藻类△6脂肪酸脱饱和酶基因密码子偏好性分析   总被引：2，自引：0，他引：2       下载免费PDF全文

赵薇  陈必链  王明兹  黄建忠 《热带海洋学报》2010,29(3)

△6脂肪酸脱饱和酶是在长链脂肪酸18C位置上引入双键的关键酶.本文分析硅藻门、绿藻门和蓝藻门等藻类的△6脂肪酸脱饱和酶基因密码子偏好及碱基位置偏好, 同时比较藻类△6脂肪酸脱饱和酶基因与大肠杆菌、酵母及拟南芥基因组的密码子偏爱性.结果发现, 硅藻门T. pseudonana与P. tricornutum及绿藻门Ostreococcus tauri △6脂肪酸脱饱和酶基因明显偏爱使用以G或C结尾的密码子, GC含量高达61.61%.蓝藻门三种藻△6脂肪酸脱饱和酶基因与之相反, 偏爱A或U结尾的密码子, GC含量仅为39.1%.所选9条不同藻类的△6脱饱和酶基因密码子偏好不明显, 说明藻类物种间差异对△6脱饱和酶基因密码子偏好性的影响较小, 在进化上较为保守.然而, 藻类△6脱饱和酶基因密码子用法与大肠杆菌、酵母和拟南芥的△6脱饱和酶基因密码子用法差异较大, 若要实现该基因在以上宿主中的高效表达则需对部分密码子进行改造.  相似文献   

噬藻体遗传多样性的研究进展     

汪岷  闫群 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(8)

蓝藻是一类最原始、最简单的原核藻类生物,是海洋中的主要初级生产者之一。感染蓝藻的病毒称为噬藻体。噬藻体是水生微生物群落的重要组成部分,在控制蓝藻种群动力学及调节生物生产量等方面具有重要的生态学意义。研究噬藻体的遗传多样性有助于完善噬藻体的分类,为进一步探讨噬藻体之间的进化关系、噬藻体与蓝藻之间的相互关系提供理论依据,同时为探索环境变化对噬藻体进化的影响提供新的视点。本文综述噬藻体的分类、影响噬藻体遗传多样性的因素及噬藻体遗传多样性研究常用的靶基因等方面的研究进展。  相似文献   

日本蟳线粒体16SrRNA和COI基因序列比较分析     

高俊娜  刘萍  李健  潘鲁青  高保全  陈萍 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(12)

对采自莱州湾和胶州湾的日本蟳野生群体的线粒体16S rRNA和COI基因片段进行了PCR扩增和测序,分别得到长度为519和658 bp的碱基序列.研究结果显示这2个基因片段在种内的变异都较低,对2个基因同源序列分析表明,在线粒体16SrRNA基因片段中共检测到7个变异位点(包括6个单一变异位点,1个简约信息位点)和7种单倍型;在COI基因中共检测到8个变异位点(包括6个单一变异位点,2个简约信息位点)和7种单倍型.通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了两群体间的序列差异和遗传多样性水平.结果显示2个日本蟳野生群体的遗传多样性比较丰富.用MEGA4.0软件构建了NJ和UPMGA系统树,基于16SrRNA基因片段的系统树显示梭子蟹科的4个属聚为两大支:日本蝇不同的单倍型先聚在一起,然后与青蟹属的3种蟹聚为一支;梭子蟹属的三疣梭子蟹、远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚在一起;再与美青蟹属的美洲蓝蟹、巴西蓝蟹等聚为一支.基于COI基因显示日本蟳不同的单倍型先聚在一起,再与其他3种蟳聚为一支;梭子蟹属的远海梭子蟹和三疣梭子蟹相聚,然后与美青蟹属的2种蟹相聚为一支.该结果与传统分类一致.这些数据为我国日本蟳的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据.  相似文献   

转录组学分析B-3胞外多糖对巨噬细胞RAW264.7基因表达的影响     

张平平  李江  玉蕾叶  魏景芳  徐童  孙国杰 《海洋学报(英文版)》2018,37(8):46-53

B-3胞外多糖是从一株南极嗜冷菌Psychrobacter sp.B-3发酵液中提取的胞外多糖,前期研究发现该多糖能够激活巨噬细胞并影响其免疫调控活动。为探明其免疫调控途径,采用转录组学分析对经B-3多糖刺激的RAW264.7巨噬细胞系进行了差异表达基因分析。研究结果表明B-3多糖的刺激引起了420个基因的差异表达,其中上调178个、下调242个。差异表达基因与细胞功能存在诸多关联,但主要集中在代谢和免疫两个通路上：其中在多个免疫相关通路上,富集最显著的是抗原处理和表达途径;另一个明显富集的则是代谢通路,B-3多糖处理引起了大量参与代谢的酶类的表达变化,包括氨基酸,碳水化合物,脂质和核苷酸代谢相关基因均发生了一定程度的改变。因此,B-3胞外多糖作为一种免疫激活剂直接影响了RAW264.7巨噬细胞系的免疫功能,同时也对其胞内的代谢途径产生了影响。本论文首次开展了南极嗜冷细菌胞外多糖对RAW264.7巨噬细胞系的影响,该研究为不同来源的活性多糖对巨噬细胞免疫激活研究提供了科学依据。  相似文献   

实验室海月水母大规模解体的初步研究     

迟艳红  王玮  王文章  黄有松 《海洋科学》2018,42(11):43-50

本实验针对两次突发的饲养海月水母(Aureliaaurita)大规模烂洞解体状况,通过对病灶处进行细菌培养,从其中每次发病水母中均各分离到2种优势病原菌菌株,利用PCR扩增和DNA测序技术,获得优势菌株16SrRNA基因序列,通过生物信息比对分析显示,导致两次海月水母发病的病原菌菌株分别为2种嗜冷杆菌(Psychrobacter sp.)和2种弧菌(Vibrio splendidusVibrio neptunius)。通过利用福林酚法进行此四种优势菌株的细菌发酵培养液蛋白酶活性的测定,结果显示,此4种细菌均具有较强的蛋白酶活性。根据实验结果推测,分离所得的2种嗜冷杆菌菌株(Paa1Paa2)和2种弧菌菌株(Vaa1Vaa2)作为此次发病海月水母的病原菌,有可能均是通过分泌胞外蛋白酶侵蚀水母伞体,从而导致伞体烂洞解体。通过本次实验分析,推测自然条件下水母暴发后的快速消亡是由水母自身免疫下降与细菌侵染的共同作用导致。  相似文献   

Molecular cloning and expression analysis of Crustin-like gene from Chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis     

LIU Fengsong  LI Fuhu  XIANG Jianhai  DONG Bo  LIU Yichen  ZHANG Xiaojun  ZHANG Liusuo 《海洋学报(英文版)》2008,27(2):81-92

A new member of antimicrobial protein genes of the Crustin family was cloned from haemocytes of the Chinese shrimp Fennero- penaeus chinensis by 3 ′and 5′ RACE. The full-length cDNA of Crustin-like gene contains a 390 bp open reading frame, encoding 130 amino acids. The deduced peptide contains a putative signal peptide of 17 amino acids and mature peptide of 113 amino acids. The molecular mass of the deduced mature peptide is 12. 3 ku. It is highly cationic with a theoretical isoelectric point of 8.5. The deduced amino acids sequence of this Crustin showed high homology with those of Penaeus （ Litopenaeus ） setferus. Northern blotting showed that the cloned Crustin gene was mainly expressed in haemocytes, gill, intestine, and RNA in situ hybridization indicated that the Crustin gene was constitutively expressed exclusively in haemocytes of these tissues. Capillary elec- trophoresis RT-PCR analysis showed that Crustin was up-regulated dramatically from 12 to 48 h after a brief decrease of mRNA during first 6 h in response to microbe infection. The level of Crustin mRNA began to restore at 72 h post-challenge. This indicated that Crustin gene might play an important role when shrimps are infected by bacterial pathogen.  相似文献   

海洋蓝藻固氮基因   总被引：1，自引：0，他引：1  

丁昌玲  孙军  顾海峰  汪岷  韩笑天 《海洋科学》2008,32(7):75-80

氮是海洋浮游植物必需的大量元素,又是海洋浮游植物生长的主要限制因子之一,研究氮元素的补充机制对了解海洋生态系统有重要意义。海区氮营养盐的补充主要通过新生氮实现,其主要补充机制为径流输入、大气干湿沉降、水体混合、上升流及生物固氮作用。生物固氮是指固氮生物将大气中的氮气还原成氨的过程,对地球上氮循环和氮平衡具有不可替代的作用。海洋生物固氮作用是维持海洋初级生产力和新生产力的一个重要生态反应。海洋中固氮生物种类较多,主要包括固氮蓝藻、异养细菌和光合细菌。  相似文献   

不同培养条件对坛紫菜叶状体体细胞发育分化影响的研究     

赵扬  蔡嘉力  左正宏  吕良炬  陈奕欣 《台湾海峡》2008,27(2):174-179

本文以野生坛紫菜(Porphyra hatanensis)叶状体为材料,通过海螺酶酶解获得叶状体单离体细胞,探讨了细胞密度、光照强度对坛紫菜叶状体体细胞发育分化的影响.研究结果表明:细胞密度对坛紫菜叶状体单离体细胞的分裂、出苗具有明显的影响.其中,细胞培养3～5d时,分裂率随着细胞密度的增大而降低;5d时,1×103个/孔组的分裂速度显著大于其余各组的(p＜0.05);12～19d时,随着细胞密度的增大,体细胞出苗率相应减小.光照强度对坛紫菜叶状体单离体细胞的分裂、出苗也具有显著影响.细胞培养5d时,分裂率随着光照强度的增大而增大;5-7d时,体细胞分裂速度随着光照强度增大而增大;9～19d培养期内,出苗率随着光照强度的增大而增大.本实验结果为坛紫菜转基因育种等研究提供了可资借鉴的基础资料.  相似文献   

外源基因在衣藻叶绿体中高效表达的研究     

苏忠亮  程江峰  梁成伟  刘均洪  邵宏波  刘杰 《海洋通报》2008,27(4)

植物细胞核生物反应器技术快速发展,外源基因表达量低下一直是困扰该表达体系的一个瓶颈,衣藻叶绿体表达体系的建立为克服这一瓶颈带来新的希望.围绕如何进一步提高外源基因在衣藻叶绿体中的表达量,国内外学者近几年来进行了很多研究,并取得了很大的进展.对外源基因的同质化程度、衣藻叶绿体转录顺式作用元件及衣藻叶绿体基因密码子的偏好性等几个方面作了综述.  相似文献   

2种银鱼线粒体COⅡ及侧翼tRNA基因的测定分析及其亲缘关系研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

张际峰  郝培应  聂刘旺  汪成润  王洋  卢韫 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(3):424-428

探讨4种银鱼及香鱼线粒体COⅡ基因序列变异及它们的亲缘关系.测定和分析大银鱼和太湖新银鱼线粒体COⅡ基因全序列及侧翼tRNA基因序列.并与有明银鱼、小齿日本银鱼及香鱼的同源序列比较,发现大银鱼和太湖新银鱼COⅡ基因的核苷酸序列差异最小,香鱼与有明银鱼的差异最大.此外,选加大西洋鲑等共11种鱼类的COⅡ基因序列,用NJ法和MP法对其进行系统树重建,结果显示:系统树一致将4种银鱼和香鱼聚为一支,其中大银鱼与太湖新银鱼亲缘关系最近.  相似文献