系结构,表明各个群体之间存在基因交流。 相似文献
12.
竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一, 在海洋食物网中扮演了重要角色, 然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局, 文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明, 中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(Hd=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系, 利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化, 遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构, 可以作为一个单一的种群加以管理, 人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。 相似文献
13.
对中国华南沿海不同地理群体的黄斑篮子鱼(Siganus oramin)进行遗传多样性分析, 测定了漳州东山湾(DS)、深圳大亚湾(DY)、深圳大鹏湾(DP)、阳江沙扒湾(SB) 4个群体共计100尾黄斑篮子鱼线粒体DNA D-loop序列。结果显示: 序列长度约828bp, 包含72个变异位点, 50个单倍型, A、T、C、G含量平均为31.2%、31.1%、20.8%和16.9%; 单倍型多样性指数为0.893±0.053~0.957±0.030, 核苷酸多样性指数为0.0105±0.0031~0.0179±0.0031, 表现为高单倍型多样性而低核苷酸多样性的特点; 群体内的遗传距离0.0107~0.0184, 群体间的遗传距离0.0112~0.0172, AMOVA分析显示群体间的分子变异占0.66%, 群体内占99.34%; 中性检验结果表明Fu’s Fs检验值为显著的负值(-16.7079, p<0.01); 核苷酸不配对分布图呈单峰, 表明黄斑篮子鱼演化过程中经历过种群扩张事件, 推测扩张时间约在1.38~4.60万年前。综上, 华南沿海岸4个黄斑篮子鱼群体间不存在显著的遗传分化, 可划归一个管理单元, 而沙扒湾(SB)群体遗传多样性水平相对较高, 应优先加以保护。 相似文献
14.
本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德（ND）、厦门（XM）、漳浦（ZP）、南澳岛（NAD）、湛江（ZJ）、海口（HK）与北海（BH）的7个野生黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明：中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.996和0.017 30。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.010 28~0.029 87。群体间的遗传分化系数（FST）为-0.068 41~0.545 86,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。 相似文献
15.
密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。 相似文献
16.
Planktonic copepod Calanus sinicus is the dominant meso-zooplankton in the Northwest Pacific Ocean. To better understand its population dynamics and phylogeographic patterns, 243 C. sinicus individuals were collected from seven locations across the shelf waters of China and its population genetics was studied by mitochondrial DNA cytochrome oxidase I(mtCOI) sequences analyses. Thirty-nine different sequences, or haplotypes, were detected with moderate haplotype diversity(h=0.749) and low nucleotide diversity(π=0.003) for all populations. The evolutionary divergence between geographic populations varied from 0.24% to 0.37%, indicative of very limited genetic differentiation. Visualized minimum spanning network(MSN) and phylogenetic analysis of all the detected haplotypes did not reveal any clear phylogeographic pattern. Furthermore, AMOVA data showed no significant spatial population differentiation existed among the individuals collected across China shelf waters. Pairwise FST values showed that population collected from northwest of the East China Sea(ECS) displayed a low difference to other populations. Mismatch distribution analyses and neutrality tests indicated that C. sinicus might undergo a demographic/population expansion. No significant population genetic structuring was detected, indicating an extensive gene flow among the C. sinicus populations. Our results provide molecular evidence for the hypothesis that C. sinicus in the northwestern South China Sea in winter is transported from the East China Sea and the Yellow Sea by the China Coastal Current during the northeast monsoon period. 相似文献
17.
Genetic diversity and differentiation of mud crab Scylla serrata populations from southeastern China 总被引：2，自引：0，他引：2
The genetic diversity and differentiation of 6 mud crab Scylla serrata populations from southeastern China are investigated using allozyme electrophoresis. The mean number of alleles per locus population is 1.3 ± 0.1; the percentage of polymorphic loci per population is 27.3; the observed heterozygosity ranges from (0.195±0.083) to ( 0.241±0.090) and the expected heterozygosity ranges from ( 0.105±0.043 ) to ( 0.131±0.047 ). The coefficient of gene differentiation among populations is low (Fst =0.032), indicating that only 3.2 % of the total genetic diversity comes from inter-population, while the remaining 96.8 % comes from intra-population differences. The genetic distance among populations is 0.000-0.008 (the average is 0.002). Gene flow among the populations is large (Nm = 7.56).Genetic structure is very similar among 6 Scylla serrata populations. 相似文献
18.
The small yellow croaker (Larimichthys polyactis) belongs to the family Sciaenidae, which is an offshore warm fish species and widely distributed in the western Pacific. In this study, the variation of genetic diversity and genetic differentiation among L. polyactis populations was analyzed by mitochondrial DNA control region. A total of 110 polymorphic sites were checked, which defined 134 haplotypes. High level of haplotype diversity (h=0.993±0.002) was detected in the examined range. Population genetic structure analyse (analysis of molecular variance, Fst) showed there were high gene flow among L. polyactis populations. The result showed that there were relatively high genetic diversity and low genetic differentiation among the Yellow Sea and the East China Sea populations, which can be attributed to diverse habitats, wide distribution range and high mutation rate of control region. Using phylogenetic methods, coalescent analyses (neutrality tests, mismatch distribution analysis, Bayesian skyline analyses) and molecular dating interpreted in conjunction with paleoclimatic and physiographic evidence, we inferred that the genetic make-up of extant populations of L. polyactis was shaped by Pleistocene environmental impacts on the historical demography of this species. Besides, relatively constant genetic diversity and larger effective population size were detected in recent L. polyactis population. The result showed that the fishing policy certainly, such as the summer closed fishing, played a role in protecting resources of L. polyactis. This study can offer a wealth of biological novelties which indicates genetic structure of L. polyactis population and provides the foundation for resources protection and policy setting. 相似文献
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Genetic diversity and differentiation of mud crab Scylla serrata populations from southeastern China 总被引：1，自引：0，他引：1
The genetic diversity and differentiation of 6 mud crab Scylla serrata populations from southeastern China are investigated using allozyme electrophoresis. The mean number of alleles per locus population is 1.3 ± 0.1; the percentage of polymorphic loci per population is 27.3; the observed heterozygosity ranges from ( 0.195 ± 0.083)to ( 0.241 ± 0.090) and the expected heterozygosity ranges from ( 0.105 ± 0.043 ) to ( 0.131 ± 0.047 ). The coefficient of gene differentiation among populations is low (Fst =0.032), indicating that only 3.2 % of the total genetic diversity comes from inter-population, while the remaining 96.8 % comes from intra-population differences.The genetic distance among populations is 0.000～0.008 (the average is 0.002). Gene flow among the populations is large (Nm= 7.56).Genetic structure is very similar among 6 Scylla serrata populations. 相似文献