Differential gene expression in mummichogs (Fundulus heteroclitus) following treatment with pyrene: comparison to a creosote contaminated site     

Roling JA  Bain LJ  Baldwin WS 《Marine environmental research》2004,57(5):377-395

Mummichogs, Fundulus heteroclitus, an estuarine fish with a relatively small home range found along the eastern coast of the United States are well-suited to monitoring contaminant effects, including those of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). One of the common PAHs in estuaries is pyrene. We report here on efforts to develop multiple biomarkers of pyrene exposure in this species. Adult male mummichogs were exposed in the laboratory to the weak aryl hydrocarbon receptor (AhR) agonist pyrene at 0, 30, or 50 microg/L in 7-day static renewal exposures. The RNA was extracted from livers and alterations in mRNA expression were assessed by subtractive hybridization and differential display in order to produce multiple biomarkers of pyrene exposure. Genes demonstrating differential expression were confirmed by quantitative-PCR (Q-PCR) and include cytochrome P-450 1A (CYP1A), a putative hepatocyte growth factor activator, a X-ray inducible retrotransposon, and several expressed sequenced tags (ESTs). Some of these genes represent new biomarkers of pyrene exposure and potential biomarkers of PAH exposure. Therefore, similar changes were investigated at a Superfund site in Charleston, SC. Mummichogs from a creosote contaminated site and from a reference site (North Inlet National Estuarine Research Reserve near Georgetown, SC) were trapped, RNA extracted from the livers, and Q-PCR performed. Many of the genes differentially expressed following pyrene exposure were not altered at the creosote contaminated site in comparison to the reference site. However, CYP1A and an EST were induced. CYP1A induction at Diesel Creek indicates that this population of fish does not demonstrate refractory CYP1A phenotypes observed at several sites with high levels of AhR agonists. Ultimately, we anticipate that the use of multiple biomarkers of PAH exposure will provide useful information on the potential effects of toxicants.  相似文献   

青石斑鱼抗细胞凋亡因子DAD1的克隆及表达特征分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

王利  吴信忠 《海洋学报》2007,29(3):125-130

抗细胞凋亡因子(Defender against cell death 1,DAD1)是一种重要的内源性细胞凋亡抑制因子.采用RACE-PCR方法,结合SMART cDNA合成方法、抑制性差减杂交技术,从青石斑鱼脾脏中克隆DAD1并研究其在正常的青石斑鱼和注射了脂多糖的青石斑鱼各组织中的表达模式.结果表明:DAD1基因cDNA全长721 bp,包含一个342 bp的完整阅读框,编码一个由113个氨基酸组成的蛋白.RT-PCR半定量分析显示DAD1在正常的青石斑鱼和注射了脂多糖的青石斑鱼的脾、心、头肾、肾、肝中都有转录,在脾、肝中表达水平较高,而在肌肉中未见明显表达.DAD1在注射了脂多糖的青石斑鱼各组织中的表达量均高于正常的青石斑鱼.  相似文献   

用基因枪将GUS基因导入褐藻细胞中表达   总被引：18，自引：2，他引：18  

秦松  张健  李文斌  王希华  童顺  孙勇如  曾呈奎 《海洋与湖沼》1994,25(4):353-356

于１９９３年１１月－１９９４年２月，用高压氦气式基因枪，将ＰＨ１２２１质粒装有ＧａＭＶ ３５Ｓ启动子，ＧＵＳ基因以及ｎｏｓ的３＇调控区导入海带和裙带菜组织切块中。４８ｈ后，在海带假根细胞和裙带菜中肋部叶片细胞中检测到ＧＵＳ基因的表达。实验表明，微粒子轰击法是外源基因导入大型褐藻的一个有效途径。ＧａＭＶ ３５Ｓ启动子能够驱动外源基因在海洋藻类中的表达，可作为藻类基因工程的启动元件。  相似文献   

白斑综合症病毒(WSSV)囊膜蛋白VP28基因的克隆及在蓝藻中表达载体的构建   总被引：4，自引：0，他引：4       下载免费PDF全文

张春莉  施定基  黄倢  张海霞  彭国宏 《海洋科学》2003,27(2):72-76

用蔗糖密度梯度离心法分离纯化白斑综合症病毒（WSSV）。设计并合成引物，提取WSSV中国株的基因组DNA作为模板，通过PCR，扩增克隆出VP28基因，利用BamHI和EcoRI切点将VP28基因插入克隆载体pUC19 的多克隆位点上，得到VP28基因的重组克隆质粒，对其进行双向DNA测序。测序结果表明，该基因含有615个核苷酸，与GenBank中已有不同来源的WSSV的序列片段同源性为100％。利用BamHI切点将VP28的基因插入到穿梭表达载体启动子PpsbA的下游，EcoRI酶切鉴定，得到正向连接的可在蓝藻表达的重组穿梭表达载体，命名为pRL-VP28。  相似文献   

大菱鲆周期蛋白依赖激酶基因cdk1、cdk6克隆及表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭佳伟  朱香萍  吴志昊  宋宗诚  范兆飞  谭训刚  尤锋 《海洋科学》2016,40(4):12-21

通过同源克隆以及5′/3′RACE的方法扩增得到大菱鲆(Scophthalmus maximus)细胞周期蛋白依赖激酶基因cdk1和cdk6的全长c DNA序列,在m RNA水平上分析了它们组织表达特征,并对比分析了静水压处理对其胚胎期表达的影响。结果显示,cdk1基因全长c DNA序列为1281 bp(Gen Bank登录号:KP339306),编码区为912 bp;cdk6基因c DNA全长1400 bp(Gen Bank登录号:KT186374),编码区长度为978 bp。组织RT-PCR分析表明,cdk1基因表达具有广泛性,在性腺、肾脏等生长发育较快的组织中表达量较高;cdk6基因也在多个组织中表达,在性腺中表达量最高。通过Real time RT-PCR检测基因在胚胎中的表达水平发现,静水压处理组cdk1、cdk6在胚胎发育中,总体变化趋势与对照组类似。大菱鲆胚胎对照组中cdk1在原肠期以前相对神经胚期及以后时期表达量较高,静水压处理组基因表达变化与对照组趋势相同;对照组中cdk6在原肠期出现表达高峰,但静水压处理组在原肠期表达量相对较低。静水压处理对cdk1和cdk6的表达量的影响不同,这可能与基因还有除调控细胞周期的其他功能有关。为解析这两个基因在大菱鲆胚胎发育中的作用及其机制提供了参考。  相似文献   

坛紫菜别藻蓝蛋白α,β亚基基因的克隆和序列分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

左正宏  邓元告  陈奕欣  赵扬  郑微云 《海洋学报》2005,27(2):148-153

以野生坛紫菜色素体DNA为模板, 通过PCR扩增获得编码坛紫菜别藻蓝蛋白α亚基和β亚基的序列及两者之间的间隔序列,该序列全长为1 055 bp,其中编码α和β亚基的序列均为486 bp,间隔序列为83 bp.该序列与GenBank收录的其他4种红藻相关序列的同源性在75.6%~87.4%,与2种蓝藻的同源性分别为66.9%,68.5%,其中编码区同源性更高.  相似文献   

深海热液区管状蠕虫Ridgeia piscesae新型C型凝集素的克隆与表达          下载免费PDF全文

陈燕婕  阮灵伟  施泓  陈新华 《应用海洋学学报》2023,42(2):195-202

C型凝集素作为凝集素家族的主要成员之一,在无脊椎动物中有着丰富的多样性,其独特的生物学功能广泛应用于生物、医药等诸多领域。本研究从采集于东北太平洋深海热液区胡安·德富卡洋脊的管状蠕虫Ridgeia piscesae中克隆获得了一种新型C型凝集素基因RPCL。该基因与已报道的凝集素的相似性都很低,并且三维结构预测有异于传统凝集素,提示其可能具有一些特殊的功能性质。进一步的原核表达成功实现了 RPCL的异源重组表达,通过透析复性获得了大量可溶性蛋白,为其相关功能性质的研究打下了坚实的基础。  相似文献   

鳙鱼微囊藻毒素去毒酶基因cDNA全序列的克隆与序列分析     

丁雪芬  梁旭方  汪祖昊  雷腊梅  韩博平 《湖泊科学》2007,19(3):326-332

淡水鱼类可溶性谷胱甘肽S-转移酶(soluble glutathione S-transferase,sGST)在微囊藻毒素去毒代谢过程中起着关键作用,又被称为微囊藻毒素去毒酶.通过简并引物克隆鳙鱼肝脏sGST基因cDNA核心序列,应用5'-RACE和3'-RACE技术分别扩增该序列的5'末端和3'末端序列,最后通过序列拼接获得鳙鱼肝脏sGST基因cDNA全序列.序列分析结果表明,鳙鱼肝脏sGST基因cDNA全长934 bp,其中5'-UTR长104bp,3'-UTR长158 bp,编码区672 bp,编码223个氨基酸.鳙鱼与海水鱼类、鸟类、哺乳类等不同类群sGST的N-末端功能域氨基酸同源性较高,达75%左右,而C-末端功能域氨基酸同源性较低,仅为43.6%-55.9%,这与脊椎动物sGST的N-末端功能域均存在相同的GSH结合位点,而C-末端功能域存在不同的底物结合位点相一致.鳙鱼sGST的C-末端功能域的低同源性可能与其承担微囊藻毒素去毒代谢之特殊功能有关.  相似文献   

三疣梭子蟹含硒谷胱甘肽过氧化物酶基因克隆及其表达分析     

李蒙  王金凤  黄骞  李才文 《海洋与湖沼》2019,50(1):149-158

为探究三疣梭子蟹的免疫机制以及谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)在甲壳动物响应寄生虫感染免疫过程中的作用,本研究采用RACE方法从三疣梭子蟹中克隆获得硒半胱氨酸-谷胱甘肽过氧化物酶基因的全长cDNA序列,其cDNA序列全长为696bp,5′-UTR长度为102bp,3′-UTR长度为87bp,开放阅读框长度为507bp,编码168个氨基酸,其中含有一个典型的由蛋白石终止密码子(220TGA222)编码的硒半胱氨酸(40U)。预测了该基因编码的氨基酸序列及其中的保守结构域,包括GPx家族签名序列(64LAFPCNQF71)、活性位点序列(152WNFEKF157)以及与酶催化活性相关的氨基酸位点包括谷氨酰胺(74Q)、精氨酸(90R和168R)和色氨酸(142W)。相似性比对和系统发育分析结果表明,三疣梭子蟹硒半胱氨酸-谷胱甘肽过氧化物酶(SeGPx)与甲壳动物中的SeGPxs相似性较高,其中与拟穴青蟹SeGPx相似性最高,并与其在系统发育树中聚为一支。经血卵涡鞭虫侵染后(0—192h),SeGPx基因在三疣梭子蟹的血细胞、肝胰腺和鳃组织中的转录水平均发生显著性升高。该结果表明,SeGPx在三疣梭子蟹应对血卵涡鞭虫的免疫反应中发挥重要作用,可通过调控甲壳宿主体内被病原扰乱的氧化还原状态进而起到宿主组织保护作用。  相似文献   

太平洋真宽水蚤(Eurytemora pacifica) Cu/Zn SOD基因克隆及在重金属胁迫下的表达分析     

胡利腾  夏立萍  武敏敏  陈晋  张建设 《海洋与湖沼》2018,49(2):384-394

铜锌超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase,SOD)是一种广泛存在于生物体中最主要的抗氧化酶之一,在抵御过多活性氧簇对机体毒害的过程中起重要作用。本研究以太洋真宽水蚤为研究对象,采用RT-PCR与RACE方法克隆得到太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD基因全长c DNA序列。Cu/Zn SOD(Gen Bank登录号:MF289343)基因序列全长837bp,其中完全开放阅读框为456bp编码152个氨基酸,5′非编码区长297bp,3′非编码区长84bp,分子量约为15.050k Da,理论等电点为5.73。序列比较表明,太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD c DNA的氨基酸序列与其他甲壳动物的一致性较高;存在8个蛋白翻译后修饰位点及蛋白家族标签序列,无跨膜结构域与信号肽。在重金属铬与镍胁迫下,通过实时荧光定量PCR对太平洋真宽水蚤Cu/Zn SOD m RNA体内表达特点分析显示,其表达量均呈现先升后降趋势,在暴露12小时后表达量达到峰值;铬胁迫下的表达量略高于镍;联合胁迫下呈现出拮抗作用。本研究结果将有利于深入探讨桡足类Cu/Zn SOD基因的结构与功能,为进一步研究抗氧化分子机理奠定基础。  相似文献