SCCmec 相关的 psm-mec 在血液来源人葡萄球菌中的基因定位     

陈亮  杨永长  肖代雯  喻华  刘华  黄文芳 《地下水》2015,(1)

目的：了解 SCCmec 相关的 psm-mec 基因在血液来源人葡萄球菌中的基因定位特征,为深入研究 psm-mec 基因在人葡萄球菌中的功能奠定基础。方法收集临床血培养分离的人葡萄球菌25株,通过 PCR 扩增 mecA 基因和 psm-mec 基因,多重 PCR 对耐甲氧西林人葡萄球菌 SCCmec 分型,PCR 扩增 mecR1／psm-mec 基因与 psm-mec／xylR 基因间隔序列及 fudoh 基因,探究 psm-mec 基因在 SCCmec 上的定位特点。结果 PCR 检测显示,21株为耐甲氧西林人葡萄球菌,psm-mec 基因的检出率为47．6％,4株为甲氧西林敏感人葡萄球菌,未检出 psm-mec 基因。多重 PCR 结果显示,10株 psm-mec 基因阳性菌株中,2株属典型 SCCmec Ⅲ型,5株属类 SCCmec Ⅲ型,3株属 SCCmec 新型别。基因间隔序列和 fudoh 基因检测显示,10株 psm-mec 基因阳性人葡萄球菌中,mecR1／psm-mec 基因和 psm-mec／xylR 基因及 fudoh 基因均阳性。结论 SCCmec 相关的 psm-mec 基因广泛存在于血液来源的人葡萄球菌中,主要分布在典型 SCCmec Ⅲ型、类 SCCmecⅢ型和 SCCmec 新型别上,定位于 mecR1基因与 xylR 基因之间。  相似文献   

马氏珠母贝肠道及其养殖水体可培养细菌群落结构     

陈琨  黄湾  廖永山  杨创业  王庆恒 《广东海洋大学学报》2021,(1)

【目的】了解马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)肠道及其养殖水体可培养细菌的群落组成。【方法】采用2216E平板涂布法研究海区养殖马氏珠母贝肠道与养殖水体的可培养菌群种类及丰度。【结果与结论】马氏珠母贝肠道及其养殖水体的可培养细菌归属于2门(变形菌门和厚壁菌门)3纲7目10科23属56种。属水平上,肠道中以弧菌属(74.7%)和假交替单胞菌属(18.7%)为主;养殖水体中α-变形菌纲的FJ943236_g属(40.7%)丰度最大,弧菌属(16.7%)相对肠道丰度较低。样品共有菌属为弧菌属、假交替单胞菌属、发光杆菌属和芽孢杆菌属;肠道特有菌属为希瓦氏菌属和盐单胞菌属;养殖水体特有菌属主要为FJ943236_g、鲁杰氏菌属和Nautella。在种水平上,7个种为二者共有;马氏珠母贝肠道和养殖水体特异性菌种分别为18个和31个。虽然门水平上马氏珠母贝肠道中可培养细菌群落与其养殖水体中的细菌群落大致相似,但在属、种水平上二者差异明显。  相似文献   

基于R/S分析的黑河出山年径流量灰色预测     

李建林  昝明军  李宝玲 《地域研究与开发》2014,(5)

径流过程具有分形和灰色特征。基于此,将R/S分析与灰色系统理论相结合,提出了R/S灰色预测模型以预报黑河出山径流量。针对1949—2011年莺落峡水文站年径流量资料,首先进行R/S分析,确定径流量序列的Hurst指数和平均循环周期T;然后在一个周期内进行径流量灰色预测。结果表明:黑河出山径流量循环周期在20~25年之间,在进行R/S灰色预测时,取T=20为宜;R/S灰色预测结果的精度高于直接进行灰色预测。该方法拓宽了分形和灰色理论在径流过程研究的应用范围,为径流量的科学预测提供了一种新方法。  相似文献   

海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193 基因组新颖PKS 和NRPS 基因簇的发掘     

房耀维  刘姝  王淑军  吕明生  焦豫良  陈国强  潘建梅  牛军 《海洋科学》2014,38(12):48-57

利用基因组发掘技术,从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193基因组序列中发掘新颖PKS和NRPS基因簇,并初步预测基因簇对应产物,为新颖聚酮化合物的发现,基因簇的异源表达和利用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。在利用anti SMASH对S.arenicola CNS 205和S.arenicola CNP193次级代谢产物基因簇进行预测,并经过NRPS-PKS knowledgebase验证的基础上,以S.arenicola CNS 205基因簇为对照,初步选择新颖基因簇;进一步用NCBI Blast和Nap Dos分析判断基因簇的新颖性后获得3个新颖基因簇:基因簇7,基因簇10和基因簇20。结合anti SMASH对基因簇核心结构的预测和与已知功能同源性基因簇,NCBI Blast比对的同源序列,以及Nap Dos对个基因簇中KS domain和C domain的进化分析等信息,初步表明基因簇7和基因簇20的对应产物分别为烯二炔类和有半胱氨酸及其他氨基酸参与合成的肽类化合物。由于基因簇10得到的信息较少,不能预测其代谢产物。  相似文献   

大菱鲆mIgD重链基因的克隆与表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈孔茂  唐小千  绳秀珍  邢婧  战文斌 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(3)

利用RACE技术克隆获得大菱鲆(Scophthalmus maximus)膜结合型免疫球蛋白D(Membrane-bounded Ig,mIgD)重链基因的cDNA序列全长,该基因全长3 357bp,包含1个2 997bp的开放阅读框,编码999个氨基酸,基因结构为VDJ-μ1-δ1-δ2-δ3-δ4-δ5-δ6-δ7-TM。重链恒定区δ1~δ7氨基酸序列同源比对结果显示,其与庸鲽(78%)、鳜(71%)、牙鲆(68%)具有较高的同源性;多序列比对结果显示,大菱鲆mIgD的每个δ恒定区内均存在色氨酸与半胱氨酸保守位点。利用邻位相连法构建硬骨鱼类免疫球蛋白系统发育树,结果显示,鱼类IgD聚为一大支,大菱鲆IgD与庸鲽及牙鲆聚为一支。利用RT-PCR分析了大菱鲆IgD重链基因的组织差异表达,结果显示,其在外周血白细胞、脾脏、前肾及中肾组织中具有较高的表达。将大菱鲆腹腔注射福尔马林灭活鳗弧菌后,实时荧光定量PCR检测其前肾组织中mIgD重链基因应答表达量,结果显示,mIgD重链基因在注射鳗弧菌后呈显著下调趋势,在注射后8h时降至最低值,其相对表达量约为对照组的1/28,然后呈逐渐恢复上调趋势,在48h时mIgD相对表达量与对照组无显著差异。  相似文献   

新基因功能验证技术及其在微藻基因克隆中的适用性分析     

杨官品  林根妹 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(10):72-79

微藻是指1群真核、单细胞、行光合作用的生物。微藻种类多,分布广泛,有关键生态学功能,也有水产、生物能源应用价值。与模式生物和经济动植物一样,新基因克隆是微藻生物学研究的主要内容。基因组注释、转录组分析和基因分离等依据序列和结构同源性,是从已知到已知的过程;而新基因克隆需锁定序列和验证功能,其中,功能验证是基因克隆的最重要内容。已有的基因功能验证方法有基因敲除、基因沉默、插入突变、基因组编辑等。多种微藻已有遗传转化技术,有望直接采用模式生物和经济动植物的基因功能验证技术克隆新基因。本文归纳了已有新基因功能验证技术,并分析了它们在微藻新基因克隆中的适用性,以促进微藻新基因克隆研究。  相似文献   

Primers to block the amplification of symbiotic apostome ciliate 18S rRNA gene in a PCR-based copepod diet study   总被引：1，自引：0，他引：1  

衣晓燕  张寰  刘光兴 《中国海洋湖沼学报》2014,32(3):515-521

Pelagic copepods play an important role in the marine food web. However, a full understanding of the ecological status of this zooplankton group depends on the careful study of their natural diets. In previous PCR-based copepod diet studies, we found many apostome ciliates that live symbiotically under the exoskeleton of the copepods, and their sequences were often over-represented in the 18S rRNA gene （18S rDNA） libraries. As a first step to address this issue, we designed three apostome ciliate 18S rDNA blocking primers, and tested their blocking efficiency against apostome ciliate 18S rDNA under various PCR conditions. Using a semi-quantitative PCR method, we optimized the conditions to efficiently amplify the 18S rDNA of the prey while simultaneously excluding the symbiotic apostome ciliates. This technique will facilitate PCR-based diet studies of copepods and other zooplankton in their natural environments.  相似文献   

Use of calcein and alizarin red S for immersion marking of black rockfish Sebastes schlegelii juveniles     

吕红健  张秀梅  席丹  高天翔 《中国海洋湖沼学报》2014,32(1):88-98

Black rockfi sh Sebastes schlegelii juveniles(30–40 mm total length) were immersed in a range of calcein(CAL) solutions at concentrations ranging from 50 to 250 mg/L and alizarin red S(ARS) solutions at concentrations ranging from 100 to 500 mg/L in fi ltered seawater(salinity 30) for 24 h. Fluorescent marks were detected in otoliths(sagittae, asteriscus), scales, fi n rays(dorsal, pectoral, ventral, anal, and caudal fi n rays), and fi n spines(dorsal, ventral, and anal fi n spines) after a 60-d growth experiment. With the exception of 50–100 mg/L CAL, acceptable marks were produced in the otoliths and fi n spines by all concentrations of CAL and ARS. In particular, marks were clearly visible under normal light in the sagittae, asteriscus, and fi n spines of fi sh immersed in 200–500 mg/L, 300–500 mg/L, and 200–500 mg/L ARS, respectively. Scales and fi n rays had acceptable marks at much higher concentrations(≥50 mg/L CAL, ≥300 mg/L ARS for scales and ≥50 mg/L CAL, ≥200 mg/L ARS for fi n rays). The mark quality was highest(i.e., acceptable marks were observed in all sampled structures after immersion marking) in fi sh immersed in 150–250 mg/L CAL or 300–500 mg/L ARS. In addition, there was no signifi cant difference in survival and growth of marked fi sh compared with controls 60 d post-marking( P 0.05).  相似文献   

草鱼呼肠孤病毒096vp7基因生物信息学分析及其酵母表达载体的构建     

郑树城  ;谢吉国  ;王雅  ;蔡双虎  ;简纪常  ;吴灶和  ;闫秀英 《广东海洋大学学报》2014,(6):31-37

草鱼呼肠孤病毒（Grass carp reovirus, GCRV）是草鱼出血病的病原.从患病草鱼体内分离到一株草鱼呼肠孤病毒GCRV 096,经反转录PCR,克隆得GCRV 096 长度为855 bp 的vp7 基因,并分析该基因编码蛋白的特性.结果表明,同一基因型分离株VP7 蛋白间的差异不大,但不同基因型分离株VP7 蛋白间存在很大的差异.对GCRV 096 VP7 蛋白生物信息学分析表明,信号肽位点位于20 氨基酸处,且VP7 含有4个潜在的抗原决定簇.构建GCRV 096 vp7 基因的酵母表达载体pGBKT7-S10,并成功转化至酵母中.  相似文献   

����EMD��GEP�Ļ��±���Ԥ��ģ��     

李潇 《大地测量与地球动力学》2014,34(2):111-114

??????????????????????????±???????????÷????????????????????t??????????????????з?????в????????????????????????????к???????з???????????????????????????????????????????÷???????????GM(1??1)??AR??LSSVM??????  相似文献