溶藻弧菌dtd基因的克隆及原核表达条件优化     

陈立明  ;庞欢瑛  ;简纪常  ;吴灶和 《广东海洋大学学报》2014,(3):52-57

根据NCBI数据库中已发表的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列合成一对特异性引物,应用聚合酶链式反应(PCR技术)扩增溶藻弧菌HY9001菌株dtd基因,将其定向克隆到原核表达载体pET-32a构建重组表达质粒pET-DTD,并对其进行诱导温度、诱导时间、诱导IPTG浓度等条件的优化,最后探究其纯化时最佳咪唑洗脱浓度。结果表明:DTD蛋白成功表达,且其以包涵体的形式存在,在诱导温度37℃、IPTG浓度0.1 mmol/L条件下诱导5 h表达量最高,纯化最佳咪唑洗脱浓度为150 mmol/L。  相似文献   

The total operating characteristic to measure diagnostic ability for multiple thresholds   总被引：1，自引：0，他引：1  

Robert Gilmore Pontius Jr 《International journal of geographical information science》2014,28(3):570-583

The relative operating characteristic (ROC) is a popular statistical method to measure the association between observed and diagnosed presence of a characteristic. The diagnosis of presence or absence depends on whether the value of an index variable is above a threshold. ROC considers multiple possible thresholds. Each threshold generates a two-by-two contingency table, which contains four central entries: hits, misses, false alarms, and correct rejections. ROC reveals for each threshold only two ratios, hits/(hits + misses) and false alarms/(false alarms + correct rejections). This article introduces the total operating characteristic (TOC), which shows the total information in the contingency table for each threshold. TOC maintains desirable properties of ROC, while TOC reveals strictly more information than ROC in a manner that makes TOC more useful than ROC. We illustrate the concepts with an application to land change science.  相似文献   

黄土高原半干旱区异常能量闭合率特征分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

朱岩  左洪超  郭阳  武建军 《干旱气象》2014,(5):719-726

以兰州大学半干旱气候与环境观测站（简称SACOL站）4 a的陆面通量数据为基础,利用普通最小二乘法（OLS）和能量平衡比率（EBR）方法,对能量平衡的异常闭合特征及其与相对垂直湍强（RIw）的关系进行了研究,并进行了能量滞后分析。结果表明,能量过闭合和负闭合现象分别主要发生在白天和夜间,大小遵从正态分布;较大异常闭合产生的原因主要是日出日落时净辐射与地表热通量接近以及降水影响造成湍流通量出现异常大值。一般来说,垂直湍流运动越强,异常闭合越少,闭合度越向1收敛,反之亦然。强湍流或极弱湍流都不利于产生异常闭合,过闭合、负闭合的最适相对垂直湍强RIw约为0.11、0.14。另外,能量支出项的相对滞后也是造成包括负闭合在内的异常闭合的原因之一。剔除湍强较弱的点或将地表热通量G0、感热H、潜热LE相位相对净辐射Rn提前30 min后,异常闭合所占比重减少;月平均EBR法过闭合度降低,OLS法闭合度提高。  相似文献   

丹麦日德兰半岛西海岸典型岸段地貌概况及研究现状     

王福  王宏  李建芬  商志文 《海洋地质前沿》2014,30(11):8-16

通过实地调查和资料搜集,对丹麦日德兰半岛西海岸典型岸段的地貌类型和研究现状进行了总结。丹麦日德兰半岛西海岸岸线长度约为470km,海岸类型可以分为无障壁海岸和有障壁海岸2大类。无障壁海岸以沙丘为主,并有海蚀崖,主要分布在斯卡恩(Skagen)到布劳万角(Bl?vands Huk);有障壁海岸地貌类型以障壁岛—潟湖、盐沼为主,主要分布在布劳万角到勒姆岛(R?m?),并向南进入德国。丹麦西海岸北部属于冰后期地壳回弹上升区,向南地壳回弹幅度逐渐减弱,至Ringk?bing峡湾地区变为地壳稳定区,再向南地壳变为下降区,因此,全新世地层中分别记录了不同的相对海面变化信息。距今7 150a以来,北部的Skagen岬角地区的相对海面下降了16~25m;Skallingen地区过去5 000a间海面在现代海面附近波动,其后侧Ho Bugt盐沼地区4 000a以来相对海面上升了4m;过去8 000a间,R?m?障壁岛的相对海面上升了15m。欧洲学者在丹麦西海岸地区取得的典型成果包括:海面变化重建(包括海面变化标志点、泥炭层压实校正、定年等)、全新世地质环境演化、开放潮坪现代沉积定量研究等,为海岸带研究提供了有益参考。  相似文献   

一种基于相对梯度法的海水温度分层模型     

赵宁  韩震  王嵩 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(9):25-29,52

提出了一种以海表面温度为输入参数的海水温度分层模型。以2005—2012年的Argo气候态数据集与Argo浮标数据为基础,采用相对梯度法对海水温度垂向结构进行了分层,并据此获取了各层拟合方程所需的参数,包括:混合层深度、混合层梯度、温跃层上界深度、温跃层下界深度、深层大洋起始深度以及方程拟合系数。本文通过世界大洋数据库09版的CTD、XBT实测剖面数据对模型进行了检验。检验结果表明,该模型可以有效地对海水温度结构进行模拟,特别是400m以上的中上层大洋。模拟结果的总体均方根差(RMSE)为0.778℃,而在水深400m以上的中上层区域误差为0.494℃。  相似文献   

Denitrification potential of marsh soils in two natural saline-alkaline wetlands     

Junhong Bai  Qingqing Zhao  Junjing Wang  Qiongqiong Lu  Xiaofei Ye  Zhaoqin Gao 《中国地理科学(英文版)》2014,24(3):279-286

Little information is available on denitrification potential of marsh soils in natural saline-alkaline wetlands. The denitrification potentials of an open wetland in the floodplain(Erbaifangzi wetland) and a closed wetland(Fulaowenpao wetland) in backwater areas in Jilin Province of Northeast China were monitored by an anaerobic incubation at 30℃ for 25 days. Our results showed that the relative denitrification index(RDI) increased gradually with incubation time, and showed a rapid increase in the first 5 days of incubation. The RDI values declined quickly from surface soils to subsurface soils and then kept a small change in deeper soils along soil profiles over the incubation time. Denitrification proceeded much faster in the top 20 cm soils of open wetland than in the closed wetland, whereas no significant differences in RDI values were observed in deeper soils between both wetlands. The RDIs were significantly negatively correlated with bulk density and sand content, while a significantly positive correlation with clay content, soil organic matter, total nitrogen and phosphorous. The maximum net NO–3-N loss through denitrification in 1 m depth were higher in the open wetland than the closed wetland with higher soil pH values. Future research should be focused on understanding the influencing mechanisms of soil alkalinity.  相似文献   

整合多源异构的城市规划数据进行认知交流的研究     

董志  黄初冬 《地理信息世界》2014,(5)

针对整个城市规划过程的参与者对规划数据的不同种类、不同层次认知需求,本文利用本体思想对包括GIS数据、规划文档、规划图件等多源异构的规划数据进行关系重构,设计本体模型要素的数据语义关系,定义数据间的关联关系,实现基于本体方法的规划领域语义表达算法,方便了各类规划参与者对规划方案认识的交流:同时根据用户特征分类,进行本体关系的逻辑推理,过滤冗余信息,进行多源异构规划数据的可视化。  相似文献   

牙鲆(Paralichthys olivaceus)β诺达病毒衣壳蛋白重组表达及复性条件优化 组表达及复性条件优化     

蒋嫣冉  张亦陈  刘逸尘  耿绪云  孙金生 《海洋与湖沼》2014,45(2):370-374

β诺达病毒利用其缺乏校正功能的聚合酶进行基因组复制, 易导致突变, 因而具有广泛的宿主感染性, 而且可引发致死率极高的病毒性神经坏死症, 需要有针对性地研究检测及防御方法。本研究以感染牙鲆(Paralichthys olivaceus)的β诺达病毒为对象, 利用引物设计, 将His标签编码序列连接到完整病毒衣壳蛋白C端, 构建原核表达载体; 采用SDS-PAGE及质谱对表达产物进行分离和鉴定; 重组衣壳蛋白经镍离子亲和柱纯化后进行复性条件的正交优化。结果表明4个肽段经质谱鉴 定与预期一致; 纯化产物产量可达36mg/L; 4°C条件下, 复性缓冲液中尿素和PBS的最适浓度为0.8mol/L和0.05mol/L。本研究建立的制备方案可为研制相关疫苗以及开发针对该病毒的快速检测产品等提供有价值的参考。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)胞内氯离子通道蛋白基因克隆及其表达分析     

王渝  吕建建  刘萍  高保全  李健  陈萍 《海洋与湖沼》2014,45(6):1359-1366

本研究克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)胞内氯离子通道蛋白基因,命名为Pt CLIC。该基因c DNA全长2000bp,5’和3’非编码区(UTR)长分别为76bp和1162bp,开放阅读框长762bp,推测编码253个氨基酸,预测分子量为29.2k Da,理论等电点为5.93。生物信息学分析表明,Pt CLIC基因中未发现跨膜结构域,属于不稳定蛋白;同源性分析表明,Pt CLIC基因编码的氨基酸序列与蚤状溞(Daphnia pulex)CLIC基因的同源性高达83%;系统进化分析表明,三疣梭子蟹与拟穴青蟹首先聚为一支;实时荧光定量RT-PCR分析表明,Pt CLIC基因在选取的所有组织中均有表达,在肝胰腺中的相对表达量最高,且显著高于其它组织(P0.05)。低盐度胁迫显著改变了Pt CLIC基因在三疣梭子蟹鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先上调后下调的趋势,并发现该基因在低盐耐受和低盐敏感家系中的表达规律差异显著。研究结果表明Pt CLIC基因在三疣梭子蟹渗透压调节中发挥重要作用,可辅助三疣梭子蟹耐低盐品系的选育。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)CYP2基因的cDNA克隆及表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

冯艳艳  李健  张德宁  刘萍  葛倩倩  吕建建  高保全 《海洋与湖沼》2014,45(5):998-1005

通过RT-PCR及Smart?TM Race技术,首次克隆了三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)CYP2基因cDNA全长序列。该基因cDNA全长1662bp,编码一个由492个氨基酸组成的多肽,预测理论等电点为6.348,分子量大小为56.68kD。氨基酸序列中含有CYP基因家族所特有的K螺旋保守序列(ExxR)和血红素结合区(FxxGxxxCxG)。经氨基酸序列比对及系统进化树分析发现,与岸蟹(Carcinus maenas)的同源性最高,达到75%。实时荧光定量PCR结果表明,CYP2基因在肝胰腺、鳃、肌肉、血淋巴、心脏和眼柄中均有分布,在肝胰腺中表达量最高。肌肉注射磺胺嘧啶后,三疣梭子蟹高、中、低三剂量组CYP2基因表达较对照组都有上调,并具有时间差异性,低剂量组表达量逐渐降低,趋于对照组,中剂量组和高剂量组表达量先升高后降低,6h后同一时间点,均是高剂量组表达最高,低剂量组最低。表明磺胺嘧啶可诱导三疣梭子蟹CYP2基因,CYP2基因可能参与三疣梭子蟹的药物代谢反应。  相似文献