南海海域红斑后海螯虾(Metanephrops thomsoni)的分子识别与群体遗传分化     

范艳波  王中铎  郭昱嵩  颜云榕  刘楚吾 《海洋与湖沼》2013,44(1):220-225

利用16S rRNA基因序列分子识别红斑后海螯虾,然后对海南附近海域(18°30′-19°00′N,111 °30′-112°30′ E)、北部湾口海域(15°41′ N,110°40′ E)和南沙群岛海域(5°20′-5°29′N,110°09′-111°26′E)三个地理群体进行ITS1的扩增测序.16S rRNA基因序列的结果表明所取样本准确;三个地理群体分别得到616-623bp、619bp和614bp的ITS1全长序列,A、G、T、C含量平均分别为22.3％、29.4％、17.8％和30.6％;其中562个保守位点,39个多态位点.ML和NJ聚类分析显示三个地理群体共聚为三个大支,其中海南群体有群体分化.表明红斑后海螯虾三个地理群体分化极其显著,且海南群体具有相对高的遗传多样性.  相似文献   

棘皮动物线粒体基因组的基因重排、分子标记及系统发生分析     

申欣  田美  孟学平  程汉良  阎斌伦 《海洋学报》2013,35(5):137-146

棘皮动物(echinoderms)是海洋生境中所特有的无脊椎动物重要类群,本文全面比较分析了棘皮动物29个物种的线粒体全基因组。线粒体基因组主编码基因的分析结果显示,海胆纲Echinoidea和海参纲Holothuroidea物种的基因排列完全相同;海星纲Asteroidea物种之间的基因排列也完全相同,然而与海胆纲、海参纲相比,存在一个长片段的倒位。海百合纲Crinoidea的栉羽星Phanogenia gracilis和花形羽枝Florometra serratissima主编码基因的基因排列完全相同,地中海海羊齿和海百合Neogymnocrinus richeri与此相比,均存在一个蛋白质编码基因(nad4L)的易位。蛇尾纲Ophiuroidea真蛇尾目Ophiurida的3个科(阳遂足科Amphiuridae、辐蛇尾科Ophiactidae和栉蛇尾科Ophiocomidae)主编码基因的基因排列完全相同,而同属于真蛇尾目,另外一个科(真蛇尾科Ophiuridae)的白色真蛇尾Ophiura albida和灰色真蛇尾Ophiura lutkeni,与同目的前3个科相比,存在3个蛋白质编码基因(nad1、nad2和cob)的倒位。蛇尾纲蔓蛇尾目Euryalida的海盘Astrospartus mediterraneus,与真蛇尾目5个线粒体基因组相比,存在主编码基因的重排。棘皮动物线粒体单基因的变异位点特征显示,nad5、nad4和nad2基因是理想的分子标记基因。基于29个线粒体基因组的氨基酸序列,通过两种方法(邻接法和最大似然法)所构建系统发生树的拓扑结构完全一致。支持其下分的5个纲(蛇尾纲、海参纲、海胆纲、海星纲和海百合纲)均为单系群。线粒体基因组的数据支持棘皮动物动物在纲层次的亲缘关系为:(((海胆纲+海星纲)+海参纲)+蛇尾纲)+海百合纲,海百合纲作为棘皮动物中最为古老的类群,位于系统发生树的根部。基于线粒体基因组构建的系统发生树,支持所有的科均为单系群;综合系统发生树及主编码基因的基因重排分析,均支持真蛇尾目并非单系发生,真蛇尾目的有效性还值得今后深入研究。  相似文献   

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)双链RNA依赖的蛋白激酶R(PKR)基因克隆和实时定量表达分析     

沙珍霞  王启龙  李敏  公光业  梁卓  陈松林 《海洋与湖沼》2013,44(4):1024-1032

采用RACE方法克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)PKR基因(CsPKR), 获得了CsPKR全长cDNA序列为2907bp, 其中包含1959bp的开放阅读框, 100bp的5′非编码区和848bp的3′非编码区。保守结构域分析显示推导的CsPKR氨基酸在N端存在两个特异的dsRBD(dsRNA binding domain dsRBD)结构域, 在C端具有多个保守的激酶活性位点, 包括ATP结合位点和底物配体结合位点, 以及活性环结构A-loop。系统进化树分析显示鱼类、两栖类、鸟类及哺乳类的PKR具有共同的进化起源, CsPKR与牙鲆PKR的亲缘关系最为密切。荧光定量PCR结果显示, CsPKR基因在健康鱼多个组织中广泛表达, 在脑中的表达最高, 头肾中表达最低。经鳗弧菌和淋巴囊肿病毒分别感染后, CsPKR基因在免疫相关组织中呈现上调表达趋势, 其中感染鳗弧菌12h后在血液中表达量较对照组上升了9.28倍, 在感染淋巴囊肿病毒24h后, 在肝脏中的表达达到最大, 为对照组的9.97倍。以上结果暗示CsPKR基因在半滑舌鳎响应细菌和病毒免疫应答中起重要作用。  相似文献   

西太平洋深海沉积物古菌多样性分析     

王峰  萨仁高娃  王峰  马学恩 《地质学报》2010,84(8):1105-1111

以提取并纯化的西太平洋深海沉积物DNA为模板,利用古菌PCR特异性引物扩增出样品中古菌的16S rDNA片段,构建其克隆文库,建立阳性克隆子RFLP(Restriction Fragment Length Polymor-phism)酶切图谱。据酶切图谱对所获得的90个克隆进行测序,并与数据库中的序列进行比对,从而进行古菌的多样性和系统发育分析。结果表明,沉积物中扩增的16S rDNA古菌序列分别来自泉古生菌(Crenarchaeota)和广古生菌(Euryarchaeota),以Marine Benthic Group B (11.8%)、Marine Benthic Group D (13.6%)、Marine Crenarchaeotic Group (68.69%)为主。少量序列为South African Gold Mine Euryarchaeotic Group (1.07%)、Deep-Sea Hydrothermal Vent Euryarchaeotic Group (1.61%)、UIIB（1.25%）、VALIII（1.79%）、Marine Benthic Group E (0.18%)。以上结果表明西太平洋深海沉积物中有丰富多样的古菌群落。  相似文献   

微量水δ(~(17)O)和δ(~(18)O)CoF_3法线外同时测试新技术     

余婷婷  甘义群  刘存富  李小倩  刘运德  蔡鹤生  周爱国  周建伟 《地质科技情报》2010,29(1)

三氧同位素(16O、17O、18O)组成特征可有效示踪天然水循环及其环境效应,微量水δ(17O)和δ(18O)CoF3法同时测试新技术的建立,可为三氧同位素定量研究提供有效的分析手段,特别是能够捕捉到像光合作用、呼吸作用等生物过程中发生的同位素分馏现象。在国内首次建立了微量水δ(17O)和δ(18O)CoF3法线外同时测试新技术,样品量仅需2μL,整个制样时间约40min。采用在质谱测试前对待测样品在100℃下预热10 min,待O2完全解吸后再进行质谱测试的方法,避免了制样和测试过程中的记忆效应及分馏效应,δ(17O)和δ(18O)的分析精度分别达到±0.07‰和±0.14‰。该法使用固体试剂CoF3替代了剧毒的气态氟化物BrF5,使得制样流程更加安全可靠且样品量少,适用性强,具有很大的推广应用价值。  相似文献   

两种混养方式对异枝江蓠(Gracilaria bailinae)生长性能、表面附生细菌群落及抗生素抗性基因的影响     

李雯  张明清  赖星星  张翠萍  覃伟健  杨金霖  朱雅婷  舒琥 《海洋与湖沼》2022,53(1):235-246

为揭示"鱼-藻"和"鱼-虾-藻"混养对异枝江蓠(Gracilaria bailinae)生长性能、表面附生细菌群落和抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的影响,阐明异枝江蓠表面附生细菌群落与生长性能、ARGs之间的关系,利用16S rDNA高通量测序技术和Real-time qPCR技术分析了异枝江蓠表面附生细菌群落和ARGs的组成与差异,冗余分析(RDA)探讨细菌群落与生长性能、ARGs之间的关联。结果表明:(1)"鱼-虾-藻"混养会促进异枝江蓠的生长性能,增加表面附生细菌群落的多样性。(2)异枝江蓠表面附生细菌群落主要属于变形菌门、蓝藻门、浮霉菌门和拟杆菌门,不同混养方式中优势菌属组成不同,"鱼-虾-藻"混养优势菌属多样性较高。(3)"鱼-虾-藻"混养的异枝江蓠ARGs/MGEs的相对丰度大多高于"鱼-藻"混养。(4)RDA分析表明,生长性能主要与Ralstonia、Blastopirellula等显著相关,ARGs/MGEs主要与Nitrosomonas、Alteromonas、Pleurocapsa;CC-7319等显著相关。"鱼-虾-藻"混养能够增强异枝江蓠的生长性能,提高异枝江蓠表面附生细菌群落的多样性。但"鱼-虾-藻"混养能够增加异枝江蓠ARGs/MGEs的相对丰度,存在一定的生态风险。因此,在注重经济效益的同时也要关注可能存在的对人类健康的危害。研究结果将有助于海水养殖环境的优化,为大型海藻在海水养殖业中的应用与推广提供理论基础。  相似文献   

大口黑鲈(Micropterus salmoides)致病性维氏气单胞菌的分离鉴定及其特性分析     

雷宁  郝贵杰  黄爱霞  王雨辰  林锋  沈小明  朱俊杰 《海洋与湖沼》2022,53(5):1180-1188

大口黑鲈(Micropterus salmoides)是我国重要的淡水养殖经济鱼类品种,目前包括细菌性疾病在内的诸多因素影响了其养殖业的健康发展。维氏气单胞菌是引起淡水鱼败血症和溃疡综合征的重要病原菌。从患病大口黑鲈肝脏组织中分离到1株病原菌,通过形态学观察、生理生化特性分析、16S rRNA序列和特定毒力基因分析对其进行鉴定,并通过人工回归感染试验和药敏试验分析其致病性和耐药性。结果表明该菌为致病性维氏气单胞菌(Aeromonas veronii),含有aer、act、lip、fla、gcaT和OMPA I等毒力基因;药敏试验显示其对头孢曲松、氯霉素、氟苯尼考、强力霉素、四环素、多粘菌素、复方新诺明、左氟沙星等8种抗生素高度敏感,对新霉素、恩诺沙星、庆大霉素、链霉素、阿齐霉素、环丙沙星等6种抗生素中度敏感,对其他8种抗生素具有一定耐药性;人工回归感染实验表明该菌具有较高的致病性,对大口黑鲈的半致死浓度为1.4×10⁶ CFU/mL。维氏气单胞菌是水产养殖中的条件性致病菌,研究结果揭示了该菌株的部分生物学特性,有利于丰富维氏气单胞菌属的基础数据,同时也为鲈鱼养殖过程中的病害防控提供了一定的参考依据。  相似文献   

长牡蛎繁殖期糖原含量与类胰岛素基因表达的相关性分析     

苗校静  邓少熙  李良恒  许飞 《海洋科学》2022,46(10):1-12

为探究长牡蛎在繁殖期间的糖原含量与类胰岛素基因(cgMIP123、cgMIP4、cgMILP7、cgILP)和相关转录调控因子(cgPdx)相对表达量的相关性,自2020年5月至2020年10月采集了山东胶南养殖海区的长牡蛎,测定了血糖含量、糖原含量、条件指数、类胰岛素基因相对表达量及环境因子(酸度、温度、盐度)等数据,采用多元统计方法对数据进行分析。logistic回归分析结果显示,长牡蛎配子排放前后血糖含量和内脏团糖原含量具有显著差异。构建的回归模型可以通过血糖含量和内脏团糖原含量准确判断配子是否已经排放,区分度C-index为0.903,Hosmer-Lemeshow拟合优度检验χ²值为9.06,P>0.05,验证结果显示该模型可靠。多元线性回归分析结果显示:条件指数与cgMIP123和cgMIP4基因的相对表达量具有相关性,R²为0.91,P值为0.0076,极显著相关;内脏团和唇瓣组织的糖原含量与ILPs和cgPdx相对表达量具有一定的相关性,其中cgMILP7的相对表达量与内脏团和唇瓣组织的糖原含量呈负相关,cgPdx相对表达量与唇瓣组织的糖原含量呈负相关,cgMIP4和cgILP的相对表达量与糖原含量呈正相关。  相似文献   

地名文化景观基因信息链与仿生模型构建——以南海诸岛地名为例     

王涛  武友德  李灿松  李君  陈长瑶  葛旭瑞  刘宇斯 《世界地理研究》2023,(10):28-40

地名作为一种既可悟又可视的文化景观,是地域文化在地表的凝结与保留,为了延续南海蓝色地名文化,以南海诸岛地名为例,基于景观基因理论在建立南海诸岛地名文化景观基因编码信息链和基因谱系的基础上,构建南海诸岛地名文化景观基因DNA双螺旋仿生模型。研究发现：(1)南海诸岛地名文化景观基因类似于时空演化下的“遗传”优势,表现为基因信息链上自然类基因与人文类基因的融合,凸显中国多元文化基因的优势;(2)南海诸岛地名文化景观基因谱系呈现独特的“琼人俗名”根性四维,印证了南海渔民在渔业生产和航海实践不断发展进程中海洋文化的赓续;(3)南海诸岛地名文化景观基因分长时性遗传形DNA、暂时性变异形DNA和韧性复合形DNA,显示了中国地名文化景观基因母链DNA在遗传和表达上“名从主人”的原则。本文研究可为南海诸岛地名文化景观基因信息有效传承和存储,以及维护中国领土主权完整与安全提供理论借鉴。  相似文献   

基于Ripley’s K函数浙江城市空间格局及其影响分析     

葛莹  朱国慧  王华辰  赵慧慧 《地理科学》2014,(11):1361-1368

以Ripley′s K函数为核心,通过城市区位与规模联立估计、地理权重引入、全局函数分解等手段,研究2001~2010年浙江省已有县级及以上城市空间分布的总体及局部估计问题,探讨城市空间格局与特征,以期揭示边界效应和市场潜力对浙江城市空间格局的影响机理。结果表明:1浙江省城市区位与规模的空间格局不一致,即前者是分散分布而后者是集聚分布,且随着空间尺度的增加,其分散或集聚程度逐步加强。2无论是行政边界还是海岸线,对浙江省城市区位与规模的空间分布演化有一定的负向作用。空间尺度越大,边界负效应越强。3在城市化发展过程中,浙江形成了3个各具产业特色的块状组团式城市聚集区,但边界负效应会抑制它们的发展,此时杭州、宁波将承担起服务全省经济的重要职责。4浙江城市规模因受市场潜力因素的影响会出现空间分布不均衡性。城市规模与市场潜力显著正相关,其程度却随着空间尺度的增加而减小。  相似文献