北极黄河站植物根际土壤放线菌分离培养及其鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

滕海波  唐学玺  肖慧  俞勇  李会荣 《极地研究》2009,21(1):33-42

通过稀释涂布平板法,对北极黄河站(挪威新奥尔松地区)7种常见植物根际土壤样品进行放线菌的分离培养。经扩增性rDNA限制性酶切片段分析(ARDRA)及16S rDNA序列分析确定放线菌53株,分别属于8个属,除了优势菌链霉菌属(Streptomyces)和节杆菌属(Arthrobacter)外,还发现了红球菌(Rhodococcus)、糖丝菌(Saccharothrix)、拉塞氏杆菌(Rathayibacter)、微球菌(Micrococcus)、诺卡氏菌(Nocardia)、克里贝拉(Kribbella)等6种稀有菌属。  相似文献   

砾间接触氧化反应器中细菌多样性评价     

林山杉  金玉花  付丽丽 《地理科学》2007,27(6):849-852

采用分子生物学手段,通过构建16S rDNA基因文库,对新型剩余污泥减量化处理系统——砾间接触氧化反应器中细菌多样性进行了系统发育分析;通过多样性指数、丰富度指数、均匀度指数及优势度指数,对细菌多样性及优势菌种富集状况进行了系统评价。结果表明:共有80个克隆子,分别代表29个OTU,用于系统细菌分析。其中,石球外膜46个克隆子(17个OTU),石球内泥34个克隆子(12个OTU)。生物膜中细菌多样性及优势菌种富集状况均好于孔隙内泥中的细菌。  相似文献   

南海西沙海槽沉积物细菌多样性初步研究   总被引：9，自引：1，他引：8  

李涛  王鹏  汪品先 《地球科学进展》2006,21(10):1058-1062

对来自南海西沙海槽的深海沉积物进行总DNA提取,并构建细菌16S rDNA文库。细菌16S rDNA系统发育分析表明沉积物中细菌分属4个类群：变形杆菌(Proteobacteria)、浮霉菌(Planctomycene)、低G+C含量革兰氏阳性菌和放线菌(Actinobacteria),它们分别占总体的49%、22%、22%和7%。Proteobacteria类群又以δ Proteobacteria亚群占优势,其他分属α 和γ Proteobacteria亚群。Planctomycene和低G+C含量革兰氏阳性菌两个常见于浅海的类群,在西沙海槽沉积物的丰度高于其他深海沉积物,可能是随沉积物被浊流搬运至海槽。  相似文献   

日照贝类养殖区海水微生物群落结构特征及其影响因素     

黄文豪  刘婷  郑明刚  高萍  杜光迅  曲凌云 《海洋科学进展》2023,(2):295-308

微生物群落结构和组成差异是反映海洋生态系统环境健康的有效指标,对生态环境监测和管理具有重要意义,同时可以为水产养殖活动提供启示。本文针对日照某贝类养殖区及非养殖区水体环境的微生物群落结构进行了测序和分析,并探讨了环境因子对微生物群落结构和多样性的影响。结果显示,变形菌门（Proteobacteria）是养殖区海水的优势细菌类群,其次是蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）。养殖区表层海水中蓝细菌门的相对丰度（P=0.003）以及8 m深度水层中变形菌门的相对丰度（P=0.027）显著高于非养殖区。微生物多样性分析表明,4月至11月养殖区表层及8 m水层的微生物Shannon指数范围分别为5.59～6.92和5.33～7.08,与非养殖区无明显差异,但养殖区的微生物丰富度指数（表层Chao1=1 088.86,8 m深度水层Chao1=1 158.77）略低于非养殖区（表层Chao1=1 108.63,8 m深度水层Chao1=1 210.30）。典型相关性分析（CCA）和Spearman相关性分析结果表明,温度（P=0.003）、盐度（P=0....  相似文献   

Partial function prediction of sulfate-reducing bacterial community from the rhizospheres of two typical coastal wetland plants in China     

Xiaoyue SONG  Jiangning ZENG  Yi ZHOU  Quanzhen CHEN  Hongsheng YANG  Lu SHOU  Yibo LIAO  Wei HUANG  Ping DU  Qiang LIU 《海洋湖沼学报（英文）》2021,(1):185-197

Sulfate-reducing bacteria(SRB)are ubiquitous anaerobic microorganisms that play signifi cant roles in the global biogeochemical cycle.Coastal wetlands,one of the major habitats of SRB,exhibit high sulfate-reducing activity and thus play signifi cant roles in organic carbon remineralization,benthic geochemical action,and plant-microbe interactions.Recent studies have provided credible evidence that the functional rather than the taxonomic composition of microbes responds more closely to environmental factors.Therefore,in this study,functional gene prediction based on PacBio single molecular real-time sequencing of 16S rDNA was applied to determine the sulfate-reducing and organic substrate-decomposing activities of SRB in the rhizospheres of two typical coastal wetland plants in North and South China:Zostera japonica and Scirpus mariqueter.To this end,some physicochemical characteristics of the sediments as well as the phylogenetic structure,community composition,diversity,and proportions of several functional genes of the SRB in the two plant rhizospheres were analyzed.The Z.japonic a meadow had a higher dissimilatory sulfate reduction capability than the S.mariqueter-comprising saltmarsh,owing to its larger proportion of SRB in the microbial community,larger proportions of functional genes involved in dissimilatory sulfate reduction,and the stronger ability of the SRB to degrade organic substrates completely.This study confi rmed the feasibility of applying microbial community function prediction in research on the metabolic features of SRB,which will be helpful for gaining new knowledge of the biogeochemical and ecological roles of these bacteria in coastal wetlands.  相似文献   

黄海西部细弱刚毛藻（刚毛藻目，绿藻门）的表型可塑性与分类——暗示基因序列作为DNA条形码的可行性     

黄冰心  滕林宏  姜晶晶  丁兰平 《海洋学报(英文版)》2020,39(10):162-170

由于广泛的形态可塑性，导致刚毛藻属物种的分类仍存在不确定性。作为分布较广的物种之一，细弱刚毛藻已报道了许多变异类型，这为对其鉴定造成了困难。针对这个问题，本研究通过采集于黄海西部相似于细弱刚毛藻的9个样品，分析了它们的形态多样性。一些样品具有明显的可变鉴定特征，难于利用形态分类准确鉴定。因此，采用18S rDNA和 ITS序列对它们进行了分子鉴定。其中，样品的18S rDNA序列相似度为99.6%-100%，而ITS的为98.7% -100%。分子数据强烈地支持了形态可变的样品可准确定位为细弱刚毛藻。通过对样品分类特征的比较分析发现，作为分类标准的分枝方式和密度、藻体颜色、藻体高度和质地受环境影响和藻体成熟度而发生较大变化。此外，作为相对稳定的特征，细胞大小在种内水平上也常发生变化。18S rDNA和ITS序列在本种鉴定上的成功应用，表明以DNA条形码为基础的基因序列分析可作为传统形态分类学强有力的辅助方法。  相似文献   

承德地区两温泉中古细菌基因型多样性分析     

郝春博  张丽娜  李思远  周训  冯传平  方斌 《现代地质》2011,25(6):1207-1213

通过构建16S rDNA克隆文库,对承德地区两个不同温度的温泉中古细菌的基因型多样性进行了分子生态学研究。结果表明:山湾子温泉(A12)74.5℃热水中的古细菌主要分属泉古菌门(Crenarchaeota)和广古菌门(Euryarchaeota)两个门;七家温泉(A14)61.4℃热水中的古细菌则只属于泉古菌门,没有广古菌门微生物的分布。样品A12中的古细菌序列只可分为3种基因型,而A14中的古细菌序列可分为10种基因型。古细菌多样性的差异表明,温度是影响温泉中古细菌多样性水平的重要因素。样品A12中古细菌群落具有厌氧发酵乙酸产甲烷的生理功能,而A14中大多数古细菌均与氨氧化古菌有密切的亲缘关系,其主要生理功能为好氧氨氧化。  相似文献   

一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种的分子系统学研究          下载免费PDF全文

朱霞  甄毓  于志刚 《海洋学报》2011,33(1):153-162

对一株分离自胶州湾的裸甲藻形态相似种(Gymnodinium sp.ZX)进行了分子水平的分类鉴定.提取基因组DNA后扩增核糖体小亚基和转录间隔区序列,经纯化、克隆并测序.将获得的序列分别进行Blastn同源性分析,并下载相关序列构建系统进化树,结果表明,该藻与共生藻(Symbiodinium)亲缘关系较近,而与裸甲藻...  相似文献   

海洋贝类附生细菌区系分析及弧菌拮抗菌的筛选     

张柯  丁翠玲  张栋 《海洋科学》2011,35(7):26-29

对中国威海近海海域的紫贻贝、牡蛎、花蛤、毛蛤、扇贝、海兔等6种海洋贝类的附生细菌进行了分离培养,筛选得到100株细菌。从中选出45株有代表性的菌株,克隆其16SrDNA序列,进行分子鉴定。结果表明,这些细菌分布在 Arthrobacter, Bacillus, Bizionia, Brevundimonas, Cell...  相似文献   

一株海洋细菌MZ0306A1的16SrDNA扩增及序列分析          下载免费PDF全文

闵怀  黄备  刘小宇  许强芝  唐静亮  胡颢琰  王婕妤 《海洋科学》2008,32(10)

PCR技术应用于环境监测具有快速、灵敏、准确、简便、特异性强等特点，被广泛应用于水体、气体和土壤的环境污染监测中。将此方法应用于海洋细菌监测中，从浙江南部沿海表层海水中分离到一株海洋细菌MZ0306A1，利用细菌通用引物对其16SrDNA进行扩增。琼脂糖凝胶电泳检测目的DNA片段约为1．5kb。测序后将所测得的序列在NCBI网站中进行相似性搜索，得到该细菌的结果与Halomonas variabilis strain DSM 3051的相似性最高，为97％，故命名为嗜盐单胞菌属。该细菌的16SrDNA序列已经提交GenBank，序列收录号为EU124745。  相似文献