东海原甲藻cDNA文库构建及尝试性EST分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

张秀芳  杨官品  刘永建  李瑞香  朱明远 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2006,36(3):361-364

东海原甲藻(Prorocentrumdonghaiense)是中国沿海频繁发生的大规模赤潮的原因种之一,大规模分离鉴定东海原甲藻功能基因是理解东海原甲藻赤潮形成过程和机理的重要基础。取对数生长期藻体,经微量总RNA抽提、cDNA合成、cDNA扩增和克隆等步骤,构建了东海原甲藻cDNA文库并进行了尝试性表达序列标签分析。从含有约5000个转化子的文库中随机取150个测序,获得126条EST序列。经网上BlastN及BlastX分析,共发现11个是已知功能的基因的标签。这些基因与东海原甲藻生长发育、物质转换和能量代谢相关。  相似文献   

检测cDNA文库克隆中插入片段大小的简易方法   总被引：6，自引：0，他引：6  

刘振辉  张士璀 《海洋科学》2002,26(11):9-9

在ｃＤＮＡ文库克隆的大规模测序之前 ,一般需对克隆中插入片段的大小进行检测。传统的检测方法是首先用煮沸法［１,２］或碱裂解法［１,３］提取质粒ＤＮＡ ,然后用限制性内切酶进行酶切分析。在对大量的克隆进行检测时 ,这种方法则显得十分烦琐、费时。Ｚｏｎ等［４］于１９８９年提出了一种基于ＰＣＲ技术的直接用于克隆检测的方法。与传统的酶切检测法相比 ,此种方法相对简单、快速得多。但是它仍然需要提取质粒ＤＮＡ ,而且实验成本较高。新近 ,Ｔａｒｉｇ［５］等对Ｚｏｎ等的方法进行了进一步的改进。改进后的方法不需要提取质粒Ｄ…  相似文献   

不同氮源对微小亚历山大藻生长和毒素产生的影响   总被引：12，自引：0，他引：12  

张清春  于仁诚  周名江  王云峰  颜天  李钧 《海洋学报》2005,27(6):138-145

通过尿素、氯化铵、酵母浸出粉和硝酸钠等氮源对微小亚历山大藻(Alexandrium minutum)生长及毒素产生的影响研究,分析了微小亚历山大藻对不同氮源利用状况的差异.结果表明,在氮饥饿条件下,加入硝酸钠和酵母浸出粉能显著促进微小亚历山大藻的生长;高浓度的氯化铵在加入后对微小亚历山大藻有一定的毒性效应,表现为生长停滞,但毒性效应在5 d后消失,并得到与添加硝酸钠及酵母浸出粉相似的增长速率0.21 d-1;添加尿素对微小亚历山大藻的生长没有显著促进作用.在四种氮源中,尿素对微小亚历山大藻毒素产生的刺激作用也最弱,在稳定期每个细胞藻细胞毒素含量维持在6.00~8.00 fmol;添加硝酸钠、氯化铵和酵母浸出粉的藻细胞在稳定期毒素含量分别达到11.85,12.86和14.64 fmol.硝酸钠和氯化铵刺激藻毒素产生的效果比酵母浸出粉更为直接.四种含氮营养盐对微小亚历山大藻毒素组成的影响都很小.  相似文献   

三疣梭子蟹肌肉乳化病的病原及其致病性研究   总被引：4，自引：0，他引：4  

王国良  金珊  陈寅儿  李政 《海洋科学进展》2006,24(4):526-531

为进一步搞清养殖梭子蟹肌肉乳化病的病原及其致病机理,找到有效的防治方法,2002-2004年在浙江省宁波、舟山等地养殖场,从濒死的梭子蟹体内分离出1205-11和1205-21两株菌。通过菌体形态、培养特性和生理生化反应,鉴定这2株菌分别为溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和葡萄牙假丝酵母(Candida lusitaniae)。人工感染试验证实,这2株菌是梭子蟹肌肉乳化病的病原菌,葡萄牙假丝酵母为继发性感染病原,蟹体外部的损伤及蟹之间相互残伤可能是传染的主要途径。  相似文献   

条斑紫菜酵母双杂交文库的构建及PyMAPK5互作蛋白的筛选     

董道英  孔凡娜  崔正彩  孙斌 《海洋与湖沼》2019,50(6):1271-1280

为进一步研究条斑紫菜促分裂原活化激酶家族PyMAPK5的下游互作蛋白,理解其生物学功能,本研究通过酵母双杂交的方法进行其相互作用蛋白的筛选。提取不同温度和失水逆境胁迫下的RNA,利用Invitrogen体系构建条斑紫菜酵母双杂交cDNA文库,其库容为1.44×107CFU,重组率为91.8%。以pGBKT7-PyMAPK5为诱饵蛋白载体,利用共转化方法,从文库中筛选得到26个与PyMAPK5互作的候选蛋白。候选蛋白集中在光系统II相关蛋白、捕光蛋白、微管蛋白、ATP酶、GTP结合蛋白及假设蛋白等。微管蛋白、捕光蛋白、光系统II蛋白一对一验证结果为阳性,表明在酵母体内存在互作。本研究为阐明条斑紫菜PyMAPK5与其互作蛋白的关系及解析PyMAPK5下游作用机制奠定了基础。  相似文献   

大黄鱼肌肉组织cDNA全长文库的构建及EST分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

黄伟  薛良义  李婷  杨斌 《台湾海峡》2010,29(2):189-195

以大黄鱼肌肉组织为材料,利用Creator Smart cDNA Library Construction Kit构建了大黄鱼肌肉组织的全长cDNA文库.文库质量分析表明：cDNA文库容量不低于1.68×106cfu/mm3,重组率达96%,插入片断的平均长度大于1 000bp.随机挑取512个cDNA克隆进行5’端测序,其中430条ESTs的长度大于100bp;并初步拼接得到了230个单基因簇（unigene）,其中包括58个重叠群（contigs）,172个单拷贝ESTs（singletons）,冗余度为46.51%.经检索,35个ESTs在BLASTx上无明显的同源性（E值≤1.00×10-10）,为新基因.195个ESTs与已报道的基因有较高的同源性;其中与能量相关基因的ESTs丰度最高,占总数的20.00%.蛋白质合成、细胞骨架和信号传导次之,比例分别为13.48%、12.17%、10.00%,其中包括高迁移率族蛋白B1、瘦素受体、β1-热激蛋白等.这些EST数据为进一步筛选和克隆大黄鱼肌肉特异性表达基因提供了平台.  相似文献   

一株红酵母的抗镉机制   总被引：2，自引：0，他引：2  

袁红莉  李志建  王能飞  黄怀曾 《中国科学D辑》2005,35(Z1):219-219

研究了分离自矿区土壤的一株对镉具有较强抗性和富集能力的红酵母菌(Y11)的抗镉机制.结果发现不同方式处理的菌体吸附的镉在细胞不同部位的分布不同,在菌体培养过程中添加浓度为100mg/L镉时,菌体吸附的镉有3.29%进入细胞内,但用在有镉和无镉条件下培养好的菌体,冻干后吸附镉,菌体吸附的镉只有1%可进入原生质体,其余99%都分布在细胞壁周围.利用碱、乙醇-氯仿和蛋白酶分别对Y11细胞与细胞壁进行处理,对其吸附镉的能力有不同影响,红外光谱分析结果表明几丁质酰胺基团主要参与吸附作用.探讨了Y11产金属硫蛋白(MT)的情况,结果表明镉诱导能明显促进Y11菌体产生MT的量,菌体经诱导后MT产量达到638.8μg/g,是非诱导菌体的85倍,远大于报道的酵母菌中MT的产量.纯化后的MT经SDS-PAGE电泳检测,分子量为6500Da.  相似文献   

The selection of alkaline protease-producing yeasts fi＇om marine environments and evaluation of their bioactive peptide production     

李静  池振明  王祥红  彭莹  池哲 《中国海洋湖沼学报》2009,27(4):753-761

A total of 400 yeast strains from seawater, sediments, saltern mud, marine fish guts, and marine algae were obtained. The protease activity of the yeast cultures was estimated, after which four strains (HN3.11, N11b, YF04C and HN4.9) capable of secreting extracellular alkaline protease were isolated. The isolated strains were identified as Aureobasidium pullulans, Yarrowia lipolytica, Issatchenkia orientalis and Cryptococcus cf. aureus. The optimal pH of the protease activity produced by strains HN3.11, YF04C, and HN4.9 was 9.0, while that of the protease produced by strain N11b was 10.0. The optimal temperature for protease activity was 45°C for strains HN3.11, N11b, and YF04C, and 50°C for strain HN4.9. After digestion of shrimp (Penaeus vannamei) protein and spirulina (Arthospira platensis) protein with the four crude alkaline proteases, the filtrate from spirulina (Arthrospira platensis) powder digested by the crude alkaline protease of strain HN3.11 was found to have the highest antioxidant activity (61.4%) and the highest angiotensin I converting enzyme (ACE)-inhibitory activities (68.4%). The other filtrates had much lower antioxidant activity and ACE-inhibitory activities.  相似文献   

Occurrence and Diversity of Candida Genus in Marine Environments     

WANG Lin  CHI Zhenming  YUE Lixi  CHI Zhe  ZHANG Dechao 《中国海洋大学学报(英文版)》2008,7(4)

A total of 317 yeast isolates from seawater,sediments,mud of salterns,guts of marine fishes and marine algae wereobtained.The results of routine identification and molecular characterization showed that six isolates among these marine yeastsbelonged to Candida genus as Candida interrnedia for YA01a,Candida parapsilosis for 3eA2,Candida quercitrusa for JHSb,Can-die rugosa for wl8,Candida zeylanoides for TJY13a,and Candida membranifaciens for W14-3.Isolates YA01a (Candida interme-die),wl8 (Candida rugosa),3eA2 (Candida parapsilosis),and JHSb (Candida quercitrusa) were found producing cell-bound lipase,while isolate W14-3 (Candida membranifaciens) producing riboflavin.These marine yeast Candida spp.Seem to have wide potentialapplications in biotechnology.  相似文献   

Methods Comparison for Microsatellite Marker Development： Different Isolation Methods, Different Yield Efficiency     

Aibin Zhan  Zhenmin Bao  Xiaoli Hu  Wei Lu  Jingjie Hu 《中国海洋大学学报(英文版)》2009,8(2):161-165

Microsatellite markers have become one kind of the most important molecular tools used in various researches. A large number of microsatellite markers are required for the whole genome survey in the fields of molecular ecology, quantitative genetics and genomics. Therefore, it is extremely necessary to select several versatile, low-cost, efficient and time- and labor-saving methods to develop a large panel of microsatellite markers. In this study, we used Zhikong scallop (Chlamys farreri) as the target species to compare the efficiency of the five methods derived from three strategies for microsatellite marker development. The results showed that the strategy of constructing small insert genomic DNA library resulted in poor efficiency, while the microsatellite-enriched strategy highly improved the isolation efficiency. Although the mining public database strategy is time- and cost-saving, it is difficult to obtain a large number of microsatellite markers, mainly due to the limited sequence data of non-model species deposited in public databases. Based on the results in this study, we recommend two methods, microsatellite-enriched library construction method and FIASCO-colony hybridization method, for large-scale microsatellite marker development. Both methods were derived from the mi-crosatellite-enriched strategy. The experimental results obtained from Zhikong scallop also provide the reference for microsatellite marker development in other species with large genomes.  相似文献