红笛鲷CD40和去除信号肽CD40的原核表达     

樊云霞  简纪常  鲁义善  吴灶和 《广东海洋大学学报》2013,(4)

根据红笛鲷(Lutjanus sanguineus)CD40基因cDNA全长序列设计2对特异性引物,利用RT-PCR技术从红笛鲷头肾组织中扩增出CD40 ORF序列和去信号肽序列,分别与原核表达载体pET-32a(+)相连,构建原核重组表达质粒,命名为pET32-CD40和pET32-△CD40,并分别转化至大肠杆菌Rosetta,经IPTG诱导后,分别于54 ku和53 ku处有清晰的目的蛋白条带。融合蛋白的表达效率最佳的表达条件,pET32-CD40是诱导温度37℃,起始D(600nm)为0.4,IPTG浓度为0.08 mmol/L,诱导5 h;pET32-△CD40是诱导温度37℃,起始D(600nm)为0.6,IPTG浓度为0.10 mmol/L,诱导6 h。在各自优化的表达条件下,pET32-△CD40融合蛋白表达量较pET32-CD40融合蛋白高。RNAstructure软件分析发现,CD40的mRNA 5′端序列形成复杂且较为稳定的二级结构,不利于翻译的起始,表明信号肽序列的存在可能对CD40基因在原核细胞中的表达有一定的影响。  相似文献   

寒武纪大爆发的因果关系     

张兴亮  舒德干 《中国科学:地球科学》2014,(6):1155-1170

寒武纪大爆发是长期受多学科领域关注的基础前沿课题.本文从动物门类的化石首次出现、分异演化时间、环境变化、发育基因调控网路以及生态效应等几个方面来讨论它们与寒武纪大爆发的因果关系.动物门类的化石首次出现时间主要集中在寒武纪的前三个阶(541~514 Ma),体现出突发性、阶段性和不等时性.动物门类分异演化的时间,目前还存在深时分异和浅时分异的争议.控制动物发育的基因调控网络早在动物分异演化之前就已经形成,表明基因调控网络的建立是寒武纪大爆发的前提条件,但不是充分条件.因此,寒武纪大爆发需要环境激发因素.海水氧化还原条件和化学成分的变化以及营养物质的补给是最受关注的环境诱发因素.海洋生态环境内营养物质的富集通常会导致原始生产力的过剩,并不一定直接对应于动物多样性增长.埃迪卡拉纪至寒武纪过渡时期海水的持续氧化、钙和其他离子浓度的变化以及总盐度的降低可能是触发寒武纪大爆发的主要环境因素,但需要更精确的年代地层学、地球化学和动物发育生理学等数据加以验证.很多学者认为寒武纪大爆发是一种生态现象,即后生动物于寒武纪早期在生态上获得空前的成功.生态效应需要大量不同类型的动物来实现.因此,动物与动物之间以及动物与环境之间,复杂生态关系的建立也是寒武纪大爆发的结果而不是原因.不可否认,生态效应的积极反馈作用可以促进生物多样性增长.寒武纪大爆发是由环境变化突破关键约束而导致的以后生动物为主导的海洋生态系统的初次建立,通过"生态雪球"效应连锁反应得以实现.  相似文献   

谱图重排的谱分解理论及其在储层探测中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

武国宁  曹思远  刘建军 《地球物理学进展》2012,27(2):596-602

谱分解理论是把单道地震记录分解为连续的时频谱平面,是地震资料处理和解释的重要技术之一.由于谱分解方法的多解性,所以同一道地震记录因为分解方法不同,得到的时频谱是不一样的.短时傅里叶变换,小波变换,S变换和匹配追踪算法都是对信号开窗分析,这些方法都受到不确定性原理的限制.Wigner-Ville变换避开了不确定性原理的限制,但是交叉项的存在限制了本方法的使用.本文利用谱图重排的时频分析方法(RSPWV)对合成的单道地震记录和实际的地震资料进行了分析.与短时傅里叶变换和匹配追踪算法的比较得出:此方法具有较高的时频分辨率,能够很好地识别气层.  相似文献   

许氏平鮋( Sebastes schlegeli) CYP19B 基因cDNA克隆及在生殖周期中的表达分析     

杨艳平  温海深  史丹  母伟杰  何峰  李吉方 《海洋与湖沼》2012,43(2):370-375

从许氏平鲉脑组织中克隆到细胞色素P450芳香化酶(P450aromB)(CYP19B)基因核心功能区cDNA。结果表明,许氏平鲉CYP19B主要功能区片段编码369个氨基酸,包括I-螺旋区、Ozol’s肽区及部分芳香化酶特异性保守区。RT-PCR分析表明,CYP19B在雌鱼和雄鱼各组织中表达情况不同,在雌鱼中表达较丰富,但是两者都在性腺和脑中有表达,且脑中的表达量高于性腺。生殖季节表达结果表明,CYP19B在繁殖前期表达较为丰富,退化期未见有表达。CYP19B在精巢处于Ⅲ期的许氏平鲉脑组织中表达最为丰富,在精巢发育Ⅳ期的脑组织表达量最低。上述研究结果说明,CYP19B在雌性和雄性许氏平鲉繁殖周期中均发挥重要生理作用。  相似文献   

尾索动物线粒体基因组特征比较及分子系统发育   总被引：1，自引：1，他引：0  

申欣  田美  孟学平  程汉良  李士虎 《海洋科学》2012,36(11):30-37

为全面揭示尾索动物线粒体基因组的基本特征,作者系统分析了12种尾索动物的线粒体基因组全序列,尾索动物线粒体基因组所有的基因均在同一链上编码,这与脊椎动物、头索动物线粒体基因组的基因分布特征显著不同.与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,尾索动物线粒体基因组存在转运 RNA基因的增加以及部分物种 atp8基因的缺失.在尾索动物线粒体基因组中发生了大规模的基因重排,即使在同属物种的线粒体基因组中,也存在主编码基因的基因重排及基因缺失.尾索动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子、终止密码子及氨基酸长度存在明显差异.2个玻璃海鞘(Ciona intestinalis 和 C. savignyi)线粒体基因组12个蛋白质编码基因的 Ka/Ks 比值都低于1(0.0927~0.6752),显示出一定的负选择.在所有的主编码基因中, nad5基因和nad4基因的变异位点最多,可以作为备选的分子标记,用于分析尾索动物不同物种之间的生物多样性.基于线粒体基因组的系统发育分析,支持尾索动物在科级的亲缘关系为:(((柄海鞘科 Pyuridae+芋海鞘科 Styelidae)+(((三段海鞘科Polyclinidae+星骨海鞘科Didemnidae)+簇海鞘科Clavelinidae)+玻璃海鞘科Cionidae))+长纹海鞘科Ascidiidae)+海樽科Doliolidae.  相似文献   

选择性重排FDK算法及其GPU加速优化     

张文昆  闫镔  蔡爱龙  魏峰  邓林  李磊 《CT理论与应用研究》2015,24(3):383-392

FDK算法是目前三维图像重建的主流算法,但是传统重排FDK算法存在占用内存量较大、重建效率不高的问题,本文提出一种选择性重排FDK算法。根据重排前后投影数据的结构关系,计算出一轮重排所加载的最少锥形束投影,并使用循环队列对有限帧数的投影进行选择性加载,显著降低了重建对内存的消耗。此外,利用新算法较好的并行性,借助图形处理单元(GPU)对算法进行了硬件加速,大大提升算法的执行效率。为验证算法有效性,对5123规模的仿真数据和实际数据进行重建,在不损失重建精度的前提下,新算法占用内存约为传统算法的1/3或1/5。本文算法对传统重排FDK算法进行了改进,有效降低了计算机内存占用,较好地解决了大规模投影数据重建问题。   相似文献   

南海北部陆坡表层沉积物氨氧化古菌多样性初探     

刘国辉  吴后波 《热带地理》2016,36(1):108-113

基于南海北部陆坡不同深度梯度3个站位表层沉积物古菌氨单加氧酶基因（amoA）文库,对3个站位氨氧化古菌进行多样性和系统发育学分析。多种方法构建的系统发育树表明：3个站位所有的amoA基因序列都隶属于奇古菌门中Group I分枝内的Group I.1a系群,且各站位之间氨氧化古菌多样性没有明显的差异。501站位黑色砂质沉积物中古菌amoA基因与该站位的16S rRNA基因的系统发育比对显示：这2种基因标记的系统发育树整体上具有潜在的对应关系,说明对样品的氨氧化古菌多样性分析比较全面且可靠;并进一步暗示该样品中氨的硝化作用主要由奇古菌门下的Group I.1a系群来执行。由此可以推测：Group I.1a系群可能在南海北部表层沉积物中氮素的生物地球化学循环过程中扮演重要的角色。  相似文献   

传统村落景观基因在地方认同建构中的作用效应——以侗族村寨为例     

杨立国  刘沛林  林琳 《地理科学》2015,35(5):593-598

将侗族传统村落景观基因识别为鼓楼、萨坛、围鼓楼布局、杉山溪田等的基础上,建构结构方程模型,通过对通道芋头、黎平肇兴、三江高定3个侗寨的272份调查数据分析发现：① 侗寨景观的4个基因均对地方认同建构产生积极作用,且呈现“萨坛>围鼓楼布局>杉山溪田>鼓楼”强弱顺序;② 景观基因在地方认同建构中的作用效应是意向认同>情感认同>认知认同;③ 在地方认同测量模型中,居住时间、出生地、职业、收入、村落发展、教育程度、居民类型、鼓楼、萨坛、围鼓楼布局、杉山溪田等因素对地方认同的影响明显;④ 在个人特征、社会经济、景观基因3个测量模型中,居住时间对个人特征影响最明显,村落发展对社会经济影响最强,萨坛对景观基因感知贡献最大;⑤ 个人特征、社会经济因素共变后通过景观基因感知对地方认同产生间接效应。  相似文献   

施肥对盐沼沉积物微生物生物量和细菌群落组成的影响   总被引：1，自引：1，他引：0  

马悦欣  陶韦  刘长发  刘姣  杨志平  李晋  刘继晨 《海洋学报(英文版)》2017,36(6):80-88

The effects of nitrogen(N) addition on microbial biomass, bacterial abundance, and community composition in sediment colonized by Suaeda heteroptera were examined by chloroform fumigation extraction method, real-time quantitative polymerase chain reaction, and denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) in a salt marsh located in Shuangtai Estuary, China. The sediment samples were collected from plots treated with different amounts of a single N fertilizer(urea supplied at 0.1, 0.2, 0.4 and 0.8 g/kg(nitrogen content in sediment) and different forms of N fertilizers(urea,(NH_4)_2SO_4, and NH_4NO_3, each supplied at 0.2 g/kg(calculated by nitrogen).The fertilizers were applied 1–4 times during the plant-growing season in May, July, August, and September of 2013. Untreated plots were included as a control. The results showed that both the amount and form of N positively influenced microbial biomass carbon, microbial biomass nitrogen, and bacterial abundance. The DGGE profiles revealed that the bacterial community composition was also affected by the amount and form of N.Thus, our findings indicate that short-term N amendment increases microbial biomass and bacterial abundance,and alters the structure of bacterial community.  相似文献   

拟穴青蟹chh基因近端启动子的功能分析          下载免费PDF全文

黄丹萍  张子平  贾锡伟  邹志华  涂传灯  王艺磊 《应用海洋学学报》2017,36(1):087-095

甲壳动物高血糖激素家族在调控甲壳动物的变态发育、生殖、蜕皮、血糖平衡及体内的渗透压平衡等方面起着重要的作用,甲壳动物高糖激素(CHH)是甲壳动物高血糖激素家族中的重要成员.通过Tail-PCR方法克隆获得拟穴青蟹(Scylla paramamosain)chh基因的近端启动子区序列,从翻译起始位点(ATG)起,共657 bp.生物信息学分析结果显示,转录起始位点位于翻译起始位点(ATG)上游第74个碱基(A),在转录起始位点(A)上游31 bp处存在TATA box;核心启动子区位于-41~+9 bp之间,包含在线软件预测的转录起始位点;潜在的转录因子结合位点包括Oct-1、C/EBPalp、GATA-1、Sp1、Ap-1、NF-κappa B、NF-1、RAP1、HNF-3等;目前获得的chh基因启动子区中没有Cp G岛.成功构建了chh基因4个启动子不同长度片段C1—C4,分别位于-583~+205、-388~+205、-286~+205、-46~+205 bp.含启动子不同长度片段的表达载体瞬时转染HEK293T细胞和Sf9细胞后的活性分析表明,在-286~-46、-583~-388 bp区域可能存在负调控基因表达的转录因子结合位点,在-388~-286 bp区域可能存在正调控基因表达的转录因子结合位点.  相似文献