运用核糖体18S rRNA基因序列鉴别两种红藻     

胡自民  曾晓起  段德麟 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2006,36(6):946-952

Chondus crispus（皱波角叉菜）和Mastocarpus stellatus是2种形态特征和生境极为相似的红藻，依据外部形态特征很难将它们鉴别开来。本研究测定和分析了这2种红藻的核糖体18SrRNA基因全序列，结果表明：M．stellatus的18SrRNA基因序列长度和A，T，G，C4种碱基的含量与C．crispus差异甚小，但核苷酸差异率达到了2．75％，远超过角叉菜属种内和种间的水平（0．00％～0．45％）。另外，根据该基因序列构建的系统进化树也能清楚的将C．crispus和M．stellatus区别开来，表明核糖体18SrRNA基因可从种的分类水平上对这2种红藻进行分子鉴定，具有广阔的分类学应用前景。  相似文献   

文昌鱼头部cDNA文库的构建   总被引：2，自引：0，他引：2  

方永强  申庆祥  翁幼竹  沈卫英 《台湾海峡》2003,22(2):131-135

采用cDNA合成技术制备文昌鱼头部cDNA基因文库.以mRNA为模板,用NotI primer-Adaptor为引物,在反转录酶的作用下,合成第一链cDNA,进而合成第二链cDNA.含有EcoRI和NotI粘性末端的双链cDNA在T4DNA连接酶作用下与λgt11 EcoRI/NotI臂相连,包装蛋白包装,得到噬菌体颗粒,即原始的文昌鱼头部cDNA文库.经X-Gal/IPTG板测定, 该文库滴度为7.8×105 pfu/cm3,重组率为70%.cDNA文库可直接应用于目的基因筛选.  相似文献   

一株水产益生菌的鉴定   总被引：3，自引：1，他引：3  

李继秋  谭北平  麦康森  艾庆辉  徐玮  张文兵  刘付志国  马洪明 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2006,36(3):434-438

鉴定1株分离自中国对虾养殖水体的益生菌XE-7。进行了常规生理生化和细菌鉴定系统测试,结果表明,菌株XE-7与烟草节杆菌属(Arthrobacter)细菌的表型特征非常相似。为了进一步确定XE-7的分类学地位,测定了其16SrRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树。结果表明,菌株XE-7与烟草节杆菌(Arthrobacternicotianae)的亲缘关系最近。综合上述结果,菌株XE-7可鉴定为烟草节杆菌(A.nicotianae)。  相似文献   

海洋弧菌鉴定与分类相关功能基因研究进展     

陈星  唐金利  姜宫凌侠  亢振军  李楠 《广东海洋大学学报》2020,(1):116-125

【目的】探究功能基因在海洋弧菌物种鉴定中的作用,为海洋弧菌多样性研究以及致病性弧菌的监测和防控提供参考。【方法】根据已有的弧菌分类学研究成果,阐述16S rRNA基因、管家基因和毒力基因等相关功能基因在海洋弧菌鉴定与分类研究中的应用进展。【结果】16S rRNA基因和功能基因可用于海洋弧菌的分类学及其快速检测鉴定的研究,对致病性弧菌的诊治具有重要的意义。【结论】功能基因和16S rRNA基因在海洋弧菌菌种鉴定中的广泛应用,提高了海洋弧菌种间分类的准确性,对海洋弧菌的多样性研究以及水产养殖和人类健康的风险评估有重要价值。探索新型功能基因在海洋弧菌分类学研究和快速鉴定中的应用有现实意义。  相似文献   

Magnetospira sp. QH-2 MamK蛋白的结构和系统进化分析     

滕兆洁  张文燕  刘佳  董逸  陈一然  潘红苗  杜海舰  王明玲  徐丛  肖天 《海洋科学》2016,40(7):1-7

Magnetospira sp.QH-2是一株分离自黄海潮间带的海洋趋磁螺菌,该菌磁小体排列不整齐,并且磁小体链内某些区域排列疏松,推测与其磁小体岛上的mam K编码的Mam K蛋白相关。mam K开放阅读框大小为1086 bp,编码361个氨基酸,Mam K蛋白属于NBD_sugar-kinase_HSP70_actin超家族,为非跨膜蛋白;此外,还利用生物信息学工具预测Mam K蛋白二级和三级结构。系统进化分析显示Mam K蛋白的系统进化和16S r RNA基因的系统进化有一定差异,推测磁小体岛的获得可能与菌种的进化是独立的两个过程;淡水与海水中的趋磁螺菌虽然形态相似,但系统进化地位有一定差异,可能是两者不同生境下适应性演化的结果。  相似文献   

宁波沿海陆源排污口蓝藻(Cyanobacteria)和裸藻纲(Euglenoidea)生物的分布特点   总被引：1，自引：1，他引：0  

谢利  王朝阳  张迪骏  周君  司开学  张红燕  韩姣姣  崔晨茜  董丽莎  苏秀榕 《海洋与湖沼》2016,47(1):188-194

采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到2011年的3月、5月、8月和10月份各排污口蓝藻和含叶绿体单细胞生物的分布情况。研究结果表明:宁波沿海陆源排污口中含叶绿体单细胞生物数量最多,占91.857%,包括眼虫门(Euglenozoa)、绿藻门(Chlorophyta)、隐藻门(Cryptophyta)生物。其中主要为眼虫门的裸藻纲(Euglenoidea)生物占90.08%。蓝藻门的集球藻目(Synechococcophycideae)和颤藻亚目(Oscillatoriophycideae)含量相对较多,分别占5.70%和1.79%;排污口中裸藻纲生物数量季节性差异比较大,3月份、8月份数量相对较多,5月份和10月份较少,推测这类生物的数量与季节性温度变化有关;各排污口污染物、这两类生物检出量和种类有一定差异,在氮磷含量高的排污口(如S9号)其检出量并不高,推测检出量与排污口的主要污染物中氨氮含量没有直接关系,可能受氮磷比的影响。  相似文献   

Phylogeny of the cuttlefishes (Mollusca: Cephalopoda) based on mitochondrial COI and 16S rRNA gene sequence data   总被引：5，自引：0，他引：5  

LIN Xiangzhi  ZHENG Xiaodong  XIAO Shu  WANG Rucai 《海洋学报(英文版)》2004,23(4):699-707

To clarify cuttlefish phylogeny, mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and partial 16S rRNA gene are sequenced for 13 cephalopod species. Phylogenetic trees are constructed, with the neighbor-joining method. Coleoids are divided into two main lineages, Decabrachia and Octobrachia. The monophyly of the order Sepioidea, which includes the families Sepiidae, Sepiolidae and Idiosepiidae, is not supported. From the two families of Sepioidea examined, the Sepiolidae are polyphyletic and are excluded from the order. On the basis of 16S rRNA and amino acid of COI gene sequences data, the two genera (Sepiella and Sepia) from the Sepiidae can be distinguished, but do not have a visible boundary using COI gene sequences. The reason is explained. This suggests that the 16S rDNA of cephalopods is a precious tool to analyze taxonomic relationships at the genus level, and COI gene is fitter at a higher taxonomic level (i.e., family).  相似文献   

砾间接触氧化反应器中填料表面细菌多样性及其主要功能     

林山杉  金玉花  付丽丽  全成实 《吉林大学学报(地球科学版)》2007,37(2):361-366

采用分子生物学手段,通过构建16S rDNA基因文库,对新型剩余污泥减量化处理系统—生物砾间接触氧化反应器 (GCOR) 中载体表面附着细菌多样性进行了系统发育分析,并讨论了多种细菌共存对剩余污泥减量化的贡献。结果表明,附着细菌可分为好氧呼吸菌群、兼性厌氧菌群、厌氧水解发酵菌群和生长缓慢菌群等4大类。其中,优势菌群分别是以兼具呼吸/发酵代谢方式的β变形菌、嗜水气单胞菌及以发酵为主要代谢方式的拟杆菌属。此外,好氧菌群中还发育有假单胞菌属、硝化螺菌属细菌和黄杆菌属细菌等。慢速生长菌群包括Caldimonas taiwanensis strain On 1和Ideonella sp.。填料表面生物膜微生态环境复杂,微生物多样性较高,好氧、厌氧菌群以及慢速生长菌群等多种细菌共同作用,为在降解污水有机物的同时,达到剩余污泥减量化做出巨大贡献。结果分析表明,细菌的主要功能可归纳为：能量解偶联、共代谢作用、生物溶胞作用和慢性生长种群的影响。  相似文献   

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA   总被引：2，自引：2，他引：0  

高天翔  任一平  张秀梅  渡边精一  杨永恒 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(3):482-486

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。  相似文献   

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12S rRNA   总被引：5，自引：0，他引：5  

高天翔  张秀梅  吉崎悟朗  渡边精一 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(1):43-47

参考果蝇与蚤状  相似文献