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In this study, the entire mitochondrial DNA （mtDNA） control region （CR） of Pholis fangi was amplified via polymerase chain reaction followed by direct sequencing. The length of the mtDNA CR consensus sequence of P. fangi was 853 bp in length. In accordance with the recognition sites as were previously reported in fish species, the mtDNA CR sequence of P. fangi can be divided into 3 domains, i.e., the extended terminal associated sequence （ETAS）, the central conserved sequence block （CSB）, and the CSB domain. In addition, the following structures were identified in the mtDNA CR sequence of P. fangi：2 ETASs in the ETAS domain （TAS and cTAS）, 6 CSBs in the central CSB domain （CSB-F to CSB-A）, and 3 CSBs in the CSB domain （CSB-1 to CSB-3）. These demonstrated that the structure of the mtDNA CR of P. fangi was substantially different from those of most other fish species. The mtDNA CR sequence of P. fangi contained one conserved region from 656 bp to 815 bp. Similar to most other fish species, P. fangi has no tandem repeat sequences in its mtDNA CR sequence. Phylogenetic analysis based on the complete mtDNA CR sequences showed that there were no genetic differences within P. fangi populations of the same geographical origin and between P. fangi populations of different geographical origins. 相似文献
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鱼类诺卡氏菌病是全球性的鱼病,杀鲑诺卡氏菌(Nocardia salmonicida)是引起鱼类诺卡氏菌病的主要病原之一。根据杀鲑诺卡氏菌16S-23S转录间隔区(ITS)序列设计引物,建立特异性PCR检测杀鲑诺卡氏菌的方法。结果表明,筛选的PCR引物可特异性地扩增出杀鲑诺卡氏菌的ITS片段,检测灵敏度(DNA浓度)为28.3 pg·μL-1。检测人工感染杀鲑诺卡氏菌的鱼组织,结果显示,该方法可从未分离到病原菌的病鱼组织中检出阳性片段,较传统细菌分离鉴定方法更为高效灵敏。 相似文献
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逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）检测5种养殖石斑鱼的神经坏死病毒 总被引：2，自引：0，他引：2
神经坏死病毒(Nervous necrosis virus)是导致多种海水鱼类神经性病害的致病原。发病及死亡的石斑鱼除了表现神经异常症状外，无明显的临床病症，体表及内脏组织也未发现明显病变及寄生虫感染。2003年4～8月，应用逆转录聚合酶链式反应(RT—PCR)技术从福建南部人工养殖的5种石斑鱼即紫石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)、马拉巴石斑鱼(E．malabaricus)、青石斑鱼(E.awoara)、赤点石斑鱼(E.akaara)和云纹石斑鱼(E．moara)中检出5个神经坏死病毒分离株。检测了76份石斑鱼样品，这些石斑鱼NNV病毒的平均感染率约为90％。对这些病毒的RT—PCR产物421bp核酸进行了测序和序列分析，其相同的序列超过99％。将这些序列与GenBank的石斑鱼(Epinephelus spp．)神经坏死病毒相关基因序列作比较，同源性在97％以上。对神经坏死病毒在石斑鱼体内的分布也进行了分析，在脑和眼组织的检出率最高，部分病鱼的肝、脾和肾组织也能检出病毒。结合流行病学特征，可确认神经坏死病毒为该传染病的主要致病原。RT—PCR方法是检测NNV等病原的一种理想的诊断方法。 相似文献
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用逆转录聚合酶链式反应检测草鱼出血病病毒的研究 总被引：4，自引：1，他引：4
于1994年5月-1995年7月，根据已克隆的草鱼出血病病毒GCHV-861株cDNA的部分序列，设计合成了两对PCR引物，采用RT-PCR技术对GCHV-861及GCHV-873两病毒株的dsRNA进行扩增。结果表明，两对引物仅能特异地检测出GCHV-861病毒株核酸的存在，而不能对GCHV-873病毒株的核酸进行特异扩增，该方法最小可检测出0.1Pg纯化的GCHV-861病毒dsRNA;采用该方法对GCHV-861人工感染的草鱼和稀有鲫组织进行RT-PCR检测，不仅能检测到发病期显症病鱼中GCHV-861病毒的存在，还能检测发病前期及愈后无出血病症状的病毒携带者中病毒的存在;利用该方法还从本所关桥实验场出血病流行季节收集的发病草鱼体内检测出GCHV的存在，说明所设计的引物具有一定的实际意义;利用该法还能检测出感染病毒的组织培养细胞系GCK和CIK上清液中GCHV的存在。还建立了简易的模板制备方法，采用该方法整个检测过程只需3-4h，可大大缩短检测时间。由此可见，RT-PCR技术是检测GCHV的快速、灵敏而特异的方法，发展和完善该技术对草鱼出血病的早期诊断和防治、抗病育种具有重要意义。 相似文献
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利用 2步 PCR检测技术对湛江和阳西地区的虾苗进行白斑综合病杆状病毒 ( WSSV)检测。在仔虾 2日龄最早检测到病毒 ,有 2 5%的虾苗带有 WSSV病毒。带病毒虾苗和不带病毒虾苗分别在不同养殖模式的养殖过程中跟踪。前者在湛江湖光镇普通虾塘跟踪养殖 ,它们在变化的环境中容易发病 ,p H、盐度和温度是重要的诱发因子 ,在养殖 50～ 60 d时发病死亡 ;后者在高位池和普通池养殖跟踪 ,它们对变化的环境有较大的适应性 ,养殖时间为 80～ 1 1 0 d,在相对优良的养殖技术条件下大部分可望养殖成功。环境中有 WSSV病原传入 ,不带病毒虾苗在养殖后期可以带有 WSSV病毒 ,出现白斑虾。跟踪的普通池有爆发病害 ,但是时间延后 ,跟踪的高位池没有爆发病害。 相似文献
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PCR-DGGE解析阴离子交换膜生物反应器反硝化过程中微生物群落结构变化 总被引：3，自引：0，他引：3
通过扫描电镜和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法考察了进水NO3-浓度变化对阴离子交换膜生物反应器微生物种群结构的影响。研究结果表明,在进水NO3-浓度从47.01 mg/L逐渐增加到168.55 mg/L的过程中,出水中NO3--N浓度满足我国饮用水水质标准中小于10 mg/L的要求。电镜扫描图显示微生物的形态结构发生了很大变化。对不同阶段的样品进行PCR-DGGE图谱和相似系数分析,发现随着反应的持续进行,微生物种群结构发生了演替变化,证实污泥微生物生态能够迅速进行优胜劣汰的筛选,调整内部微生物种群结构,从而达到适应环境的目的。 相似文献
28.
网箱养殖石斑鱼病毒性神经坏死病流行调查 总被引：1，自引：0，他引：1
厦门海水网箱养殖石斑鱼春、夏季节暴发性疾病经过流行病学调查和病原检测,确认主要病原为病毒性神经坏死病毒,病鱼外观表现典型的神经异常症状。应用逆转录聚合酶链式反应（RT—PCR）技术检测5种石斑鱼：赤点石斑鱼（Epinephelus akaara）、青石斑鱼（E．awoara）、云纹石斑鱼（Emoara）、紫石斑鱼（E．lanceolatus）、马拉巴石斑鱼（E．malabaricus）.检测76条石斑鱼,检出率90％;病鱼的脑、视网膜、肾脏、肝脏、脾脏等组织均能检出神经坏死病毒（NNV）,以脑和视网膜检出率最高,肾脏次之,肝脏、脾脏检出率较少,鳃未检出。 相似文献
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长棘海星(Acanthaster planci)的暴发是导致我国南海乃至印度—太平洋海域珊瑚礁退化的主要原因之一。浮游幼体的密度是决定成体种群是否暴发的重要指标, 但是由于幼体肉眼不可见且不易分辨, 常规调查和显微镜观察均无法有效检测到自然海域的长棘海星幼体, 因此迫切需要开发一种高灵敏性且特异性的长棘海星幼体检测技术。本研究针对长棘海星幼体线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mtCOI, mitochondrial cytochrome oxidase subunit I)基因序列, 建立了基于聚合酶链式反应(PCR, polymerase chain reaction)的长棘海星幼体特异性检测技术, 并对西沙七连屿珊瑚礁海域的长棘海星幼体进行了检测。结果表明, 设计筛选的4对特异性引物均可以扩增长棘海星ApmtCOI基因片段, 且与蓝指海星(Linckia laevigata)、面包海星(Culcita novaeguineae)、粒皮海星(Choriaster granulatus)和吕宋棘海星(Echinaster luzonicus)没有交叉反应。在退火温度为58.5℃时, 引物2aooniF/2aooniR的特异性最佳, 具有较高的灵敏度, 可检测到皮克级的长棘海星基因组DNA。利用该技术检测了西沙七连屿海域长棘海星幼体分布情况, 发现10月底西沙七连屿珊瑚礁海域能检测到长棘海星幼体, 且幼体分布并不均匀。因此, 该检测技术可作为今后长棘海星幼体种群监测的有效方法。 相似文献
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In this study, we examined the effect of elevated temperature on the expression patterns of genes, i.e., nacrein, irr, n16, n19, and hsp70 in the pearl oyster Pinctada fucata. The experiment was carried out at 4 temperatures, i.e., 20℃(ambient, control), 24, 28℃, and 32℃. The expression levels of target genes in P. fucata were assayed at 0, 6, 24, 48, and 96 h via real-time polymerase chain reaction. Results showed that the expression levels of nacrein and irr had no significant variations among different time points below 28℃, but significantly increased over time at 32℃. The expression levels of n16 and n19 did not change markedly at 20℃. The former increased significantly at 6 h and 24 h while the latter substantially decreased during 6–96 h at 24, 28 and 32℃. Among different temperatures, the level of n16 was significantly lower at 20℃ than at other temperatures during 6–96 h, and the level of n19 significantly varied among different temperatures at 48 h and 96 h. The expression level of hsp70 was significantly higher at 32℃ than at 20, 24 and 28℃ at 24 h. These results demonstrated that elevated temperature impacted the physiological processes of P. fucata and potentially influenced its adaptability to thermal stress. 相似文献