缢蛏HAT基因家族的全基因组鉴定及在环境因子、细菌胁迫下的表达分析     

练佳莹  吕丽媛  姚韩韩  董迎辉  林志华 《海洋与湖沼》2022,53(2):475-485

组蛋白乙酰化酶(histone acetyltransferases, HATs)在机体发育和环境胁迫响应的调控中发挥着重要作用,但在海洋贝类中研究极少。缢蛏(Sinonovacula constricta)作为典型的滩涂双壳贝类,经常面临多种极端环境和细菌胁迫的挑战,基于全基因组和转录组数据系统分析了缢蛏HAT基因家族(ScHATs)的系统发育关系,以及它们在不同发育时期、不同环境因子和细菌胁迫下的表达模式。结果共鉴定出11个ScHATs基因,根据序列同源性分为GNAT、MYST和p300/CBP三类,每个亚家族中几乎所有的HAT都具有特定的保守结构域和保守基序。基因表达谱和qRT-PCR分析显示,ScHATs在幼虫发育前期表达量普遍高于发育后期;在氨氮胁迫下,ScKAT2B、ScKAT8、ScKAT9-2、Scp300在鳃中的表达量显著变化(P<0.05);在高温胁迫下,ScHATs在鳃和肝胰腺中表现出相似的表达模式,而Scp300在肝胰腺中的表达量显著降低(P<0.05);在副溶血弧菌胁迫下,ScHATs的表达均出现显著上调(P<0.05)。综上结果提示, Sc...  相似文献   

BS-GEP算法在水利遥感图像分类中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

林丹  吴卫宏 《测绘科学技术学报》2015,(4):401-404

在地物环境状况较为复杂时传统基于统计学遥感分类算法难以得到较高的分类精度。针对这一问题,这里将基于分组策略的改进基因表达式编程算法(BS-GEP)应用到遥感图像分类问题中,避免传统的基因表达式编程算法由于种群多样性破坏引起局部收敛,解决地物状况复杂时难以得到较高分类精度的问题。实验结果表明:基于分组策略的基因表达式编程算法的分类器提取的分类规则能转为数学表达式形式并能获得较高的分类精度,与基因表达式编程算法(GEP)相比分类结果混淆程度相对较低,与最大似然法相比分类结果相对清楚,模型分类精度达到93%。  相似文献   

三疣梭子蟹几丁质酶基因克隆鉴定及在低盐胁迫和蜕皮周期中的表达分析     

张凤  吕建建  刘萍  高保全  李健  陈萍 《海洋与湖沼》2015,46(4):948-957

几丁质酶在甲壳动物中参与多个生物学进程,发挥重要作用。本研究采用RACE技术,克隆获得总长为3694 bp的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶基因全长c DNA序列,命名为Pt Cht基因。该基因5′和3′非编码区分别为200bp和455bp,开放阅读框为3039bp,推测编码1012个氨基酸,预测分子量为113.4k Da,理论等电点为6.289。生物信息学分析表明,Pt Cht基因含有2个催化结构域和1个几丁质结合结构域Cht BD2,催化结构域具有几丁质酶第18家族的保守基序MotifⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ;同源性和系统进化分析表明,三疣梭子蟹Pt Cht基因与亚洲玉米螟(Ostrinia furnacalis)Cht的同源性最高;荧光定量RT-PCR分析表明,Pt Cht基因在各组织中均有表达,而在眼柄和表皮中的相对表达量较高。Pt Cht基因在蜕皮周期中的表达规律表明,Pt Cht基因在不同蜕皮时期存在明显变化,在表皮中先下调后上调;在眼柄中,呈整体上调趋势。通过分析Pt Cht基因在低盐胁迫进程中的表达规律发现,低盐胁迫可显著改变Pt Cht基因在鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先下降后上升最后下降的表达趋势。该研究结果表明Pt Cht基因在三疣梭子蟹蜕皮发育和渗透压调节中发挥重要作用,为深入研究三疣梭子蟹和其它甲壳动物几丁质酶的功能提供了重要信息。  相似文献   

日本沼虾(Macrobrachium nipponense)组蛋白酶B基因克隆及其在组织和卵巢发育过程中的表达     

赵卫红  陈立侨  王资生  张凤英  齐志涛 《海洋与湖沼》2015,46(4):862-869

组蛋白酶B广泛存在于生物体内,与免疫、消化和繁殖等生理功能息息相关。为了研究组蛋白酶B在甲壳动物体内的作用尤其在卵巢发育过程中的作用,本研究采用3’RACE和5’RACE技术,首次克隆获得日本沼虾(Macrobrachium nipponense)组蛋白酶B(简称Mn CB)基因c DNA全长,并采用实时荧光定量(q PCR)测定了Mn CB在日本沼虾不同组织中和卵巢发育过程中m RNA的表达量。序列结果分析表明:Mn CB序列含有12 bp的5’-UTR,996 bp的ORF和702 bp的3’-UTR。ORF共编码331个氨基酸的多肽,此多肽由16个氨基酸的信号肽、63个氨基酸的前导肽和252个氨基酸的成熟肽组成,其理论p I为6.36,分子量为36.5KDa。q PCR的结果表明:Mn CB在测定的所有组织中均有表达,在心脏中表达量最高,肌肉、肝胰腺和胸神经节中表达量中等,肠、鳃和血细胞中的表达量较低。Mn CB的表达量在卵巢的发育过程中逐步升高,卵巢发育至初级卵黄发生期(Ⅲ期)Mn CB的表达量显著增加(P0.05),次级卵黄发生期(Ⅳ期)表达量继续增加,并增至最大值,Ⅳ期与Ⅲ期表达量差异不显著(P0.05),成熟期(V期)表达量显著下降(P0.05)。上述研究结果表明Mn CB广泛存在于日本沼虾的组织中,并且参与卵黄蛋白原或卵黄蛋白的水解。  相似文献   

水杨酸和茉莉酸甲酯对高温龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)理化及基因表达的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

王重彬  邹同雷  孙雪  汪芳俊  徐年军 《海洋与湖沼》2015,46(5):1132-1138

本文研究了两种抗逆植物激素——水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(MJ)对高温胁迫龙须菜的生长、脯氨酸和丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)、碳酸酐酶(CA)、硝酸还原酶(NR)活性及4种相关基因表达的影响。结果表明,100μmol/L SA(SA100)、50μmol/L MJ(MJ50)、50μmol/L SA+25μmol/L MJ(SA50/MJ25)实验组对龙须菜生长促进作用较大,其相对生长速率分别为对照组的1.78、1.65和1.29倍。这3个处理组均可提高龙须菜脯氨酸含量,其中SA100作用最强;对MDA含量的降低程度以SA50/MJ25组最强。SA100增强SOD和CA活性的作用最大,而MJ50可增强NR活性。SA100处理HSP70、Mn SOD、CA和NR基因表达量分别为对照组的2.04、4.65、2.15和1.58倍,MJ50处理后Mn SOD、CA和NR基因表达量则分别降为对照组的0.47、0.50和0.46倍,而SA50/MJ25则促进了HSP70基因表达,降低了CA和NR基因表达。本研究表明SA和MJ可以缓解高温胁迫对龙须菜的不利影响,其中以SA100的作用最大,MJ50作用最小。  相似文献   

日本囊对虾一种具有双结构域的新型C-型凝集素的分子特性和表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

ZHANG Man  MAO Yong  WANG Jun  FENG Wenrong  SONG Xiaohong  SU Yongquan 《海洋学报(英文版)》2015,34(2):74-83

  相似文献   

咖啡香气的奇妙疗效     

《海洋世界》2008,(7):9-9

对于一个工作繁忙、缺少睡眠的人来说．一杯热咖啡通常会起到提神醒脑、恢复活力的作用。然而，一个科学小组的研究结果表明，仅仅是咖啡那浓郁、温暖的香气便可引起大脑的反应!该小组在大鼠身上进行实验，他们发现咖啡香气可诱使许多基因表达。有助干减轻缺少睡眠而带来的压力。负责该研究的科学家表示，从前的研究集中于咖啡组分对人类健康的影响，而此项研究是首次阐述咖啡香气的效用的。缺少睡眠所导致的压力会损伤大脑神经细胞，而咖啡香气恰恰可以保护神经细胞免受损伤。  相似文献   

Characterization of SNAP-25 gene from marine teleostean, Lateolabrax japonicus     

陈魁  黄晓航  柴迎梅 《中国海洋湖沼学报》2007,25(4):378-385

The t-SNARE protein SNAP-25 (synaptosome-associated protein of 25 kDa) plays an essential role in regulating fusion between the vesicle and plasma membranes during exocytosis. To clone and characterize SNAP-25 gene, the first step in the functional study of SNARE proteins in marine teleostean, was to obtain the cDNA of sea perch SNAP-25 (SPsn25) by RT-PCR and RACE-PCR amplification of a Japanese sea perch. The full-length cDNA of 831bp contains a CDS of 615 bp, coding 204 amino acid residues, and a 5′UTR of 219bp. Bioinformatic analysis revealed that SPsn25 corresponds with SNAP-25a isoform and shares 91.1% identity with SNAP-25a of a goldfish and a zebrafish. The SPsn25 expression in both mRNA and protein levels in the Japanese sea perch had been identified through semi-quantitative RT-PCR and Western Blot assay. Together, these data again confirmed the nerve tissue specificity of the fish SNAP-25 gene expression.  相似文献   

Key genes expression of reductive tricarboxylic acid cycle from deep-sea hydrothermal chemolithoautotrophic Caminibacter profundus in response to salinity, pH and O₂     

HE Peiqing  LIU Yan  YUE Wenjuan  HUANG Xiaohang 《海洋学报(英文版)》2013,32(2):35-41

CO2 fixation pathway of Caminibacter profundus, a chemolithoautotrophic -Proteobacteria from deep-sea hydrothermal vent, was determined and characterized by genetic and enzymatic analyses. Gene expression of key enzymes for CO2 fixation in response to salinity, pH and O2 in Medium 829 were also investigated. The results demonstrate that C. profundus contained aclB, porA and oorA, the genes encoding key enzymes of reductive tricarboxylic acid (rTCA) cycle. However, genes fragments of cbbL and cbbM encoding key enzyme of Calvin cycle were not recovered. Key enzymatic activities of ATP citrate lyase (ACL), pyruvate: ferredoxin oxidoreductase (POR) and 2-oxoglutarate: ferredoxin oxidoreductase (OOR) were also present in C. profundus. The combination of genetic and enzymatic analyses confirm that C. profundus adopted rTCA cycle for carbon assimilation. The results of aclB and oorA relative expressions of C. profundus demonstrate that the ranges of environmental factors for high genes expression were sea salt 3.0%-5.0% (optimum 3.0%), pH 5.0-6.5(optimum pH 6.5), anaerobic to microaerobic conditions (optimum 1.0% O2 ). Gene expression patterns under different conditions show similar patterns with bacterial growth, revealing that key rTCA cycle genes provided molecular basis for bacterial growth and propagation. Our results suggest that C. profundus could regulate key genes of rTCA cycle for carbon assimilation and energy metabolism in response to environmental fluctuations in hydrothermal vent.  相似文献   

Piwi基因参与两性卤虫(Artemia franciscana)的生殖调控研究     

任翊卓  韩学凯  左佳俊  欧阳雪梅  段虎  隋丽英 《海洋与湖沼》2021,52(6):1567-1576

Piwi（P-element induced wimpy testis）基因编码Piwi蛋白,在生殖干细胞的自我更新、减数分裂过程、RNA沉默和转录调控中起重要作用。为探究Piwi基因参与两性卤虫生殖发育的作用,从两性卤虫Artemia franciscana转录组中筛选获得Piwi基因开放阅读框,进行序列分析和结构域预测等生物信息学分析,采用qPCR技术研究该基因在A.franciscana生殖腺发育不同时期表达特征,并利用RNAi显微注射技术探究其功能。生物信息学分析表明,A.franciscana Piwi基因的开放阅读框长2 619 bp,编码872个氨基酸;Piwi基因编码的蛋白分子量为98.11 kDa,等电点为9.50,为碱性亲水性蛋白,无信号肽和跨膜结构;存在Piwi和PAZ结构域及ArgoL1结构域,二级结构以α-螺旋为主,三级结构与之对应;系统进化树显示A.franciscana与蚤状溞和大型溞的Piwi序列相似性最高。qPCR结果表明,Piwi基因在卵巢的卵黄发生晚期和晚期胚胎表达量最高,显著高于卵黄发生早期和早期胚胎（P<0.01）;Piwi基因在精巢的未成熟期表达量最高,显著高于成熟早期、成熟中期和成熟晚期（P<0.01）。RNAi结果显示,该方法能显著降低Piwi基因的表达水平（P<0.01）,并导致A.franciscana所产后代均为休眠卵,说明Piwi基因不但在A.franciscana生殖发育调控起重要作用,而且可能在其繁殖方式决定过程中起关键作用。研究结果为两性卤虫Piwi/piRNA功能和分子机制调控的研究提供了基础信息,将有助于揭示Piwi基因参与调控两性卤虫生殖发育机制。  相似文献