可口革囊星虫(Phascoloma esculenta)铁结合蛋白基因的研究   总被引：2，自引：2，他引：0  

杜莉利  李太武  苏秀榕  李登峰 《海洋与湖沼》2008,39(3):252-256

根据已报道的铁结合蛋白基因的保守序列设计引物,用cDNA末端快速扩增(RACE)法,成功地从可口革囊星虫体液中获得铁结合蛋白基因的全长序列.结果表明,该基因cDNA全长1017bp,5'-端非编码区为15lbp,3'一非编码区为341bp,开放阅读框长度为525bp(括一个终止密码子),可编码175个氨基酸(GenBank:EU091352).该序列与加洲海兔、皱纹盘鲍、刺参、微小牛蜱、叉尾鲴、非洲爪蟾、小家鼠、人等的铁结合蛋白基因有67%-75%的同源性,而相应的氨基酸同源性为59%-76%.氨基酸相似性为74%*-89%%.分析结果表明,铁结合蛋白基因在动物进化中是高度保守的.  相似文献   

大黄鱼(Pseudosciaena crocea)细胞色素P450 CYP4F7基因的克隆及表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

娄绘芳  黄艳青  吴信忠 《海洋学报》2008,30(4):131-138

CYP4F7是细胞色素P450超基因家族中CYP4F亚家族中的同工酶之一,而细胞色素P450在通过电子传递参与生物体代谢和转化内源和外源化合物方面起着重要的作用。以本实验室构建的大黄鱼消减杂交cDNA文库中623bp的CYP4F7片段设计引物,以大黄鱼的总RNA为模板,利用RACE-PCR的方法,克隆鉴定出了大黄鱼细胞色素P450 CYP4F7基因。结果表明:基因全长1934bp,5'端非编码区59bp,3'端非编码区264bp,开放阅读框1611bp,编码536个氨基酸。序列分析表明大黄鱼的CYP4F7氨基酸序列与舌齿鲈的相似性为91%。利用RT-PCR方法研究CYP4F7在大黄鱼各组织中的表达特征,结果表明CYP4F7在肝脏、脾脏中表达量最高,在心脏、肾脏、头肾、鳃丝中表达量次之。另外,CYP4F7在注射了细菌脂多糖的大黄鱼各组织中的表达量均低于正常的大黄鱼,认为细菌脂多糖可能是CYP4F7表达的抑制剂,说明CYP4F7可能与鱼类免疫反应有一定相关性。  相似文献   

钝顶螺旋藻基因组质粒文库的构建及其在获得功能基因上的应用     

田李  张晓雯  秦松 《海洋科学》2008,32(6):55-60

利用改良的SDS法提取钝顶螺旋藻基因组DNA,经Sau3AI酶切,回收1～2kb大小的片段,与BamHI（Sau3AI的同尾酶）酶切并去磷酸化后的pBR322质粒载体相连接,转入大肠杆菌（Escherichia coli）Top10细胞,构建了螺旋藻基因组质粒文库。根据pBR322载体上多克隆位点两侧序列设计锚定引物,根据丝状蓝藻丝氨酸／苏氨酸激酶（STK）保守序列设计简并引物,以螺旋藻质粒文库为模板,“巢式”扩增出了STK基因部分序列。螺旋藻基因组质粒文库的构建为功能基因研究提供了极大方便。  相似文献   

蛋白核小球藻核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶小亚基部分基因序列的克隆与分析     

孙雪  马斌  周成旭 《海洋科学》2008,32(3):40-43

以单细胞绿藻蛋白核小球藻(Chlorella pyrenoidosa)(藻株编号为NMBluh015-1)为实验材料,利用几种绿藻中的核酮糖-1,5-二磷酸羧化/加氧酶(Rubisco)的小亚基(rbcS)的保守序列,设计简并引物,克隆到rbcS的一条cDNA(245 bp)和3条DNA序列(其编号为CP1、CP2和CP3,长度依次为1425 bp、810 bp、705 bp)。序列比较结果表明,该蛋白核小球藻rbcS cDNA核苷酸序列与普通小球藻(C.vulgaris)、杜氏藻(Dunaliella tertiolecta)(rbcS1和rbcS2)及蛋白核小球藻"太阳小球藻"株的相似性依次为93%、92%(91%)和90%,而其编码的氨基酸序列与杜氏藻相似性最高(80%);3条rbcS DNA序列与绿藻及高等植物rbcS部分序列表现了较高的同源性,其中2条DNA(CP2和CP3)部分区段同源性很高。实验结果表明扩增得到的cDNA和DNA序列为蛋白核小球藻rbcS基因。  相似文献   

一株印度洋深海食烷茵(Alcanivorax sp.P40)的烷烃羟化酶基因的克隆     

赖其良  袁军  邵宗泽 《台湾海峡》2008,27(2):141-146

以印度洋深层海水,用柴油和石油作为混合碳源经富集培养、分离获得一株具有很强的柴油降解能力的茵株P40.茵株P40革兰氏染色阴性,接触酶和氧化酶为阳性,能还原硝酸盐,不能还原亚硝酸盐.16S rDNA Blastn 结果表明其与 Alcanivorax dieselolei B-5T(柴油食烷茵)及 A.dieselolei NO1A具有最高相似性,均为99.8%.茵株P40的gyrB序列与 A.dieselolei NO1A同源性也高达99.2%.而与A.dieselolei B-5T只有86.9%.此外,从茵株P40中克隆到两个烷烃羟化酶alkB基因片断,分别命名为P40-alkB1和P40-alkB2.其中P40-alkBl与报道的 A.dieselolei B-5T 中的 alkB 同源性较高,达96.3%,而与同为深海来源的茵株NO1A的alkB的同源性更是达100%,P40-alkB2则与A.borkumensis SK2T(泊库岛食烷茵)的alkB1同源性最高,但仅为65%.  相似文献   

皱纹盘鲍外套膜cDNA表达文库的构建   总被引：1，自引：0，他引：1  

李静  张文兵  麦康森  张璐  艾庆辉  徐伟  谭北平  马洪明  刘付治国 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(5)

  相似文献   

五种鲤科鱼类生长激素cDNA的克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

于辉  李华  颜其贵  林涛  冯婷  冯迎春 《广东海洋大学学报》2008,28(4)

通过RT-PCR方法,以草鱼、鳙鱼、鲫鱼、鲤鱼、齐口裂腹鱼等5种鲤科重要经济鱼类的垂体总RNA为模板扩增出其生长激素(fish growth hormone,fGH)的完整ORF序列,并克隆到pMD18-T载体上,命名为pMD-1(草鱼)、pMD-2(鳙鱼)、pMD-3(鲫鱼)、pMD-4(鲤鱼)、pMD-5(齐口裂腹鱼)。测序结果显示,ORF序列其长度均为633 bp。序列分析表明,所有ORF序列均以ATG为起始密码,以TAG为终止密码,编码210个氨基酸残基,推导的生长激素前体由22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽组成。同源性分析表明,草鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼和齐口裂腹鱼的fGH同源性在93.3%~99.5%之间。  相似文献   

海洋微微型真核生物分子多样性的研究方法     

汪岷  江雪娇 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(4)

微微型真核生物在海洋中广泛存在,是初级生产力的重要贡献者,也是微食物环的重要组成部分.由于微微型真核生物形体微小且不同种类缺乏明显形态学特点,故而难以利用电镜等传统方法精确研究其系统发生关系和种类组成.运用分子生物学技术直接对微微型真核生物种类组成进行研究已成为微微型真核生物多样性研究的重要方法.本文概述了目前世界范围内的微微型真核生物分子多样性研究进展以及我国在该领域中的研究状况.综述了微微型真核生物分子多样性研究中常用的靶标基因,包括18S rDNA和ITS序列等真核生物保守基因及psbA和rbcL等功能基因;常用的分子生物学方法,如克隆文库构建、DGGE/TGGE、PCR-RFLP/T-RFLP、FISH、宏基因组等;以及目前研究方法中存在的一些问题.  相似文献   

基于改进的遗传算法边坡稳定性分析方法及其应用     

何朋朋  姚磊华  汤荣贵 《地质灾害与环境保护》2007,18(1):100-104

在遗传算法和瑞典条分法的基础上,提出了对边坡临界滑裂面的搜索方法及其最小安全系数的求解方法.文中利用安全系数的倒数作为目标函数,可行域根据实际边坡的尺寸和经验给出,而且在计算过程中根据目标函数值进行调节,逐步缩小搜索空间,使搜索效率提高.算法中利用了十进制遗传算法的改进操作优体克隆操作和子体优生操作,提高了搜索的速度和精度.  相似文献   

香鱼Apo-14基因的克隆、序列分析及其mRNA表达与盐度适应性的关系   总被引：1，自引：0，他引：1  

曹霄  陈炯  史雨红  陆新江 《台湾海峡》2011,30(2):203-209

14 kDa载脂蛋白（Apo-14）是鱼类一种特有的载脂蛋白,是鱼类高密度脂蛋白（HDLs）的重要成分,其生物学功能目前还不明确.本研究采用简并引物,从香鱼（Plecoglossus altivelis）肝脏cDNA文库中筛选香鱼Apo-14基因,该基因cDNA序列全长905个核苷酸,开放阅读框编码一个有144个氨基酸,分子量约为15.9 kDa的蛋白.香鱼Apo-14基因mRNA主要在香鱼肝脏中表达,在肠、肾和鳃中也有少量表达.同源性分析揭示,香鱼Apo-14与已知鱼类中虹鳟（Oncorhynchus mykiss）Apo-14最相似,氨基酸序列同源性为70%.qRT-PCR表明,咸淡水处理组（盐度为10）的肝、肠、肾、鳃中,该基因mRNA均比淡水处理组（盐度为0）明显下调（p〈0.05）,揭示载脂蛋白Apo-14可能与盐度适应相关.  相似文献